Три-п-толилвисмут

[VTur]

А вот с Хондо встречался, но никогда не включал. Как он влияет вообще на ССП?

Точнее считаются силы, действующие на ядра

[Darvin56]

Друзья, такой вот еще вопрос. Как влияет на скорость работы команда DIRSCF. я говорю не про простые методы, а уже что-то более типа MP2.
DFT у меня с этой функцией как орешки щелкает, т.е. пропадает то время пока он на диск записывал. Но я заметил, когда данная функция включена, запись и в оперативку не идет или идет что-то порядка 70 мб, системы большие до 80 атомов, базис DZP, 6-311, def разницы практически не ощущаю. Ну может на 20 мб. А с записью заполнял память на 800 мб, плюс кэш был на 2,5 Гб. Получается она уменьшает и зависимость от памяти. И большие расчеты MP2 которые не запустятся обычно (очень много пишет на диск, просто некрасиво много), с этой функцией запустятся?

[Fanfate]

При DIRSCF отключается запись и хранение двухэлектронных интегралов на диск, вместо этого они перепроверяются на каждой итерации ССП процедуры. Другими словами мы не тратим большое количество времени на перенос данных (хотя если у вас сверх быстрый SSD может быть ситуация другая, но поскольку количество интегралов невероятно много, такой диск долго не проживет).
Как написано в мануале FIREFLY (вы тоже можете его почитать) DIRSCF можно использовать с CI и MP2 энергетическими поправками.

[Гесс]

(хотя если у вас сверх быстрый SSD может быть ситуация другая, но поскольку количество интегралов невероятно много, такой диск долго не проживет).

А много - это среднепотолочно сколько? Просто можно ли для их хранения использовать чтото быстрое и пригодное к многократной перезаписи, (аля FRAM, MRAM и прочие аббревиатуры) ?

[sinigin]

Несколько дней подряд одна и та же песня - на сороковой минуте программа прекращает работу, менял различные параметры, но тщетно. Думал что влияет выбор координат, но нет. С чем это может быть связано?

[Гесс]

Хм.
MAXIMUM GRADIENT = 13.7581949
GRADIENT OUT OF RANGE
Существует некая загадочная величина 73 SYM.CRD. 0.9985987 у которой градиент вылетает неожиданно сильно.
Я не специалист по файерфлаевскому аутпуту, кто это такой мне с разбегу найти не удалось. Похоже либо на почти плоский диэдральный угол либо на СН связь в ангстремах (а в чем вообще считает файерфлай? в борах?)
Структура выглядит адекватно. Вы ее уже чем то заранее оптимизировали?

"менял различные параметры" - что конкретно вы меняли? Если структура не проходила особых предоптимизаций - можно попробовать сменить метод, может быть в другом функционале проскочит.
Либо искать в мануале кейворды для изменнеия критериев сходимости и т.п. и менять FMAXT с 10 на скажем 15. Это должно сработать независимо от функционала и предоптимизации.

[endlesslake]

К этому базису для висмута нужен эффективный потенциал остова (ECP), а он не задан. - отсюда огромный градиент.

[Гесс]

К этому базису для висмута нужен эффективный потенциал остова (ECP), а он не задан. - отсюда огромный градиент.

Жаль что файерфлай не предупреждает о некорректно созданном инпуте.
Это вообще как-то типично для программ которые считают что пользователь умнее чем умолчания. Надо будет как-нибудь попробовать загнать в гауссиан остовный базис без остова и посмотреть пошлет ли он меня сразу лесом или попробует работать несмотря ни на что.

[Fanfate]

А много - это среднепотолочно сколько? Просто можно ли для их хранения использовать чтото быстрое и пригодное к многократной перезаписи, (аля FRAM, MRAM и прочие аббревиатуры) ?

Вопрос в том виде в котором вы хотите его услышать наверно будет слишком сложен, наверное понадобится проводить тесты конкретно с диском и вашими задачами (возможно кто-то их уже проводил и подскажет), есть программы прогнозирующие смерть диска (особенно актуально с SSD). Также нужно проверять где вы выигрываете по скорости, где проигрываете: не всегда прямой ССП, даже с обычным HDD, приводит к ускорению расчета и наоборот.
Когда говорим о записи интегралов на диск мы подразумеваем двухэлектронные интегралы их число равно количеству базисных функций в четвертой степени. Т.е. количество интегралов зависит от нашего базиса и размера системы (должно быть ещё и от метода) + это количество можно понизить напр. за счет симметрии.

