Еще раз о Z-Matrix

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
shvalbe
Сообщения: 243
Зарегистрирован: Пт фев 26, 2010 1:39 am

Re: Еще раз о Z-Matrix

Сообщение shvalbe » Вс ноя 18, 2012 1:31 am

Лечащий Врач писал(а):Швальбе, так, как вам хотите, тут не помогут.

Вам бы помогло правильное научное руководство, но обратите внимание: все люди, работающие со студентами, уже в разных формах вам написали, что с вами в качестве студента работать бы не стали.
По крайней мере хорошо, что есть ясность - да, мне нужно чтобы мне помогли в рамках моей задачи (об этом я, кстати, писал чуть не с первого поста) и руководитель у меня такой, какой есть. У семи нянек дитя без глазу - а я не могу осослать ее переговорить со всеми вами, что было бы, конечно, полезно для всех. Дипломная работа во все времена глобальных задач не носила и если я за ее время хорошо освоюсь хотя бы с тем что есть, то в будущем могу понимать и предлагать больше, чем сейчас. Но всему свое время. А насчет "не помогут" - вот кластер от amge посмотрите, он сделал именно то, что мы хотим.
Лечащий Врач писал(а): а в том, что как-нибудь вы его посчитаете рано или поздно, я уверен — ну, если, конечно, руководителю не совсем пофиг :)
Ох, мы там добалуемся
Ох мы доизвлекаемся...
Последний раз редактировалось shvalbe Вс ноя 18, 2012 2:47 am, всего редактировалось 2 раза.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Еще раз о Z-Matrix

Сообщение Shorku » Вс ноя 18, 2012 2:20 am

http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_opt.htm
тут есть и про то, как замораживать координаты, длины связей и т.п. не прибегая к z-матрице
если после прочтения мануала не возникает ясного представления, как сделать ту или иную вещь, надо взять простой тестовый файл с каким-нибудь метаном и поиграться с опциями до достижения нужного результата.

Вообще, в этих ваших интернетах есть простой принцип rtfm. Очень советую наряду с бритвой Оккама

И да, тыкаться полезно при условии, что руководитель не мешает, но предупреждает об уже известных граблях. Результаты тыканий частенько попадают потом в учебники, ну или хотя бы печатаются в нормальных журналах)
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
shvalbe
Сообщения: 243
Зарегистрирован: Пт фев 26, 2010 1:39 am

Re: Еще раз о Z-Matrix

Сообщение shvalbe » Вс ноя 18, 2012 2:26 am

Спасибо, почитаю. Просто руководитель лично нашла и дала текст, где это описывается в Molden.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Еще раз о Z-Matrix

Сообщение Гесс » Вс ноя 18, 2012 2:42 am

В отношении RTFM есть некоторый нюанс.
В ветку помощь в решении задач часто приходят люди чей вопрос тупо гуглится.
А когда на сервере падает задача она зачастую дает такой аутпут или эррор что его хочется обнять и плакать и формулируется вопрос тогда "почему у меня не работает???". То ли задача не смогла раниться на конкретной ноде и ее надо рестартануть, то ли у сервера внутренние проблемы с самим сосбой, то ли в инпуте потерялся важный кейворд, то ли траблы с геометрией, это не рассматривая быстро отлавливаемых вариантов с "неправильно прописаны пути к проге"и "истекла лицензия".
А RTFM подразумевает что сперва надо прочесть мануальчик страниц так на 900, в котором вполне может и не быть обьяснения почему возникла эта ошибка.

У меня возникает ассоцивция с начинающим рыбаком который пришел на берег ловить карасей, а у него не клюет. Ему не надо чтобы рыбу за него поймали. Но он просто не знает каким боком крепить поплавок, что карасей на блесну не ловят и приходить надо не в 2 часа дня. А мануалами у него "Животный мир России", "Энциклопедия аквариумиста", "Рыбы мирового океана" и "Лов на мормышку, вопросы и ответы". Информации море, а выловить в ней ответ на вопрос "почему не клюет" - шанс призрачный.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Еще раз о Z-Matrix

