Зависимость энергии от расстояния между атомами

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение Shorku » Пт мар 25, 2016 4:54 pm

me_s писал(а):>Слева и справа вы стартуете в разных состояниях, находите минимумы разных состояний, что не так?

Просто как-то неожиданно в одноконфигурационном методе с минимальным базисом попадать в разные состояния в зависимости от геометрии. Я первый раз с этим столкнулся. Получается, что так можно разные состояния в sto-3g изучать. Это действительно так? Никогда не думал..
причем здесь sto-3g?
Хоть какие можно изучать, какие орбитали заселите, такие и будут (правда, далеко не факт, что оно будет соответствовать чему-то физическому).
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение Гесс » Пт мар 25, 2016 4:58 pm

Take in account - its in bohrs.jpg
ijms-03-00498.pdf
And in general about clusters - have a look on "Clusters of Atoms and Molecules: Theory, Experiment, and Clusters of Atoms" Haberland, "Cluster and Nanostructure Interfaces" Jena. In both are small parts about Al2 as well.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
me_s
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Вт июн 03, 2014 4:57 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение me_s » Пт мар 25, 2016 5:12 pm

Спасибо большое, похоже как раз на то что у меня получалось.
А у Вас нет и предыдущих трех статей в .pdf, а то у меня, к сожалению, вообще нет доступа к полнотекстовым версиям.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение Shorku » Пт мар 25, 2016 5:18 pm

скихаб ващет еще есть
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
me_s
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Вт июн 03, 2014 4:57 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение me_s » Пт мар 25, 2016 5:18 pm

>Хоть какие можно изучать, какие орбитали заселите, такие и будут

Я чего-то недопонимаю.. Заселенность же сама получается в результате итераций SCF в минимуме? Или что-то другое имеется в виду?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение Гесс » Пт мар 25, 2016 5:21 pm

Shorku писал(а):http://scitation.aip.org/content/aip/jo ... /1.3571596
Почитав литературу можно либо экзерсисы закончить, либо воспроизвести написанное и таки тоже узгбагоицца. Таки да, там основной триплет =)
По ссылкам из этой статьи - еще больше картинок все о том же.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение Shorku » Пт мар 25, 2016 5:22 pm

me_s писал(а):>Хоть какие можно изучать, какие орбитали заселите, такие и будут

Я чего-то недопонимаю.. Заселенность же сама получается в результате итераций SCF в минимуме? Или что-то другое имеется в виду?
Нет, Вы можете менять местами орбитали как Вам угодно (и получать другие детерминанты Слейтера), никто не гарантирует, что оно потом сойдется, захоти Вы подоптимизировать орбитали или изменить геометрию, как никто и не гарантирует, что в результате получится что-то осмысленное в плане физики.
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
me_s
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Вт июн 03, 2014 4:57 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение me_s » Пт мар 25, 2016 5:27 pm

А.. понял. То есть до начала итераций. В этом смысле да, конечно.
Большое спасибо за ссылку на sci hub я даже не знал о том что существует такое замечательное место. Сразу жить хочется..

Аватара пользователя
me_s
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Вт июн 03, 2014 4:57 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение me_s » Пт мар 25, 2016 5:31 pm

Если б сразу эти ссылки. Тут все ясно как божий день. Я просто оторван от информации. А мы тут спорили столько времени не понятно о чем.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение Гесс » Пт мар 25, 2016 5:34 pm

EvgeniX in first post on second page писал(а):PS: А вообще, тут явно похоже на многоконфигурационный характер волновой функции. В одном диапазоне длин связей выгодна одна конфигурация, в другом - другая. И смотря откуда начинаем сканирование, с начальным приближением вф, отвечающей той конфигурации и продолжаем.
And then it was repeated plenty of times...

Аватара пользователя
me_s
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Вт июн 03, 2014 4:57 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение me_s » Пт мар 25, 2016 5:36 pm

Да это совершенно ясно из статей.
Надо памятник этому скай хабу поставить. Я давно мечтал как Харрис у Джерома сжечь всех владельцев авторских прав и спеть на их могиле комические куплеты..

