Выбор ноутбука для расчётов

[Shorku]

Только заявка должна содержать какую-то осмысленную тему, и отчитываться надо каждый год статьями, содержащими ссылку на ломоносов.
На новый кластер вроде бы доступ конкурсный

[ Post made via Android ]

[Vit Nhoc]

Мне знающий человек сказал, что если загружать ноутбук квантовой химией, он умрёт очень быстро, даже с подставкой для охлаждения. Подскажите, если я куплю ноутбук с подставкой стоимостью 35000 р и буду всё время на нём запускать расчёты, какая вероятность, что он проживёт 2 года?
И ещё вопрос: имеет ли смысл, если у ноутбука несколько ядер, в расчёте загружать только одно ядро (%NPROCSHARED=1), чтобы ноутбук не перегорел?

[Shorku]

Нуу, мои три ноутбука каждый жили года по три, правда, с квантовой химией это скорее всего не связано.
И кто его знает, как будет греться конкретный ноут на одном ядре и на всех. Зачем покупать ноутбук вместо десктопа и гонять его на одном ядре?

[ Post made via Android ]

[Гесс]

Я не говорю что на одном ядре нельзя делать кванты. Но при использовании стандартных методов ("черных ящиков"), размеры ваших базисов/либо систем будут публикабельно неконкурентноспособны. Если бы вы на этом одном ядре делали некую уникальную химию - другой вопрос, но с BP86/6-31G для систем в 30 атомов - вас рецензенты в журналы даже средней руки не пустят. Так что это расчеты "полуколичественно" и "для себя".
"Перегореть" / "сдохнуть от перегрева" качественно сделанный ноутбук по уму не должен, даже при длительном удержании на 100% загрузке. При этом ноутбуки с хорошими параметрами железа и низкими ценами я бы по своему опыту отнес к рисковым покупкам - (не)качество комплектующих может являться компенсацией за их параметры и цену. Также учтите что на 100% загрузке практически любой ноут будет активно махать кулерами (если они у него есть, а они есть почти у всего кроме некоторых защищенных ноутов). Незнаю насколько спасает подставка, но скажем один из 2 ноутов у меня дома на 100% загрузке перекрывает шум улицы и далеко не каждый способен при этом шуме заснуть (не очень характеристично но в децибеллах не мерял).
А можно спросить - чем вас все же не устраивает идея ноута в роли терминала + стационарного компа в роли сервера (к которому можно при желании прилепить жидкостное охлаждение и модернизировать по мере денег и потребностей). В таком варианте вас может устроить любой хромбук или недобук за минимальные деньги.
Если же вы настойчиво хотите ноут на все случаи жизни - я видел несколько весьма симпатичных и на вид надежных (да эта фраза звучит глупо) Dellов. Ежели окажется г***о - я не виноват...

[madschumacher]

По своему опыту (печальному) сkажу, что не надо на ноуте вообще kванты гонять. Например, на моем игровом HP, если наkроется (уже было, не из-за kвантов, правда) винт, то поменять его не сложно. А вот систему охлаждения чтобы обслуживать, то это надо его полностью разобрать. А при том она таkая, что если на полной нагрузkе гонять проц (тут не урезанный i7), то она его не может по нормальному обслуживать (слабовата, а от этого еще наkрывается легkо). От подставkи тоже толkу нет, посkольkу она тупо ничего не охлаждает -- процессор под kлавой находится.
Другие ноуты видел -- там наоборот. До процессора добраться нормально подставkой, а вот винт поменять нереально все не разобрав до винтиkа...
Все-таkи ноуты весьма плотно упаkованы и на расчеты все-таkи их не строят...

Таk что не проще ли иметь средний ноут для доступа на чей-нть kластер по инету (на kаф. физиkи нет доступа)? Ну или реально, нетбуk + настольный ПK?

[EvgeniX]

Я на Dell Latitude D505 диплом сделал. По тем временам и работал тише стационарного, и быстрее любого стационарного был (с теми же характеристиками).

И сейчас могу вообще в целом порекомендовать линейку Dell Latitude, только они в 1.5 раза дороже ноутов с той же конфигурацией. Но продуманы лучше, и в плане охлаждения, и в плане обслуживания и т.д. и т.п.

