Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение Shorku » Сб мар 12, 2016 12:19 am

Если что-то дергается из базы => оно уже посчитано => нафига это считать опять? => нафига эта фича, если только ей все равно не ограничиться?

[ Post made via Android ] Изображение
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение Shorku » Сб мар 12, 2016 12:23 am

Просто в академии подобная систематизаторская работа продается немного по-другому: делается бенчмарк/пишется обзор, печатается статья, делается отчет по гранту. Платит грантодатель, а не читатель. Читатели не настроены сильно много платить из своего кармана.

[ Post made via Android ] Изображение
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение Гесс » Сб мар 12, 2016 12:23 am

uchebnik fiziki писал(а):Более того, в реальных задачах зачастую не нужно ничего, кроме дефолтных параметров.
Это Ponyhof идеальный мир.
Кстати если бы все было именно так - вышеперечисленные форумы с "ааа, я запускаю а оно падает" выродились бы. Нам по прежнему нужен человек который прочитав сообщение об ошибке и посмотре на инпут может сказать "как это лечить".

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение Гесс » Сб мар 12, 2016 12:33 am

Shorku писал(а):Если что-то дергается из базы => оно уже посчитано => нафига это считать опять?
Гы, ну некоторых морских свинок, типа димера воды, извазюкали всем что шевелится. И каждому нужна стартовая структура.
Shorku писал(а):Читатели не настроены сильно много платить из своего кармана.
И иногда читая статью я прихожу в ужас от мысли что за это с меня хотели 30 баксов. Универы покупают расчетные пакеты и подписки на журналы. Если им предложат нечто которое выпрямит руки студентам и аспирантам и позволит обсчитывать в год не одно лекарство от жадности, а 5 - то купят.

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4265
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение uchebnik fiziki » Сб мар 12, 2016 12:34 am

Shorku писал(а):Если что-то дергается из базы => оно уже посчитано
С чего вдруг? В пабкеме несколько миллионов структур.
Гесс писал(а):Кстати если бы все было именно так - вышеперечисленные форумы с "ааа, я запускаю а оно падает" выродились бы.
Так а кто там пишет-то? Индийские и китайские аспиранты. Люди, имеющие лицензию, особенно коммерческую, пишут в техподдержку.
Гесс писал(а):Нам по прежнему нужен человек который прочитав сообщение об ошибке и посмотре на инпут может сказать "как это лечить".
Есть ещё статус local guru. Но на самом деле в случае коммерческого софта таких проблем меньше -- именно потому, что есть набор инструкций по установке, тестированных и официально поддерживаемых для определённых систем. И индустриальные техпроцессы тоже есть, там тоже разработка и использование разделены.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение Гесс » Сб мар 12, 2016 12:58 am

несовсем.Техподдержка обычно решает проблемы вылезающие из софта. То есть инпут не выглядящий слишком криминально внезапно выдает NaN или counterpoise расчеты двух половин практически симметричной системы дают сильно разные энергии. Проблемы состоящие в том, что, посчитав металлокластер BLYPом некто получает число не совпадающее с экспериментом ни по знаку ни по числу цифр - ну незнаю, я не обращался, но имхо навряд. И на вопросы "почему мой TD-PBE спектр не похож на снятый" тоже.
Кстати касательно помощи в установке - архив ACESII можно снять с сайта разработчиков бесплатно. А вот чтоб они вам помогли его установить (как мне рассказывали) - их надо заинтересовать с ними надо договариваться.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 892
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение madschumacher » Сб мар 12, 2016 1:10 am

uchebnik fiziki писал(а):
madschumacher писал(а):Kcт, наверное неплохой kомм. продуkт (с хорошим спросом) была бы эkспертная система, kоторая бы советовала что и kаk нужно считать. Типа -- вводишь молеkулу в виде *xyz файла, и говоришь ей: "Фас!", а она таkая приkидывает точность различных приближений, выч. стоимость расчетов, и, исходя из дополнительных условий (типа стоимость вычислений, доступность прог), выводит рейтинг приближений и методов расчета для подобной системы. Наверняkа kakие-нть унылые попытkи таkого делались, но будь у разрабов реально рабочий продуkт, сkажем, с 90% успешной вероятностью, то спрос наверняkа был бы. Правда, наверное таkой проеkт был бы тольkо Google под силу.
Такой проект называется "контрактные исследования" и выполняется соответствующей командой экспертов.
Т.е. если б у kонторы была возможность оплатить работу 1-10 эkспертам в вероятным повторением подобного проеkта через 1-12 месяцев и с той же оплатой работы тех же эkспертов, или же 1 раз заплатить за разработkу ПО, kоторое позволяло бы драть с kлиентов не сильно меньшую сумму, но при последующей работе уже не нанимать тех же лохов из аkадем. среды, то оно предпочло бы юзать опыт дипломированных биороботов вместо написания ИИ, kоторый бы это делал задарма? :lol:
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4265
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение uchebnik fiziki » Сб мар 12, 2016 1:12 am

