Распределение электронной плотности!

[sanya1024]

Да Вы бы на схему уровней глянули, сразу бы все и увидели: занятые орбитали внизу, HOMO (Highest Occupied MO) -- самая верхняя из них, вакантные вверху, LUMO (Lowest Occupied MO) из них самая низшая. Между HOMO и LUMO щель. Как получить величину щели? Из ее верхней границы вычесть нижнюю. Это ведь даже не квантовая химия...

[Гесс]

у вас очепятка: unoccupied.
по теме мне сказать нечего.
Ну разве что могу потрындеть что само понятие незанятой орбитали невсегда понятно. Я слушал интересную трактовку что пока нет электрона орбитали несуществует, а когда он появляется она уже не Лумо.

[sanya1024]

Да, sorry. Вечер уже, однако -- вот и очепятки.

[AlexKsen]

А как энергетическая щель между граничными орбиталями влияет на флуорисценцию соединений?

[sanya1024]

Читайте учебник. Ну правда, почитайте, половина вопросов отпадет сама собой.

[EvgeniX]

"А как читать учебники?"

[AlexKsen]

Спасибо всем за помощь!

[Tasha]

Реанимирую тему, т.к. возникла насущная необходимость из файлов .cube получить распределение электронной плотности, но не в виде сфер (gaussview), а в виде колонки "чисел". К сожалению, с гауссианом дела прежде не имела, поэтому не представляю, где бы это могло бы быть и как это можно было бы сделать. Книжки Бутырской смотрела, но ответа не нашла. Заранее благодарна.

[alxyppv]

не совсем понятно, а что за цифры должны быть в колонке? Cube файл - на самом деле просто ASCII файл со значениями электронной плотности (или любой другой 3D функции) на попределенной пространственной сетке. Если в колонке Вам нужны значения в пределенных точках - то Вам просто надо из cube файла их вытащить (ну немного повозиться с синтасисом записи данных в cube)

[Tasha]

Надо какой-то разумный эквивалент электронной плотности на атоме, мне кажется. что это должно быть что-то аналогичное интегралу по сфере вокруг атома. Насчет повозиться с синтаксисом, то я бы ада, если бы знала как, поэтому и прошу помощи, чтобы рассказали где это лежит и в какой форме записано, или может быть есть какая-то программа, которая это умеет делать в автоматическом режиме, то это тоже очень приветствуется.

[Гесс]

Надо какой-то разумный эквивалент электронной плотности на атоме, мне кажется. что это должно быть что-то аналогичное интегралу по сфере вокруг атома. Насчет повозиться с синтаксисом, то я бы ада, если бы знала как, поэтому и прошу помощи, чтобы рассказали где это лежит и в какой форме записано, или может быть есть какая-то программа, которая это умеет делать в автоматическом режиме, то это тоже очень приветствуется.

То есть если я правильно понимаю, вы хотите просуммировать все значения электронной плотности (которые в узлах сетки, cube который от density) внутри сферы описанной с некоторым диаметром вокруг атома. Это однако надо матеро скриптовать.
.надо выяснить с каким шагом идет сетка
.из синткасиса переформатировать куб в трехмерную матрицу причем каждый элемент матрицы (значение в узле сетки) должен быть напрямую завязан с координатами этого узла.
.дальше надо определить диаметр шара внутренности которого вы хотите суммировать
.и определить по (Δх)²+(Δy)²+(Δz)²<R² какие узлы расположены внутри шара (этот участок вместе со следующим итеративно для каждого атома, по сути в него заранее заложена идея говнокода, поскольку придется надцать раз проверять все элементы матрицы, улучшить этот участок можно если перед ним выгрызти из общей трехмерной матрицы меньшую трехмерную, в пределах [X-R;X+R], [Y-R;Y+R], [Z-R;Z+R], X,Y,Z - координаты атома, Δх - разность координаты атома и рассматриваемого узла).
.просуммировать значения элементов отобранных на прошлом шаге (оба шага включаются в один цикл).

Я такое скриптовать не возьмусь.

[alxyppv]

черт! писал писал ответ, а он исчез... Вкратце - для работы с кубом годится:
Bader code http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/code/bader/

но сетку нужно очень частую делать, иначе большие ошибки интегрирования плотности вблизи ядра, особенно для тежелых атомов

Другой вариант - аналитическое интегрирование. AimAll (http://aim.tkgristmill.com/). Точно, но может быть очень медленно

[Tasha]

А.П., Гесс, спасибо за продуктивную помощь.
Насчет платной программы, которая медленно, но верно, AimAll, а есть ли какой-то вариант с лечением?

[alxyppv]

AimAll: эх, все это было расписано в исчезнувшем ответе...
На самом деле в AimAll платный только графический интерфейс. Ну, чтобы красивые картинки рисовать как у них на сайте. Ну и для нормального распараллеливания тоде нужна платная версия. Основной же функционал - бесплатный. Т.е. чтобы делать QTAIM анализ и считать заряды на атомах платная версия не нужна

[alxyppv]

если Вы занимаетесь органикой и у вас нет тяжелых атомов, то в принципе и Bader code даст нормальные результаты. Надо просто cube делать с частой сеткой (фалы должны быть персу сотен Мб или больше)

[Tasha]

Маленькая органика (до 15 атомов, включая водород). Какая точность должна быть у сетки (по умолчанию, кажется 80^3)?

[alxyppv]

ну, с такими размерами и AIMAll быстро посчитает. Но если все-таки Bader, то я бы брал 200^3. Наиболее простой критерий того, что сетка нормальная - сумма интегралов по всем атомам должна быть равна числу электронов в молекуле

[Гесс]

На крупнейшем торренте был ломаный старый AiMAll кажется десятой версии, можно ставить в соседнюю папку с бесплатным последней версии.
Кроме того есть еще AIM2000.
В чем разница я не помню, юзал давно и всего несколько раз. VTur должен знать подробности.

[VTur]

AimAll удобнее. Особенно последние версии. Можно вспомнить еще Morphy 98 и его клоны. Но все они базируются на Бейдеровской модели.
Cube файл и есть распределение электронной плотности в виде столбца чисел.
Возможно Вам нужны интегральные параметры? Интегралы по бассейнам?

[ Post made via Android ]

[Tasha]

Спасибо всем откликнувшимся.
Вопрос по выдаче программы bader.
В ACF файле идет колонка "заряд", как я понимаю это и есть вожделенная интегральная электронная плотность на некоторых атомах, тогда в системе из 80 электронов, программа нашла только 60. Как мне кажется, это не совсем тот результат, который должен быть. Увеличить сетку? На 200^3, a 300^3?