Что такое оксамат и насколько он ингибитор ЛДГ?

[KNov]

Есть такое химическое соединение - в англоязычной литературе называется oxamate. Если я правильно понял, то у нас это называется оксаминовая кислота C2H3NO3 = C2O2(NH2)OH. Также вот здесь (http://web.ion.ru/files/%D0%94%D0%B8%D1 ... D0%AE.docx) упоминается, что оксамат является ингибитором лактатдегидрогеназы (ЛДГ). Так же вот здесь (http://www.scbt.com/datasheet-215880-so ... amate.html) указано, что так называемый sodium oxamate C2H2NO3•Na является ингибитором лактатдегидрогеназы. Вопрос: является ли оксаминовая кислота ингибитором ЛДГ или всё-таки для этих целей нужен именно sodium oxamate и где об этом можно почитать? Да, и ещё: где эти вещества используются в народном хозяйстве - то есть где их искать, где в принципе их можно достать? Искал всё это в Интернете, может не правильно искал, подскажите кто что знает, пожалуйста.

[avor]

Оксаматы - соли или эфиры моно амида щавелевой кислоты. Анион оксамата является структурным аналогом аниона пирувата и ингибирует ЛДГ и весь гликолиз вместе с ней.

Archives of Biochemistry and Biophysics 1986-04-01
Interaction of oxamate with the gluconeogenic pathway in rat liver.
A Martin-Requero, M S Ayuso, R Parrilla

PMID 3963816
Abstract
Oxamate, a structural analog of pyruvate, known as a potent inhibitor of lactic dehydrogenase, lactic dehydrogenase, produces an inhibition of gluconeogenic flux in isolated perfused rat liver or hepatocyte suspensions from low concentrations of pyruvate (less than 0.5 mM) or substrates yielding pyruvate. The following observations indicate that oxamate inhibits flux through pyruvate carboxylase: accumulation of substrates and decreased concentration of all metabolic intermediates beyond pyruvate; decreased levels of aspartate, glutamate, and alanine; and enhanced ketone body production, which is a sensitive indicator of decreased mitochondrial free oxaloacetate levels. The decreased pyruvate carboxylase flux does not seem to be the result of a direct inhibitory action of oxamate on this enzyme but is secondary to a decreased rate of pyruvate entry into the mitochondria. This assumption is based on the following observations: Above 0.4 mM pyruvate, no significant inhibitory effect of oxamate on gluconeogenesis was observed. The competitive nature of oxamate inhibition is in conflict with its effect on isolated pyruvate carboxylase which is noncompetitive for pyruvate. Fatty acid oxidation was effective in stimulating gluconeogenesis in the presence of oxamate only at concentrations of pyruvate above 0.4 mM. Since only at low pyruvate concentrations its entry into the mitochondria occurs via the monocarboxylate translocator, from these observations it follows that pyruvate transport across the mitochondrial membrane, and not its carboxylation, is the first nonequilibrium step in the gluconeogenic pathway. In the presence of oxamate, fatty acid oxidation inhibited gluconeogenesis from lactate, alanine, and low pyruvate concentrations (less than 0.5 mM), and the rate of transfer of reducing equivalents to the cytosol was significantly decreased. Whether fatty acids stimulate or inhibit gluconeogenesis appears to correlate with the rate of flux through pyruvate carboxylase which ultimately seems to rely on pyruvate availability. Unless adequate rates of oxaloacetate formation are maintained, the shift of the mitochondrial NAD couple to a more reduced state during fatty acid oxidation seems to decrease mitochondrial oxaloacetate resulting in a decreased rate of transfer of carbon and reducing power to the cytosol.

Biochemistry (Washington) 1988-03-08
An investigation of the contribution made by the carboxylate group of an active site histidine-aspartate couple to binding and catalysis in lactate dehydrogenase.
A R Clarke, H M Wilks, D A Barstow, T Atkinson, W N Chia, J J Holbrook

PMID 3365414
Abstract
The influence of aspartate-168 on the proton-donating and -accepting properties of histidine-195 (the active site acid/base catalyst in lactate dehydrogenase) was evaluated by use of site-directed mutagenesis to change the residue to asparagine and to alanine. Despite the fact that asparagine could form a hydrogen bond to histidine while alanine could not, the two mutant enzymes have closely similar catalytic and ligand-binding properties. Both bind pyruvate and its analogue (oxamate) 200 times more weakly than the wild-type enzyme but show little disruption in their binding of lactate and its unreactive analogue, trifluorolactate. Neither mutation alters the binding of coenzymes (NADH and NAD+) or the pK of the histidine-195 residue in the enzyme-coenzyme complex. We conclude that a strong histidine-aspartate interaction is only formed when both coenzyme and substrate are bound. Deletion of the negative charge of aspartate shifts the equilibrium between enzyme-NADH-pyruvate (protonated histidine) and enzyme-NAD+-lactate (unprotonated histidine) toward the latter. In contrast to the wild-type enzyme, the rate of catalysis in both directions in the mutants is limited by a slow hydride ion transfer step.

