Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

[Гесс]

Ну с теоретической точки зрения у Ih есть подгруппа D5d http://gernot-katzers-spice-pages.com/c ... es/Ih.html (не D5h, что легко осознать взглянув на С60 со стороны пятичленного кольца). Поэтому переход ih в D5d возможен, думаю если на экспериментальную D5d натравить гаусвьвер на самых грубых настройках - можно получить и Ih ответ (разумеется безотносительно всей рассказанной выше химии).
На http://www.nanotube.msu.edu/fullerene/f ... e.php?C=80 есть и D5d и D5h (первый и последний).
Почему мне структуры из 2 указанных статей показались одинаковыми - незнаю. Пересматривать их счас у меня нет возможности.

[Yurii]

Самая последняя версия ChemCraft (и предыдущие) на некоторых молекулах при определении симметрии в режиме Auto выводит сообщение "Out of memory" и отказывается определять симметрию.

Мне трудновато исправить эту проблему...

А вы воспользуйтесь исходным кодом g03: там проблема симметрии довольно грамотно разрешена.

[EvgeniX]

На http://www.nanotube.msu.edu/fullerene/f ... e.php?C=80

Скармливаю ChemCraft xyz файл отсюда, пишет - Access Violation.
Понятно, может xyz "не той системы", но сама ошибка говорит о том, что в программе отсутствуют обработчики исключений.

[Гесс]

xyz "не той системы"

там вообще оочень специфичный формат. Но это кстати должно быть не слишком тяжело устранимо - Автор уже делал поддержку xyz с пятью колонками (пятая - игнорируемый параметр типа заряда) так что вопрос скорее всего в том чтобы у xyz формата читать только первые 4 колонки в строке и игнорировать все последующие.

сама ошибка говорит о том, что в программе отсутствуют обработчики исключений.

ну эт явно не ко мне ))

[Vit Nhoc]

На http://www.nanotube.msu.edu/fullerene/f ... e.php?C=80

Скармливаю ChemCraft xyz файл отсюда, пишет - Access Violation.
Понятно, может xyz "не той системы", но сама ошибка говорит о том, что в программе отсутствуют обработчики исключений.

Посмотрел - чтобы открыть этот файл в Chemcraft, надо в FAR-е удалить из этого файла последние 4 колонки с целыми числами. Это делается нажатием Shift+Alt, далее вниз и вправо (не отпуская Shift+Alt), далее Shift+Del.

[EvgeniX]

Посмотрел - чтобы открыть этот файл в Chemcraft, надо в FAR-е удалить из этого файла последние 4 колонки с целыми числами. Это делается нажатием Shift+Alt, далее вниз и вправо (не отпуская Shift+Alt), далее Shift+Del.

Так и делал Просто выделил первые 4 колонки Alt+Shift+вправо/влево/вверх/вниз/pgup/pgdown и вставил в ChemCraft.

[EvgeniX]

