группа $SURF в PC GAMESS для сканирования ППЭ

[alexandrao2]

Дорогие пользователи firefly, подскажите, пожалуйста, что в данном инпуте принципиально не так?
Нужен скан диэдрального угла в 1м возбужденном состоянии.

$CONTRL SCFTYP=MCSCF RUNTYP=RSURFACE NZVAR=30 MAXIT=200 $END
$STATPT NSTEP=200 $END
$ZMAT DLC=1 AUTO=1 IFZMAT(1)=3,4,1,2,3 SCAN=.T. IFDMOD=2 $END
$SURF ORIG1=0 DISP1=9 NDISP1=20 REUSE=.T. $END
$SYSTEM TIMLIM=200 MWORDS=50 $END
$BASIS GBASIS=n31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=MOREAD NORB=89 $END
$DET NCORE=16 NACT=5 NELS=6 PURES=.F. WSTATE(1)=1,1 NSTATE=2 IROOT(1)=2 $END
$MCSCF CISTEP=ALDET FULLNR=.T. MAXIT=300 MICIT=10 ISTATE=2 $END
$DATA
....
$END
$VEC
....
$END

UPD Я поняла, вопрос снят.(
Но предложения о методе расчета скана диэдрального угла в возбужденном состоянии - с благодарностью принимаются.

[OrganikNV]

Добрый день запустила скан простой молекулы формальдимина по двум параметрам - обычному и двугранному углу. На определенном шаге расчет обрывается. Подскажите, пожалуйста, в чем может быть проблема.

[amge]

Есть предположение. У вас там, на мой взгляд, странно заданы делокализованные координаты - их примитивы не по связям. Среди примитив есть, например, диэдрал 1-2-3-5 (H2 и N3 не связаны). Предположение состоит в том, что на очередном шаге сканирования атомы H2-N3-H5 оказываются почти на линии, и программа не может вычислить декартовы координаты через такой диэдрал (Severe error: singular angular variable!)

[Vit Nhoc]

Здрасьте,
Меня давно просили сделать в Chemcraft трехмерный график ППЭ (две координаты - энергия), пока никак руки до этого не доходят.
Может быть, было бы пока достаточно сделать извлечение всех данных из выходного файла и перевод этих данных в какой-нибудь Mathlab (в текстовом формате). Вам бы это подошло?
С другой стороны, из моего опыта (я пробовал изучать ППЭ молекул со сложной структурой) у меня сложилось впечатление, что нужен не трехмерный график, а серия двумерных (т.е. если сканируется, например, R1 и R2, можно построить либо серию графиков R2-энергия, либо серию R1-Энергия). По-моему, такие графики лучше всего помогают проанализировать ППЭ.

[OrganikNV]

Есть предположение. У вас там, на мой взгляд, странно заданы делокализованные координаты - их примитивы не по связям. Среди примитив есть, например, диэдрал 1-2-3-5 (H2 и N3 не связаны). Предположение состоит в том, что на очередном шаге сканирования атомы H2-N3-H5 оказываются почти на линии, и программа не может вычислить декартовы координаты через такой диэдрал (Severe error: singular angular variable!)

Возможно, я написала неправильно последовательность атомов, но я задавала двугранный угол 2-1-3-5.
ifzmat(1)=2,1,3,5, 3,2,1,3,5

[Гесс]

А не, прошлая идея таки лажа.

Внутренняя координата 2-3-5 существует. Этот параметр на следующем шаге действительно близковат к 180.
В гамессе можно отказаться от определенной внутренней координаты? В гауссиане помнится можно было.

[amge]

Внутренняя координата 2-3-5 существует.

И это, как мне кажется, неправильно. Похоже, программе с какого-то перепугу показалось, что между метиленовыми протонами и азотом в соединении H2C=NH имеются водородные связи (NUMBER OF AUTOGENERATED H-BONDS 2), и она автоматически включила эти "связи" и соответствующие углы в список примитив для DLC. Возможно, отсюда и проблемы. Как заставить программу не делать так, я не нашел (это по мануалу GAMESS, может быть, у Firefly и есть возможность). Можно пробовать, как и советует Гесс, исключить опасные углы из списка примитив:
irzmat(1)=3,1,4,3,5, 4,1,2,3,5