По поводу памяти в полном мануале FireFly (отдельный раздел посвященный DIRSCF - Direct vs conventional): память требуемая для хранения интегралов рассчитывается по формуле: (количество интегралов * x)/1024^2, где x это 12 байт/интеграл для RHF и 20 для UHF ROHF GVB.

Ещё для диска, наверное, будет наиболее важным не количество записываемой памяти, а число перезаписи, а интегралы будут записываться и считываться на каждой итерации ССП (а это в некоторых случаях очень много).

[sinigin]

К этому базису для висмута нужен эффективный потенциал остова (ECP), а он не задан. - отсюда огромный градиент.

Подключил ECP, но расчет заканчивается с той же ошибкой - зашкаливает градиент. Понимаю, что порядком поднадоел с вопросами по этому рачету, но если Вам не сложно, укажите в чем дело.

Структура выглядит адекватно. Вы ее уже чем то заранее оптимизировали?
"менял различные параметры" - что конкретно вы меняли? Если структура не проходила особых предоптимизаций - можно попробовать сменить метод, может быть в другом функционале проскочит.

Предоптимизация в Avogadro. В функционале B3LYP и бизисе MINI оптимизация и гауссиан проходят, но спектр неправдоподобный, да и наличествуют мнимые частоты, от которых не удается избавиться повторной процедурой RUNTYPE=OPTIMIZE.

[Гесс]

Чтото градиенты стали еще ужастее.

В функционале B3LYP и бизисе MINI оптимизацияи гауссиан проходят

Это очень хорошо. А теперь попробуйте какой нибудь безостовный базис, скажем 6-31G* Интересно понять причастно ли задание остова к ужасам градиента. P.S базисе и гессиан скорее всего.

да и наличествуют мнимые частоты, от которых не удается избавиться повторной процедурой RUNTYPE=OPTIMIZE.

А что в файерфлае есть специальный алгоритм выводящий структуру из критической точки? В большинтсве программ надо вручную следовать по мнимой частоте ну или IRC. Так что это нормально.

Еще меня как то удивила визуализация аутпута кемкрафтом. Я не увидел в инпуте коннективити, но несмотря на вполне адекватные расстояния между атомами кемкрафт не прорисовал для них логичных связей, зато проприсовал много водородных очень бессмысленно. Это у меня одного такой глюк?

[endlesslake]

вы его к углероду первому кажется подключили. Порядок атомов в $ECP должен быть такой же как в геометрии.

проконтролировать это можно в выводе, не дожидаясь завершения SCF расчета

PARAMETERS FOR "BI-ECP " ON ATOM 1 WITH ZCORE 60 AND LMAX 3 ARE

Еще меня как то удивила визуализация аутпута кемкрафтом. Я не увидел в инпуте коннективити, но несмотря на вполне адекватные расстояния между атомами кемкрафт не прорисовал для них логичных связей, зато проприсовал много водородных очень бессмысленно. Это у меня одного такой глюк?

зато в выводе есть табличка BOND ORDER AND VALENCE ANALYSIS

и по ней даже отчасти видно, с каким атомом произошла беда с ECP.

[sinigin]

вы его к углероду первому кажется подключили. Порядок атомов в $ECP должен быть такой же как в геометрии.

Вы правы, исправил досадное недоразумение, все считается. В довершение темы позвольте задать вопрос по мнимым частотам.
При расчете гессиана появились шесть нулевых частот (что ожидаемо) и две мнимые - -30,96 и -23,92, отвечающие колебаниям двух метильных фрагментов. В ChemCraft можно "заморозить" за раз одну частоту, заново оптимизировать структуру и снова посчитать гессиан.
Вопрос: В чем физический смысл этой "заморозки", и можно ли разом расправиться с двумя мнимыми?

[Гесс]

Вы имеете в виду что в кемкрфте можно отобразить каждую из воображаемых частот по отдельности и выбрать подходящую геометрию для следующей оптимизации?
Вращение метилов - одно из наиболее часто встречающихся переходных состояний когда их не ищут. Расправиться с ними можно проворотом метилов (обоих сразу или по одному за оптимизацию). Поэтому я бы рекомендовал провернуть оба метила и переоптимизировать молясь чтобы оно не вернулось обратно в NImag=2.
Когда убьете хотя бы одну мнимую частоту то от второй можно избавиться спуском по IRC (я мыслю категориями Гауссиана. В природе есть. Есть ли в Фаерфлае - незнаю. Если катастрофически неудается избавиться от одного вращения - спуститесь по IRC в природе, убедитесь что это минимум и используйте эту геометрию как стартовую в фаерфлае).

