про пептиды

[Cherep]

А чем отличить простой белок от пептида?

[Marxist]

А чем отличить простой белок от пептида?

Чего?

[Cherep]

Чем отличается "простой белок" от пептида?

[Marxist]

Длиной. Если короткий -- пептид. Если длинный -- белок

[Cherep]

Хм... и на каком количестве аминокислот лежит граница?

[Cezar]

Пептид - это любое вещество состоящее из элементов, связанных пептидной связью. Белок - это природное соединение. Также белком иногда называют смесь, а пептид, обычно, индивидуальное соединение. Например, bovine serum albumine - это не индивидуальное соединение, это белок, но пептидом его называть нехорошо. Также белками, обычно, не называют синтетические петиды, даже очень длинные. Еще слово "протеин" есть.

[Marxist]

Слово "протеин" относится к жаргону, а в научной терминологии используется только как корень в сложных словах (например, "протеиназа").

Пептид - это любое вещество, состоящее из элементов, связанных пептидной связью. Белок - это природное соединение.

Не обязательно. Мутантный неприродный белок белком так и останется. Граница очень размытая, например, 20 ак -- обычно пептид, а 100 ак -- обычно белок, но для того, что посередине, обычно употребляются оба термина (здесь как раз может играть роль происхождение или функция).

[Serty]

Да действительно, граница очень условная. Я как то для себя ее провожу по наличию третичной структуры.

[Findarato Ingoldo]

(причем уже несколько постов).

ИМХО (замешанное на Ленинджере) пептид - любая аминокислотная последовательность независимо от массы, короткие цепочки ( в том числе и функуиональные) называют олигопептиды, но в последнее время префикс "олиго" часто опускают, отсюда и общая неразбериха.

[Cherep]

Да действительно, граница очень условная. Я как то для себя ее провожу по наличию третичной структуры.

+1!

Белок - это природное соединение.

Природными веществами являются не только белки, но и пептиды.

Также белками, обычно, не называют синтетические петиды, даже очень длинные.

АФАИК, ещё в 70-х годах прошлого века был осуществлён твёрдофазный синтез белока рибонуклеазы А (около 100 аминокислот).
Полученные образцы обладали некой каталитической активностью Естествеено, эти образцы не были гомогенны. Просто из-за того, что сочетания тогда делать аццки эффективно как спустя лет 15 не умели.¹

Чтоже теперь, полученные образцы нельзя назвать белком?

[1] Да и сейчас, АФАИК, максимум 30-40 аминокислот варят, а потом сшивают либо с помощью native chemical ligation либо ещё както

[Upstream]

Разделение на пептиды и белки, ессесно, условное. Есть natively unfolded proteins без третичной структуры и есть, скажем, короткие конотоксины 9-20 остатков, имеющие жёсткую пространственную структуру.
Особо любознательным предлагаю ознакомиться со свежим релизом:
Peptides from A to Z: A Concise Encyclopedia
by: Norbert Sewald, Hans-Dieter Jakubke
Publication Date: 2008-05-27

Код: Выделить всё

http://gigapedia.org/items/145378/peptides-from-a-to-z--a-concise-encyclopedia

Да и сейчас, АФАИК, максимум 30-40 аминокислот варят, а потом сшивают либо с помощью native chemical ligation либо ещё както

Рекорд по длине при "поштучном" наращивании цепи на синтезаторе около 160 (один из интерлейкинов), но до публикования подробностей дело не дошло.
А вот аспартильная протеаза из HIV-1, 98 остатков, была синтезирована несколько раз (модный денежный объект), в том числе в автоматическом режиме (за уикенд - вслепую) как доказательство мощи химической методологии Но это были игры на публику. Просто белок этот был на тот момент уже неоднократно экспрессирован, хорошо изучен, доступен как свидетель, были подобраны условия сворачивания/ренатурации и даже кристаллизации. Всё это было повторено на синтетическом продукте и опубликовано в Cell и Science.
Последний и абсолютный рекорд - синтез GFP, зелёного флуоресцентного белка, 250+ак (Sakakibara &Co) обычной сегментной конденсацией в растворе. Опять-таки объект благодатный, корректно сворачивается "на ура", да ещё при этом и флуоресцирует!
Так что в нашем деле мы продвинулись сильно, но недалеко , и успех на 90% зависит от ПРАВИЛЬНОГО выбора объекта. Не дай Бог никому © взяться за недоступный неизученный белок: сплошные убытки для репутации.
native chemical ligation - метод, конечно, красивый. Хоть и содран он у Природы-матери (spontaneous protein splicing), но проблемы сворачивания он не решает. Да и всё, что длинее 100, лучше поручать микроорганизмам, особенно дрожжам.

