Быстрое фильтрование на Бюхнере (без пересушивания). Досушивание в вакуум-эксикаторе при постоянной откачке. Получали сухой метилат без метанола, как раз для очень капризных (к наличию метанола и щелочи реакций). Обходились без боксов и пр. (Как давно это было...)
Только не на Бюхнере! Подозреваю, что по части чувствительности реакции к щёлочи Вам-таки повезло
Или отфуговать при небольших оборотах, или использовать Simax-овый кран с впаяным шоттом (№3) для перефильтровывания из колбы в колбу, позволяющий потом впустить в колбу с осадком сухой газ.
На самом деле, нужно преверить, нужно ли это на самом деле (именно сухой, а не в гелеобразном состоянии). Провести реакцию и так и так. Далее я использую в качестве растворителя бензол (разумеется в нём метилат нерастворим). При этом получается один продукт. Если проводить в метаноле - другой продукт. Бывает.
Лично я бензол недолюбливаю после того, как оказалось, что мои реакции, которые в бензоле упорно не шли, при переходе к дихлорметану или ацетонитрилу проходили с количественным выходом. Правда, это было электрофильное присоединение к тройной связи.
Если бензол неотвратимо важен в твоём случае, воспользуйся тем, что он образует азеотроп с метанолом 60/40 (см. Гордона-Форда). ИМХО, после добавления к метанольному раствору 3-4 объёмов бензола и упаривания этой гетерогенной смеси на роторном испарителе, метанола там ОСТАТЬСЯ НЕ ДОЛЖНО. В крайнем случае (для самоуспокоения) повтори упаривание со свежим бензолом и не бойся геля. У твёрдой трухи (так выглядит свежевскрытый фирменный метилат), к которой мы стремимся, поверхность маленькая и реагировать он будет
неэффективно (разве что с сильной кислотой). А гель в бензоле - это вещь серьёзная!
Ещё чертовски подозрительно, что при смене растворителя получается другой продукт... Или ты имел в виду
преимущественно другой продукт? М.б. в метаноле ты видишь натриевое производное/продукт омыления.
Засыпал в сухой эфир кусочки натрия, добавлял сухого метанола. Реакция шла плохо, но метилат образовывался в виде белого порошка. Затем колбу к водострую и умеренное нагревание, (естественно, позаботясь о непроникновении водяных паров) и эфир и остатки метанола перегонял в раковину. 
Досушивал в эксикаторе. Вскрывал правда в сухом боксе, чтобы выловить кусочки непрореагировавшено натрия 
Мы его используем килограммами. Если бываете в Киеве могу отсыпать грамм пиЦЦот на благо науки.