с визуализацией одного из типов нанокластеров, содержащих QM-молекулу и EFP-фрагменты, теперь всё в порядке
Однако, в ряде случаев для получения этих самых нанокластеров требуется выполнить процедуру RUNTYP=MD, определяемую группой $MD Гамесса.
При этом получаются несколько файлов, о назначении некоторых из них, например, *.trj, можно догадаться, но не более.
Визуализация же траекторий остаётся вне границ моего понимания.
Как назло, в литературе имеются советы типа "необходимо хорошенько отжечь систему", при этом остаётся догадываться, как узнать в ходе расчётов, что уже "хорошо"
Наверное тут как раз и необходима упоминаемая визуализация.
Уважаемые коллеги, помогите визуализировать результаты названной выше процедуры.
С теоретическими вопросами по теме я знаком, моя просьба касается лишь сугубо практического аспекта, а именно, визуализации.
Для примера моих опусов на эту тему, привожу во вложении файлы расчёта системы тетрагидроксоборат+4efp.
