Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

[Vit Nhoc]

Кстати, огромная проблема программы Вита Нхока в том, что она не опубликована (ну или на сайте я ссылку не нашёл). Соответственно, о ней знают и её цитируют в пределах статистической погрешности. И рекламы нет, и любой нормальный рецензент зарубит, поскольку закрытый и неописанный код.

Можете посоветовать журнал, в которой можно отправить статью с минимумом бюрократии?

[Гесс]

За пределами постсоветского пространства все ИМХО довольно однородно в плане бюрократии.
MOLPRO и PSI4 были опубликованы в WIREs Comput. Mol. Sci.,
MOLCAS в J. Comput. Chem., Int. J. Quantum Chem., Computational Material Science
Turbomole и ACES преимуществнно в J. Chem. Phys.
Есть еще вещи типа J. Molec. Model.

[uchebnik fiziki]

За пределами постсоветского пространства все ИМХО довольно однородно в плане бюрократии.

В том смысле, что её нет.

Да, конечно, публиковать надо в нормальных журналах, но требования к статьям с описанием софта несколько иные, чем к экспериментальным статьям. Для описания программы-инструмента (не метода) пойдёт что-то вроде Int. J. Quant. Chem. или любой журнал, в котором есть специальный раздел по софту.

[Гесс]

Долой сосиализм!

Непонял.

[madschumacher]

А что за бюрокоатия Вас смущает? По-моему самое сложное(возможно), может быть ответ п возникшим вопросам рецензентам. Но это уж издержки научной периодики. Если не смущает - вперед! Из простых журналов (в плане строгости рецензентов) - comp.and theor.chem. (бывший theochem). Ещё проще - жфх. Туда вообще можно на русском написать.
Если же кажется, что рецензирование-невероятное зло, то можно засылать во всякие:
Журнал научных публикаций аспирантов и докторантов,
где Ваша статья будет опубликована вслед за великим Корчевателем: алгоритмом типичной унификации точек доступа и избыточности...
Но тогда и отношение к статье будет немного другое. А вообще, в жфх точно не возникнет проблем-все ж Chemctaft-ом в России много пользуются вроде. Но, кст тот же Firefly нигде не опубликован и ссылка дается на сайт. И Jmol тоже...

[ Post made via Android ]

[Гесс]

Но, кст тот же Firefly нигде не опубликован и ссылка дается на сайт.

У гауссиана и CFOUR тоже.

[uchebnik fiziki]

Тем не менее, считается, что в их мануалах все методы описаны и всё построено на достаточно строгой теории. На сайте кемкрафта даже мануала нет.

[Vit Nhoc]

Долой сосиализм!

Непонял.

Я за капитализм, когда производитель получает деньги не от государства, а от конечных потребителей. При социализме производство менее эффективно.
К сожалению, фундаментальная наука, насколько могу судить, может финансировать только государством, т.е. она скорее социалистическая.

Тем не менее, считается, что в их мануалах все методы описаны и всё построено на достаточно строгой теории. На сайте кемкрафта даже мануала нет.

Есть:
http://chemcraftprog.com/help.html

[uchebnik fiziki]

К сожалению, фундаментальная наука, насколько могу судить, может финансировать только государством, т.е. она скорее социалистическая.

Отнюдь.

Есть:

Это не мануал. Это список кнопочек в ГУИ и пунктов меню. Сравните с нормальной документацией: https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/index.html, http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/

[Vit Nhoc]

К сожалению, фундаментальная наука, насколько могу судить, может финансировать только государством, т.е. она скорее социалистическая.

Отнюдь.

Можете привести примеры? Для меня это актуальная тема.

Есть:

Это не мануал. Это список кнопочек в ГУИ и пунктов меню. Сравните с нормальной документацией: https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/index.html, http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/

Не знаю, вот идея галереи мне понравилась, я это сделал, а насчёт такой документации не знаю.

[uchebnik fiziki]

А чё там знать? Все нормальные программы необходимо документировать. Продавать программу без документации очень странно, кто ж её купит без документации?

[Гесс]

Все нормальные программы необходимо документировать. Продавать программу без документации очень странно, кто ж её купит без документации?

Оно конечно да, особенно касательно коммерческого, но среди бесплатных программ (да, это оффтоп) отсутствие мануала или мануал на 1 страницу - в порядке вещей. В частности Priroda и DFT/MRCI. Мануал Файерфлая как я понимаю тоже очень долго запиливался. Из коммерческих программ самый крохотный мануал не содержащий умопомрачительного количества фич программы - у Теракема (страниц 20). Самые всеобъемлющие мануалы (из тех у кого есть пдф версия) - у коммерческого Q-Chem (почти 1000 страниц) и бесплатной Орки (около 600).

[Ahha]

бесплатной Орки (около 600).

Чисто для статистики - у бесплатного Дальтона около 500 страниц. У NWChem'a не знаю - не помню даже, есть ли pdf, но в онлайновом мануале явно далеко не один десяток страниц.