PS: Иногда проводил расчёты в WinXP. Нужно приостановить расчёт - переводил в хибернейт, переносил куда нужно и дальше там всё нормально продолжалось. Думаю, на какой-нибудь Win7 сейчас будет также.

[Vit Nhoc]

Таk что не проще ли иметь средний ноут для доступа на чей-нть kластер по инету (на kаф. физиkи нет доступа)?

А как запускать расчёты на этом кластере, чтобы было удобно? Мне надо, во-первых, запустить 20 расчётов в очереди.
У нас кластер на Linux, и чтобы на нём что-то запустить, мне приходится каждый раз запускать Putty, вводить кучу данных и паролей, потом долго блуждать по каталогам через консоль, чтобы наконец запустить Gaussian. Это действительно очень утомляет.
Я в университете не числюсь, мне вначале выделили одну ноду, а потом стали на ней запускать какую-то ерунду. Т.е. с доступом к кластерам у меня тоже проблемы.
А ноутбук мне кажется предпочтительнее, поскольку его можно использовать и для других задач.
Если же я куплю Windows-компьютер в качестве сервера, насколько сложно будет на него выходить с произвольного компьютера?

[Shorku]

Если же я куплю Windows-компьютер в качестве сервера, насколько сложно будет на него выходить с произвольного компьютера?

teamviewer и прочие радмины Вам в помощь =)

[Гесс]

У нас кластер на Linux

Не обсуждая хорошо это или плохо - это стандартно. В топ-500 суперкластеров помнится всего 3 под виндой.

и чтобы на нём что-то запустить, мне приходится каждый раз запускать Putty, вводить кучу данных и паролей,

Putty кажется можно настроить так чтоб он сразу входил под заданным пользователем, надо только вводить пароль (хотя лично я ввожу и логин и пароль, мне так проще).

потом долго блуждать по каталогам через консоль, чтобы наконец запустить Gaussian. Это действительно очень утомляет.

Сделайте софтлинк из домашней папки в которую вы скорее всего попадаете при загрузке на рабочую папку - это сократит количество телодвижений чтоб добраться до папки с инпутами.
+ сделайте запускальный скрипт для гауссиана (если он как то странно настроен на сервере) который облегчит вам запуск.
У меня запуск инпута на сервере выглядит как "g09 Inputname [node№№№]" (номер ноды можно не указывать но тогда система может послать на очень плохие ноды).

мне вначале выделили одну ноду, а потом стали на ней запускать какую-то ерунду.

Это как-то дурновато, как для моего ритма расчетов. Я могу месяцами иметь на сервере по одной задаче максимум а потом забить задачами половину сервера. Если бы каждый в моей группе имел по одной личной ноде и не мог бы использовать общие ресурсы - гм, прям не вижу смысла в кластере.

А ноутбук мне кажется предпочтительнее, поскольку его можно использовать и для других задач.

Ну это ж зависит от задач. Как показала практика на полную я свой ноут (4 ядра, 8Гб RAM) использую весьма редко, преимущественно при каких то визуализациях (которые при необходимости мог бы делать на рабочем десктопе). Основной бонус в том что я могу не заморачиваться и держать открытыми по 10 различных приложений. А для интернет серфинга хватило бы намного более скромных ресурсов.

[madschumacher]

А как запускать расчёты на этом кластере, чтобы было удобно? Мне надо, во-первых, запустить 20 расчётов в очереди.
У нас кластер на Linux, и чтобы на нём что-то запустить, мне приходится каждый раз запускать Putty, вводить кучу данных и паролей, потом долго блуждать по каталогам через консоль, чтобы наконец запустить Gaussian. Это действительно очень утомляет.

Там сейчас совершенно точно Slurm стоит + Bash создателю одного из самых популярных в пост-советском пространстве мол.вьюеров не так уж и сложно освоить...

Я в университете не числюсь, мне вначале выделили одну ноду, а потом стали на ней запускать какую-то ерунду. Т.е. с доступом к кластерам у меня тоже проблемы.

Ну можно же устроиться на 1/4 ставки куда-нть. При маленькой оплате, но при этом публикации статей с аффилиацией той организации, наверное и в Гос. и в ХТ универах не откажется кто-нть с вычислительными ресурсами взять?

А ноутбук мне кажется предпочтительнее, поскольку его можно использовать и для других задач.

