Prediction of Activity Spectra for Substances

[Jekson2007]

Как нужно рисовать формулу соли что бы ее пропустить через PASS, в моем случае рисую морфолиниевую соль любой кислоты и ничего. Помогите!

[Marxist]

А зачем вы рисуете морфолиниевые соли? Чего вы хотите таким образом добиться?

Вообще-то противоионы надо обрезать и рисовать нужную молекулу либо в виде иона, либо в нейтральном виде (в мануале на этот счёт обычно пишется, в каком именно виде рекомендуется).

[Jekson2007]

Морфолиниевые соли обычно обладают высокой биологической активностью в отличии от солей щелочных металов или каких либо других

[Nickolas]

Морфолиниевые соли обычно обладают высокой биологической активностью в отличии от солей щелочных металов или каких либо других

Это заблуждение. В тканях организма соль диссоциирует и уже ионы действуют на мишени сами по себе.

[avor]

Это заблуждение. В тканях организма соль диссоциирует и уже ионы действуют на мишени сами по себе.

А как же доставка иона до мишени? Никак не сказывается на биологической активности?

[Jekson2007]

Морфолиниевые соли обычно обладают высокой биологической активностью в отличии от солей щелочных металов или каких либо других

Это заблуждение. В тканях организма соль диссоциирует и уже ионы действуют на мишени сами по себе.

В эксперименте в большинстве случаев среди солей одной и той же кислоты эффективнее всего оказывается морфолиниевая соль или (пипиридиниевая)

[Marxist]

И что? Как это влияет на тип биологической активности, проявляемой кислотой?

[Nickolas]

Это заблуждение. В тканях организма соль диссоциирует и уже ионы действуют на мишени сами по себе.

А как же доставка иона до мишени? Никак не сказывается на биологической активности?

Сказывается, кнчно. Но при чем тут противоион-морфолин?

[avor]

И что? Как это влияет на тип биологической активности, проявляемой кислотой?

На тип(механизм) по идее - нет, но на величину эффективной дозы влияет, а величина эффективной дозы есть один из селектирующий критериев активности. Так что вопрос философский, но в некотором смысле это проблема.

[avor]

Сказывается, кнчно. Но при чем тут противоион-морфолин?

При том, что природа противоиона сильно влияет на растворимость и диффузию в воде и липидных слоях. А следовательно и на доставку молекулы к мишени.

[Nickolas]

И что? Как это влияет на тип биологической активности, проявляемой кислотой?

У меня есть пара догадок (если такое явление действительно имеет место, а не является ошибкой):

Первая: среди исследованных противоионов они были самые легкие и исследователи не сделали пересчет

Вторая: амины каким-то образом влияют на фармакокинетику этих активных кислот. Или что-то в этом роде..

[Nickolas]

При том, что природа противоиона сильно влияет на растворимость и диффузию в воде и липидных слоях

Если ионы хорошо диссоциируют, а это как я понимаю именно этот случай, то они "разбегаются" в организме, связываясь с белками.. И тут уже не имеет значения, что там был за противоион при условии, что он сам не активен особо

[Marxist]

На тип(механизм) по идее - нет, но на величину эффективной дозы влияет, а величина эффективной дозы есть один из селектирующий критериев активности.

Дык вопрос-то про конкретный PASS. Разумеется, там противоион никак не учитывается. Ещё стоит учесть, что до сих пор далеко не для всех даже лекарственных препаратов известны все мишени. Опять же, к PASS, ЕМНИП, вопрос с дозами и фармакокинетикой не имеет никакого отношения.

Так что вопрос философский, но в некотором смысле это проблема.

Это проблема, ПМСМ, вторая

амины каким-то образом влияют на фармакокинетику этих активных кислот

Предсказание активности и предсказание фармакокинетики -- две никоим образом не связанные друг с другом задачи.

[avor]

Предсказание активности и предсказание фармакокинетики -- две никоим образом не связанные друг с другом задачи.

Вопрос определений, а значит философский.
Классический Ганч распределение октанол/вода учитывает.

--Если ионы хорошо диссоциируют, а это как я понимаю именно этот случай, то они "разбегаются" в организме, связываясь с белками.

Вы идеализируете, почему вы решили, что это именно тот случай.

[Marxist]

Классический Ганч распределение октанол/вода учитывает.

Это обычно не на конкретную мишень, опять же.

[Nickolas]

В эксперименте в большинстве случаев среди солей одной и той же кислоты эффективнее всего оказывается морфолиниевая соль или (пипиридиниевая)

Уважаемый топикстартер, а можно ссылку на литературу по данному вопросу? Может я не понял чего...

[Vanya Ivanov]

Вопрос имеет определенный смысл, но не совсем корректно задан.

