ЯМР в орг. химии. Сводный трёп.

[Jokermaniak]

Delta... ...и наконец в TopSpin (пока пускают)

Эм, ну логично, что штатные программе, предназначенная для acquisition (хз как это по-русски), имеет самый широкий функционал для обработки полученных спектров. Однако это буржуйство, ибо за цену одной копии этой программы можно весь универ в МестреНову обуть...

Да к тому же и интерфейс у них громоздкий и перегруженный, рутинную обработку в них проводить не особо приятно.

А я наоборот, более тупорылого (на мой взгляд)не видел в жизни

Есть такая вещь эргономика. Вещь в какой-то мере субъективная, но всё же не от балды определяемая. Эргономика в МНове на порядок лучше остальных, даже Топспина. Взять хотя бы количество актов, которые нужно утворить для того или иного действия. А интегрирование растягиванием - это просто гениальное изобретение (не они первые, но всё же). На порядок лучше системы с точками...

Привычка - штука сильная. Вы привыкли к старому интерфейсу, что тут поделаешь. Я (скорее всего) моложе, поэтому сумел побороть привычку, и теперь вижу, что эффективность работы в МНове намного выше...

[Cherep]

Интерфейс и эрогономика -- фигня по сравнению с processing. И aquisition тут непричём
А когда видишь двумерник, который тебе суют необработаным, вытаскиваешь из его параметров либо название эксперимента, либо импульсную последовательность, потом затягиваешься "200 and more NMR experiments" и видишь там только инструкцию, как настраивать процессинг в брюкеровском софте.... а хуже того, не находишь нужных преобразований в наборе из тойже местреновы (если оно там есть вообще)... в ACD этого вообще не было.

А фазирование двумерников? Что, в МНове есть? В Delta был не хуже организован, чем в брюкеровских приблудах, кстате.

да фиолетово мне на интерфейс после этого. И не вижу причин считать его неудобным в топспине, хотя в XWinNMR было лучше, как по мне.

[Jokermaniak]

Интерфейс и эрогономика -- фигня по сравнению с processing. И aquisition тут непричём

Ещё как причем. Аутентичные проги к приборам в 95% случаев имеют максимальный функционал, в том числе и по процессингу спектров.

Но это не означает их удобства...

А фазирование двумерников? Что, в МНове есть?

Тащемта есть

В Delta был не хуже организован, чем в брюкеровских приблудах, кстате.

Delta - официальное ПО Varian'a, поэтому ничего удивительного...

[Cherep]

картинки спектров в формат eps конвертирует?
Размер шрифта и вид шрифта для значений интегралов, пик-пикинга, параметров, заголовка, толщину линий спектра, высоту интегралов менять можно? (в смысле, на конечном рисунке)
Спектры друг на друга накладывать?
Вставлять векторные рисунки (напр. с формулой)?

[Jokermaniak]

картинки спектров в формат eps конвертирует?
Размер шрифта и вид шрифта для значений интегралов, пик-пикинга, параметров, заголовка, толщину линий спектра, высоту интегралов менять можно? (в смысле, на конечном рисунке)
Спектры друг на друга накладывать?
Вставлять векторные рисунки (напр. с формулой)?

Про первое ХЗ, никогда не надобилось. Остальное есть.

То ли Вам версия МНовы попалась какая-то триальная, то ли я уж не знаю что - Вы такие вопросы задаете, что я вообще сомневаюсь, а точно ли МНова у Вас была? В плане оформления картинки, всяких красивостей, шрифтиков-формулок, толщины спектра в МНове есть ВСЁ. В том числе многое из того, что недоступно тому же Топспину. Можно попенять ещё немного МНове про функционал для обработки всяких извращенных спектров, но возможности сделать красивый спектр там огромные, это однозначно...

Апдейт: Посмотрел, по первому пункту тоже всё ОК. Она может конвертить в добрых два десятка форматов, в том числе и .esp

[Cherep]

У меня двумерник и я хочу на всех четырёх сторонах соответсвующие одномерные спектры. Не проекции, а сами спектры. Я могу это сделать? С ругулировакой интенсивности сигналов у каждого спектра?

[Jokermaniak]

Не проекции, а сами спектры

Это как Что Вы имеете ввиду под спектром, а что - под проекцией?

[Гесс]

Решайте свои личные проблемы личными сообщениями. Сообщение удалено.

[Cherep]

Не проекции, а сами спектры

Это как Что Вы имеете ввиду под спектром, а что - под проекцией?

