Зависимость энергии от расстояния между атомами

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение Shorku » Вс мар 20, 2016 9:13 am

me_s, MP2 чисто механически такой же одноконфигурацоонный, как хф с дфт. Попробуйте поглядеть на орбитали (всм нарисовать их кубы), могу поспорить, что там, где срыв, есть инверсия заселенностей. С КАСом сравнивать без этого тоже тяжко, непонятно, с каким состояиием работает фф или нвкем.
Такие разрывы обычно означают, что Вы либо начали идти, либо в какой-то момент оказались не в основном состоянии
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
me_s
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Вт июн 03, 2014 4:57 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение me_s » Вс мар 20, 2016 9:19 am

>Thus, исправьте, плз, начальное приближение для Х-Ф и DFT. :very_shuffle: И не морочьте людЯм мозгЪ.

Это я уже сделал давно и написал об этом, но вы же сами не успокаиваетесь..

Аватара пользователя
me_s
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Вт июн 03, 2014 4:57 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение me_s » Вс мар 20, 2016 9:21 am

>Такие разрывы обычно означают, что Вы либо начали идти, либо в какой-то момент оказались не в основном состоянии

Ну да, собственно с самого начала об этом и говорю. Просто не понимаю в каком..

Аватара пользователя
me_s
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Вт июн 03, 2014 4:57 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение me_s » Вс мар 20, 2016 9:24 am

> могу поспорить, что там, где срыв, есть инверсия заселенностей.

По заселенностям действительно есть различие.

Аватара пользователя
me_s
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Вт июн 03, 2014 4:57 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение me_s » Вс мар 20, 2016 9:27 am

>непонятно, с каким состояиием работает фф или нвкем.

Так я же из-за этого и предлагаю Вам: найдите его у себя в гауссиане, там он тоже есть и прокомментируйте. в других пакетах суть та же.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение Гесс » Вс мар 20, 2016 9:37 am

По металлокластерам малого размера (9-13 атомов) для большого количества атомов есть статьи, можно посмотреть что там использовалось. У меня металлокластеры фигурировали очень побочно в полуэмпирическом проекте из котрого я вынес только то что малые безлигандные металлокластеры описываются скорее всего некорректно с точки зрения геометрии (это было неважно для проекта), а большие - просто не сводятся. Что вцелом весьма логично с учетом вырождения. Для алюминия насколько я помню кластеры Al13 являются "суператомами" и их несколько раз обмусоливали. Для никеля было чтото до 9 атомов. Медь помоему сульфиднолиганднопокрытая.

Аватара пользователя
me_s
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Вт июн 03, 2014 4:57 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение me_s » Вс мар 20, 2016 9:41 am

>Почему ТС уверен что CAS результатов он не дождется? (CAS кстати слабо зависим от числа атомов, вопрос преимущественно в активном прострастве).

Спасибо, я учту. Просто с самого начала мне казалось что это безнадежно при моих ресурсах, но может и не все так печально..

Аватара пользователя
me_s
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Вт июн 03, 2014 4:57 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение me_s » Вс мар 20, 2016 9:46 am

>По металлокластерам малого размера (9-13 атомов) для большого количества атомов есть статьи, можно посмотреть что там использовалось.

Да, я как раз такими занимался, не могли бы Вы ссылки прислать?

>Для алюминия насколько я помню кластеры Al13 являются "суператомами" и их несколько раз обмусоливали.

Он как раз самый интересный. Я сравнивал его с другими близкими, но с другой симметрией.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение Гесс » Вс мар 20, 2016 10:25 am

me_s писал(а):PC. Кто-то из коллег выше упомянул, что мэтры изучали С2 и обнаружили что-то интересное. У меня там тоже разрыв получается, если у Вас есть копия статьи в электронном формате, пришлите, пожалуйста в личку, заранее благодарен.
Статьи по C2 взяты с блога Рзепы: http://www.ch.imperial.ac.uk/rzepa/blog/?p=10733
10.1038@nchem.1263.pdf
Shaik_et_al-2013-Angewandte_Chemie_International_Edition.pdf
10.1002@anie.201301485.pdf
Danovich_et_al-2013-Angewandte_Chemie_International_Edition.pdf
me_s писал(а):>По металлокластерам малого размера (9-13 атомов) для большого количества атомов есть статьи, можно посмотреть что там использовалось.

Да, я как раз такими занимался, не могли бы Вы ссылки прислать?

>Для алюминия насколько я помню кластеры Al13 являются "суператомами" и их несколько раз обмусоливали.

Он как раз самый интересный. Я сравнивал его с другими близкими, но с другой симметрией.
По металлокластерам слишком много чтоб качать все подряд. По Al13OH меня когда то заинтересовала
1-s2.0-S0166128007007555-main.pdf
но вообще масса ссылок идет в https://en.wikipedia.org/wiki/Superatom да и просто гуглом типа "small nickel clusters". Если есть какой то конкретный запрос на поиск в базах данных или на доставание конкретной статьи - обращайтесь. Сюда или в соответствующий раздел форума.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
me_s
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Вт июн 03, 2014 4:57 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение me_s » Вс мар 20, 2016 11:31 am

Большое спасибо, этого пока достаточно вполне.

Аватара пользователя
me_s
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Вт июн 03, 2014 4:57 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение me_s » Вс мар 20, 2016 12:05 pm

>просто посчитайте ППЭ для основной сингл. и будем Вам сЩастье

У него же триплет основной??

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение Гесс » Вс мар 20, 2016 1:19 pm

Судя по вчерашней картинке Shorku где то от 2.6 основным состоянием должна быть равноценная смесь двух триплетов (с поправкой что состояния не прыгали и на базис).