[Marxist]

Да действительно, граница очень условная. Я как то для себя ее провожу по наличию третичной структуры.

+1!

А как это понять? любой пептид, даже дипептид, обладает третичной структурой

[Cherep]

Да действительно, граница очень условная. Я как то для себя ее провожу по наличию третичной структуры.

+1!

А как это понять? любой пептид, даже дипептид, обладает третичной структурой

Тогда раской тему. Я то наивно думал, что третичная структупа - это "сборка из" или "упорядочивание в пространстве" элементов вторичной.

[Marxist]

Вот, например, коллаген: нереально длинные спирали и всё. Если третичная структура -- просто упорядочивание элементов вторичной, то можно сказать, что третичной у него и нет. Есть вариант определения: "Третичная структура — общая топология свёрнутой полипептидной цепи". Свёрнутой -- имеется в ввиду в нативном виде, а не денатурированной. Такая топология есть у любого белка и пептида (другое дело, что у коротких пептидов это понятие сильно вырождено). При этом понятие третичной структуры шире, чем понятие укладки (фолда), поскольку третичная структура -- характеристика данного конкретного белка.

Кстати, маленькие токсины типа конотоксина обычно именуют пептидами всё-таки, хотя у них третичная структура чётко выражена и стабилизирована дисульфидными связями.

[Iskander]

Длинные пептиды (белки) делают через соответствующий ген. Который варят на синтезатрое олигонуклеотидов.

Вообще - мне кажется, что понятие пептид шире чем белок. В него входят и природные и синтетические и нет ограничений по длине и структуре.

[Serty]

...Вообще - мне кажется, что понятие пептид шире чем белок. В него входят и природные и синтетические и нет ограничений по длине и структуре.

А капрон это пептид или белок
Мне кажется, что граница очень условна и размыта, иупотребление одного или другого термина сильно зависит от контекста...

[VTur]

Вопрос, является ли фраза в тексте - "... для белков и пептидов" - тавтологией?

[Marxist]

А капрон это пептид или белок
Мне кажется, что граница очень условна и размыта, иупотребление одного или другого термина сильно зависит от контекста...

Разве капрон состоит из α-аминокислот? Граница условна и размыта, но есть молекулы, для которых употребляется только одно название.

Вопрос, является ли фраза в тексте - "... для белков и пептидов" - тавтологией?

Вообще говоря, область применения этой фразы довольно ограничена. Это неполная тавтология, поскольку области употребления терминов пересекаются, но не совпадают.

[Serty]

...Разве капрон состоит из α-аминокислот? Граница условна и размыта, но есть молекулы, для которых употребляется только одно название...

Я же не зря пометил Согласен, что строгое определение ограничивается α-аминокислотами. Тогда многие неправильно/вольно используют этот термин в отношении синтетических коротких пептидов, в которые зачастую включают и неприродные аминокислоты. И не только
α-аминокислоты Капрон - это до абсурда Впочем не только синтетические:
из wiki:

Глутатион (2-амино-5-{[2-[(карбоксиметил)амино]- 1-(меркаптометил)-2-оксоэтил]амино}-5-оксопентаноевая кислота, англ. glutathione, GSH) — это трипептид γ-глутамилцистеинилглицин. Глутатион содержит необычную пептидную связь между амино-группой цистеина и карбокси-группой боковой цепи глутамата.

И вообще я уже перестал понимать о чем мы спорим И спорим ли вообще... так, пытаемся найти точку посредине той размытости

[Hedgehog]

И вообще я уже перестал понимать о чем мы спорим И спорим ли вообще... так, пытаемся найти точку посредине той размытости

Помнится, когда-то давным-давно, читая книжку Стёпина "химия для домашнего чтения", встретил фразу: "аспартам - это крохотный белок". Был немало удивлен, что такой коротенький пептид белком обозвали
А вообще, вопрос "с какого числа аминок-т считать пептид белком" - классический пример рассуждений о переходе количества в качество. Аналогично - спор древнегреческих мудрецов о том. сколько камней образуют кучку - два. три, больше, или ещё больше, и т.п.