[himdim2012]

добавлю свои 5 копеек про деньги: есть фундаментальная наука которая финансируется в основном государством и спонсорами, есть R&D подразделения крупных компаний где решают узкоспецефичные практические задачки. А есть проблема монетизации разработок... В контексте данной темы Vit Nhoc наверно имел ввиду именно это.

Прошу прощения за оффтоп.

[uchebnik fiziki]

среди бесплатных программ (да, это оффтоп) отсутствие мануала или мануал на 1 страницу - в порядке вещей.

В этом случае обычно есть ещё описания в статьях. Микромануалы обычно у приблуд, которые делают что-то одно. Если есть претензия на относительно большую функциональность, пишутся подробные разъяснения.

В частности Priroda и DFT/MRCI.

За вторую не скажу, но поделие Лайкова очень далеко от соблюдения стандартов софтопиления, насколько мне известно. Впрочем, оно хотя бы как-то опубликовано.

[EvgeniX]

За вторую не скажу, но поделие Лайкова очень далеко от соблюдения стандартов софтопиления, насколько мне известно. Впрочем, оно хотя бы как-то опубликовано.

Кстати, на счёт стандартов:
https://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=69760
))
И в версии 16 это самое устранено.

[YuraM]

Yes, Priroda is a mystery. I use it as optimizer almost in all my projects - and quite happy with it. It is fast, robust and reliable. I have no doubts that D. Laikov is a very talented person. He wrote Priroda alone, and I am sure this is a very challenging task. All other similar codes have many developers (perhaps dozens) and quite good funding. I do not understand why Priroda is not actively developed. I see only two explanations: a) either it is very difficult for him to get the money on the code development in Russia. If this is true - I am amazed, many people calculating molecules with this code get the money, while the code developer does not. b) he is difficult to deal with.
Regarding the commercial software , I did not use that many codes. But could you specify any reason for e.g. Turbomole better than Orca? Or ADF? OK, one advantage of ADF is this NMR business (SO included). Btw, I never used TeraChem. It is efficient? I think this is the code supporting GPU.
Still - I do not believe in efficiency of making money in academia. Imagine you are PI and you have a certain budget for the research, what would you prefer - to hire a man for a year to buy a software?

[Гесс]

Regarding the commercial software , I did not use that many codes. But could you specify any reason for e.g. Turbomole better than Orca? Or ADF? OK, one advantage of ADF is this NMR business (SO included). Btw, I never used TeraChem. It is efficient? I think this is the code supporting GPU.
Still - I do not believe in efficiency of making money in academia. Imagine you are PI and you have a certain budget for the research, what would you prefer - to hire a man for a year to buy a software?

I used so many codes because i all time need some strange features. What is features of Turbomole? - Plenty, majority i probably even don't know and will list not the most important, but...
It has ADC(2) (i know about this thing in 3 codes - two others are QChem that i cannot have and PSI4 that sometimes produces smth what i am not sure in),
it has 4th order scaling for SOS-MP2, while ORCA does not have it according to manual and its actual implementation is similar to MP2 according to developers (5th order), also as far as i understand Turbomole can do MP2, SCS-MP2 and SOS-MP2 in one, while ORCA need to run 3 times nearly the same.
There was statement that RI is more efficient in Turbomole, but i didnt make tests.
It has CC2. Also for excited states. I don't know who else have it.
Its the only code whose outputs can be used by DFT/MRCI code of Grimme.
...
If you need more - i have to really look in manual, due to terrible format of input and limitations of cluster where turbomole is installed i am avoiding this code unless i have no other options.

ADF is commercial. You want comparison of ADF with TM or Orca? It has great GUI, Slatter basis sets, specific dispersion corrections, option to regulate HF exchange in functional, DFTB (as independent module for extra prise).

TeraChem - yes its efficient. Yes its GPU. Make GPU supercomputer and it will bit gaussian or priroda on normal node with plenty cores. I would say that problem is "what TC can do". Actually it can do optimizations and MD (spherical boundaries) using DFT (limited list of functionals). And there is no new releases for last 3 or more years. Forum is not dead, but rather comatose... Youtube "Urey Miller nanoreactor" and you'll see the best what TC can.

[Shorku]

As for features I know and sometimes really need, but can not afford:
QChem has variety of SF-TDDFT and CDFT methods
ADF has TD-DFTB (DFTB itself is implemented also in free programs, but TD-DFTB only in ADF)

And so on. For default tasks like geom optimization with DFT or MP2 or CASSCF states one can take any package, but if one needs some particular feature...

[VTur]

Yes, Priroda is a mystery.

Есть одна тонкость в расчетах, которую честно не обойти, - это двух электронные четырех центровые интегралы. Если какая-то программа считает быстрее Гауссиана или ГАМЕССа, то эти интегралы не считаются, а оцениваются. И где вылезет ошибка в таких оценках наперед никто не скажет. Публикуют и верят. (Это к Природе и подобным программам)