Сообщение Shorku » Вс ноя 18, 2012 2:59 am

Гесс писал(а):В отношении RTFM есть некоторый нюанс.
В ветку помощь в решении задач часто приходят люди чей вопрос тупо гуглится.
А когда на сервере падает задача она зачастую дает такой аутпут или эррор что его хочется обнять и плакать и формулируется вопрос тогда "почему у меня не работает???". То ли задача не смогла раниться на конкретной ноде и ее надо рестартануть, то ли у сервера внутренние проблемы с самим сосбой, то ли в инпуте потерялся важный кейворд, то ли траблы с геометрией, это не рассматривая быстро отлавливаемых вариантов с "неправильно прописаны пути к проге"и "истекла лицензия".
А RTFM подразумевает что сперва надо прочесть мануальчик страниц так на 900, в котором вполне может и не быть обьяснения почему возникла эта ошибка.

У меня возникает ассоцивция с начинающим рыбаком который пришел на берег ловить карасей, а у него не клюет. Ему не надо чтобы рыбу за него поймали. Но он просто не знает каким боком крепить поплавок, что карасей на блесну не ловят и приходить надо не в 2 часа дня. А мануалами у него "Животный мир России", "Энциклопедия аквариумиста", "Рыбы мирового океана" и "Лов на мормышку, вопросы и ответы". Информации море, а выловить в ней ответ на вопрос "почему не клюет" - шанс призрачный.
многие вопросы попросту снимаются после прочтения параграфа мануала, посвященного нужной задаче просто потому, что, как было написано на первых станицах инструкции к CPMD, логика программиста может не совпадать с вашей (или логикой других программистов, писавших другие пакеты) и это надо просто принять как данность. сам не раз наступал на эти грабли: полдня тупежки и гугла, а потом взгляд в мануал, где, оказывается, отдельно сказано, как делать не надо, и как надо.
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Еще раз о Z-Matrix

Сообщение amge » Вс ноя 18, 2012 11:35 am

Ferom писал(а): та же причина, по которой ... не получалась идеальная пирамида и рвались связи, возникнет при оптимизации, и оптимизация прервется из-за превышения градиента.
Совершенно верно. И мне тоже кажется, что оптимизация в координатах z-матрицы чревата осложнениями. И в данном случае не вижу способа построить так называемую "хорошую" z-матрицу - слишком много циклов. internal coordinates - infernal coordinates :)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Еще раз о Z-Matrix

Сообщение amge » Вс ноя 18, 2012 11:57 am

Гесс писал(а):
Ferom писал(а): ...та же причина, по которой у него не получалась идеальная пирамида и рвались связи, возникнет при оптимизации, и оптимизация прервется из-за превышения градиента...
Может я чего не понимаю, но мне думается что может и не прерваться. Amge в соседней теме вон чтото посчитал. Ну да, оно конечно невыгодное, но рассчет то не рухнул. Отогнуть водороды на плохие углы - это еще не убить рассчет. Еще раз вспомню in-adamantane.
Но я считал не в координатах z-матрицы, а в DLC! А в z-матрице от ТС достаточно ошибки диэдрального угла 0.03 гр., и циклы уже рвутся. internal coordinates - infernal coordinates :)

Аватара пользователя
shvalbe
Сообщения: 243
Зарегистрирован: Пт фев 26, 2010 1:39 am

Re: Еще раз о Z-Matrix

Сообщение shvalbe » Вс ноя 18, 2012 7:33 pm

Матрица с 216 атомами углерода нормально оптимизировалась на PM3 и PM6, там отклонения дигедрального угла составляли до нескольких градусов - как в моем исходном файле. Самую же большую матрицу и не планируется оптимизировать полностью, нижние слои будут зафиксированы, нужна поверхность.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Еще раз о Z-Matrix

Сообщение amge » Вт ноя 20, 2012 7:42 am

shvalbe писал(а):Матрица с 216 атомами углерода нормально оптимизировалась
А Вы уверены, что оптимизация велась именно в координатах z-матрицы? При беглом чтении мануала гауссиана с удивлением обнаружил, что теперь в нем даже возможность этого не предусмотрена. В гауссиане давным-давно реализованы и используются по умолчанию очень эффективные избыточные координаты Pulay'а (как и в DLC, оптимизируемыми параметрами являются не сами внутренние координаты, а их линейные комбинации, сконструированные так, чтобы не быть сильно связанными). А раз так, то нет абсолютно никакой разницы, в каком виде задавать начальную геометрию. Будь то z-матрица или декартовы координаты, единственное их предназначение в инпуте - задать, как атомы исходной структуры расположены относительно друг друга.
Последний раз редактировалось amge Вт ноя 20, 2012 7:47 am, всего редактировалось 1 раз.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Еще раз о Z-Matrix