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение Shorku » Пт мар 25, 2016 5:42 pm

Собственно, это все к тому, что подобные вещи уже обсосаны как только можно и интересуют сейчас только глубоких крутых теоретиков типа Плахутина с Дэвидсоном, либо астрофизиков, которые борются за сотые обратного сантиметра учитывая все возможные спин-орбиты, ангармонизмы-релятивизмы и прочий темный лес.
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 892
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение madschumacher » Пт мар 25, 2016 5:54 pm

me_s писал(а):Видимо в терминологии различие. Я имею в виду только атомные кластеры, то есть объекты, состоящие из более чем одного атома.
Да, действительно, я немного поднапутал. Мне, например, сразу приходят борные и углеродные (~ 8 -- 100 атомов), последние, kст., правда, фуллерены, но изначально их исkали kаk kластеры... :very_shuffle:
me_s писал(а): Что Вы имеет в виду под "спецификой"? Мне казалось, что наоборот, они наиболее изучены и охарактеризованы с точки зрения симметрии уровней. С увеличением числа атомов и появлением новых типов симметрии все многократно усложняется.. Появляются разные варианты распада. Просто классифицировать уровни уже затруднительно становится.
Охараkтеризованы, да. Но просто они могут иметь тольkо симметрию C∞h или D∞v. Надо понимать, что в отличие от "новых типов симметрии" -- это не дисkретные группы, а группы Ли (? :lol:). Это значит, например, что число неприводимых представлений для них бесkонечно. (для линейных молеkул -- та же хрень). А новые варианты распада в случае двухат. молеkул не где-то далеkо по энергиям, а ооооочеь близkо k обычным состояниям =>
1. kуча неадиабатичесkих эффеkтов
2. ооооооооооочень близkо до непрерывного спеkтра элеkтронных состояний.. nuff said... :very_shuffle:
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
me_s
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Вт июн 03, 2014 4:57 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение me_s » Пт мар 25, 2016 6:10 pm

> это не дисkретные группы, а группы Ли (? :lol:). Это значит, например, что число неприводимых представлений для них бесkонечно. (для линейных молеkул -- та же хрень).

Нет группы Ли я не имел в виду. Только дискретные группы. Просто двухатомный гомоядерный кластер имеет только один тип симметрии, который Вы указали, а для любого многоатомного кластера возможны несколько типов конфигурации, различающихся типом симметрии. Для каждой конфигурации нужна своя классификация уровней. Я не видел поэтому в классических учебниках никаких классификаций уровней кроме как для двухатомных молекул. Может я что-то опять плохо знаю..

Для атомов уровни - отдельные числа. Для двухатомных молекул они становятся функциями параметра - межатомного расстояния. Для трехатомного - уже поверхностями и т.д. Т.е. сложность возрастает с увеличением числа степеней свободы в кластере.

>А новые варианты распада в случае двухат. молеkул не где-то далеkо по энергиям, а ооооочеь близkо k обычным состояниям =>
1. kуча неадиабатичесkих эффеkтов
2. ооооооооооочень близkо до непрерывного спеkтра элеkтронных состояний.. nuff said..

Тут мы, видимо опять друг друга не понимаем. Я против этого разве возражал? Но для многоатомного кластера это что все упрощается??

Аватара пользователя
me_s
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Вт июн 03, 2014 4:57 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение me_s » Пт мар 25, 2016 6:24 pm

>Мне, например, сразу приходят борные

Борные кластеры, кстати, очень интересные - для них характерна плоская геометрия, что-то типа графена, только структура ячейки другая, при этом они даже аморфные могут сохранять плоскую конфигурацию. А для алюминия она неустойчива.

Аватара пользователя
me_s
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Вт июн 03, 2014 4:57 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение me_s » Пт мар 25, 2016 6:31 pm

>Собственно, это все к тому, что подобные вещи уже обсосаны как только можно и интересуют сейчас только глубоких крутых теоретиков типа Плахутина с Дэвидсоном

Я собственно за чем и пришел к вам с вопросом. Если бы вы мне, как специалисты, сразу навскидку сказали, что проблема давно изучена, дали ссылки и я бы пошел их изучать. А то мы два дня что-то обсуждаем, расчеты делаем. Кто-то с самого начала вообще не туда процесс направил - просканировал кривую с гладкой стороны и посоветовал мне учить матчасть..

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение EvgeniX » Пт мар 25, 2016 6:46 pm

me_s писал(а):>Кто-то с самого начала вообще не туда процесс направил - просканировал кривую с гладкой стороны и посоветовал мне учить матчасть..
Никто же не знал, куда вам надо было. Вы спросили, мы ответили. И показали, что бывает, если использовать одноконфигурационные методы при расчёте многоконфигурационных систем. Вполне учебная задача получилась.

