проблема в MP2/aug-cc-pVTZ and aug-cc-pVQZ

[Ilias2102]

Добрый вечер. Занимаюсь расчетом оптимизации геометрии структуры на подобии полиина и кумулена. Расчет B3LYP и MP2/cc-pVTZ прошли успешно, но когда я добавил диффузные функции и для подсчета интенсивности добавил Freq=Raman начались проблемы, не говоря уже по CCSD(T).
Считал на двух компьютерах под Win и под Ubunto (EM64L-G09RevB.01). Использовал число ядер до 5 и оперативной памяти до 20 Гб. Но к сожалению появляется одна и таже ошибка, вот что в случае с MP2/aug-cc-pVTZ:

**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is 0.18103925D+03

Leave Link 801 at Mon Oct 19 10:27:24 2015, MaxMem= 1835008000 cpu: 0.6
(Enter /usr/local/g09/l906.exe)
Frozen-core derivative calculation, NFC= 6 NFV= 0.
FulOut=F Deriv=T AODrv=T NAtomX= 10
MMem= 0 MDisk= 14 MDiskD= 14
W3Min= 3147600 MinDsk= 10875465 NBas6D= 430
NBas2D= 93703 NTT= 92665 LW2= 7200000
MDV= 1833540283 MDiskM= 21296 NBas2p= 88523
Disk-based method using ON**2 memory for 14 occupieds at a time.
Permanent disk used for amplitudes= 59226550 words.
Estimated scratch disk usage= 1901073182 words.
IMap= 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Actual scratch disk usage= 1835915038 words.
JobTyp=1 Pass 1: I= 7 to 20 NPSUse= 2 ParTrn=T ParDer=T DoDerP=T.
(rs|ai) integrals will be sorted in core.

а вот начало:
%Chk=LCCcumulMP2augccpvtz2freq
%nprocs=2
Will use up to 2 processors via shared memory.
%mem=14000mb
-------------------------------------------------------------
#P MP2/aug-cc-pVTZ OPT(Z-matrix,CalcFC) FREQ(Raman) FormCheck

я так понял, что каждый проц кушает по 7000mb в таком случае, пробовал ставить 1 проц и 10000mb результат тот же...ставил 1 проц и 1900mb тоже самое...что можно сделать? может быть RWF попробовать или не в нем дело? уже руки опускаются...а Китайцы заразы на пятки наступают,хотят нас обойти в этом расчете...помогите пожалуйста, как можно обойти это и досчитать

[Гесс]

Гауссиан. Которая версия? Оно в таком виде падает или зависает? Какие либо дополнительные файлы создает?

http://ccl.net/chemistry/resources/mess ... index.html вы наверняка видели.

Если проблема таки в памяти и это не подходит то могу предложить варианты:
1) пойти в другую программу (орка, турбомоль, молпро). Рискуете потратить время и упереться в то же самое.
2) дать инпут кому то у кого кластер потолще, может и пройдет. Сколько времени занимают частоты до падения и сколько там атомов (неводородных)?

P.S. Есть еще одна мысль - возможно оно упирается в размер диска, либо системе ненравится размер rwf файлов. Возможно надо нарезать rwfы не более чем 1.9 гига. (как минимум ошибка вылазит в том же линке, хотя и должна выглядеть иначе).

[Ilias2102]

Гесс, Gaussian G09. Это были последние строчки,дальше под линуксом он просто вылетает,да создает .chk .Про другую программу...будет сложновато,увы,время поджимает...атомов углерода для начала я взял 6 штук. Расчет #P MP2/aug-cc-pVTZ OPT(Z-matrix,CalcFC) FREQ FormCheck при условии
Gaussian 09: EM64L-G09RevB.01 12-Aug-2010
15-Oct-2015
******************************************
%Chk=LCCcumulMP2augccpvtz2
%nprocs=2
Will use up to 2 processors via shared memory.
%mem=12000mb

занимает: Job cpu time: 0 days 8 hours 58 minutes 18.1 seconds.

самое смешное на харде 300 гигов свободно,оперативки могу 50 гигов выделить....но оно вылетает...
ооо нет, именно этой ссылки не видел,видел схожие с ней с того же http://ccl.net

пробовал пробиться на Чебышев,но он откинулся.

[Гесс]

300 гигов для временных файлов вполне может быть мало.
могу выделить - но вылетает - вылетает даже с 50 гигами с той же ошибкой?
А молекула воды с такими настройками проходит?

Выложите полный инпут если он не настолько секретен, возможно я или ктото еще ему найдет кластер. Только укажите ориентировочно примерно время. Высиживать его 2 недели я не буду.

на каплдкластере вы рамана ЕМНИП не сделаете. На этом уровне теории раман есть кажется только во втором Ацесе и заявлен в девелоперскую версию Цфор.

