Crystal disorder

[Гесс]

Как обычно мне сложно сформулировать что мне надо.
Вообщем есть кристалл. Не молекулярный, а так, из бесконечных слоев, ну типа графена или covalent framework.
Был собран supercell из 10*10*10 lattice cell. И на нем просиммулировали отжиг (simulated annealing), что собственно неважно для дальнейшего обсуждения. Можно сказать что сделали просто молдинакмику. Силовое поле значения для вопроса не имеет, но дабы трижды не вставать - это Драйдинг и на то есть причины. Вообщем систему немного подразупорядочило (и это нормально). Там ничего не поплавилось (ибо неможет), но слои немного посдвигались и пр веселости. Вообщем задача - оценить эту разупорядоченность и сравнить ее с разупорядоченностью из эксперимента (в том смысл что в экспериментальном XRD пики тоже не палочки, а имеют некую высоту и ширину).
Ну и вопрос - как это сделать?

Если сильно перекрутить вопрос - то можно поставить его иначе - хочется собрать чтото типа тепловых элипсоидов вокруг усредненных позиций атомов (да и сами усредненные позиции). Использовать для этого траектории из отжига мне кажется некорректным, ибо температура меняется, но ведь у меня уже в одном фрейме - уже 1000кратное повторение ячейки, имхо этого должно быть мне достаточно. Но как?

Ежели че как неясно сформулировано - спрашивайте.

UPD. http://accelrys.com/products/datasheets/reflex-plus.pdf - выглядит очень похоже на то что мне надо. Осталось понять где это.
UPD2. Ага. Это модуль MaterialStudio (видимо новый а то чтото в прошлом релизе не попадался на глаза). Ну это хорошо, MS у меня есть, но как то считает убойно медленно.

[alxyppv]

Не уверен, что это осмысленно, но все же... Как бы я такое делал:
для симулирования XRD все равно нужна периодическая структура. соответственно, мне представляется два варианта - или взять всю вашу структуру 10х10х10 и обявить ее суперячейкой - и симулирвать XRD паттерн для такой здоровой ячейки. Либо взять из этой 10х10х10 вычленить каждую отдельню ячеку и провести симуляцию для нее (т.е. 1000 решений для немного отличающихся систем). по идее, итог должен быть одинаковым (ну или почти одинаковым)

[Гесс]

Не уверен, что это осмысленно, но все же... Как бы я такое делал:
для симулирования XRD все равно нужна периодическая структура. соответственно, мне представляется два варианта - или взять всю вашу структуру 10х10х10 и обявить ее суперячейкой - и симулирвать XRD паттерн для такой здоровой ячейки. Либо взять из этой 10х10х10 вычленить каждую отдельню ячеку и провести симуляцию для нее (т.е. 1000 решений для немного отличающихся систем). по идее, итог должен быть одинаковым (ну или почти одинаковым)

Ага, вполне осмысленно. Ну я пока Modules | Reflex | Powder Diffraction - луплю XRD для всей суперячейки целиком. Пока на дефолтных параметрах, ибо ручек очень много и кого куда крутить пока не особо ясно. А есть у кого пратический опыт симуляции XRD?

[chaus]

задача - оценить эту разупорядоченность и сравнить ее с разупорядоченностью из эксперимента (в том смысл что в экспериментальном XRD пики тоже не палочки, а имеют некую высоту и ширину).
Ну и вопрос - как это сделать?

хочется собрать чтото типа тепловых элипсоидов вокруг усредненных позиций атомов (да и сами усредненные позиции).

Хм, а для эксперимента тепловые позиции и тепловые эллипсоиды есть? Экспериментальный XRD -- монокристальный или дебаевский? Просто ИМХО из дебаевского тяжело будет вытянуть что-то большее, чем ширины пиков и по ним размер областей когерентного рассеяния.

Тогда для сравнения из расчётной модели нужно вытягивать тот же самый параметр (и да, этот размер бывает весьма разным по разным направлениям, а для текстурированного материала это точно так и будет).

Ещё вопрос -- в ячейке 10*10*10 дополнительной упорядоченности (суперструктурных пиков) после отжига не появилось (как в эксперименте, так и в расчёте)?