Гесс писал(а):Техподдержка обычно решает проблемы вылезающие из софта.
Конечно.
Гесс писал(а):То есть инпут не выглядящий слишком криминально внезапно выдает NaN или counterpoise расчеты двух половин практически симметричной системы дают сильно разные энергии. Проблемы состоящие в том, что, посчитав металлокластер BLYPом некто получает число не совпадающее с экспериментом ни по знаку ни по числу цифр - ну незнаю, я не обращался, но имхо навряд. И на вопросы "почему мой TD-PBE спектр не похож на снятый" тоже.
У продвинутых разработчиков есть такая позиция -- support scientist. И в его обязанности может входить решение подобных задач. И разработка протоколов на заказ тоже. Если вы придёте к хорошему поставщику научного софта с такими вопросами -- вас не пошлют. Но решение этих вопросов стоит денег, которые платятся за коммерческие лицензии, или даже больше.
Гесс писал(а):Кстати касательно помощи в установке - архив ACESII можно снять с сайта разработчиков бесплатно. А вот чтоб они вам помогли его установить (как мне рассказывали) - их надо заинтересовать с ними надо договариваться.
Логично. Договариваться вообще надо.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4265
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение uchebnik fiziki » Сб мар 12, 2016 1:14 am

madschumacher писал(а):оно предпочло бы юзать опыт дипломированных биороботов вместо написания ИИ, kоторый бы это делал задарма? :lol:
Нафига писать ИИ, если есть биороботы?
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 892
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение madschumacher » Сб мар 12, 2016 1:15 am

uchebnik fiziki писал(а):
madschumacher писал(а): А еще всякие фичи типа vmd шных и travis овских штук для обработки md траекторий.
А зачем? Они же и так есть. Причём бесплатно и с открытым кодом.
А travis разве не с заkрытым? он же их группы Гримме? Ну в любом случае, упростить сkриптовый языk VMD до тыkания в легkодоступные kнопочkи -- это (ИМХО) желание многих. Да и желание спросить у Kиpхнер: "Да kаkого ж хрена твоя прога требует kаkую-то непонятную хероту?!" вызывает желание, возможно, не тольkо у меня... :dontknow:
+ проприетарность AIM ниkто не отменял. :very_shuffle:
Последний раз редактировалось madschumacher Сб мар 12, 2016 1:24 am, всего редактировалось 1 раз.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4265
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение uchebnik fiziki » Сб мар 12, 2016 1:19 am

madschumacher писал(а):А travis разве не с заkрытым? он же их группы Гримме?
Здесь не могу быть уверен -- мои знания о нём ограничиваются разговором пятилетней примерно давности на конференции с юношей, который его писал.
madschumacher писал(а): Ну в любом случае, упростить сkриптовый языk VMD до тыkания в легkодоступные kнопочkи -- это (ИМХО) желание многих.
Там нет специального скриптового языка, там тикль и питон. И такое количество плагинов, что легкодоступными кнопочками можно все стандартные и не очень задачи решить. Вот если бы предлагались скрипты для решения конкретных задач на заказ -- это было бы предложение, достойное оплаты.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 892
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение madschumacher » Сб мар 12, 2016 1:29 am

Что-то сомневаюсь, что индустрии нужно прям таk сильно что-то с VMD того же. А что нужно -- можно оплатить в частном порядkе (kаk Tefal группе из DESY) -- все ж редkие задачи то...
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение Гесс » Сб мар 12, 2016 1:38 am

uchebnik fiziki писал(а):У продвинутых разработчиков есть такая позиция -- support scientist. И в его обязанности может входить решение подобных задач. И разработка протоколов на заказ тоже. Если вы придёте к хорошему поставщику научного софта с такими вопросами -- вас не пошлют. Но решение этих вопросов стоит денег, которые платятся за коммерческие лицензии, или даже больше.
Тут мы приходим к обсуждаемому madschumacherом - надо либо платить деньги биороботам Инкорпорейшнса, либо покупать программу Vit Nhocа, чтоб она на основании нейронных сетей и чужих инпутов создала высокошансевый инпут.
uchebnik fiziki писал(а):
Гесс писал(а):Кстати касательно помощи в установке - архив ACESII можно снять с сайта разработчиков бесплатно. А вот чтоб они вам помогли его установить (как мне рассказывали) - их надо заинтересовать с ними надо договариваться.
Логично. Договариваться вообще надо.
Угу. Консалтинг и суппорт. "Несите ваши денежки". Бизнесмодель оказалась настолько успешной что авторы выпустили ACESIII (без половины фишек но зато можно установить) и счас заняты ACES-IV

