Gaussian под linux

[VIPer]

да, вот сейчас сравнил один и тот же расчёт - в винде на g09w a02 на core i3/4GB RAM расчёт завершился за 1 час 20 мин, под линуксом на g09w d01 на core i7/20GB за 1 час 45 мин (!). очевидно, память использовалась не вся, да и вообще результат довольно странный..

[Любитель_Манниха]

Разные версии софта внезапно могут сильно по-разному считать.

[ Post made via Android ]

[Гесс]

да, вот сейчас сравнил один и тот же расчёт - в винде на g09w a02 на core i3/4GB RAM расчёт завершился за 1 час 20 мин, под линуксом на g09w d01 на core i7/20GB за 1 час 45 мин (!). очевидно, память использовалась не вся, да и вообще результат довольно странный..

сколько процессоров реально было занято в обоих случаях? (не указано где то, а именно было загружено). Какое машинное время обоих расчетов? (в последних двух строках аутпута).

[VIPer]

DualCore Intel Core i3-3240, 3400 MHz (2 cores, 4 threads), реально 2 ядра, 4 потока, было все 4 потока задействовано, по сути 2 ядра.

Код: Выделить всё

 Job cpu time:  0 days  1 hours 20 minutes 25.0 seconds.
 File lengths (MBytes):  RWF=     57 Int=      0 D2E=      0 Chk=      6 Scr=      1 

core i7 3770k @ 4.2 GHz (4 cores, 4 threads) здесь хайпер трейдинг был отключен, 4 честных ядра, 4 потока, все были задействованы. + разгон до 4.2 ГГц, который у меня давно уже в принципе стоит..

Код: Выделить всё

 Job cpu time:       0 days  1 hours 45 minutes 27.4 seconds.
 File lengths (MBytes):  RWF=     52 Int=      0 D2E=      0 Chk=      7 Scr=      1 

попробовать ради интереса эту же задачу сейчас на этой же машине (core i7) под виндой может решить? чисто для эксперимента.

[VIPer]

Разные версии софта внезапно могут сильно по-разному считать.

да, но всегда декларировалось, что под линукс сабж считает гораздо быстрее, а уж новая ревизия по сравнению со старой и на более мощном компьютере под линуксом с кучей памяти считала чтобы хуже виндовой с 1,5 гигами памяти максимум на более слабом компе?? задача одна и та же, на выходе энергия одна и та же, геометрия, насколько могу судить, идентична..

[Гесс]

Эммм, а wall-time, то есть реальное время - как?

Вцелом конечно удлинение странновато. Прогоните еще пару задач-сравнений.

[VIPer]

Эммм, а wall-time, то есть реальное время - как?

извиняюсь за свою серость, а что это и где посмотреть?

[Гесс]

это время "по часам на стене". Сравните время в конце

Normal termination of Gaussian 09 at Sun Mar 1 08:07:18 2015.

с временем вначале

Leave Link 1 at Sat Feb 21 20:05:59 2015, MaxMem=

Машинное деленное на настенное показывает насколько параллельно считалась задача.
Не то чтобы это обьясняло почему машинное время D версии больше машинного времени A версии, но как минимум интересно.

Насчет того что D должно быть намного быстрее А - неуверен, это на гауссиановском сайте написано, или это "по словам очевидцев"?
Если другие сравнения покажут что D быстрее или хотя бы не медленнее А, то можно строить конспирологические теории что вы поймали именно ту редкую задачу в которой Д версия идет более длинным путем (это кстати можно сравнить прям счас, по числу шагов оптимизации сделанных каждой версией) "grep -c Converged" на линуксе для каждого инпута, либо "найти все" в тесктовом редакторе типа Notepad++ либо открыть скажем кемкрафтом и посчитать циклы слева.

Если же D будет стабильно тормознуетее A, то где то чтото коряво поставлено.

[VIPer]

данные по core i7 под виндоуз, ревизия А02

Код: Выделить всё

 Job cpu time:  0 days  0 hours 53 minutes 19.0 seconds.
 File lengths (MBytes):  RWF=     57 Int=      0 D2E=      0 Chk=      6 Scr=      1 

ревизия В01

Код: Выделить всё

 Job cpu time:  0 days  0 hours 52 minutes  3.0 seconds.
 File lengths (MBytes):  RWF=     57 Int=      0 D2E=      0 Chk=      6 Scr=      1 

сейчас буду времена настенные высчитывать

[Гесс]

это для все той же задачи, для которой ?

