Внутренние параметры для оптимизации в Gaussian

[Vit Nhoc]

Когда в Gaussian запускается оптимизация в Cartesian координатах, программа выбирает свой набор внутренних координат, который печатается в ! Initial Parameters !. Эти параметры не всегда выбираются правильно; во вложенном рисунке – пример, как Гауссиан выбрал расстояния для оптимизации билирубина.
Как я понял, из-за того, что некоторые связи в молекуле (водородные) не попали в список параметров-расстояний, оптимизация идёт довольно криво. Можно ли с помощью каких-то iop-ов задать все параметры правильно (или сказать Гауссиану, какие в молекуле есть связи, чтобы он сам корректно определил параметры).

[Гесс]

Да,
[cut]1) и самое унылое: можно попробовать поредактировать внутренние координаты с помощью ModRedundant, возможно в комбинации с Skip и NewRedundant. (подробнее о ключах http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_geom.htm)
2) чуть получше: использовать секцию Connectivity и указать для интересующих вас связей порядок 0.1, тогда они будут внесены в список внутренних координат.[/cut]
3) Просто и со вкусом: Opt=Cartesian. Внутренние координаты не генерируются, расчет ведется вкартезиановых координатах. Цена - некоторое замедление расчета, литературно - до 5 раз, лично я не заметил и двукратного. viewtopic.php?f=71&t=111482

[Vit Nhoc]

Как я понимаю, пользоваться методом 1 значит вручную составить список всех координат, включая расстояния, углы и двугранные углы. Второй вариант - задать список расстояний, по ним некий алгоритм Gaussian-а построит список параметров. Насколько хорош этот алгоритм? Если я придумаю свой алгоритм, насколько он может дать прирост скорости расчёта оптимизации?

[Гесс]

Я не применял ни 1 ни 2, но имхо надо просто дописать к имеющимся xyz какие длины связей вы хотите иметь во внутренних координатах. Либо через ModRedundant либо через игры с Connectivity. Остальные координаты гауссина достроит сам. Если выбирать из этих двух - я бы начал со второго.
А 3ий вариант вас совсем не устраивает?

[Vit Nhoc]

Этот вопрос можно было задать в теме "усовершенствования Chemcraft". Как я понимаю, если правильно подобрать эти параметры, оптимизация пройдёт быстрее. В примере который я привёл в начале первой темы, Gaussian не распознал водородные связи, и поэтому наверно расстояния O..H болтаются туда-сюда в ходе оптимизации. Я могу сделать в Chemcraft автоматическую генерацию секции для входного файла с правильными параметрами (по связям, которые распознал Chemcraft, или вручную подкорректировал пользователь). Предполагается, что это сократит время расчёта.