Каждое вещество имеет несколько мишеней в организме, количество этих мишеней различно, различны и эффекты.
Пример: аспирин в низких дозах (1/4 таб. 0,25) ингибирует биосинтез тромбоксанов - эффект снижение свертываемости крови, в нормальной дозе 1 таб. - ингибирует биосинтез целого ряда простагландинов - эффект снижение воспалительных реакций (боль, температура, отек), в высокой дозе - нарушение слизистой и т.п.
Фармакокинетика все это время работает.
Капсулы с микрогранулами аспирина 0,125 работает так же как и целая таблетка за счет скорости всасывания.
Соли часто меняют фармакокинетику - меняют иногда и конечный эффект.
В системе фермент - буфер - маленькая молекула: эффект соли практически равен нулю (если это не критические вопросы растворимости). В более сложных системах эффект соли должен быть учтен (один из компонентов соли должен быть максимально индиферентен, либо активность его должна учитываться отдельно, а затем суммарный эффект).

Извините за ликбез - это основы биофармацевтики - 5 курс фарм фака. Биофармацевтика возникла на стыке технологии лек форм (капсулы, таблетки, инфузионные растворы и тд и тп), фармакологии и медицинской химии в конце 60-х.

PASS учитывает многие ИЗВЕСТНЫЕ эффекты "фармакофоров" (извините за упрощение). Вероятно автор вопроса не совсем понимает что ему надо. Кислота имее свои эффекты, а морфолин свои собственные. Какие из них проявятся, а какие нет, при совместном применении программа не предсказывает. Эффекты комбинации субстанций в общих вопросах описывает часть биоинформатики.
Таким образом - вопрос правильный, но он не по адресу.
Докапался пьяный до телевизора: "Давай споем..."

[Любитель_Манниха]

Извините за ликбез - это основы биофармацевтики - 5 курс фарм фака. Биофармацевтика возникла на стыке технологии лек форм (капсулы, таблетки, инфузионные растворы и тд и тп), фармакологии и медицинской химии в конце 60-х.

Коллега, хорошую лит-ру уровня ликбеза по этому вопросу порекомендовать можете?

Я как-то рисовал в PASS орг. молекулу, а рядом катион- типа комплекс, она чё-то предсказывало

[Nickolas]

Ликбез от классиков:

"Вследствие полной ионизации солей их биологические свойства определяются свойствами ионов, из которых они состоят. Так, например, физиологическое действие хлористого кальция не в чем не отличается от действия, свойственного ионам кальйция и ионам хлора. Однако это оказывается неверным в тех случаях, когда соль образована слабой кислотой или слабым основанием, ибо тогда вследствие гидролиза высвобождается большее или меньшее количество незаряженных молекул, биологическое действие которых суммируется с эффектом, вызванным ионами.
Биологи часто забывают о том, что физиологическое действие соли не может быть ни больше, ни меньше, чем действие суммы ее ионов. Например Хата [658] проверял на мышах токсичность 3,6-диамино-10-метилакридинийхлорида и соответственно иодида. Он установил, что иодид в два раза слабее хлорида (сравнивалось действие равных весовых количеств). Далее, сравнение активности этих веществ при зкспериментальной стрептококковой инфекции у мышеи также показало, что иодид вдвое менее активен. Оба аниона при тех высоких разведениях, в которых они были испытаны, биологически инертны; поэтому в данных условиях биологическая активность должна быть пропорциональна количеству катионов исследуемых соединений, которые в нейтральных растворах нацело ионизованы [28]. Молекулярные веса этих соединений равны соответственно 260 и 351, так что активность иодида должна составлять 74% активности хлорида. Результаты биологических исследований соответствуют приведенному расчету, если учитывать применявшиеся разведения. Эти эксперименты дают возможность только сравнить биологическое действие катиона диаминометилакридиния и его незаряженной молекулы.
Проверялись также антибактериальные свойства сульфатов, нитратов, гидрохлоридов и гидроиодидов акридина. Как и следовало ожидать, при этом не было обнаружено никакого эффекта, который можно было бы приписать аниону [244]. Однако в статье, помещенной в Journal of Laboratory and Clinical Medicine, 1944, утверждалось, что бактериостатическое действие гидрохлорида хинакрина (мепакрип, атебрин) (8.27) на гемолитические стрептококки в 32 раза сильнее действия соответствующего лактата. Эти данные были опубликованы без всяких комментариев, в которых они, безусловно, нуждаются. ..... Этот пример иллюстрирует значение того, насколько важно знать теорию ионизации. Ясно, что при испытании лактата имела место техническая погрешность; возможно, например, что он растворился неполностью."

Э. Альберт "Избирательная токсичность", М. 1971