При auto-определении симметрии этой фиговины

Код: Выделить всё

6        2.474243770     -3.882415570      0.748855010
6        3.080426910     -3.042721960      1.709503030
6        4.171838020     -2.262512450      1.233548130
6        4.508631570     -1.001107640      1.853174970
6        3.792660620     -0.580973500      2.950194180
6        1.136199390     -4.354711940      0.927852250
6       -1.050546010     -4.094225030      1.857043830
6        0.345852950     -3.935978950      2.024998580
6        0.866166310     -2.919885570      2.938906980
6        2.263361280     -2.555545980      2.826136150
6        2.681652760     -1.356111460      3.445775000
6        3.068203000      2.918817720      2.008115630
6        3.853148390      1.756326470      2.075466610
6        3.488763810      0.819577140      3.093631880
6        2.237308800      0.915582150      3.767749180
6       -1.904242110      0.190674620      3.847134470
6       -0.546294210      0.459880510      3.985274040
6       -0.066804740      1.808034780      3.653913220
6        1.362542380      2.007657620      3.565215060
6        1.876328310      3.076432850      2.792591560
6       -1.982370120     -3.278102480      2.578462970
6       -1.504705630     -2.226985230      3.393106810
6       -0.077220210     -2.015358780      3.573857830
6        0.362947360     -0.693688860      3.988330220
6        1.734611220     -0.427818970      3.963451870
6       -2.389100360     -1.135467040      3.561171020
6        4.512407350      1.294875350      0.860260070
6        4.921888170     -0.062173820      0.829751600
6        4.955936080     -0.806190980     -0.392528910
6        4.208724540      1.958914690     -0.414697140
6        4.350001360      1.216769370     -1.606853350
6        4.691571780     -0.179415480     -1.591741510
6        1.663146840      4.377833850      0.887078540
6        2.883118170      3.648624120      0.771319970
6        3.312808640      3.106501970     -0.463957720
6        0.921255680      4.671387730     -0.241975930
6        1.315605200      4.139001560     -1.506154060
6        2.465568260      3.337130470     -1.641051280
6       -0.507984110      4.699510920     -0.158619640
6       -2.516161010      3.906258670      0.875401180
6       -1.179239300      4.326421640      1.037086140
6       -2.812647220      1.142238870      3.291024400
6       -2.353965490      2.400580950      2.840956730
6       -0.956628030      2.754147520      3.018285700
6       -0.401131570      3.819945410      2.175068600
6        0.993317570      3.965451850      2.104143900
6       -3.127925040      2.996138720      1.809647810
6        2.131324220     -0.109601070     -4.066055170
6        3.944722630     -0.860560910     -2.632450280
6        3.309099830      0.162071450     -3.402752920
6        2.464961230      2.400252250     -2.747920110
6        3.483580780      1.431463790     -2.750981210
6        1.112302490      0.886787630     -4.154169280
6        1.224354870      2.124069570     -3.491903100
6        1.508844270     -1.395442630     -3.921994680
6        2.022058700     -2.376228590     -3.052897100
6        3.315589600     -2.107426960     -2.397932930
6        3.633080310     -2.779093480     -1.142682140
6        4.451365560     -2.142715080     -0.167458610
6        2.713700220     -3.724761630     -0.650825960
6        0.093376180     -1.200385510     -4.081824670
6       -0.858295780     -2.061620840     -3.499108440
6       -0.381907200     -3.174998550     -2.704947770
6        1.060424220     -3.311836290     -2.472295200
6        1.481261870     -4.038220300     -1.339896300
6       -2.668429740     -3.395799480     -1.810613560
6       -1.315394970     -3.824005230     -1.800770020
6        0.092813470      3.872570920     -2.246336240
6       -0.013412580      2.803208770     -3.151621490
6       -1.318434440      2.158628240     -3.325446110
6       -1.360096960      0.802119590     -3.829365150
6       -0.149536910      0.202009840     -4.231062640
6       -2.452144630     -0.099000160     -3.534680240
6       -2.200319770     -1.534322790     -3.364593800
6       -3.106633130     -2.287805180     -2.593179820
6       -0.835577460     -4.457554860     -0.582281470
6        0.551590000     -4.529486750     -0.371885000
6       -1.635318870     -4.437657840      0.593055560
6       -4.445104800     -0.318387820     -2.061347000
6       -4.206351950     -1.658481230     -1.896564070
6       -4.353478250     -2.263408130     -0.606176090
6       -3.483622010     -3.417002310     -0.605438520
6       -2.954519880     -3.883076960      0.578315760
6       -2.459100140      2.656784780     -2.584864380
6       -3.586177980      1.805025980     -2.446411280
6       -3.592705900      0.464632480     -2.928324600
6       -4.141022600      2.723744260     -0.239356460
6       -3.100697470      3.695094800     -0.411579370
6       -2.285929420      3.697326950     -1.581491340
6       -1.017575960      4.287753740     -1.439948140
6       -4.413111860      1.832447380     -1.249704180
6       -3.841738290      0.409339010      2.612745050
6       -4.459032430      0.909480200      1.445086440
6       -4.157373540      2.267093430      1.129192910
6       -3.181124360     -3.144019720      1.794970810
6       -4.559985300     -1.469232310      0.556041460
6       -3.945307720     -1.946893890      1.796632490
6       -3.580619320     -0.996796020      2.785485050
6       -4.842033590      0.483866560     -0.943997130
6       -4.815606540     -0.033274950      0.377702910

вышло такое окно:

symm.png

Так я и так никакую симметрию не требовал. Почему не сделать вывод в стандартном окне вывода симметрий?

[Любитель_Манниха]

Присоединюсь ко мнению публики, что название программы менять не надо

На мой взгляд, есть ряд мелких недоработок, которые не способствуют эргономике.

*Например, запускаю анимацию шагов оптимизации. Логично, что при этом я хотел бы покрутить молекулу, но для этого мне надо
кликнуть обратно в окошко с ней, - ведь а фокус мог бы переключаться автоматически.

*В Open неплохо бы сделать маски не только out/xyz/all

*Две вырвиглазные цветовые схемы по умолчанию - без комментариев. (Спасибо, что в последней версии вернули симпатичную схему с жёлтыми углеродами)

*Пункты меню в подсекциях неплохо бы отсортировать по алфавиту, при этом сделать больше подсекций (или как-то по-другому сгруппировать) а то в таком ряду
Select...
Deselect...
Expand...
Invert...
Set...
Basic...
Add...
Copy...

