рестарт частот гауссиана

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

рестарт частот гауссиана

Сообщение Гесс » Чт июл 21, 2016 6:35 pm

Можно ли рестартовать расчет Freq=Anharmonic и/или Freq=cubic ?

Расчеты ЕЩЕ живы, но ноды завтра-послезавтра выдернут из сервера

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: рестарт частот гауссиана

Сообщение Гесс » Чт июл 21, 2016 9:07 pm

Хм. Гугл говорит что
#P B3lyp/6-31+G* Freq(anharmonic, restart) IOP(4/5=7) geom=allcheck guess=read
должно быть достаточно для счастья. Опробую в ближайшее время.

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1489
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: рестарт частот гауссиана

Сообщение surius » Чт июл 21, 2016 9:48 pm

в случае частот такая штука не пройдет. Нужно иметь в руках .RWF. Если таковой есть то тогда так:

Код: Выделить всё

%RWF=name.rwf
%NoSave ! if you wanna delete it after successful completion
%chk=E2CyanoPBE0TZ_tdfreqqst2.chk ! if used
%NProcShared=X
#p Restart
В противном случае начнет с нуля
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: рестарт частот гауссиана

Сообщение Гесс » Пт июл 22, 2016 12:03 am

surius писал(а):в случае частот такая штука не пройдет. Нужно иметь в руках .RWF. Если таковой есть то тогда так:

Код: Выделить всё

%RWF=name.rwf
%NoSave ! if you wanna delete it after successful completion
%chk=E2CyanoPBE0TZ_tdfreqqst2.chk ! if used
%NProcShared=X
#p Restart
В противном случае начнет с нуля
Сделал копию чекпоинта ангармонического расчета (он важнее), запустил на соседней ноде,
После считывания инпута в иоп-формате
Leave Link 1 at Thu Jul 21 22:43:03 2016, MaxMem= 0 cpu: 0.7
(Enter /usr/local/g09/l106.exe)
Restoring state from the checkpoint file "Test.chk".
ONIOM results not found on unit 2.
Title: Who cares
Route: #P Geom=AllCheck Guess=TCheck SCRF=Check GenChk RPBE1PBE/CC-pVTZ Freq
NDeriv= 78 NFrqRd= 0 NDerD0= 0 MskFDP= 0 MskDFD= 0 MskDF0= 0
Re-enter D2Numr: Normal Mode= 38 IStep= 1.
Судя по всему таки завелось. Но rwf на всякий случай скопировал со скретча ноды в свою папку.
rwf однозначно необходим для аналитических частот, численные частоты рестартуются с chk, это я уже проходил, а вот что происходит в ангармонизме и кубополе я имею довольно смутные представления.

P.S. Скопировал rwf кубополя, убедился что не даром гауссиан по умолчанию трет эти файлы - 16 гигов. :shuffle:

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1489
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: рестарт частот гауссиана

Сообщение surius » Пт июл 22, 2016 12:26 am

Я когда-то считал частоты в возбужденном состоянии, а там они считаются только численно, и штука с чекпоинтом не работала.
Мой абсолютный рекорд с размером rwf был порядка 108-110 Гигов, для ССSD/TZ для 9! атомной молекулы. Molpro тихо дивится в сторонке и думает откуда растут руки программеров CCSD кода в Г09 :lol:
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
leonidas
Сообщения: 240
Зарегистрирован: Чт дек 23, 2010 6:27 pm

Re: рестарт частот гауссиана

Сообщение leonidas » Пн сен 26, 2016 10:33 am

surius писал(а):Я когда-то считал частоты в возбужденном состоянии
Можно ли поподробнее? Имеется ввиду электронное возбужденное состояние?
Что за метод? Gaussian для мульти-культи методов не очень гибок вроде.

К сожалению, Gaussian по-прежнему не умеет считать VPT2 для линейных молекул.
Более того, для некоторых типов деформационных колебаний в Gaussian есть скорее всего баг.
Я собирался даже им писать, но потом побоялся их тоталитарной лицензионной политики
http://www.bannedbygaussian.org/

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: рестарт частот гауссиана

Сообщение Гесс » Пн сен 26, 2016 2:50 pm

leonidas писал(а):
surius писал(а):Я когда-то считал частоты в возбужденном состоянии
Можно ли поподробнее? Имеется ввиду электронное возбужденное состояние?
Что за метод?
я конечно не surius но рискну предположить что TDDFT.
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_scrf.htm утверждает что должно уметь читать чекпоинты и работать даже в континиумном солвенте. Сам никогда не пробовал.

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1489
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: рестарт частот гауссиана

Сообщение surius » Вт сен 27, 2016 2:01 am

Гесс писал(а):я конечно не surius но рискну предположить что TDDFT.
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_scrf.htm утверждает что должно уметь читать чекпоинты и работать даже в континиумном солвенте. Сам никогда не пробовал.
именно так, именно TDDFT и именно с IEFPCM
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2700
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: рестарт частот гауссиана

Сообщение Droog_Andrey » Чт сен 29, 2016 9:52 pm

surius писал(а):Мой абсолютный рекорд с размером rwf был порядка 108-110 Гигов, для ССSD/TZ для 9! атомной молекулы.
А у меня 4 терабайта, BD(TQ).
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1489
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: рестарт частот гауссиана

Сообщение surius » Пт сен 30, 2016 1:00 am

Droog_Andrey писал(а):
surius писал(а):Мой абсолютный рекорд с размером rwf был порядка 108-110 Гигов, для ССSD/TZ для 9! атомной молекулы.
А у меня 4 терабайта, BD(TQ).
:shock: Это Г09 так? они там весь мир решили проинтегрировать?
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1489
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: рестарт частот гауссиана

Сообщение surius » Пт сен 30, 2016 1:01 am

surius писал(а):
Droog_Andrey писал(а):
surius писал(а):Мой абсолютный рекорд с размером rwf был порядка 108-110 Гигов, для ССSD/TZ для 9! атомной молекулы.
А у меня 4 терабайта, BD(TQ).
:shock: Это Г09 так? они там весь мир решили проинтегрировать?
ну и вдогонку... А сколько у вас Квота???? :shock: :shock: :shock:
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2700
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: рестарт частот гауссиана

Сообщение Droog_Andrey » Пт сен 30, 2016 1:28 am

G09 E.01 под линуксом. В каком смысле квота?
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: рестарт частот гауссиана

Сообщение Гесс » Пт сен 30, 2016 9:53 am

Судя по цифири - квоты небыло, сколько было на ноде столько и сьело.
У нас воткнули на некоторые ноды 4 терабайтные скретчи, уже непомню кому они оказались критичны - то ли орке то ли молкасу.
При таких доступных обьемах я редко озабачиваюсь размерами временных файлов.
Оркой добивал до 1 терабайта точно (DLPNO-расчеты).

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1489
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: рестарт частот гауссиана

Сообщение surius » Пт сен 30, 2016 10:59 am

Droog_Andrey писал(а):G09 E.01 под линуксом. В каком смысле квота?
мне бы так жить :lol: :lol:
Квота дискового пространства выделяемая пользователю, но как отметил гесс у вас ее явно не было.
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2700
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: рестарт частот гауссиана

Сообщение Droog_Andrey » Пт сен 30, 2016 2:33 pm

А, ну да. На домашнем же компе считал :)
2^74207281-1 is prime!

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 9 гостей