Распределение электронной плотности!

[Гесс]

А что это за молекула? У меня просто закрадывается подозрение (я не работал с baderом) не являются ли эти 20 электронов внутренними и по каким то причинам игнорируемыми программой. Не, я конечно могу по XYZ и зарядам попытаться угадать "что это было", но я только что очень славно поужинал и мне тупо впадло.

[Tasha]

Если я не перепутала файлы, то именно прикрепленный файл отвечает ди(3-фторпропил)кетону. Похоже, что это так, поскольку в предположении игнорирования 1s электронов для атомов второго периода, получаем 20 электронов. Спасибо за идею!
PS Идея подтвердилась, для молекулы с 8 атомами второго периода идет недоучет 16 электронов.

[alxyppv]

странно, на самом деле. а вы точно остовные потенциалы не используете при расчете?

[Гесс]

Мне нехоцца осваивать bader, поэтому если нам всем интересно - то, Tasha, выложите плиз аутпут того что создало этот вэйвфанкшнфайл или куб (если чтото рождает кубы напрямую).

[Tasha]

Базис 6-31+g(d,p) Out приложен.

[alxyppv]

Ну вроде нормальный полноэлектронный базис. Странно, почему тогда Bader остовные электроны не замечает...А может гауссвью когда куб делает их игнорирует? Но не суть, результат-то вроде разумный. На Вашем месте я бы все таки и при помощи AimAll посчитал и сравнил бы заряды. Если совпадают - значит можно и дальше Bader использовать. Хотя я сам бы при таких размерах молекул пользовался бы AimAll

[Tasha]

Лимит бесплатной версии AimAll 12 атомов, у меня немного больше. (This limit is 12 or fewer atoms and 400 or fewer primitive basis functions.) А сейчас скачать что-то с торрента не получается, вот вернусь в нерезиновую - скачаю и сравню!
Спасибо за комментарии и помощь!

[alxyppv]

Это лимит на графический интерфейс/визуализатор. Сами расчеты не лимитированы

The AIMAll Standard operating mode imposes a limit on the size of the molecular wavefunction data that can be used for running shared memory multi-processor calculations and for generating visualization-related data files (*.*viz) by AIMQB, AIMExt, AIMInt and AIMSum, and displaying them with AIMStudio. This limit is 12 or fewer atoms and 400

[Гесс]

вот вернусь в нерезиновую

Дайте адрес почты и какой лимит письма, в ЛС.

[Tasha]

Вроде все получилось как надо: 64 электрона нашлись в AimAll. Выкладываю выдачу AimAll и bader'a для диизопропилкетона (как меньшего из зол).
Любопытно, что LI(A) = Electron Localization Index of Atom A, i.e., Average Number of Electrons Localized in Atom A, просуммированный по всем атомам дает 41 электрон.