Gamess: Визуализация результатов молекулярной динамики

[АлександрI]

Уважаемые коллеги,
подскажите, пожалуйста, каким образом можно визуализировать результаты молекулярно-динамических расчётов?
Ни в мануале для группы $md, ни где бы-то ни было я не нашёл ответа. Скорей всего, информация для визуализации содержится в файле аутпута *.trj . В нём один за другим идут блоки MD DATA PACKET, содержащие, в частности, координаты QM- и EFP частиц...

[Гесс]

Уважаемые коллеги,
подскажите, пожалуйста, каким образом можно визуализировать результаты молекулярно-динамических расчётов?
Ни в мануале для группы $md, ни где бы-то ни было я не нашёл ответа. Скорей всего, информация для визуализации содержится в файле аутпута *.trj . В нём один за другим идут блоки MD DATA PACKET, содержащие, в частности, координаты QM- и EFP частиц...

VMD, могут понадобиться танцы с бубном, но вцелом одна из основных программ для отсмотра тражекторий.

[amge]

Могу ошибаться, но, кажется, wxMacMolPlt показывает.

[uchebnik fiziki]

Для квантовой МД была такая приблуда TRAVIS.

[АлександрI]

Возможно у вас кемкрафт современный

Version 1.7 (build 370)
Уже есть более новый.

А чево такое Гадедит? А оно умеет раскрашивать кластеры, чтобы EFP-фрагменты по-возможности не маскировали QM-молекулу?

[Гесс]

Очепятка - Габэдит.

Код: Выделить всё

http://gabedit.sourceforge.net/

Код: Выделить всё

http://sourceforge.net/projects/gabedit/

У меня 316 билд. Купить новые версии пока не развел начальство.
Габэдит - неуверен. 99% что это сможет сделать VMD

Код: Выделить всё

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

- там масок для выделения как у меня фантиков. Я с EFP не работаю.

[АлександрI]

Sorry,

там масок для выделения как у меня фантиков

(что-то я неправильно выделил - это не я писал про фантики )
Я тоже когда-то собирал фантики
Жаль, что хоть они не сохранились : у меня с приобретением Г. - глухо
Коллеги, кто работает с EFP, может у вас есть какие-то другие идеи?

[Гесс]

Непонял последнего поста. Вы VMD попробовали?

[АлександрI]

Вы VMD попробовали?

Не так давно на форуме вы мне уже рекомендовали его в числе ряда других.
Я пробовал и у меня создалось впечатление, что VMD хорошо строит и визуализирует файлы, созданные им самим, а вот с GAMESSом - не дружит.
Возможно, я что-то не так делал...

[Гесс]

Он читает дофигато форматов. Вам просто нужно подобрать подходящий. А как выглядит то что создает Gamess с ECP?

[АлександрI]

А как выглядит то что создает Gamess с ECP?

На первый взгляд выглядит, как Страшный Суд : несчастная QM-молекула, окружённая 240 EFP воды (не ЕСР).
Загляните, пожалуйста, в личку

[Гесс]

Посчитали бы вы молекулу бензола с десятком ЕФПшек - был бы чудесный тестовый аутпут который и людям показать не жалко.

P.S.Че то аутпут который я получил открывается у меня и в VMD и в кемкрафте одинаково - никаких молекул воды, только основная молекула. Воду вообще удалось визуализировать тольк отдельно, вручную выковыряв координаты из файла. Я таки думаю что стоит сделать тестовую систему и показать аутпут здесь людям которые разбираются в гамессе.

[АлександрI]

Посчитали бы вы молекулу бензола с десятком ЕФПшек - был бы чудесный тестовый аутпут который и людям показать не жалко.

Конечно же, не жалко: у меня есть решённая задача и с десятком EFP.
Если кто заинтересуется моей проблемой, пришлю аутпут.

[Гесс]

Дык выложите чтото тестовое сюда. Народ не будет за вами бегать чтоб вы ему показали что вас беспокоит.

[АлександрI]

Прощу прощения, у меня вышел глюк при отправке структуры с десяткой EFP

Исправляюсь:

[Гесс]

Эммм, картинка то замечательная - а из чего и как вы ее получаете?