Для квантовой химии, ИМХО, это все же просто деньги на ветер. Игровой ноут можно купить, это будет здорово и полезно, но вот лишний раз его убивать зачем же?

Это как-то дурновато, как для моего ритма расчетов. Я могу месяцами иметь на сервере по одной задаче максимум а потом забить задачами половину сервера. Если бы каждый в моей группе имел по одной личной ноде и не мог бы использовать общие ресурсы - гм, прям не вижу смысла в кластере.

Как я понимаю, причина этого -- это то, что кластер по знакомству предоставили. Т.е. одна нода -- уже хорошо, а вообще не обязаны были. Но это чисто догадка.

[amge]

А как запускать расчёты на этом кластере, чтобы было удобно? Мне надо, во-первых, запустить 20 расчётов в очереди.

Оптимальный вариант, конечно, поставить и настроить что-нибудь вроде PBS. Если не удастся (а мне, к своему стыду, не удалось), можете глянуть на совсем простую запускалку, которой, я, правда, не пользуюсь, т.к. есть люди, которые все же умеют побеждать PBS.

[ihammers]

А как запускать расчёты на этом кластере, чтобы было удобно? Мне надо, во-первых, запустить 20 расчётов в очереди. У нас кластер на Linux, и чтобы на нём что-то запустить, мне приходится каждый раз запускать Putty, вводить кучу данных и паролей, потом долго блуждать по каталогам через консоль, чтобы наконец запустить Gaussian. Это действительно очень утомляет.

Настройте доступ по ключу (ssh-keygen - создаст ключ), и сохраните настройки в Putty. Плюс используйте поиск по истории команд "Ctrl-r", после чего вводите несколько символов, если результат не тот, то нажимаете ещё раз "Ctrl-r". Либо создайте скрипт в домашней директории.

Доп. информация: Использование putty и ssh ключей в Windows.

Оптимальный вариант, конечно, поставить и настроить что-нибудь вроде PBS. Если не удастся (а мне, к своему стыду, не удалось), можете глянуть на совсем простую запускалку, которой, я, правда, не пользуюсь, т.к. есть люди, которые все же умеют побеждать PBS.

А что у вас не получилось сделать? Какая-то ошибка была?

[amge]

А что у вас не получилось сделать? Какая-то ошибка была?

В очередь ставилось, но на счет почему-то не пускалось.

Фу ты. Внимательно прочитав, понял, что мой пост про PBS - не в тему (не прошло и полгода ).

[VIPer]

присоединюсь к мнению, что ноутбук не очень подходящ для такой работы. ультрамобильные процессоры от интела core i3/5/7 сейчас все двухъядерные, выигрыш только в кэше и возможности небольшого динамического разгона. есть и 4-ядерники, но уже с другим тепловыделением, а без хорошего охлаждения процы могут уходить в троттлинг, в итоге будет только падение производительности и перегрев. проблему с частым обращением к диску можно частично решить установкой рамдиска гига на 2, если не сильно большие задачи, то все промежуточные данные гауссиана можно туда записывать, а на диск только out. на счёт AMD давно уже за ними не слежу, по-моему они не стоят внимания - греются больше, потребляют больше, производительность меньше.

попутно вопрос к коллегам - есть ли смысл собирать для своих относительно небольших расчётов своеобразный кластер из 2-3 машин на линуксе для расчётов в гауссиане с линдой? насколько линейным будет прирост производительности? в описании к гауссиану в качестве примера говорится об объединении 2- и 4-ядерных процессоров, но ничего не говорится об итоговой производительности - будет она ограничиваться самым медленным процессором или будет как-то складываться с частичной потерей? сейчас есть возможность объединить разогнанный core2quad и неразогнанный 6-ядерный xeon с приблизительно одинаковой производительностью (по linx 0.6.4). если удастся ещё оживить материнку с 1156 сокетом, то соберу и третий комп. на алиэкспрессе зионы на 775 чипсет с наклейкой на контакты стоят относительно недорого, при наличии материнок на p35/p45 в принципе можно ещё что-то из них выжать. согласен, что любой современный даже core i5 уделает эти квады, но он и стоит сейчас тыс. 15 только один.. есть и на 1156 сокет зионы в принципе..