ну проекция... ну светишь лучом света на конус -- и бац -- на стене треугольник.
проекции всем хороши, но у них плохое разрешение. Их и TopSpin по дефолту подсовывает, (но не во "встроенном" графическом редакторе xwinplot )

[Jokermaniak]

ну проекция... ну светишь лучом света на конус -- и бац -- на стене треугольник

Ну тут всё понятно, взяли трехмерный объект, получили двумерную проекцию.

А что получается, если посветить "лучом" на двухмерную картинку одномерного спектра?

По логике вещей, если светить "перпендикулярно монитору", то получится, с точностью до афинного преобразования, то же самое. А если светить "в плоскости" монитора, то получится одномерная хреновина - отрезок.

Честно говоря, реально не врубаюсь, что Вы имеете ввиду под "проекциями". В МНове на осях нормальные одномерные спектры. Правда, я никогда не задавался целью сделать их четыре - меня и два устраивают. На этом компе у меня МНовы нет, так что проверить смогу только как в город вернусь...

[Cherep]

А откуда она знает, из какого файла брать одномерники? Я серьёзно. В топспине я отдельно указываю. И не факт, к примеру, что углеродник в предидущем эксперименте.

Про четыре спектра попробую объяснить. Допустим, COSY и пики близко друг-к другу. Распечатываю, беру карандаш.
Нахожу сверху и снизу на одномерниках нужный сигнал и рисую прямую линию по линейке. И те кросс-пики, куда линия попадает -- мои. Аналогично горизонтальную линию.

Можно, конечно, в графическом редакторе помещать "виртуальную" прямую, но тогда один хрен, для большей наглядности (лично мне) нужны одномерники по обоим бокам (или вверху и внизу).

[Jokermaniak]

А откуда она знает, из какого файла брать одномерники? Я серьёзно. В топспине я отдельно указываю. И не факт, к примеру, что углеродник в предидущем эксперименте.

А, Вы про это? Всё, понял, что за проекции. Наши их слоями или срезами называют...

В МНове есть два варианта: либо по дефолту, тогда на осях слои стоят, либо указываешь пути к одномеркам, и тогда туда встают они. Разумеется, в оригинальном разрешении и с возможностью скейла.

Про четыре спектра попробую объяснить. Допустим, COSY и пики близко друг-к другу. Распечатываю, беру карандаш.
Нахожу сверху и снизу на одномерниках нужный сигнал и рисую прямую линию по линейке. И те кросс-пики, куда линия попадает -- мои. Аналогично горизонтальную линию.

Не люблю распечатки спектров. Распечатал, а потом думаешь: "а вот тут можно попробовать апподизацией константу подцепить". И всё равно идешь обратно за комп. Или смотришь, и думаешь: "надо бы зумануть во-о-от эту область, кажется, я там сателлит видел" - и опять к компу. Да ещё и принтер, даже хороший, сглаживает, на мониторе лучше видны детали.

Можно, конечно, в графическом редакторе помещать "виртуальную" прямую, но тогда один хрен, для большей наглядности (лично мне) нужны одномерники по обоим бокам (или вверху и внизу).

Боже мой, зачем? Если есть в программе кроссхейр, который обеспечивает позиционирование с любой необходимой точностью, вплоть до шага спектра? И никаких графических редакторов, никакой макулатуры...

[Cherep]

ну кто-то бумажные книги любит.

графический редактор встроеный в пакет TopSpin имелся ввиду. Удивительно, что команда его вызывающая, а также интерфейс перекочевали из XWinNMR 1990-х годов, видимо очень удачный получился.

Разумеется, там везде есть "кроссхэйр" (фигня из двух перпендикулярных палок, перемещающаяся от мышки). Но мне лично очень удобно было проводить линии карандашом через сигналы одномерников.

Таки любопытно, даёт ли оно возможность зафигачить 4 одномерника.

[Jokermaniak]

ну кто-то бумажные книги любит

Я тоже люблю. Но книга-не спектр, к ней требования совсем другие.

То, чего не дает бумажный спектр - интерактивность. А интерактивность абсолютно необходима, кроме самых элементарных случаев. Есть много операций, которые на бумаге не сделаешь ни карандашом, ни линейкой, ни штангенциркулем...

Таки любопытно, даёт ли оно возможность зафигачить 4 одномерника.

Этой опции я там не нашел.

Однако, я ей никогда не пользовался даже в тех редакторах, где была такая возможность. ХЗ зачем оно надо - смотреть на два идентичных спектра...

[Cherep]

ну вот я и говорю, тогда мне МН не понравилась бы даже в фулл-версии. То что я видел, действительно лайт.

[Jokermaniak]

ну вот я и говорю, тогда мне МН не понравилась бы даже в фулл-версии. То что я видел, действительно лайт.

Вам настолько важно наличие четырех спектров, что отсутствия этого хватает, чтобы программа не понравилась? Привередливый Вы, однако...

