Стильбен ассиметрия.

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Цианин

Сообщение EvgeniX » Ср фев 10, 2016 6:06 pm

Гесс писал(а):Так я вообще ничего не понимаю - структура по сути симметричная, а заряды перекашивает :school: :dontknow:
Как-то тоже в B3LYP-е считали какой-то обычный симметричный углеводород, содержащий два ароматических цикла, через мостик. NBO и Мерц-Коллман выдавал асимметрию по зарядам, хотя такого быть не должно было. Три раза всё переоптимизировали...

Один из примеров (хотя отличия небольшие):

Код: Выделить всё

#p B3LYP/6-311+G(d,p) pop(nbo) opt freq

Alkene

0 1
6        0.597429407     -0.318172309      0.000000000
6       -0.597429406      0.318172307      0.000000000
6        4.538955579      1.377453377      0.000000000
6        3.423248139      2.224253119      0.000000000
6        4.348506974     -0.006468702      0.000000000
6        2.134633685      1.697428653      0.000000000
6        3.057852431     -0.535431771      0.000000000
6        1.922454656      0.301826197      0.000000000
6       -1.922454655     -0.301826199      0.000000000
6       -2.134633684     -1.697428655      0.000000000
6       -3.057852431      0.535431770      0.000000000
6       -3.423248138     -2.224253120      0.000000000
6       -4.348506974      0.006468701      0.000000000
6       -4.538955581     -1.377453369      0.000000000
1        3.562242141      3.306283804      0.000000000
1        5.208582268     -0.677338560      0.000000000
1        1.282452073      2.377605871      0.000000000
1        2.915657923     -1.618034666      0.000000000
1        5.545958644      1.795473705      0.000000000
1        0.611734833     -1.411985165      0.000000000
1       -0.611734832      1.411985164      0.000000000
1       -1.282452072     -2.377605873      0.000000000
1       -2.915657923      1.618034665      0.000000000
1       -3.562242140     -3.306283806      0.000000000
1       -5.208582267      0.677338558      0.000000000
1       -5.545958643     -1.795473706      0.000000000
PS: Пора уже раздел заводить - библиотечка "странностей"... %)
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Цианин

Сообщение EvgeniX » Чт фев 11, 2016 1:03 am

Гесс писал(а):Я сразу прошу оставить мне стеллаж. :lol: :(
Если сделать красивые иллюстрации и небольшой комментарий, почему так не должно быть, могу опубликовать на кукеме (пока в процессе). Вроде в NICT'е есть такой раздел, где непонятные вещи публикуют.
VTur писал(а):Проверьте волновую функцию на стабильность.
В моём примере заряды по Малликену вроде симметричные %). И UB3LYP-ом считали.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Цианин

Сообщение Shorku » Чт фев 11, 2016 12:17 pm

Что-то я не понимаю, про что кипеж, заряды же у этой бифенильной штуки симметричные, не?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Цианин

Сообщение Гесс » Чт фев 11, 2016 12:35 pm

Эммм. Давайте все же здесь по молекуле Sola. Стильбен я могу по желанию отделить.

Насчет оформления в виде картинок с описанием - я подумаю, мне надо время и энергия...

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Стильбен ассиметрия.

Сообщение EvgeniX » Чт фев 11, 2016 2:39 pm

Shorku писал(а):Что-то я не понимаю, про что кипеж, заряды же у этой бифенильной штуки симметричные, не?
Это по Малликену или NBO/Мерц-Коллман? Какая программа? Я считал в Gaussian 09 C.01.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Цианин

Сообщение Shorku » Чт фев 11, 2016 3:08 pm

EvgeniX писал(а):
Shorku писал(а):Что-то я не понимаю, про что кипеж, заряды же у этой бифенильной штуки симметричные, не?
Это по Малликену или NBO/Мерц-Коллман? Какая программа? Я считал в Gaussian 09 C.01.
Малликен, ORCA (базис только SVP для скорости)
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Цианин

Сообщение EvgeniX » Чт фев 11, 2016 3:35 pm

Shorku писал(а):Малликен, ORCA (базис только SVP для скорости)
В Гауссиане Малликен тоже нормально показывает, а вот NBO и Мерц-Коллман (с этим то что не так, это же по сути тот же Малликен) так. На рисунке - NBO.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Стильбен ассиметрия.

Сообщение Shorku » Чт фев 11, 2016 4:00 pm

Ну так это тогда какая-то фича NBO, а не рассчета B3LYP получается
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Стильбен ассиметрия.

Сообщение EvgeniX » Чт фев 11, 2016 5:48 pm

Shorku писал(а):Ну так это тогда какая-то фича NBO, а не рассчета B3LYP получается
Так Мерц-Коллман это же просто перепараметризованный Малликен!

Ну и Малликен не B3LYP использует, а результат общей SCF-задачи. IMHO, тут вообще без разницы, какой функционал.
Наверное, надо ещё Хиршфельда попробовать.

PS: Интересно, какой вид будет у хиноидной резонансной формы для стильбена? Вроде, как раз должна асимметричная получится, с одного конца +, с другого - на крайних атомах углерода. И наоборот...

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Стильбен ассиметрия.

Сообщение Shorku » Чт фев 11, 2016 7:56 pm

EvgeniX писал(а): Так Мерц-Коллман это же просто перепараметризованный Малликен!

Ну и Малликен не B3LYP использует, а результат общей SCF-задачи. IMHO, тут вообще без разницы, какой функционал.
Наверное, надо ещё Хиршфельда попробовать.

PS: Интересно, какой вид будет у хиноидной резонансной формы для стильбена? Вроде, как раз должна асимметричная получится, с одного конца +, с другого - на крайних атомах углерода. И наоборот...
Про то и речь1: Малиикен и Левдин дают симметричные заряды, наверное, Бейдер тоже нарисует симметричные. Именно что без разницы, какой там функционал, надо разбираться почему Вам NBO такое рисует (про девятый гауссиан, кстати, кто-то рассказывал, что там какие-то странности с NBO, может попробовать воспроизвести в третьем?)
Про то и речь2: хотите акууратные резонансные формы - считайте casscf :)
Make quantum chemistry, not war

endlesslake
Сообщения: 209
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: Стильбен ассиметрия.

Сообщение endlesslake » Чт фев 11, 2016 8:11 pm

1.jpg
в орке с NBO тоже все ок, по крайней мере в SVP базисе. Наверное проблемы стыковки NBO с гауссианом.

PS. Картинка кривоватая получилась, в общем, все углероды с отрицательным зарядом.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Стильбен ассиметрия.

Сообщение EvgeniX » Чт фев 11, 2016 11:09 pm

Shorku писал(а):Про то и речь2: хотите акууратные резонансные формы - считайте casscf :)
С одного конца повесить NO2, с другого NH2 и в ацетонитриле посчитать :D

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Стильбен ассиметрия.

Сообщение amge » Пт фев 12, 2016 5:49 am

EvgeniX писал(а):
Shorku писал(а):С одного конца повесить NO2, с другого NH2
Или п-углероды заменить на бор и азот.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 132 гостя