Что касается соль или кислота. То при рН 7 кислота по любому превратится в соль. Кислота очевидно сильная так, что даже в довольно кислых рН должна диссоциировать и представляться анионом. Естественно, что кислота будет закислять среду, в отличии от соли.

[KNov]

Большое пребольшое спасибо за информацию!

Правильно ли я понял, что важен именно анион оксамата при ингибировании ЛДГ, и если мы возьмем в качестве оксамата, например, эфир моно амида щавелевой кислоты, то в любом случае этот анион от эфира отколется и будет ингибировать ЛДГ и таким образом для ингибирования ЛДГ достаточно просто взять эфир моно амида щавелевой кислоты? То есть можно взять вот это вещество: (C2H5)2NCOCOOR (оксамат, R = = алкил С7-С9); - здесь (http://www.xumuk.ru/encyklopedia/2/3888.html) написано "оксамат". Тот ли это оксомат, что ингибирует ЛДГ?


А ещё вот нашёл этиловый эфир оксаминовой кислоты (этилоксамат): H2NCO•COOC2H5. Это тоже ингибитор ЛДГ?

[avor]

В чем ваша проблема? Или вы как Чукча из анекдотов будете петь о том, что видите в гугле. И по каждой найденной ссылке задавать вопрос: А это ингибитор, а это?

[Vanya Ivanov]

Дорогой/ая KNov,

Известно, что простейшие амиды щавелевой к-ты (оксаматы) ингибируют LDH и активны как ингибторы гликолиза в опухолевых клетках. Вот народ и варит ... в погоне за противоопухолевым эффектом. Амидов щавелевой к-ты насинтезированно великие тысячи. Только поиск по структуре простейшего амида в PubChem дает свыше 2500 соединений. Я полагаю их сварено уже за 25 - 30 тыс.
Если Вы решили, что вам форумные простаки будут делать патентный поиск бесплатно, то зря .... Лучше научиться использовать базы по мед химии самому, или кооперируйтесь.
Вам же круто и вполне профессионально помогли (avor).... а Вы дальше будете вводить каждое соединение, которое пришло Вам на ум.... и так в течении сотен лет?
Профессиональное взросление проходит через разочарование. Развивайтесь. Удачи.

[KNov]

Известно, что простейшие амиды щавелевой к-ты (оксаматы) ингибируют LDH и активны как ингибторы гликолиза в опухолевых клетках. Вот народ и варит ... в погоне за противоопухолевым эффектом. Амидов щавелевой к-ты насинтезированно великие тысячи. Только поиск по структуре простейшего амида в PubChem дает свыше 2500 соединений. Я полагаю их сварено уже за 25 - 30 тыс.

Спасибо, что просветили. То есть получается что этих самых оксаматов наклепали великие тыщи. А я-то думал, что если человек где-то пишет "оксамат" не конкретизируя формулу, то он имеет в виду какой-то всем известный конкретный оксамат (имеет в виду некий общепринятый стандарт). Оказалось, что это не так. Заблуждался, потому и задавал все эти вопросы.

p.s. Да, и наверное так сразу подозревать человека во всех смертных грехах это не совсем камильфо.

[avor]

Я так понимаю тема закрыта? Потому что конструктива не предвидится

[KNov]

С чего это вдруг такие выводы?

[KNov]

Итак, вопрос. Что для экспериментов наиболее просто достать, приобрести в качестве оксамата, ингибирующего ЛДГ. Эксперименты химика-любителя дома. Эксперименты по ингибированию ЛДГ. Есть идеи именно по противораковому действию ингибитора ЛДГ (если интересно, могу здесь изложить).

[avor]

Сколько вы планируете тратить денег в валюте на домашнюю лабораторию в месяц? И сколько планируете потратить на ее создание? И какова цель вашей исследоватльской деятельности? Какой конечный результат предполагается получить?

[Vanya Ivanov]

KNov,
оксомат натрия наиболее активный ингибитор LDH, не смотря на гиганскую работу уже сделанную по синтузу новых структур.
я мог бы поискать оксомат натрия - (где-то что-то видел может удасться поискать), но .....