[Cherep]

Какой есть. Я ведь тоже мог бы покрутить пальцем у виска по поводу охоты за саттелитами и константами (КССВ ?) (кстате, какие математические операции над FID позволяет эта MN, кроме exponential multiplication ?), но не сделал этого, потомучто в моей области они нафиг не нужны, а про вашу я ничего не знаю.

Во вторых -- переход на личности.

В третьих, я не настаиваю делать как я[cut], использовать TopSpin, снимать спектры, заниматься наукой, сидеть на форуме, пить чай и кушать хлеб.[/cut]

Кроме того, я не призываю распечатывать каждый спектр. Речь шла о неких корреляциях, где на бумаге карандашом можно было оставлять свои мысли. Мне показалось это удобным 15 лет назад и xwinplot умел выдавать нужную мне картинку.

[cut]Mestrec тогда вообще не апдэйтился года с 2001 или чуть раньше, ЕМНИП, а когда они родили что-то коммерческое (ближе к 2006му году) один только дефолтный угрёбишный дизайн (жёлтая линия спектра на фиолетовом чтоли фоне) вызвали у меня панику и отвращение. Двумерники от брукера оно вообще не открывало (ser файлы). На этом я с ней попрощался.[/cut]

В четвёртых, я всё-таки доберусь до ребят, кто эту NM купил и опробую сам.

[Jokermaniak]

Я ведь тоже мог бы покрутить пальцем у виска по поводу охоты за саттелитами

А это не просто спортивная охота, это суровая необходимость. Ну вот есть у Вас, допустим, диэтиловый эфир N-гексилазиридин-2,3-дикарбоновой кислоты. Как определить относительную конфигурацию? Монокристалл получить - гыгыгы, я хочу посмотреть на того, кто это осилит. Остается только КССВ саттелитов.

Или синтезировали мы порфириновую пентаду, и хотим узнать характер замещения порфиринового ядра - а пиррольная область представляет из себя густую берёзовую рощу, сплошь из систем второго порядка. И чтобы вычленить оттуда хоть какие-то константы (я уж не говорю про выделить целиком паттерн), надо очень долго дрючить спектр во все поля.

Или с фторпирролами тоже фокусы бывают, порой далеко не сразу понятно, что этот красивый дублет - нифига не дублет, а хитровыделанная система второго порядка.

Mestrec тогда вообще не апдэйтился года с 2001 или чуть раньше, ЕМНИП, а когда они родили что-то коммерческое (ближе к 2006му году) один только дефолтный угрёбишный дизайн (жёлтая линия спектра на фиолетовом чтоли фоне) вызвали у меня панику и отвращение. Двумерники от брукера оно вообще не открывало (ser файлы). На этом я с ней попрощался.

Многие мои коллеги тоже долго не хотели работать в МНове, ибо считали (видимо, из-за схожести названий) её чем-то вроде Местрека. А вот нифига, это принципиально разные продукты, и производители у них разные.

Потом, когда я всё-таки сажал их за комп с МНовой, они уже не хотели с него слезать...

кстате, какие математические операции над FID позволяет эта MN, кроме exponential multiplication

Отвечу скриншотом:

[cut]

MNova.JPG

[/cut]

И это только апподизация, там, разумеется, и всё остальное есть:

[cut]

MNova2.jpg

[/cut]

[Sergey_1965]

Как определить относительную конфигурацию? Монокристалл получить - гыгыгы, я хочу посмотреть на того, кто это осилит.

Структуру сделать с органики на нынешних приборах - это вопрос 1) желания 2) хороших рук и глаз и 3) времени - 2 часа, день, неделю или две. Ну и соотнесения трудозатрат с результатом - в смысле где публиковать собираетесь нобелевку, на которую ушли 2 недели съёмок на DUO :) А ЯМР штука замечательная во всех отношениях, но если есть хотя-бы 10 мкм кристалл чего-то совсем нового, то нужно делать структуру и соотносить её с ЯМР.

[Jokermaniak]

если есть хотя-бы 10 мкм кристалл чего-то совсем нового, то нужно делать структуру и соотносить её с ЯМР.

А если вещество всё в алкилах и не образует кристаллической фазы чисто термодинамически? Растить в криостате? Да проще повеситься Сколько на это времени положишь - неизвестно.

РСА - это лом, против которого нет приема. Но нет смысла этим ломом размахивать почем зря - он всё же тяжелый. В большинстве случаев обойтись можно и без рентгена. И не просто можно, а нужно - заодно и головой иногда подумаешь, а то больно редко это делать надо в современной химии - всё на блюдечках да с голубыми каемочками...