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение Shorku » Вс мар 20, 2016 1:57 pm

Гесс писал(а):Судя по вчерашней картинке Shorku где то от 2.6 основным состоянием должна быть равноценная смесь двух триплетов (с поправкой что состояния не прыгали и на базис).
Мою вчерашнюю сляпанную за 15 минут картинку надо бы еще проверить, а то без учета симметрии бывают косяки-с.

[ Post made via Android ] Изображение
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
me_s
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Вт июн 03, 2014 4:57 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение me_s » Вс мар 20, 2016 5:17 pm

А Вы как сканировали вчера? Векторы загружали из предыдущего шага, или каждый раз из одного и того же?

Аватара пользователя
me_s
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Вт июн 03, 2014 4:57 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение me_s » Вс мар 20, 2016 5:24 pm

Хотелось бы посмотреть на картинку, если просто делать синг-пойнты с постоянным шагом, сплайнами не надо аппроксимировать.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение Shorku » Вс мар 20, 2016 6:52 pm

me_s писал(а):А Вы как сканировали вчера? Векторы загружали из предыдущего шага, или каждый раз из одного и того же?
Всмысле из одного и того же?

[ Post made via Android ] Изображение
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
me_s
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Вт июн 03, 2014 4:57 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение me_s » Вс мар 20, 2016 9:36 pm

Я вроде разобрался с инпутом. Взял пространство 10, а электронов 6. С симметрией чтобы не ошибиться гружу прямо векторы из выходного SCF файла. Считает триплет сейчас. Посмотрим что получится. Так что не считайте пока.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение Гесс » Вс мар 20, 2016 10:09 pm

Больше 6 электронов нет смысла брать на мой взгляд, это все не core электроны. Да и 10 орбиталей имхо перебор, думаю 6 бы хватило с головой.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение Shorku » Вс мар 20, 2016 10:11 pm

Омг, а что за орбитали вы взяли в качестве нач приближения для каса? А почему акт пространство 10? И причем здесь вообще симметрия?

По ходу в отсутствие более опытных участников придется написать памятку по casscf
Ремарка: я не специалист, все ниженаписанное может содержать ошибки и неточности, просьба поправлять.
Итак, стартовые орбитали:
-Стартовые орбитали нужно брать из хорошего одноконфигурационного решения, если у системы нет нормального синглетного решения, можно брать триплет, можно пихать или убирать дополнительные электроны и т.п. Потом в CASSCF расчете Вы все равно укажете правильный заряд.
-Стартовые орбитали лучше брать из коррелированного решения, например, орбитали из MP2 (но нужно контролировать, что это именно орбитали с поправками, а то часто рассчитывается только энергетичская поправка, а на орбиталях время экономится), или частенько даже орбитали из DFT.
Активное пространство:
-При его выборе стоит исходить из химического и т.п. смысла, т.е. брать все электроны с разрываемых связей, или все электроны свободных пар, или все d-электроны, или всю pi-подсистему. Если получается много, думать, что можно выкинуть. Активное пространство 14 на 14 можно, конечно, порешать, но со скрипом и стонами. Хотя если очень надо...
-Виртуальные орбитали выбираются соответсвтенно: разрыхляющие для связей, pi, d и так далее.
-Размер активного пространства надо стараться минимизировать, т.к. лишние орбитали мало того что существенно увеличивают нагрузку, так еще и сходимость ухудшают.
-Если в качестве начального приближения используются натуральные орбитали, можно поглядеть на их заселенности и не брать орбитали с заселенностями близкими к 2 и 0, если из DFT, можно смотреть на разницы в энергиях, активное пространство должно быть отделено от осаальных орбиталей серьезным гэпом.
-По химическому смыслу нужные орбитали могут оказаться не верхними\нижними, тогда придется менять их местами.
Сканирование по координате
-Контролируем, что в процессе одни орбитали не меняются местами с другими, все целевые орбитали должны пребывать в активном пространстве на протяжении всего скана
Симметрия
-В симметричных системах симметрию учитывать надо. Больше головняка с тем, какие там неприводимые представления и сколько каких состояний считать, но иначе могут быть проблемы даже с начальным приближением (У Пупышева в лекциях, скажем, было про косяки ХФ). К тому же счет ускоряется очень и очень (ну, если софт умеет работать с симметрией)
Поправки
-Хорошей энергетики без чего-нибудь вроде CASPT2 не получится
Базис
-Что DFT хорошо, то ab initio так себе, DZ базисные наборы годятся только быстро поглядеть, что как, TZ тоже довольно далеки от CBS.

Заключение про Вашу систему: можно попробовать активные пространства 6х6 и 2х4, например. Как начальное приближение я брал ROKS триплет у атомов на расстоянии 4А, возможно, это был не самый лучший выбор, там слишком близко еще один триплет. Я не смотрел, что аам происходит с акт. пространством на протяжении скана (ну, все валентные электроны я и так пихнул, а вот что с виртуальными орбиталяими - шут его знает). И я не учитывал симметрию - это может быть главным источником косяков, кмк.
Последний раз редактировалось Shorku Вс мар 20, 2016 11:37 pm, всего редактировалось 4 раза.
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 892
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Зависимость энергии от расстояния между атомами

Сообщение madschumacher » Вс мар 20, 2016 10:58 pm

Хотел извиниться у me_s за резkие свои последние высkазывания. Дисkуссия зациkлилась на мертвом месте и меня это немного раздражало.
Ни в Вашей kомпетентности, ни в целесообразности работы я не сомневался, и обижать не хотел. :very_shuffle:

А kластеры -- это очень интересно, и эта область не таkая простая.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Baidu [Spider] и 72 гостя