Эти эксперименты и результаты будут мало интересны специалистам ..... LDH, эффект Варбурга в опухолевых клетках, - все это следствие!
Причина онкологии и главная цель теоретической онкологии (и естественно практической) - Что происходит и как влиять на иммунные клетки (какие?) что бы опухолевые клетки, возникающие у человека в среднем один раз в три секунды, не эволюционировали и далее накопив мутационный потенциал не ускользали от контроля иммунитета? Иммунитет это давящий фактор эволюции для опухолевых клеток. Парадокс онкологии - иммунитет убивает и рождает опухоль.

Раз в полтора года мы получаем приличные и очень приличные резултаты по первичному скринингу малых молекул, но ..... биологи копаются в них как куры в говне.... а вот моно-АТ их возбуждают больше. Банды иммунологов рулят.... Так что, это вам сегодняшний срез реальной работы отрасли у нас.

это результаты биоскринингу по вашему оксомату натрия 2003 - 2008 гг

oxomate.txt

Напишите о ваших планах и оригинальных идеях, либо в личку либо выкладывайте на форуме. Будет что нибудь дельное - выскажем критику, а алогичные и кривые идеи - ну уж извиняйте и так много дел .... хотя форум штука прикольная.

[KNov]

Сколько вы планируете тратить денег в валюте на домашнюю лабораторию в месяц? И сколько планируете потратить на ее создание? И какова цель вашей исследоватльской деятельности? Какой конечный результат предполагается получить?

Планирую попробовать и только в ходе проб пойму сколько потребуется денег. И конечно если всё это начнёт выкатываться в солидные суммы, то увы и ах ибо домашняя лаборатория ...

Ну а цель - попробовать.

LDH, эффект Варбурга в опухолевых клетка ...

Банды иммунологов рулят....

Надеюсь, что одно другому не помешает.

это результаты биоскринингу по вашему оксомату натрия 2003 - 2008 гг

Напишите о ваших планах и оригинальных идеях, либо в личку либо выкладывайте на форуме. Будет что нибудь дельное - выскажем критику, а алогичные и кривые идеи - ну уж извиняйте и так много дел .... хотя форум штука прикольная.

Спасибо за информацию о том, что оксомат натрия наиболее активный ингибитор, а также за результаты биоскрининга по оксомату натрия. Попробую повникать.

Ну и об идеях:

Итак, начнём по возможности максимально понятным языком. Сначала общее суждение: каждая молекула имеет свою пространственную структуру, свою пространственную конфигурацию физических полей. Таким образом и органеллы клеток тоже имеют свои пространственные конфигурации полей.

Теперь конкретика:
Известно, что в здоровой клетке процесс энергопотребления ("горения" глюкозы) идёт следующим образом:
Глюкоза->Пируват->Переработка пирувата митохондриями до H2O и CO2
В раковой клетке митохондрии "сломаны" и процесс добычи энергии идёт так:
Глюкоза->Пируват->Молочная кислота.

В здоровой клетке таким образом как только пируват сформировался, его перехватывает митохондрия и он не успевает перерабатываться в молочную кислоту. То есть пространственные конфигурации их физических полей взаимно дополняют друг друга, как ключ и замок и именно поэтому митохондрия быстро перехватывает пируват - это "удобно" и для пирувата и для митохондрии. Поля митохондрии втягивают молекулу пирувата в себя и именно потому, что их поля подходят друг к другу (имеет место сродство друг другу).

Когда же замок-митохондрия сломан, то там что-то "выперло" таким образом, что ключ теперь не может войти в замок т.е. конфигурации их полей теперь не подходят друг другу и в итоге замок-митохондрия теперь не всасывает своими полями в себя ключ-пируват. И пируват, не попав в митохондрию, превращается в итоге в лактат.

Теперь, как это исправить? Попробуем недопустить, чтобы пируват превратился в лактат. Что получится? Получится, что в клетке будет всё время находиться этот самый пируват, он своей конфигурацией полей будет действовать на митохондрию. То есть будет иметь место конфигурация полей ключа-пирувата и она будет противодействовать конфигурации полей сломанного замка-митохондрии и особенно тем её полям и молекулам, что неправомерно "выперли". То есть возникнет ситуация типа той, что мы всё-таки пытаемся правильным ключом открыть сломавшийся замок. В итоге то, что в митохондрии ошибочно "выперло" будет под воздействием полей пирувата постепенно уходить, вставать на своё место и в итоге поля сломанной митохондрии подстроятся под поля пирувата. После такой подстройки получится, что так как поля здоровой митохондрии и пирувата полностью взаимно друг друга дополняют, то конфигурация полей сломанной митохондрии будет восстановлена до здорового состояния и она снова начнёт хватать пируват не позволяя ему успеть превратиться в лактат. Таким образом мы сможем запустить митохондрии т.е. превратить раковую клетку в здоровую. Либо, что более вероятно, заставив шевелиться митохондрию, пытаясь её запустить в здоровом направлении, мы в итоге спровоцируем процесс апаптоза раковой клетки.