Сообщение VTur » Вт ноя 20, 2012 7:45 am

В z-матрице удобнее задавать симметрию или определять одинаковую длину связи или угол для разных частей молекулы. В декартовых координатах это сделать проблематично
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Еще раз о Z-Matrix

Сообщение sanya1024 » Вт ноя 20, 2012 9:19 am

Спасибо, Кэп.
В декартовых координатах в Гамессе или в Гауссиане задается только уникальная (размножаемая по симметрии) часть молекулы (symmetry unique atoms), сориентированная определенным образом относительно осей координат в соответствии с принятыми в программе соглашениями (см. мануалы). В некоторых случаях программа (например, препроцессор Турбомоля) сама может определить симметрию молекулы в пределах заданной погрешности и "почистить" ее, или это делается визуализатором (ChemCraft-ом, например). Более того, симметрия так или иначе учитывается при построении DLC. Так что убиваться из-за Z-матриц -- это реально прошлый век.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
shvalbe
Сообщения: 243
Зарегистрирован: Пт фев 26, 2010 1:39 am

Re: Еще раз о Z-Matrix

Сообщение shvalbe » Вт ноя 20, 2012 1:47 pm

amge писал(а):А Вы уверены, что оптимизация велась именно в координатах z-матрицы?
Именно С-216 делал в декартовых, но до того небольшие кластеры оптимизировал и в z-matrix.
Последний раз редактировалось shvalbe Вт ноя 20, 2012 1:55 pm, всего редактировалось 1 раз.

Аватара пользователя
shvalbe
Сообщения: 243
Зарегистрирован: Пт фев 26, 2010 1:39 am

Re: Еще раз о Z-Matrix

Сообщение shvalbe » Вт ноя 20, 2012 1:55 pm

sanya1024 писал(а):Так что убиваться из-за Z-матриц -- это реально прошлый век.
Да не убиваемся мы, конвертация занимает минуту. Кстати, в С-216 симметрию я указывал и в исходном .com-файле с пом. ключа SYMM(Loose) - подсказка администратора. Оптимизация ускорилась довольно существенно. Правда, в этом случае вроде как оптимизацию не совместить с частотным расчетом, последний надо делать отдельно.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Еще раз о Z-Matrix

Сообщение sanya1024 » Вт ноя 20, 2012 2:42 pm

Конвертация -- кого-чего? декартовых координат в Z-матрицу? а потом Гауссиан будет переконвертировать эту Z-матрицу в нормальные делокализованные координаты, в к-рых он собс-но и работает? а зачем? дайте ему сразу декартовы, ему не сложно и из декартовых сделать -- а Вам существенное облегчение. Написать скрипт, размножающий в 3 направлениях на заданное расстояние декартовы координаты заданного фрагмента -- просто. Гораздо проще, чем уродоваться с этой чертовой Z-матрицей.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: Еще раз о Z-Matrix

Сообщение Yu/2 » Вт ноя 20, 2012 2:51 pm

sanya1024 писал(а):Спасибо, Кэп.
В декартовых координатах в Гамессе или в Гауссиане задается только уникальная (размножаемая по симметрии) часть молекулы (symmetry unique atoms), сориентированная определенным образом относительно осей координат в соответствии с принятыми в программе соглашениями (см. мануалы). В некоторых случаях программа (например, препроцессор Турбомоля) сама может определить симметрию молекулы в пределах заданной погрешности и "почистить" ее, или это делается визуализатором (ChemCraft-ом, например). Более того, симметрия так или иначе учитывается при построении DLC. Так что убиваться из-за Z-матриц -- это реально прошлый век.
В Гауссиане по умолчанию задаются все координаты, ориентация не важна. Z-матрицы все-таки полезны, если нужно тонко управлять геометрией с помощью мнимых атомов, т.е. контролировать _не_натуральные_ геометрические параметры. А так да, если просто оптимизировать, то избыточные внутренние координаты работают чаще всего лучше == за меньшее число шагов сходится задача, что есть важно, ибо градиент дорогой.