И это, релиз у G09 который?

[Ilias2102]

Гесс, воду сейчас поставлю проверить что и как,спасибо. да,все так же вылетает не в maxdisk дело...увы.
вот инпут:
%Chk=polytest
%nprocs=4
%mem=10000MB
#P MP2/aug-cc-pVTZ OPT(Z-matrix,CalcFC) FREQ=Raman
FormCheck

LCCpolyin

0 1
X
C 1 1.0
C 2 RCC 1 90.0
X 3 1.0 2 90.0 1 0.0
C 2 RC11 1 90.0 4 180.0
C 3 RC11 4 90.0 1 180.0
X 5 1.0 2 90.0 4 0.0
X 6 1.0 3 90.0 4 0.0
C 5 RC32 7 90.0 1 180.0
C 6 RC32 8 90.0 4 180.0
X 9 1.0 5 90.0 7 0.0
X 10 1.0 6 90.0 8 0.0
H 9 RCH 11 90.0 7 180.0
H 10 RCH 12 90.0 8 180.0

RCC = 1.230532
RC11 = 1.35951
RC32 = 1.22232
RCH = 1.06228

а как время рассчитать? 8 часов считал без Freq=Raman.

Высиживать звучит забавно)))как пингвинчики))

в Scratch он занимает порядка 20 гигов... пока считает.

G09 RevB.01

[anasanity]

Можно попробовать посчитать на MP2=fulldirect что бы удостоверится, что проблема не в большом RW файле.

[Гесс]

У кого большая пушка тот обычно и прав. Как минимум в этом случае размер имеет значение.

Cum.log

С другой стороны - я не знаю концепцию вашей публикации, но немного знаком с экспериментальными результатами по кумуленам и полиинам, и должен заметить что дальнейшее удлинение без внедрения концевых групп (в том числе очень серьезного размера) невозможно, а внедрение этих самых групп будет не только очень сильно удорожать расчет но и качественно менять струкутуру спектра (в том числе и минимальные изменения в заместителях).
Если вы хотите это обсудить и формат форума вас не устраивает - у меня открыты ЛС.

[Ilias2102]

Гесс, спасибо,уже написал Вам ЛС =)

[VTur]

Посмотрите размер *.rwf файла.
300 ГБ для MP2/aug-cc-pVTZ довольно небольшой размер, амплитуды могут не влезть

[Ilias2102]

VTur, спасибо,проверю. но после чистки Scratch директории и запуска только одного процесса,Scratch весит 24 гига

[Ilias2102]

я сейчас буду биться головой ап клаву!! как такое может быть,2 ядра и 12 гигов-ошибка, 4 ядра и 10 гигов-ошибка, а блин 4 ядра и 12 гигов только что кластер посчитал!!! причем: Job cpu time: 1 days 6 hours 43 minutes 52.8 seconds.
******************************************
Gaussian 09: EM64L-G09RevB.01 12-Aug-2010
24-Oct-2015
******************************************
%Chk=LCCpolynewzmp2augccpvTzgauss4next2
%nprocs=4
Will use up to 4 processors via shared memory.
%mem=12000MB
-------------------------------------------------------------
#P MP2/aug-cc-pVTZ OPT(Z-matrix,CalcFC) FREQ(Raman) FormCheck

это как такое может быть????

[Гесс]

Это все запускается на некоем кластере который сам определяет на какую ноду послать или это чтото типа домашнего суперкомпа на который ставится одна задача за раз?
Если кластер - возможен эффект ноды.
Если суперкомп - ранится только одна задача за раз, никаких прочих процессов отжирающих память одновременно не идет, в стиле другого расчета или рендеринга?
Если это один и тот же комп и одна задача за раз то:
Между этим

2 ядра и 12 гигов-ошибка

и этим

4 ядра и 12 гигов

запусками вы делали какие либо манипуляции например с чисткой диска и удалением скретча?

[Yurii]

я сейчас буду биться головой ап клаву!! как такое может быть,2 ядра и 12 гигов-ошибка, 4 ядра и 10 гигов-ошибка, а блин 4 ядра и 12 гигов только что кластер посчитал!!!

Нетрудно догадаться, что не хватает дисковой памяти (у меня RAID на 8 терабайт + 64 гига оперативки и 6-ти ядерный процессор с FMA и то иногда на mp2 из-за нехватки дисковой памяти вылетают задачи). И потом, перейдите с b01 на d01.

[Ilias2102]

Yurii,а в чем разница между этими ревизиями?

[Yurii]

http://www.gaussian.com/g_tech/old_rnot ... 09_b01.pdf
http://www.gaussian.com/g_tech/rel_notes.pdf
Например, значительно увеличена скорость расчета спектра в mp2.

[Ilias2102]

Yurii,ок) сейчас разберусь