Constrain 2 bonds to one value ORCA

[Гесс]

Вопрос наверное не самый умный но прямого ответа я чтото ненагуглил.
Я бы хотел уравнять два расстояния но позволить им меняться. Если совсем четко - я хочу иметь думмиатом в центре связи, насколько длинной будет связь я не знаю, думмик используется для подволакивания в правильное положение к этой связи еще одного фрагмента, поэтому выяснить длину связи до внедрения думмика я не могу.
Для предельной простоты и наглядности - скажем я хочу атом He висящий на расстоянии 1А от центра связи H-H.

Программа Орка (как сделать это в гауссиане через Z-matrix я знаю).
Заранее спасибо.

[Гесс]

Хочешь чтото сделать - сделай это сам

%coords
CTyp internal
Charge 0
Mult 1
pardef
rDAH= 0.5;
end
coords
DA 0 0 0 0 0 0
He 1 0 0 1 0 0
DA 1 2 0 1 90 0
H 1 2 3 {rDAH} 90 90
H 1 2 3 {rDAH} 90 -90
end
end
%geom
Constraints
{B 0 1 C}
{B 0 2 C}
{A 1 0 2 90 C}
{A 1 0 3 90 C}
{A 1 0 4 90 C}
{D 3 0 1 2 C}
{D 4 0 1 2 C}
end
end

[Vit Nhoc]

У меня сразу вопросы:
1) НАсколько будет актуально, если я сделаю построение Z-матрицы в Chemcraft в формате Orca?
2) Где здесь список параметров? В Z-матрице Gaussian-а расстояния, углы и т.д. могут быть как в тексте Z-матрицы, так и под ней
3) Constraints - значит параметры заморожены?

[VTur]

Вопрос наверное не самый умный но прямого ответа я чтото ненагуглил.
Я бы хотел уравнять два расстояния но позволить им меняться.

ОРКУ не знаю, но обычно это делается в z-матрице при всех настоящих атомах. С другой стороны, а как это сделать с дамии атомом? его же нет?

[Гесс]

1) НАсколько будет актуально, если я сделаю построение Z-матрицы в Chemcraft в формате Orca?

Мне для пары расчетов которые я делаю - актуально, вцелом - не факт, но орка будет любить вас еще больше. Кстати у них есть оптимизация во внутренних координатах и в Z-matrix. Ее можно активировать ключем ZOPT. примеров инпута в мануале нет, но по идее инпут недолжен отличаться от инпута во внутренних координатах. Мой инпут - во внутренних: CTyp internal

2) Где здесь список параметров? В Z-матрице Gaussian-а расстояния, углы и т.д. могут быть как в тексте Z-матрицы, так и под ней

Все параметры кроме варьируемой длины связи - в матрице, длина связи (parameter) обьявлена (define) в блоке pardef.
H 1 2 3 {rDAH} 90 90
читается как:
новый атом - водород, ориентирован расстоянием относительно атома 1 (который в этой матрице думми, потому как в этой матрице нумерация с 1), углом от атома 2 (через атом 1), диэдральником от атома 3 через атомы 2 и 1. Расстояние от атома 1 является ранее обьявленной переменной, а угол и диэдральник равны 90.
Там где ориентирующий атом отсутствует (угол и диэдрал для атома 2 и диэдрал для атома 3) атом и параметр забиваются нулями. В этой матрице 0 это ничто.

3) Constraints - значит параметры заморожены?

Да. Причем в орке матрица констрейтов начинается с нулевого атома. [закадровый дьявольский смех]
{B 0 1 C} читается как "Bond между нулевым и первым атомами (думмик и гелий) заморожена в ее исходном значении (см матрицу координат)"
{A 1 0 2 90 C} читается как "угол между гелий-нулевойдумми-второйдумми на 90 градусах заморожен". Указывать 90 здесь необязательно, фича существует если констрейнится чтото скажем из xyz координат где констрейнимый параметр не идеально нужный. Но мануал нерекомендует сильно различаться параметрам из кооринатного блока и констрейнтам.

[Гесс]

Вопрос наверное не самый умный но прямого ответа я чтото ненагуглил.
Я бы хотел уравнять два расстояния но позволить им меняться.

ОРКУ не знаю, но обычно это делается в z-матрице при всех настоящих атомах. С другой стороны, а как это сделать с дамии атомом? его же нет?

Все нормальные программы поддерживают думмики и я затрудняюсь назвать другое применение dummy (не ghost!) атомов кроме констренизации геометрии.
Дамми атом есть. То что у него нудевая масса и нет орбитально/функциональной обвязки ничего не меняет.
В вопросе сразу указывалось что я хочу равенство расстояний, а не длин связей.
Мне бы хотелось увидеть пример инпута в любой программе сделанный без думмиков. который бы обеспечивал поставленное в первом сообщении: "атом А на расстоянии Х от центра связи (разумеется расстояние меряется перпендикулярно связи)". Какие атомы и какое расстояние - мне абсолютно безразлично, в целевой системе у меня больше сотни атомов законстрейнить планируется взаимную ориентацию (не расстояния) двух фрагментов, в положении "угол к центру связи". Поэтому положение центра связи мне знать однозначно надо. И да, связь - это прямой отрезок между двумя атомами, связевые пути и банановые связи меня не интересуют.

[VTur]

Нужно знать, как устроена это в орке. Дамми атомы вводятся, чтобы избежать линейных участков в молекуле или промаха при замыкании цикла. Но, когда все это переводится во внутренние координаты - степени свободы, эти связи игнорируются и такие внутренние координаты с дамми атомами не генерируются. Фактически их нет, поэтому здесь никакой оптимизации по ним (либо фиксации расстояний) не производится. И зафиксировать или не зафиксировать их нельзя. При оптимизации по ним производные не беруться.
Но некоторые программы позволяют водить руками дополнительные внутренние координаты. Можно попытаться ввести их первоначально через мнимые атомы, а потом как-нибудь вывернуться

[ Post made via Android ]

[Гесс]

Разумеется их можно зафиксировать. Хоть картезин, хоть относительно других атомов.

Так как поставленный вопрос уже решен - позволю себе оффтоп - покажите пожалуйста решение вопроса в ЛЮБОЙ удобной вам программе без думмиатомов.

[VTur]

Например, ГАУССИАН позволяет вводить строение в виде расширенных внутренних кординат. И можно водить любые координаты, количество их может быть очень избыточным, лишбы они не противоречили друг другу. В ГАМЕССе, по -моему, тоже это возможно
Можно вводить любые длины связей, не обязательно валентные и любые углы, не обязателельно для валентных связей и т.д,

[ Post made via Android ]

[Гесс]

Типа задать внутренней координатой расстояние от одного атома связи до надсвязевого, как переменную и потом расстояние от второго атома связи до надсвязевого как ту же самую переменную? Звучит жизнеспособно, если не удастся решить в орке через думми - поиграю в гауссиан. Спасибо.