в рамках одной подсекции мосх путаеццо.

*Можно добавить кнопочку check for updates, а если б обновления были не переустановкой - вообще было бы супер.

*В режиме Source (во всяком случае для аутпутов Природы) - если нажимать на конкретный шаг оптимизации, то показываются
сразу Atomic Coordinates, думаю, было бы лучше таки показывать с очередного Geometry optimization step, т.к. там выдаётся actual/predicted energy change, а перейти сразу к координатам можно соответствующий вкладкой.

[Vit Nhoc]

При auto-определении симметрии этой фиговины
Так я и так никакую симметрию не требовал. Почему не сделать вывод в стандартном окне вывода симметрий?

Я думаю, просто эта молекула такая несимметричная.

[Гесс]

При auto-определении симметрии этой фиговины
Так я и так никакую симметрию не требовал. Почему не сделать вывод в стандартном окне вывода симметрий?

Я думаю, просто эта молекула такая несимметричная.

Ну по мнению Gview там действительно только C1, но собственно логично было бы получить именно такой ответ а не сообщение со скриншота.

[Vit Nhoc]

Так это же одно и тоже?

[EvgeniX]

Так это же одно и тоже?

Для программиста-кристаллографа - да, для пользователя - нет.

[Vit Nhoc]

В сентябре я выложил на сайте новую Linux-версию программы:

http://chemcraftprog.com/files/Chemcraf ... lin.tar.gz

В этой версии есть почти всё, что есть в последней Windows-версии. Почему-то за эти несколько месяцев эту Linux-версию почти никто не купил. Почему так? Мне трудно её тестировать.

[madschumacher]

Ну я вот только что скачал этот архив (ни разу не пользовался Chemcraft) и попытался запустить файл "Chemcraft" на своём ноутбуке (с Fedora 20, 32bit). В результате получил от Bash-а следующую фразу:

Код: Выделить всё

bash: ./Chemcraft: cannot execute binary file

[Vit Nhoc]

madschumacher, попробуйте пожалуйста ещё старую Linux-версию:

http://www.chemcraftprog.com/files/Chem ... lin.tar.gz

Там в файле readme.txt написано, как запустить бинарник. Может, эта инструкция поможет и для новой версии?

[madschumacher]

Попробовал. Старая версия крашится при попытке открыть произвольный аутпут (кормил Firefly-евский и Gaussian-овский) и *.xyz файл.
В новой версии запуск через Bash-скрит старой версии (то бишь, по инструкции) не имеет смысла (в новой версии директория ./lib/ всё равно отсутствует, а библиотек, вроде, нет, к чему прописывать путь -- не очень понятно)

Почему-то за эти несколько месяцев эту Linux-версию почти никто не купил. Почему так?

P.S. что-то эта мысль мне в голову не очень пришла сразу: красноглазики линуксоиды не очень-то любят платить за софт (а некоторые ещё и не любят, когда этот самый софт закрытый), они лучше возьмут несколько бесплатных прог вместо одной многофункциональной по захвату мира/переделают чужой код/присобачат свои костыли к какому-нть ведру/напишут свой, чем будут платить за чужое программное творчество.
Понимаю, что я сам выступал за Chemcraft для Linux, но что-то эта мысль у меня не возникла... прошу прощения

[АлександрI]

Уважаемые коллеги,
Я столкнулся с проблемой: для публикации в буржуазных журналах для рисунков требуют формат EPS, либо TIFFF при числе дюймов не меньше 300.
А Chemcraft, которым я пользуюсь (у меня версия b498) позволяет сохранить изображения только в Bitmap, Jpeg,Gif, Metafile
Что делать?

[Гесс]

Сохраните в Bitmap с намного большим числом пикселей чем вам надо, а потом resize в каком нибудь софте сохраняющем в Tiff.
Я использую GIMP, знаю что есть люди использующие Corel, теоретически можно и Фотошоп.

[Суровый]

Ну я вот только что скачал этот архив (ни разу не пользовался Chemcraft) и попытался запустить файл "Chemcraft" на своём ноутбуке (с Fedora 20, 32bit). В результате получил от Bash-а следующую фразу:

Код: Выделить всё

bash: ./Chemcraft: cannot execute binary file

У меня нормально запустился. Без бубна.

[madschumacher]

для публикации в буржуазных журналах для рисунков требуют формат EPS, либо TIFFF при числе дюймов не меньше 300.

Это что же за журнал такой? (правда, в JCP, помню, нечто похожее)

У меня нормально запустился. Без бубна.

Ну тогды Вы могли бы написать что за система у Вас, что всё запустилось. А то не конструктивно выходит => отловить косяк не получится, разве нет?