Прогнозирование спектров ЯМР органических соединений

форум для специалистов в области органической химии
organic chemistry issues discussion for professional scientists
Ответить
Аватара пользователя
Himicuz
Сообщения: 66
Зарегистрирован: Сб июн 05, 2010 8:44 pm

Прогнозирование спектров ЯМР органических соединений

Сообщение Himicuz » Вс июн 29, 2014 7:00 pm

Здравствуйте, уважаемые коллеги!

Посоветуйте, пожалуйста, более-менее доступные программы для прогнозирования спектров ЯМР 1Н и 13С органических соединений - желательно, те, с которыми вы работали лично и предсказательная способность которых высока.
однажды я намазал себя на хлебушек и съел

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Прогнозирование спектров ЯМР органических соединений

Сообщение Гесс » Вс июн 29, 2014 8:43 pm

Из самого распространенного - Гауссиан. Работал.
Из бесплатного - чтото есть в Природе, я в ней не предсказывал но тут по ней есть специалисты и ктото говорил что качество пресказаний не хуже гауссиановского.
Более чем наверняка оно должно быть в Орке и Гамессе, но я не проверял.

StYV
Сообщения: 3080
Зарегистрирован: Пн окт 24, 2005 11:43 pm

Re: Прогнозирование спектров ЯМР органических соединений

Сообщение StYV » Пн июн 30, 2014 8:22 am

В хембиооффисе есть такая штука, но она не бесплатная. При желании ее можно найти.
С уважением StYV.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Прогнозирование спектров ЯМР органических соединений

Сообщение Гесс » Пн июн 30, 2014 10:37 am

StYV писал(а):В хембиооффисе есть такая штука, но она не бесплатная. При желании ее можно найти.
С уважением StYV.
Вы очевидно имеете в виду в ChemBioDrawUltra в меню Structure Predict 1H NMR Shifts м аналогичный для С13.
Это предсказывание на уровне тыкания пальцем. Оно даже технически неучитывает пространственное влияние заместителей и работает как можно видеть в таблице под сгнерированным спектром по принципу добавления эмпирических слагаемых к эмпирическимм же исходным значениям. Вообщем результат практически гарантированно хуже чем предположения химика который работает с конкретным классом соединений и исходя из виденных им яяямров сам знает где следует ожидать данный протон. Ну и с утверждениями "ямр предсказаны в ChemBioOffice", равно как и с "геометрия оптимизирована в ChemBioOffice" лучше к народу не выходить - засмеют. Если что - я регулярно использую ChemBioOffice для предоптимизации структур но ни в коем случае не в качестве конечного результата. Программа очень хорошая в том отношении что она позволяет очень быстро получить результат. Качество этого результата следует полировать квантами.

Расчеты ЯМР в квантах это синглпоинт, поэтому они несравнимо дешевле оптимизации. Если структура каким либо образом оптимизирована то сделать с нее ЯМР дело минут-часов.

Аватара пользователя
Лечащий Врач
Сообщения: 382
Зарегистрирован: Вс окт 26, 2003 2:09 pm
Контактная информация:

Re: Прогнозирование спектров ЯМР органических соединений

Сообщение Лечащий Врач » Пн июн 30, 2014 10:40 am

Обозначьте задачу точнее. Потому что есть инкрементные схемы (как в кембиоофисе, ACD Labs и пр), а есть квантовохимический расчет. В квантах проблема в том, что правильный спектр - это линейное преобразование расчетного, а в другом подходе - что если кусок соединения не в таблице, то он неожиданно и странно врет. И это все об углеродных, с протонными все куда сложнее.

Так зачем именно хотите предсказать?

[ Post made via iPhone ] Изображение

Carlos
Сообщения: 90
Зарегистрирован: Чт дек 22, 2011 12:28 am

Re: Прогнозирование спектров ЯМР органических соединений

Сообщение Carlos » Сб июл 05, 2014 12:58 am

Самая точчная предсказалка с которой я работал - ACD/NMR predictor. Начиная с версии 10 (или 11 вроде???) ACD стала использовать HOSE (Hierarchical Organization of Spherical Environments) алгоритмы а так же предсказание с помошью базы данных, организованных по типу "нейронной сети". Большинство предсказанных спектров абсолютно совпадали с синтезированными мною липидами и их аналогами. Можно выставлять частоту прибора и т.д.
Можно было скачать версию ACD с таблеткой в комплекте с торрентов вроде, но какие там версии ходят, не в курсе.

Ответить

Вернуться в «органическая химия / organic chemistry»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 11 гостей