За превращение пирувата в лактат отвечает ЛДГ. Интересно так же вот что. Известно, что в эритроцитах тоже имеет место анаэробный гликолиз. То есть что получается? Мы ингибировав процесс превращения пирувата в лактат обездолим и эритроциты? Оказалось, что в эритроцитах действует ЛДГ-1, ЛДГ-2 (как и, например, в сердечной мышце и т.д.), а вот в раковых клетках ЛДГ-3, ЛДГ-4, ЛДГ-5. То есть эритроциты не пострадают при правильном ингибировании ЛДГ. Так же ингибирование ЛДГ должно сыграть хотя бы потому, что прекратится (ну или хотя бы уменьшится) выработка лактата, а он как известно довольно пагубно действует даже на здоровые митохондрии. Плюс именно лактат является одним из факторов васкуляризации опухоли.

Ну и публикация, где исследуется воздействие на рак связки метформин + оксамат в опытах в том числе и на мышках:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24465604

т.е. возможно, что изложенный выше механизм действительно имеет место быть. Да, ещё момент, в данной статье связка метформин + оксамат, я бы в связи с вышеизложенной логикой попробовал связку липоевая кислота + оксамат так как насколько я понял липоевая кислота как раз участвует на начальном этапе переработки пирувата митохондрией.

И кстати об иммунитете и ЛДГ. Известно, что ингибиторами ЛДГ могут быть иммуноглобулины, см., например, здесь:
http://www.cdk.dp.ua/ru/diagnostics/lab ... s/lpg.html

[avor]

Ну гугль слету выдает несколько статей про оксамат(что пабмед кстати делает с неохотой) и ингибирование им роста раковых клеток. О ремиссии трансформации статей нет и мне кажется это утопия. Потому что митохондрии на самом деле в опухолевых клетках не вырубаются. Скорее опухолевые клетки должны перейти на интенсификацию гликолиза, потому что интенсивная пролиферация практически неизбежно приведет к гипоксии и гибели опухоли, если она заранее не позаботится о приспособлении к анаэробному метаболизму.

Меня во всей это истории интересует как вы конкретно собираетесь изучать противоопухолевую активность оксамата.

Ну и комментировать ваше теоретическое обоснование просто страшно: сон разума рождающий чудовищ, достойных раздела антихимии.

[KNov]

Ну и комментировать ваше теоретическое обоснование просто страшно: сон разума рождающий чудовищ, достойных раздела антихимии.

Так "критиковать" может кто угодно. Хотелось бы конкретики, что вас конкретно не устраивает в данной модели?

[avor]

Это не критика это впечатление. А критиковать такое, только за деньги.

[KNov]

Это не критика это впечатление. А критиковать такое, только за деньги.

Зря вы так.

И между прочим:

Скорее опухолевые клетки должны перейти на интенсификацию гликолиза, потому что интенсивная пролиферация практически неизбежно приведет к гипоксии и гибели опухоли, если она заранее не позаботится о приспособлении к анаэробному метаболизму.

вот тут вы ошибаетесь. Интенсивная полиферация - это не цель для реализации которой раковая клетка включает анаэробный гликолиз. "Заранее позаботиться" - это не функция столь простого организма. И логика типа: если бы клетка интенсивно делилась работая при этом на аэробном принципе ... - эта логика здесь не работает.

[avor]

Я уже сказал, что не собираюсь вступать с вами в прения, Если вы не будете платить за это деньги. Меня больше интересует что и как вы собираетесь делать.

[Vanya Ivanov]

Я голосою за перенос этой ветки из "биохимия и мол биол" в "антихимию". Модерторы?

[KNov]

Я голосою за перенос этой ветки из "биохимия и мол биол" в "антихимию". Модерторы?

А разве хоть что-то из изложенного по сути (не терминологически) противоречит официальной науке?

[Гесс]

Тема пока премущественно выглядит как задавание ТопикСтартером вопросов и получение на них ответов.
Если основным содержимым станет пропаганда точки зрения которую специалисты признают антихимической - переедем.