Какую координату использовать для депланаризации?

[Reizen]

Извините за детский вопрос, но я в полном ступоре.
Имеется молекула (условно говоря, AX₄) следующего вида - центральный атом в (приблизительно) плоско-квадратном окружении. Требуется изучить ППЭ (желательно релаксированную) в направлении выхода этого центрального атома из плоскости, то есть этот плоский "крест" постепенно превращается в симметричную пирамиду (и где-то там найти TS).

Вопрос - какую координату надо использовать для фиксации/скана? Как она должна выглядеть? Комбинация всех двугранных углов с центральным атомом на конце? Но ведь требуется дать одну координату... в интерфейсе просто не предусмотрено комбинирование координат.

Программа - Gaussian, есть ещё FireFly (но если вы знаете, как сделали бы такое в другой программе, то тоже расскажите - возможно, это даст мне понять, как осуществить аналогичный приём в одной из двух названных).

[Гесс]

Используйте думми-атом (Х, не Bq (!) в гауссиане) в центре, от него жестко выплощенные заместители (в Z-matrix или Modreundant, с свободноплавающим расстоянием до думмика), жестко заданный угол 90градусов заместитель-Х-А и сканварьируемое расстояние X-A.

P.S. Я могу быть неправ но я немогу сходу придумать примеров комплексов с квадратнопирамидальной и квадратноплоскими минимумами.

[Reizen]

от него жестко выплощенные заместители (в Z-matrix или Modreundant, с свободноплавающим расстоянием до думмика)

Так не получится, четырёхугольник из атомов L (заместителей) должен иметь возможность изгибаться, допустим конвертом.

Но вообще спасибо; я надеялся сделать иначе, но судя по всему, использовать какой-нибудь dummy atom и фиксировать координату от него - это тот единственный путь, которым тут можно пройти.

но я не могу сходу придумать примеров комплексов с квадратнопирамидальным и квадратноплоским минимумами

...Мои комплексы тут тоже не подойдут, потому что я скорее хочу доказать отсутствие минимумов или TS в заданном направлении, а не найти минимум, который бы предполагался там.

[Гесс]

от него жестко выплощенные заместители (в Z-matrix или Modreundant, с свободноплавающим расстоянием до думмика)

Так не получится, четырёхугольник из атомов L (заместителей) должен иметь возможность изгибаться, допустим конвертом.

Ок, угол А-Х-L1 ANG1
A-X-L2 ANG1
A-X-L3 ANG2
A-X-L4 ANG2
диэдральник L1-A-L2-X 0
L3-A-L4-X 0
Это довольно некрасивый подход, но позволяет и изгиб и изменение угла между плоскостями и все это всего с одним думми. Альтернативно можно ввести еще пару думми под углом 90 градусов к плоскостям (L1-X-L2 и L3-X-L4) и задавать плоскости через них.

[VTur]

Все это делается в z-матрице. Она была введена и с этой целью

Записываете координаты молекулы в z-матрице в символьном виде. Либо все валентные углы X-A-X, либо все длины связей X-A обозначаете одной буквой
Под z-матрицей расшифровываете буквы - назначете им численные выражения. Т.е. уменьшаете число степеней свободы и все ваши такие координаты меняете синхронно
Проводите скан по таким образом выбранной координате

[ Post made via Android ]

[Гесс]

Гауссиан воспринимает избыточные Z-matrix?

[VTur]

Почему избыточные? В z-матрице число координат равно числу независимых степеней свободы. Их либо 3N-6, либо меньше, зависит от вида z-матрицы

Самый простой путь - сгенерировать z-матрицу так, чтобы она была в символьном виде. Если не накладывать условий по симметрии, все координаты будут разными. Все нужные координаты обозначить одной буквой, а лишнии строки удалить из нижележащего описания с назначением параметров.
Если правильно наложить симметрию, все будет сделано автоматом

Но если есть большое желание можно сгенерировать и внутренние координаты по типу z-матрицы, они, по определению, избыточны

Гауссиан понимает и так, и так

[ Post made via Android ]

[Vit Nhoc]

По-моему, вам надо совместить Z-матрицу и декартовы координаты. Координаты первых четырёх атомов (A, X, X, Dummy) задавать через Z-матрицу, а все дальнейшие координаты через XYZ. Я так делал в Gaussian-е для выхода металла из плоскости порфирина.

[Гесс]

Почему избыточные? В z-матрице число координат равно числу независимых степеней свободы. Их либо 3N-6, либо меньше, зависит от вида z-матрицы

Потому что при задании атома L2 через угол к L1, атома L3 через угол к L2, атома L4 через угол к L3 и все три угла равны, мы легко придем к схеме 89-89-89-93.
А если допилить еще угол L4-X-L1 то координаты станут избыточными.

[Гесс]

Либо все валентные углы X-A-X, либо все длины связей X-A обозначаете одной буквой

В "конверте" валентные углы однозначно неравны, а длины связей обычно неравны. так что максимум попарно.

[VTur]

Либо все валентные углы X-A-X, либо все длины связей X-A обозначаете одной буквой

В "конверте" валентные углы однозначно неравны, а длины связей обычно неравны. так что максимум попарно.

Совсем непонятно, какого же вида молекула АX4?

[Гесс]

В предельном случае думаю будет как SF4, там правда уже и плоскости нет, но если ТС хочет позволить "конверт", то только так...

[VTur]

В конверте нет координаты выхода связи (атома) из плоскости. Там либо псевдовращение цикла, либо внутреннее вращение (при малых движениях - маховые колебания). Плюс валентные и деформационные.

Reizen, если нужен пример дайте формулу Вышей молекулы.

[Гесс]

B SF4 4 фтора можно рассматривать как конверт, а S как вышедший из любой плоскости или прямой центральный атом (так как FSF меньше 180)

[VTur]

Гесс, еще раз.
В конфигурации конверт нет координат выхода атома (связи) из плоскости. Там из неплоских координат могут быть только псевдовращения цикла и внутреннее вращение.
Почитайте что-нибудь про молекулярные колебания

[Гесс]

Гесс, еще раз.
В конфигурации конверт нет координат выхода атома (связи) из плоскости. Там из неплоских координат могут быть только псевдовращения цикла и внутреннее вращение.

Не по адресу. Топикстартер хочет конверт.

Так не получится, четырёхугольник из атомов L (заместителей) должен иметь возможность изгибаться, допустим конвертом.

И я думаю я понимаю что он хочет сказать.
У вас есть другая трактовка?

Почитайте что-нибудь про молекулярные колебания

Чукча не читатель, чукча писатель...

[VTur]

А как получить конверт из связей для "центральный атом в (приблизительно) плоско-квадратном окружении"? Ну, можно предположить, что крышка конверта загнута внутрь. Я не изучал строймол, но раньше таких молекул не видел.