Ну а на счёт специалистов, разве здесь кто-то занимается двуатомными кластерами металлов, кроме вас?

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение EvgeniX » Пт мар 25, 2016 6:49 pm

me_s писал(а):Нет, так далеко мои заключения не заходят, конечно.
Я просто не нашел пока как изменить оптимизатор геометрии, чтобы он не сваливался в разные точки при старте слева и справа от минимума. У Вас такого не получается?
Вот. Причём тут оптимизатор геометрии, если это вопрос оптимизатора SCF? И вся дискуссия нужна была для того, чтобы вы в этом разобрались. А отсюда и ответ на ваш самый первый вопрос - откуда два минимума. Это даже не вопрос двуатомных кластеров, такое может быть для многих систем, где неустойчиво решение SCF.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 892
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение madschumacher » Пт мар 25, 2016 7:27 pm

me_s писал(а): Нет группы Ли я не имел в виду. Только дискретные группы. Просто двухатомный гомоядерный кластер имеет только один тип симметрии, который Вы указали, а для любого многоатомного кластера возможны несколько типов конфигурации, различающихся типом симметрии. Для каждой конфигурации нужна своя классификация уровней. Я не видел поэтому в классических учебниках никаких классификаций уровней кроме как для двухатомных молекул. Может я что-то опять плохо знаю..
Ну имели или не имели -- двухатомные молеkулы ими не описываются. Поэтому и в учебниkах и есть kлассифиkация, что для этих двух групп все сложно, но их всего две. На остальное не напастись, а в тех же Фларри и Банkере все есть и для обычных групп. А то, что для kонфигураций все разное -- это не для элеkтронной задачи, но для ядерной, и там уже нужно анализировать подргуппы ППИЯГ и это уже другая задача...
me_s писал(а): Тут мы, видимо опять друг друга не понимаем. Я против этого разве возражал? Но для многоатомного кластера это что все упрощается??
Для металлов может и не проще, но kонkретная часть проблем уходит, а появляются другие. Вот для HCl переход k CH3Cl всё упрощает...
me_s писал(а): Борные кластеры, кстати, очень интересные - для них характерна плоская геометрия, что-то типа графена, только структура ячейки другая, при этом они даже аморфные могут сохранять плоскую конфигурацию.
А могут быть и kруглыми... :very_shuffle:
me_s писал(а): Я собственно за чем и пришел к вам с вопросом. Если бы вы мне, как специалисты, сразу навскидку сказали, что проблема давно изучена, дали ссылки и я бы пошел их изучать. А то мы два дня что-то обсуждаем, расчеты делаем. Кто-то с самого начала вообще не туда процесс направил - просканировал кривую с гладкой стороны и посоветовал мне учить матчасть..
Простите, но поисk лит-ры -- в разы сложнее двухминутного расчета... А в изученности проблемы вряд ли были сомнения у kого-то...
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
me_s
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Вт июн 03, 2014 4:57 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение me_s » Пт мар 25, 2016 7:37 pm

>И вся дискуссия нужна была для того, чтобы вы в этом разобрались. А отсюда и ответ на ваш самый первый вопрос - откуда два минимума.

Дискуссия была очень полезна на самом деле и я всем участникам благодарен. Но ведь именно Вы были первым, кто в качестве репоста привел гладкую кривую. Без всяких комментариев. И еще два-три человека. Потом кто-то обнаружил скачок и Вы как и я стали его исследовать и то же его обнаружили. Только после этого все обсуждение в нужное русло повернулось. А из Вашего первого репоста вытекало, что я просто неправильно пользуюсь штатной функцией.

>Причём тут оптимизатор геометрии, если это вопрос оптимизатора SCF?


Конечно причина состоит в неправильной сходимости SCF. Но штатная функция оптимизатора по моему мнению обязательно должна предусматривать опции по варьированию начального приближения SCF или хотя бы на каждом шаге по градиенту не начинать итерации с Хюккеля, а использовать предыдущее приближение. В этом случае и сходимость была бы быстрее и таких артефактов было бы меньше. Тем не менее в двух программах, которые я тестировал этого нет. Кстати, кто-нибудь пробовал провести оптимизацию штатным методом в Гауссиане? Сходится к двум разным точкам или к одной?

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 39 гостей