под линуксом на g09w d01 на core i7/20GB за 1 час 45 мин (!)

занятно. Загоните еще другую задачу в тест.

[VIPer]

везде слово "Converged" встречается 16 раз, а строки "Leave Link 1" у меня вообще нигде нет. может, её надо включать как-то специально - более подробный лог?

[VIPer]

это для все той же задачи, для которой ?

под линуксом на g09w d01 на core i7/20GB за 1 час 45 мин (!)

занятно. Загоните еще другую задачу в тест.

да, это всё одно и то же. с одного инпута даже.
за выходные попробую что-то ещё параллельно проделать, возможно ту же систему попробую на другом базисе или функционале.
спасибо, что время на меня тратите

я тут просто что думал - начитался сообщений, что люди сами компилируют сабж и получают прирост в скорости вычислений. интересно следующее - какое-то изменение в код вносится или нет? почему тогда продажный сабж откомпилирован как-то плохо или не оптимально? не знаю, как тут правильно выразиться. я так грешным делом подумал, что новые релизы внутри одной версии - это просто кроме прочего и какие-то оптимизации в коде. как тогда просто быть уверенным, что ты получаешь те же самые результаты? и что их другой человек с другим релизом или вообще по-другому скомпилированный повторит? и если они не совпадут, у кого правильнее??

[Гесс]

везде слово "Converged" встречается 16 раз, а строки "Leave Link 1" у меня вообще нигде нет. может, её надо включать как-то специально - более подробный лог?

гм, ну у меня по умолчанию везде ставится #P в начале строки кейвордов, я не помню уже прописывает ли гауссиан по умолчанию уход из линков и вход в следующие. Вообще Leave Link ни одного нет? Тогда видимо не пишет.
Одинаковое число циклов оптимизации позволяет предположить что оптимизация прошла одинаковым манером, то есть проблема именно во времени которое система затрачивала на одни и те же вычисления. (а не в том что она считала двумя разными манерами).

да, это всё одно и то же. с одного инпута даже.

Это обязательное условие!!!! Если вы сравниваете разные релизы/программы то инпут однозначно должен быть одинаковым. Замена геометрии на оптимизированную или сетки интегрирования, не говоря уже о базисах и методах гарантированно скажутся на времени расчета!

я тут просто что думал - начитался сообщений, что люди сами компилируют сабж и получают прирост в скорости вычислений. интересно следующее - какое-то изменение в код вносится или нет? почему тогда продажный сабж откомпилирован как-то плохо или не оптимально? не знаю, как тут правильно выразиться. я так грешным делом подумал, что новые релизы внутри одной версии - это просто кроме прочего и какие-то оптимизации в коде. как тогда просто быть уверенным, что ты получаешь те же самые результаты? и что их другой человек с другим релизом или вообще по-другому скомпилированный повторит? и если они не совпадут, у кого правильнее??

Ох...
Теоретически разные компиляции должны давать одну и ту же цифру с разницей до ошибок округления (которые опять же теоретически начинают зависеть от того какой у вас проц и как дергалось напряжение, короче душа машины, это неинтересно). В ту часть кода которая делает расчеты пользователи могут вносить изменения на свой страх и риск, производители с этого момента ответственности ни за что не несут. Результаты формально правильнее у тех кто не вносил правок в код, разве что он докажет что с его правками код начал считать правильные величины. Но это уже пахнет разработчиком.
Разные версии одной программы дающие разные результаты - часто встречается, когда такое ловят то пишут разработчикам, они извиняются и все исправляют если лажа лезет из новой версии или обьясняют что именно цифра новой версии корректна, а в прошлой они забыли плюс на минус поменять. Это более характерно для бесплатного софта, но и на молпро бывала проруха, про гауссиан гарантий не дам.
Разные программы дающие разные цифры при абсолютно одинаковых стартовых условиях - скорее правило чем исключение.

Непосредственно о том зачем и как народ компилирует и перекомпилирует гауссиан - незнаю, вот эту прогу я еще не ставил, так что что там за фичи с архитектурой системы и использовнием разных компиляторов - понятия не имею.

