Взаимодействие молекул

[Yeugen2018]

На самом деле заработают оба но один избыточен безумно дороже, и если вы узнаете что делают ключевые слова - это вам вредно совсем не будет.

Этот вопрос изучу подробнее. Мне только не совсем понятно как задать геометрию. Это я беру все реагенты и продукты и задаю геометрию системы, или только геометрию предполагаемого ПС?

[Гесс]

А это зависит от кейворда.
При наличии хорошей стартовой геометрии (а имеющаяся в суппортинге геометрия однозначно хорошая и если вы ее не испортите дорисовыванием - то таковой и останется) TS вполне достаточен, и тогда нужна только геометрия предполагаемого TS.

Попробуйте ля начала как рекомендует amge - переоптимизировать геометрии статьи со своими кейвордами. С учетом размеров их систем и минимальных размеров ващего базиса это будет достаточно недолго а вы не только получите еще более хорошее приближение но и посмотрите как это работает.

[Yeugen2018]

Доброе утро!
Создал инпут с геометрией со статьи, но Gaussian не видит. Правда делал в блокноте, а расширение txt заменил на gif, визуально в блокноте, вроде как все нормально. Не могу понять как использовать тогда эти геометрические параметры.

[Гесс]

gjf - Gaussian Job File (a не gif). Впрочем линуксовым кластерам обычно пофиг, можно хоть .doc, хоть .pdf называть (а если нет то я предпочитаю старjt расширение .com).
Ну это если я правильно понял слово "не видит"
А так инпут выглядит ок.

[Yeugen2018]

Поменял gif на gjf и "обрадовался" через несколько секунд Link died!
Ничего понять не могу...
The combination of multiplicity 1 and 51 electrons is impossible.
Я так понимаю не правильно задал заряд и мультиплетность

[Yeugen2018]

Все таки да,

заряд +1 мультиплетность 1 (ТS1)
заменил и все заработало...

[Гесс]

[Yeugen2018]

А так и должно быть? Не знаю куда смотреть чтоб понять что это ПС...

[amge]

Чтобы наверняка понять, что это ПС, надо посчитать гессиан получившейся геометрии. Если оптимизация успешно завершилась (т.е. все градиенты, они же первые производные энергии по координатам нулевые), а одно (и только одно) из колебаний имеет имеет мнимую частоту (т.е. вторая производная но одной из координат отрицательна), то все ОК. Впрочем, в данном случае и без расчета гессиана очевидно, что все ОК, т.к. оптимизация быстро сошлась, структура почти не изменилась, и невооруженным глазом видно, что структура эта - именно нужное ПС.

[Гесс]

Очень рекомендую давать файлам 1) различные имена 2) имена которые будут хоть чтото говорить о содержимом. Иначе через 2 десятка файлов вы в них тупо утонете.

[Yeugen2018]

Добрый день! Вот, что получилось при поиске переходного состояния. одна частота отрицательна а все остальные положительны.
А как посчитать гессиан? И действительно это и есть переходное состояние?

[Yeugen2018]

Ранее дела скан на сближение с водой. Можно-ли выбрать из него геометрию для поиска переходного состояние так как из 16-го шага геометрия при поиске ПС выдала ошибку.

[amge]

В PS2, несомненно, ПС, но, похоже, не то, что нужно, а какого-то внутримолекулярного вращения. Сложность поиска ПС в том, что нужно хорошее начальное приближения. А в исходной структуре PS2 я не увидел ничего похожего на ПС искомой реакции.

[Гесс]

Добрый день! Вот, что получилось при поиске переходного состояния. одна частота отрицательна а все остальные положительны.
А как посчитать гессиан? И действительно это и есть переходное состояние?

Гессиан у вас там и так посчитан. Исходя из того что там одна частота - это переходное состояние. Вопрос в том между чем оно переходное. Выяснять это можно несколькими разными спсособами (IRC или оптимизация из смезений вдоль мнимой частоты) но в данном случае в этом нет необходимости - это однозначно неинтересное переходное состояние.
Вы не указали какое переходное состояние вы искали, исходя из стартовой геометрии я предполагаю что перенос H44 от O25 к N42, но как бы то нибыло - найденное переходное состояние не соответствует этому переносу (и вообще не похоже на перенос чего либо куда либо, это скорее вращение вокруг N17-C18).
Основная причина на мой взгляд - плохая стартовая геометрия. Я не вижу в ней достаточно длинных связей которые были бы готовы рваться. Как она была создана?

[Гесс]

Ранее дела скан на сближение с водой. Можно-ли выбрать из него геометрию для поиска переходного состояние так как из 16-го шага геометрия при поиске ПС выдала ошибку.

Не нравится мне этот скан и не вижу я что из него можно достать. Сканировать дальше на сближение тоже смысла не вижу. А какая была цель этого скана? И почему вам не использовать для своих переходных состояний уже практически готовые структуры из SI обсуждаемой статьи? Не, я не спорю, как практика обучения это безусловно невредно, но к конкретной цели приближает очень помалу.

[amge]

Про int3scan хотел написать ровно то же самое, что и Гесс, но он меня опередил
Хотя, последняя точка скана на что-то похожа. Можно пробовать дооптимизировать ее и пустить на поиск ПС. Но никакой гарантии, что получится.

[Yeugen2018]

Вы не указали какое переходное состояние вы искали, исходя из стартовой геометрии я предполагаю что перенос H44 от O25 к N42, но как бы то нибыло - найденное переходное состояние не соответствует этому переносу (и вообще не похоже на перенос чего либо куда либо, это скорее вращение вокруг N17-C18).
Основная причина на мой взгляд - плохая стартовая геометрия. Я не вижу в ней достаточно длинных связей которые были бы готовы рваться. Как она была создана?

из прикрепленного скана 10-шаг

[amge]

И почему вам не использовать для своих переходных состояний уже практически готовые структуры из SI обсуждаемой статьи?

По моему, так и нужно делать! Для модификации можно использовать Avogadro. В нем есть замечательная фича: можно зафиксировать положение нужных атомов, включить непрерывную оптимизацию и добиваться подходящей конформации остальных атомов, тягая их мышкой. Заместители сами подстраиваются.

[Yeugen2018]

И почему вам не использовать для своих переходных состояний уже практически готовые структуры из SI обсуждаемой статьи? Не, я не спорю, как практика обучения это безусловно невредно, но к конкретной цели приближает очень помалу.

рисую но идет туговато..., и нужно ли "замораживать" ключевые атомы ПС из статьи и как понять какой атом нужно "заморозить" в декартовых координатах?

[Yeugen2018]

И почему вам не использовать для своих переходных состояний уже практически готовые структуры из SI обсуждаемой статьи?

По моему, так и нужно делать! Для модификации можно использовать Avogadro. В нем есть замечательная фича: можно зафиксировать положение нужных атомов, включить непрерывную оптимизацию и добиваться подходящей конформации остальных атомов, тягая их мышкой. Заместители сами подстраиваются.

Спасибо! Пробую Avogadro, в GaussView тяжело, а в Chemcraft не пойму как "рисовать".