EC50, штаммы, линии клеток

[MumboJumbo]

Добрый вечер.

Помогите разобраться вот в таком вопросе.

Входные данные:

1. есть несколько штаммов одного вируса;
2. есть несколько линий клеток, на которых проверяют действие вируса;
3. есть несколько активных веществ, которые борются с вирусом (не известно с каким штаммом и в неизвестной линии клеток).

Можно ли сравнивать между собой:

А. EC50 активных веществ, действующих на вирус неизвестного штамма в известной линии клеток;
Б. EC50 активных веществ, действующих на вирус известного штамма в неизвестной линии клеток.

По образованию я химик, не биолог. Поэтому было бы не плохо, если ответы будут понятны не специалисту. Заранее спасибо большое.

[uchebnik fiziki]

А. нет
Б. нет

[uchebnik fiziki]

Чуть точнее: если данные получены в одной и той же серии экспериментов, в случае А штамм гарантированно один и тот же, а в случае Б линия гарантированно одна и та же, то можно. Но это непубликабельно.

[MumboJumbo]

Но это непубликабельно.

Если бы все были такими честными) Куча статей в которых указано только одно из двух. Точнее, чаще всего указывают линию, но не указывают штамм вируса (это в статьях по органической химии). Может быть я чего-то недопонимаю, может быть некоторые данные берутся априорно? Биологу это понятно, а химику органику (как мне) - нет).

Еще несколько вопрос:

1. Получается, чтобы утверждать, что какое-то вещество эффективно борется с вирусом, то необходимо проверить ингибирующее действие соединения для всех возможных штаммов вируса на все возможные линии клеток?

2. А все ли существующие штаммы вируса необходимо проверять?

3. А все ли из существующих линии клеток для этого необходимо проверять?

Может быть, кому-нибудь эти вопросы покажутся абсолютной глупостью, дайте знать пожалуйста, чтобы я их больше не задавал)

[uchebnik fiziki]

Если бы все были такими честными) Куча статей в которых указано только одно из двух.

В нормальных статьях так не делают, нормальные рецензенты такое не пропускают. Может быть, вы читаете слишком много русских статей? В них возможно и не такое.

Точнее, чаще всего указывают линию, но не указывают штамм вируса (это в статьях по органической химии). Может быть я чего-то недопонимаю, может быть некоторые данные берутся априорно? Биологу это понятно, а химику органику (как мне) - нет).

Может быть, вы не распознаёте обозначение штамма. Априорно ничего не берётся. Рассуждать без конкретных примеров сложно, но данные без указания штамма в общем случае мусорные.

Получается, чтобы утверждать, что какое-то вещество эффективно борется с вирусом, то необходимо проверить ингибирующее действие соединения для всех возможных штаммов вируса на все возможные линии клеток?

На те, которые к нему чувствительны. Поскольку для всех возможных штаммов и вариантов проверить нереально, хорошо иметь какую-никакую панель штаммов, желательно более-менее разнообразных. Если доказано, что соединение действует на вирион, может быть достаточно одной линии клеток. Естественно, реальную эффективность показывают на мышках.

[MumboJumbo]

На те, которые к нему чувствительны. Поскольку для всех возможных штаммов и вариантов проверить нереально, хорошо иметь какую-никакую панель штаммов, желательно более-менее разнообразных. Если доказано, что соединение действует на вирион, может быть достаточно одной линии клеток. Естественно, реальную эффективность показывают на мышках.

Я выше еще задал несколько вопросов, но получилось так, что мы опубликовали посты почти одновременно, и Вы на них уже ответили. Спасибо.

[Vanya Ivanov]

Публикабельно/непубликабельно - это решают ревьюверы в различных журналах. Можно публиковать любые прихоти за ваши деньги.

Поскольку соединений много, и сделать "все сразу" в одних условиях и при одной и той же фазе луны - невозможно. Но сравнительный анализ проводить просто необходимо, а так же сравнивать и внутри группы и с лидерами. Однако, нужно понимать ограниченность подобных "первичных" сравнений.
Итак в подобных ситуациях можно пользоваться относительными параметрами, например: лигандная эффективность - это соотношение энергии связывания к количеству тяжелых атомов.

Δg=ΔG/N ΔG= - RT lnA где А – активность: pKa, IC50, ED50 или МИК - все что выражено в концентрациях т.е. мили- микро – нано – моли и т.п.

Это оценка эффективности соединения в конкретном тесте. Ну а эффективность величина относительная - можно сравнивать.

DDT, 2004, 9, 430-431.pdf

[MumboJumbo]

Может быть посоветуете литературу, в которой доходчиво описан подход к исследованию биологической активности соединение. Где могут быть отражены такие нюансы, как штамм вируса или линии клеток. Я уже прочитал книгу посвященной физическим и физико-химическим методам, используемых при исследованиях в области биохимии Фрайфелдера. Но там ни слова про штаммы и линии клеток, чем они отличаются и с чем "их едят". Поэтому эти вопросы поставили меня в тупик.

Спасибо.

[uchebnik fiziki]

Итак в подобных ситуациях можно пользоваться относительными параметрами, например: лигандная эффективность - это соотношение энергии связывания к количеству тяжелых атомов.

Это работает только в случае исследования связывания. В вирусологических тестах обычно смотрят не связывание, а эффективность ингибирования репродукции вируса. Для неё, конечно, тоже можно считать ЛЭ, но это уже будет малоосмысленный параметр. В случае молекул с большим числом тяжёлых атомов (drug-like) ЛЭ становится тоже малоосмысленной, её имеет смысл применять на ранних стадиях фрагментного дизайна и в области lead-like.

[uchebnik fiziki]

Где могут быть отражены такие нюансы, как штамм вируса или линии клеток.

Я такой литературы не знаю, может, через пару-тройку лет напишу Эти нюансы настолько сильно зависят от вируса, что трудно обобщать. То есть есть стандартные вирусологические методы, которые позволяют оценить эффективность вещества при инкубировании с культурой вируса. А конкретика в каждом случае своя, там уже стандартные методы медхимии работают.