[VIPer]

заметил, что сборки было две доступно. одна gaussian09-em64t-legacy-D-01.x86_64.rpm, вторая gaussian09-em64t-sse4_2-D-01.x86_64.rpm. я поставил вторую... может из-за этого какие-то проблемы? хотя SSE4.2 процессор мой поддерживает. можно ли рядом поставить в соседнюю папку другой гауссиан, переменные окружения тогда нужно как-то менять? или они могут сосуществовать? я просто запускаю его всё равно не через g09, а с полным путём.

[Гесс]

заметил, что сборки было две доступно. одна gaussian09-em64t-legacy-D-01.x86_64.rpm, вторая gaussian09-em64t-sse4_2-D-01.x86_64.rpm. я поставил вторую... может из-за этого какие-то проблемы? хотя SSE4.2 процессор мой поддерживает. можно ли рядом поставить в соседнюю папку другой гауссиан, переменные окружения тогда нужно как-то менять? или они могут сосуществовать? я просто запускаю его всё равно не через g09, а с полным путём.

"Поддерживает" и "оптимален" могу быть разными вещами. Впрочем в архитектурах я как свинья в ананасах.
Какие переменные окружения и куда вы прописывали? Скорее всего (зуб не дам!) смогут сосуществовать.

[VIPer]

буду пробовать сейчас рядом ставить..

параллельно вопрос - искал, есть ли дистрибутив, где были бы собраны разные квантовохимические программы, но так и не нашёл. аналогичные есть для биоинформатики, там много собрано в дистре bio-linux например, и до сих пор обновления какие-то ещё выходят.. никому не попадался такой? я сколько ни искал, так и не смог ничего такого найти.. просто бесплатных программ под линукс довольно много, было бы заманчиво их все сразу получить без мучений с установками и настройками.

[Гесс]

просто бесплатных программ под линукс довольно много, было бы заманчиво их все сразу получить без мучений с установками и настройками.

ыыыыы. Я б такое даже купил за адекватные деньги.
Установка программ это почти всегда танцы с бубном, иногда с маленьким бубном, например для Природы или DFT-D3 бубна почти и ненадо, иногда с бубном средних размеров (PSI4, CFOUR, ORCA), иногда же требуется связь с шаманом-создателем у которого особое, громадное бубнище (сюда бы я отнес ACES-II (не путать с III) который я не поставил, а более продвинутые линуксисты просто сразу отморозились).

А вообще - зачем вам "все сразу"? 3-4 программ обычно хватает, но нет никаких гарантий что если ктото создаст подборку из скажем двух десятков программ эта подборка будет включать все то что нужно другим.

[VIPer]

поставил версию сабжа legacy d.01... хоть плачь, считает ещё хуже всё ту же задачку простецкую:

Код: Выделить всё

 Job cpu time:       0 days  2 hours  2 minutes  2.4 seconds.
 File lengths (MBytes):  RWF=     52 Int=      0 D2E=      0 Chk=      7 Scr=      1

похоже, оптимизация SSE4.2 не пустой звук, а уж оригинальная сборка в два раза медленнее считает мою ту задачу, чем а или б под виндами.. оч странно.
сейчас обсчитываю под виндами другие задачи, потом попробую пачкой их на линуксе, заодно и проверю как очереди я усвоил и скрипты

[VIPer]

А вообще - зачем вам "все сразу"? 3-4 программ обычно хватает, но нет никаких гарантий что если ктото создаст подборку из скажем двух десятков программ эта подборка будет включать все то что нужно другим.

мне кажется, с биоинформатическими программами ситуация ничуть не легче, я как-то сам ставил себе какие-то на ноутбук, под виндоуз обычно если есть порт, то есть и инсталлятор и т.д., под линуксом обычно ничего этого нет.. просто странно оказалось, что сообщество расчётчиков биологов оказалось менее ленивым, чем химиков

[VIPer]

пока продолжаю играться. сборка виндовая b01 под wine всё в той же системе openSUSE 13.2.. время 1 в 1 как под виндой..

Код: Выделить всё

 Job cpu time:  0 days  0 hours 51 minutes 12.0 seconds.
 File lengths (MBytes):  RWF=     57 Int=      0 D2E=      0 Chk=      6 Scr=      1

что навевает на размышления, что дело всё же в сборках тех, что-то в них не то.. пока буду дальше играться и с другими инпутами.