[АлександрI]

картинка то замечательная

А вот мне она не нравится: из-за этого весь сыр-бор. Я хочу, чтобы EFP фрагменты воды (на рисунке их 10) качественно отличались от QM-молекулы.

а из чего

Из лог-файлов GAMESS(US) визуализацией Сhemcraft"ом.

и как вы ее получаете?

Это просто: по методике, изложенной в первых статьях моего блога

http://alexandrfedin.blogspot.com/

на примере последовательного добавления по протоколу протонов к ионам моно- и бис-азосоединений соответственно типа арсеназо I и арсеназо III. О правильности названной методики свидетельствует предсказанное ею и подтверждённое экспериментально различное поведение этих реагентов по отношению к борной кислоте в водных слабощелочных растворах: арсеназо I (моно-азо-соединение) реагирует в названных условиях с борной кислотой, а арсеназо III (бис-азосоединение) - нет. Этот эффект, имеющий место при "удвоении" молекул полидентатного лиганда не был замечен исследователями этого класса соединений.

[Гесс]

Я ваш вопрос давно понял, но видимо я непонятно обьясняю.
Мне не интересна
1) картинка
2) как синтезируются эти молекулы
Если вы хотите получить ответ на ваш вопрос
1) выложите аутпут гамеса (необязательно вашей молекулы, хоть чего угодно главное содержащее те самые EFP)
2) расскажите как вы из этого аутпута с применение Кемкрафта получаете картинку с водой.

Потому как я визуализировал присланный в личку аутпут - у меня он и в VMD и в кемкрафте визуализирется БЕЗ молекул воды вообще.

[Гесс]

Я надеюсь Александр не будет возражать что я обьединю его темы, ибо я таки нашел ответ.

Итак, согласно данным Александра, кемкрафт 370 билд видит EFP, но отображает их так же как и QM часть (судя по летописи кемкрафта усовершенствования были сделаны в 342-348 билде). Для обладателей такого кемкрафта задача чуть проще: открыв гамесовский аутпут необходимо просто сохранить структуру в XYZ формате.
Для тех у кого такого кемкрафта нет - задача решается через уже рекомендованный здесь wxMacMolPlt. Он открывает гамесовские файлы, правда (как минимум у меня) жесточайше тормозит. Уже в нем можно сделать

wx.jpg

Как вы можете видеть результат есть но он весьма уродлив. Поэтому пользоваться этой опцией мы не будем. Открыв аутпут мы просто сохраним геометрию в банальнейшем XYZ формате (есть другие варианты, я не тестил их совместимость с VMD).

И вот теперь мы приходим к VMD. Этот пункт одинаков для обладателей и необладателей продвинутого кемкрафта.
Открываем наш XYZ, в Graphical Representations создаем второй слой Create Rep, они идентичны и по умолчанию в стиле Lines. После этого меняем Draw style на CPK (ну или на что нравится, при этом ВСЕ атомы посолиднеют). Эти пункты на скриншоте отмечены красным, дальнейшие - синим. Теперь переключаемся на вкладку Selections, подменю Keyword, пункт Residuetype, выбираем значение protein.
PROFIT.

vmd.jpg

[Гесс]

P.S. Вряд ли кому либо пригодится, но. Если вы ВДРУГ захотите сделать с точностью до наоборот - ярко отобразить растворитель затушевав или убрав QM часть, то в подменю Singlewords (вкладка Selections) следует выбрать solvent (и разумеется нажать Apply).

P.P.S. Это уже достаточно близко к полному несению на руках, однако для полной очистки моей совести и повода собой возгордиться:
Новые структуры добавляются из главного окна VMD (нет, главное не черное), VMD Main - File - New Strucures.
Graphical representations: VMD Main - Graphics - Representations
Уборка осей: VMD Main - Display - Axes - Off.
"Неперспективный" вид: VMD Main - Display - Orthographic

P.P.P.S. Создавая XYZ кемкрафтом, не забудьте что кемкрафт не пишет число атомов в первой строке и не добавляет пустую вторую. Это надо делать собственноручно в любом текстовом редакторе (по умолчанию в Винде Блокнот/Notepad, мой личный выбор Notepad++ http://notepad-plus-plus.org/)