Теоретический ИК-спектр и сравнение его с экспериментальным

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Wishmaster*
Сообщения: 11
Зарегистрирован: Вт авг 23, 2011 3:41 am

Теоретический ИК-спектр и сравнение его с экспериментальным

Сообщение Wishmaster* » Ср дек 02, 2015 6:23 am

Здравствуйте. Нужно сравнить теоретический ИК спектр двух таутомерных форм с экспериментальным ИК. Экспериментальный спектр в наличии. Теоретический спектр получил в программе firefly 8.1 (оптимизация, гессиан). Но там только моды и колебания, а самого спектра нет. Как его получить, создать, вытащить из .out файла, чтобы наложить на экспериментальный и соотнести полосы? Как это сделать в chemcrafte не знаю. Что-то слышал про molden, но с ним никогда не работал. Расскажите, как можно решить проблему.


Спасибо)

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Теоретический ИК-спектр и сравнение его с эксперименталь

Сообщение Гесс » Ср дек 02, 2015 8:13 am

В кемкрафте должна быть кнопка Tools слева внизу после открытия файла, возможно надо выделить в левом окне часть с расчетом частот, я не знаю как выглядит аутпут файерфлая в кемкрафте, это из соображений Гауссиана и прочих. Вот в этих Toolsах ищите IR-спектр. Ну или выложите аутпут сюда.

Касательно сравнения - помнится для разных методов был коэффициент корреляции, домножение расчетного спектра на который делало спектр лучше. Это надо гуглить либо ждать тут специалистов, я это кажется никогда не использовал.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1401
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Теоретический ИК-спектр и сравнение его с эксперименталь

Сообщение Vit Nhoc » Чт дек 03, 2015 7:06 pm

Wishmaster* писал(а):Здравствуйте. Нужно сравнить теоретический ИК спектр двух таутомерных форм с экспериментальным ИК. Экспериментальный спектр в наличии. Теоретический спектр получил в программе firefly 8.1 (оптимизация, гессиан). Но там только моды и колебания, а самого спектра нет. Как его получить, создать, вытащить из .out файла, чтобы наложить на экспериментальный и соотнести полосы? Как это сделать в chemcrafte не знаю. Что-то слышал про molden, но с ним никогда не работал. Расскажите, как можно решить проблему.
Поясните, Chemcraft вообще не отображает ничего (нет кнопки Show spectrum слева)? Или кнопка Show spectrum есть, но она выдаёт пустой график? Может быть в вашем расчёте не печатаются интенсивности, но по-моему это немного странно, должны печататься.
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.

Wishmaster*
Сообщения: 11
Зарегистрирован: Вт авг 23, 2011 3:41 am

Re: Теоретический ИК-спектр и сравнение его с эксперименталь

Сообщение Wishmaster* » Пт дек 04, 2015 2:09 pm

Выдает пустой график. Считал полуэмпирикой, так, в прикидку для первого раза. Интенсивности не выдал. Позже свои старые гессианы, а там спектр отображается, все нормально. Посоветуйте пожалуйста, как наложить экспериментальный и теоретический графики. В ориджине построить?

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1401
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Теоретический ИК-спектр и сравнение его с эксперименталь

Сообщение Vit Nhoc » Вт дек 15, 2015 3:57 pm

Да. Причём в Chemcraft вы можете сначала построить уширенный спектр, выбрать его границы, шаг, ширину линий, потом экспортировать этот спектр в текстовом формате и перевести в Origin.
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 55 гостей