Еще, тут кто-то писал что вроде больше нельзя в гауссиане оптимизировать в координатах z-матрицы. Можно: Opt=Z-matrix

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Еще раз о Z-Matrix

Сообщение Гесс » Вт ноя 20, 2012 3:12 pm

Че то я совсем понимать перестаю.
Да, Opt=Z-matrix работает отлично, я его пользовал когда оптимизировал молекулу с несколькими мнимыми атомами которые помогали выставить нужный атом на нужную позицию (делалось сканирование с ограничением оптимизации по 1 координате относительно остальной молекулы).
То что симметрия ускоряет оптимизацию - логично, ибо считается в несколько раз меньше атомов.
Но насколько корректно силовое задание симметри? Оно из нее вывалиться не пытается? NImag там какой?
Зачем делать мелкие z-матриксовые кластеры если потом переходить к большим декартовым?

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: Еще раз о Z-Matrix

Сообщение Yu/2 » Вт ноя 20, 2012 3:37 pm

Гесс писал(а):Че то я совсем понимать перестаю.
Да, Opt=Z-matrix работает отлично, я его пользовал когда оптимизировал молекулу с несколькими мнимыми атомами которые помогали выставить нужный атом на нужную позицию (делалось сканирование с ограничением оптимизации по 1 координате относительно остальной молекулы).
То что симметрия ускоряет оптимизацию - логично, ибо считается в несколько раз меньше атомов.
Но насколько корректно силовое задание симметри? Оно из нее вывалиться не пытается? NImag там какой?
Зачем делать мелкие z-матриксовые кластеры если потом переходить к большим декартовым?
В случае большого кластера, если он _весь_ высокосимметричный и полностью описывается всего несколькими геом. параметрами, то для быстроты и устойчивости разумнее всего применить z-матрицу. Скрипт там писать или руками. Тут уже была тема, когда гауссиан не мог оптимизировать пару тысяч геом параметров в избыточных внутренних, тогда как реально вся геометрия (высокосимметричная) задавалась в принципе парой параметров. Понятно, что если симметрию намертво "зашить" в z-матрицу, то без расчет гессиана нельзя быть уверенным, что оптимизированная структура соответствует минимуму в полной системе координат. Тут уж каждый сам решает, что и почему он делает.

По делу, топикстартеру:
Но все равно, чаще всего в простых задачах разумно начинать считать в избыточных внутренних и задавать в тех координатах, которые быстрее и легче получить.

Аватара пользователя
shvalbe
Сообщения: 243
Зарегистрирован: Пт фев 26, 2010 1:39 am

Re: Еще раз о Z-Matrix

Сообщение shvalbe » Вт ноя 20, 2012 5:23 pm

Гесс писал(а):Зачем делать мелкие z-матриксовые кластеры если потом переходить к большим декартовым?
Они просто для пробы в Z-Matrix были посчитаны - смотрел, есть ли разница при составлении исходного .com-файла и в результате. На Z-Matrix шефиня, возможно, больше упирала, ибо хотела от меня скрипт по составлению большого кластера - а в этом случае увидеть зависимость в Z-матрице (или отредактировать построенное руками в Chem3D до идеала, как было у меня) куда проще. Если нет проблем с заморозкой слоев в декартовых координатах, то дальше можно работать и в них.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Еще раз о Z-Matrix

Сообщение sanya1024 » Вт ноя 20, 2012 5:25 pm

Конечно нет таких проблем. Это даже проще, просто нужно посмотреть мануал.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Еще раз о Z-Matrix

Сообщение VTur » Вт ноя 20, 2012 7:31 pm

Пожалуйста.
Кроме того Z-Matrix полезна для уменьшения числа степеней свободы во внутренних координатах. При пересчете во внутренние оптимизатор начинает часть внутренних координат двигать и изменять согласованно
После отстоя требуйте долива

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 37 гостей