[asp]

Задам аналогичный вопрос, как у автора темы.
Выбрал ряд базисов.
def2-QZVPD Quadruple-Zeta-Valence basis set + Polarization + Diffuse basis functions
def2-QZVPPD Quadruple-Zeta-Valence basis set + Two Sets of Polarization + Diffuse basis functions
def2-SVPD Split-Valence basis set + Polarization + Diffuse basis functions
def2-TZVPD Triple-Zeta-Valence basis set + Polarization + Diffuse basis functions
def2-TZVPPD Triple-Zeta-Valence basis set + Two Sets of Polarization + Diffuse basis functions
Задача рассчитать ИК спектры катионов, анионов, радикалов и нейтральных органических молекул содержащих тяжелые атомы.
Подойдут ли они и какой будет оптимальнее?


П.С. Вопрос в догонку. Как запустить расчет с внешним файлом базиса в Firefly?
Выдает ошибку
CHARACTER STRING TOO LONG
**** ERROR READING INPUT GROUP $BASIS *****
THE PROBLEM IS WITH THIS CARD, BEFORE OR NEAR THE $ POINTER
$BASIS EXTFIL=.T. GBASIS=DEF2-SVPD $END
$

LEGAL KEYWORDS FOR THIS GROUP ARE:
GBASIS NGAUSS NPFUNC NDFUNC NFFUNC DIFFSP
DIFFS POLAR SPLIT2 SPLIT3 EXTFIL ELNEG
SYNTAX ERROR FOUND IN YOUR $BASIS GROUP

[Гесс]

Задача рассчитать ИК спектры катионов, анионов, радикалов и нейтральных органических молекул содержащих тяжелые атомы.
Подойдут ли они и какой будет оптимальнее?

"PD" для анионов это хорошая идея.
Но каков размер систем? Уже для обсуждаемого здесь толилвисмута я предполагаю что QZ будет чрезвычайно доргим (вам нужен расчет частот).
Предыдущее предложение я писал исходя из предположения что вы намеряны считать в DFT. А на самом деле? Вы про метод ничего не сказали.
А есть причина для этого использовать Файерфлай? Я не противник Файерфлая, но если нет нужды в его специализированных фишках - почему не скажем орка с RI аппроксимацией или не просто быстрая Природа?

П.С. Вопрос в догонку. Как запустить расчет с внешним файлом базиса в Firefly?
Выдает ошибку[cut]CHARACTER STRING TOO LONG
**** ERROR READING INPUT GROUP $BASIS *****
THE PROBLEM IS WITH THIS CARD, BEFORE OR NEAR THE $ POINTER
$BASIS EXTFIL=.T. GBASIS=DEF2-SVPD $END
$

LEGAL KEYWORDS FOR THIS GROUP ARE:
GBASIS NGAUSS NPFUNC NDFUNC NFFUNC DIFFSP
DIFFS POLAR SPLIT2 SPLIT3 EXTFIL ELNEG
SYNTAX ERROR FOUND IN YOUR $BASIS GROUP[/cut]

Ну вы б инпут показали, нам же невидно что у вас творится в группе базис BEFORE OR NEAR THE $ POINTER

[Fanfate]

П.С. Вопрос в догонку. Как запустить расчет с внешним файлом базиса в Firefly?
Выдает ошибку
CHARACTER STRING TOO LONG
**** ERROR READING INPUT GROUP $BASIS *****
THE PROBLEM IS WITH THIS CARD, BEFORE OR NEAR THE $ POINTER
$BASIS EXTFIL=.T. GBASIS=DEF2-SVPD $END
$

Интересно что на форуме знак $ указывает на ошибку около "$BASIS", а при цитировании на "GBASIS", значит он не видит сам файл или базис внутри него.
Так что кроме инпута хорошо и на сам внешний базис глянуть.
И ещё важно помнить что программа чувствительна к регистру название внешнего файла должно быть строго BASIS.LIB (у меня так стоит), ну и соответственно внутри тоже и находиться должен там же где вы запускаете вводной файл.

[VTur]

Можно и другое имя, но расширение .LIB обязательно

[asp]

Вы правы дело было в файле базиса и в длине имени базиса. Базис был собран с сайта https://bse.pnl.gov/bse/portal
Исправил путем использования базиса с сайта программы, нашел в разделе закачек.
UHF или ROHF можно использовать для нейтральных молекул и катионов?
И что лучше для анионов UHF или ROHF?

[VTur]

Для интертрепаций с орбиталями лучше ROHF, для улучшения точности расчетов лучше UHF.
В ROHF возникает поляризация орбиталей, что часто приводит к артефактам.

[ Post made via Android ]