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 892
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение madschumacher » Сб мар 12, 2016 1:47 am

Гесс писал(а):надо либо платить деньги биороботам Инкорпорейшнса, либо покупать программу Vit Nhocа, чтоб она на основании нейронных сетей и чужих инпутов создала высокошансевый инпут.
Да, а че там обсуждать? http://lurkmore.to/%D0%A1%D0%BB%D0%B0%D ... 0%B0%D0%BC

:lol: :lol: :lol:
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4265
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение uchebnik fiziki » Сб мар 12, 2016 1:49 am

madschumacher писал(а):Что-то сомневаюсь, что индустрии нужно прям таk сильно что-то с VMD того же. А что нужно -- можно оплатить в частном порядkе (kаk Tefal группе из DESY) -- все ж редkие задачи то...
Ну а в академии как-то принято самостоятельно писать.
Гесс писал(а):Тут мы приходим к обсуждаемому madschumacherом - надо либо платить деньги биороботам Инкорпорейшнса, либо покупать программу Vit Nhocа, чтоб она на основании нейронных сетей и чужих инпутов создала высокошансевый инпут.
Дык а кто ЦА-то? Если индустрия, то у индустрии есть нормальные поставщики софта и решений. Если академия, то в академии не принято аутсорсить решения, поскольку требуется воспроизводимость. Остаются домохозяйки.

Кстати, огромная проблема программы Вита Нхока в том, что она не опубликована (ну или на сайте я ссылку не нашёл). Соответственно, о ней знают и её цитируют в пределах статистической погрешности. И рекламы нет, и любой нормальный рецензент зарубит, поскольку закрытый и неописанный код.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение Гесс » Сб мар 12, 2016 2:04 am

uchebnik fiziki писал(а):
Гесс писал(а):Тут мы приходим к обсуждаемому madschumacherом - надо либо платить деньги биороботам Инкорпорейшнса, либо покупать программу Vit Nhocа, чтоб она на основании нейронных сетей и чужих инпутов создала высокошансевый инпут.
Дык а кто ЦА-то? Если индустрия, то у индустрии есть нормальные поставщики софта и решений. Если академия, то в академии не принято аутсорсить решения, поскольку требуется воспроизводимость. Остаются домохозяйки.
У домохозяек нет денег. Я бы сказал что 1) индустрия заинтересованная в том чтоб нанимать студентов (и платить соответственно), а результаты иметь как от профессионалов причем сразу по всем прогам. 2) академия, чтобы аспиранты производили меньше лажи в единицу фейсбука.

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4265
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение uchebnik fiziki » Сб мар 12, 2016 2:09 am

Гесс писал(а):1) индустрия заинтересованная в том чтоб нанимать студентов (и платить соответственно), а результаты иметь как от профессионалов причем сразу по всем прогам.
Это фантастика.
Гесс писал(а):2) академия, чтобы аспиранты производили меньше лажи в единицу фейсбука.
Для этой цели нет нужды платить за кота в мешке.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение Гесс » Сб мар 12, 2016 2:15 am

uchebnik fiziki писал(а):Это фантастика.
то есть в программу считающую хорошо с дефолтными настройками на все случаи жизни вы верите, а в программу подбирающую настройки под конкретную задачу - нет?

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4265
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение uchebnik fiziki » Сб мар 12, 2016 4:35 am

С чего вы взяли? Я не верю ни в то, ни в другое. Но: есть очень важная штука, особенно для индустрии -- разработка протоколов. Для Ro5-compliant их уже можно считать легкодоступными.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1400
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение Vit Nhoc » Сб мар 12, 2016 9:17 am

Гесс писал(а): I am probably 99% agree with you, but underlined part is absolutely wrong. Commercial software that i am (or was) using: Gaussian, Molpro, Turbomole, ADF, Q-Chem, Molcas, Terachem, MaterialStudio (bigger list is on https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_q ... s_software). And i have to admit that money allows them to make good software.
Долой сосиализм!
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 9 гостей