IRC. помогите разобраться.

[Wishmaster*]

Здравствуйте. Для того, что бы точно определить соответствует ли найденное переходное состояние исследуемой реакции, а не является, к примеру, артефактом применяется процедура IRC. Нашел переходное состояние с одной мнимой частотой, (вроде, то что надо)провел процедуру IRC. Получил график зависимости энергии от координаты реакции.
Пожалуйста помогите разобраться, что за энергия на этом графике откладывается и где и по каким точкам смотреть, соответствует ли это переходное состояние моей реакции? Т.е. как понять привело ли оно к тем продуктам и реагентам, которые мне нужны? А то, вдруг это переходное состояние вообще не то, что мне нужно Я вижу точки Энергия - координата реакции, но я не понимаю, как их обработать.
И еще, а как в Gamess указать путь к реагентам, а как к продуктам? в природе это back=0 или back=1.
Заранее спасибо.

[amge]

В Gamess
$irc pace=gs2 stride=0.5 npoint=100 saddle=.t. forwrd=.f. nprt=-2 npun=-2 $end
forwrd=.t вперед, forwrd=.f. назад
Шаг stride=0.5 примерно для средних молекул, для маленьких меньше, для больших, соответственно, больше (подбирается эмпирически).
Точек npoint=100 лучше с запасом, чтобы программа наверняка дошла до соседней стационарной точки (она об этом сообщит и дальше не пойдет).

[sanya1024]

А дальше смотрим на структуры стац. точек, к к-рым пришли из седла. Если при движении в одну сторону получились реагенты, а в другую -- продукты, то данное седло -- то что надо. Если получилось что-то другое, то надо разбираться.

[OrganikNV]

Помогите, пожалуйста разобраться!
Считаю IRC, задаю для начала количество точек 20, на 3 точке расчет останавливается.В чем может быть проблема.
выкладываю input

[OrganikNV]

Помогите, пожалуйста разобраться!
Считаю IRC, задаю для начала количество точек 20, на 3 точке расчет останавливается.В чем может быть проблема.
выкладываю input (это самый простой вариант структуры, и минимум тут очевиден).

[amge]

Уфф... Целое приключение.

В исходном инпуте с такой группой $IRC
$IRC PACE=GS2 SADDLE=.TRUE. TSENGY=.TRUE. FORWRD=.FALSE. NPOINT=5 $END
гамесс выдает следующую ошибку:
!!!!! TOO MANY STEPS TAKEN IN CONSTRAINED OPTIMIZATION
MAX GIVEN (MXOPT) = 20

Ладно. Я в ответ
$IRC PACE=GS2 SADDLE=.TRUE. TSENGY=.TRUE. FORWRD=.FALSE. NPOINT=5 mxopt=50 $END
Он:
THE PROBLEM IS WITH THIS INPUT LINE, NEAR THE X MARKER
$ZMAT IZMAT(1)=

Что за фигня. Сообразил наконец, что предыдущая линия (с $IRC) стала слишком длинной. Пробую так:
$IRC PACE=GS2 SADDLE=.TRUE. TSENGY=.TRUE. FORWRD=.FALSE. NPOINT=5
mxopt=50 $END
В ответ:
THE INPUT BASIS SET CONTAINS APPROXIMATE LINEAR DEPENDENCE.
**** ERROR, SCF FAILED TO CONVERGE

Подумал, может шаг IRC великоват, занесло не туда куда-то. Уменьшил шаг, заодно точек добавил:
$IRC PACE=GS2 SADDLE=.TRUE. TSENGY=.TRUE. FORWRD=.FALSE. NPOINT=100
mxopt=50 stride=0.1 $END
В результате IRC почти дошла до минимума, но опять
!!!!! TOO MANY STEPS TAKEN IN CONSTRAINED OPTIMIZATION
MAX GIVEN (MXOPT) = 50

Еще уменьшил шаг:
$IRC PACE=GS2 SADDLE=.TRUE. TSENGY=.TRUE. FORWRD=.FALSE. NPOINT=100
mxopt=50 stride=0.05 $END
Наконец то!
YOU MAY JUST HAVE PASSED THROUGH A MINIMUM

Это гамесс...

[OrganikNV]

Огромное вам спасибо!! Я пробовала задать больше NPOINT и mxopt. Прочитала, что stride для маленьких молекул меньше 0,5, задавала разные значения до 0,1. Ничего не получилось. А оказалось нужно еще меньше брать.

[OrganikNV]

Здравствуйте!Подскажите пожалуйста, почему при проведении IRC методом DFT (B3LYP) получается нормальная кривая, а методом MP2 вначале происходит резкий скачок, а потом спуск. Прикрепляю один пример, но ситуация повторяется и в других случаях.

[Гесс]

Лучче б вы новую тему завели.
Я так понимаю стартовые структуры были предварительно отоптимизированы как переходные состояния.
Энергия переходного состояния по результатам этой оптимизации/частот действительно на 1000 ккал/моль выше энегрии минимума?
А сцф расчет этой точки какую энегрию дает?
Если нет - то можно ли скормить волновую функцию того расчета в ИРЦ?

Потому как по всей видимости оно дает некорректную энергию именно для стартовой точки (-765.2397919543)

[Tonnie Fox]

а потому что при построении графика для стартовой геометрии кемкрафт взял E(0)

Код: Выделить всё

RESULTS OF MOLLER-PLESSET 2ND ORDER CORRECTION ARE
               E(0)=      -765.2397919543
               E(1)=         0.0
               E(2)=        -1.5983923609
             E(MP2)=      -766.8381843152

и разница в 1003 ккал между E(0) и E(MP2) как раз и всплыла на графике.
Такое частенько бывает с кемкрафтом.

[Гесс]

А что такое E(0) в этом расчете?

[Lantano]

Судя по выдаче, энергия в нулевом порядке теории возмущений.

[OrganikNV]

Tonnie Fox писал(а):

и разница в 1003 ккал между E(0) и E(MP2) как раз и всплыла на графике.Такое частенько бывает с кемкрафтом.

Это что получается просто глюки Кемкрафта?

[Гесс]

Это что получается просто глюки Кемкрафта?

10/06/2012 - version 1.7 build 365 issued:
- [...]
- Elaborated visualization of some Firefly output files with IRC jobs;

Я вижу этот глюк поскольку у меня 315 билд (надо будет побороть жабу и таки обзавестись современным).
У вас этот глюк наблюдается в новой версии?

[OrganikNV]

Нет, это в старой. Скачаю новую, может не будет глюков. Всем большое спасибо за помощь!!!