Колебательный спектр из v''>1 в gaussian

[Гесс]

Drg, пришлите мне в ЛС или на почту адрес своей почты. Размер нового аутпута 99 метров, архивнутого - больше 7, через форум непролезет.

6000 строк чего то похожего на аутпут и 1 миллион 700 тысяч строк какого то пздца, который вам вероятно и нужен. Закончилось без ошибок и жалоб на жизнь.

[sanya1024]

Так как основную теорию по таким расчетам двигают как раз эти авторы, то ожидать этого расчета и в других пакетах не приходится. Для оценочных расчетов на основе специальных матриц Гауссиана у них в курсе лекций даны некие аналитические формулы.

На самом деле, виброникой сейчас занимаются несколько групп, в т.ч. и в России. Так что не одни, так другие нужный Вам расчет запрогают (если еще не запрогали). Мне кажется, что если хорошенько покопаться в настройках FCClasses (именно эту программу взяли за основу в Гауссиане, но, имхо, сделали из нее нечто совершенно несъедобное) или в более прозрачном и хорошо описанном EZSpectrum, то, возможно, найдете ровно то, что Вам нужно. Я пока имела дело с этими программами на самых дефолтных настройках, в тонкости еще не лезла.

И если Вы возьметесь с этим разбираться, то будет очень полезно для всех, если результаты своих трудов вынесете сюда.

[Drg]

Гесс
Большое спасибо.
Результат G09D01 явно отличается от G09B01. Ранее, при команде DoTemp в спектре были только 0 и NaN (да и размер выходного файла в два раза больше). Теперь в спектре нормальные цифры, и вместо двух колонок три. Одна из колонок подписана как результат с учетом Больцмановкого заселения. Теперь надо построить графики и оценить все это на физичность. После этого напишу подробнее (на следующей неделе). Но чтобы понять точно (удостовериться, что из разных колебательных считает) хорошо бы посмотреть, что будет при разных значениях MinPop= 0.6 ; MinPop= 0.35 ; MinPop= 0.25 ; MinPop= 0.05 Не затруднит ли сие? Спасибо.
P.S.
Эх надо начальство на G09D01 раскручивать, что практически не реально

sanya1024
Может быть позже начну другие пакеты изучать. А сейчас, у тех с кем я работаю есть лицензия на G09B01, так что сие определяет ... Касаемо многих групп. Перед тем как программить нужна статья с признанной теорией в ведущих рецензируемых научных журналах. Вот теория авторов Freq опубликована и признана (последние новшества от 2010 года). У нас же в основном старые теории и алгоритмы дают студентам реализовать в виде оптимизированного (для быстроты расчета) кода, ибо в остальном трудно соревноваться. Есть исключения, но их мало. Связано это с тем, что если группе (а не только начальнику) платят нормальные деньги (и не нужно эксплуатировать студента административным ресурсом), то за много лет последовательной работы специалистов (с большим стажем, а не приходящих студентов) над одной вещью получается что то более серьезное.
Касаемо предыдущих модулей, которые вошли в Гауссиан ранее. Насколько мне известно, там лишь несколько аналитических выражений для конкретных комбинаций переходов по старой теории. И, естественно, их мало можно было записать, ибо число комбинаций растет с числом мод. Авторы же Гауссиана эту теорию обобщили и получили рекурсивные выражения общего вида для любой комбинации, вот только они не все реализовали в программе (во всяком случае в версии G09B01)

Вот если укажите современную статью в международном журнале (типа JCTC) от нашей группы (делающей программы расчета) на тему виброники, то это будет предметно и интересно.

[sanya1024]

Могу указать статьи в Faraday Discussions и Phys. Rev. Lett., использующие работы нашей группы по вибронике. Наши-то скромные ребята, считают, что все формулы написаны Лаксом и Хеллером (да, это не совсем тот подход, к-рый нужен Вам, это т.н. time-domain formalism, не позволяющий выделить факторы ФК для отдельных мод), а перевод их на Фортран -- ну подумаешь. Убедить их в обратном я пока не смогла, максимум где они публиковались -- это J. Phys. Chem. A и J. Lumin. Аналогичный time-domain formalism им. Хеллера использован немцами в Орке.
Я порекомендовала FCClasses -- это как раз то, что после 2010 года вошло в Гауссиан. Видимо, не в B01, а в более поздний. Программа свободная, кушает выдачи Гауссиана (по крайней мере любого 09-й версии, с 03-й не проверяла), и Вам не понадобится просить кого-то еще.

[Drg]

sanya1024
Спасибо, я посмотрю внимательнее на FCClasses чуть позже, так как меня сейчас отвлекли сильно на другие дела. Кстати, сейчас вижу, что можно использовать выходные матрицы из G09B01, а недостающий алгоритм расчета реально написать самому (как отдельную прогу) без вклинивания в Гауссиан. Вроде, в этих матрицах есть все, что нужно для расчета FC, если верить теории авторов Freq. Буду разбираться в этом алгоритме хотя бы, чтобы сравнить и быть уверенным, что то считаю. Кроме этого, плюс в том, что можно напрямую посчитать FC (если удастся), а не пытаться их вытащить из несколько десятков спектров (если пользоваться ограниченными командами Gaussian G09D01). Спасибо всем за помощь. Отдельное спасибо Гесс, так как теперь есть данные на которых можно свой алгоритм расчета тестить.

[sanya1024]

Собс-но, FCClasses и есть Freq, только открытый и работающий с текстовыми файлами.

[Drg]

sanya1024
Спасибо. Сейчас возник интерес посмотреть таки на FCClasses. По тырнету нашел пока сайт, где лежит версия FCClasses (release 2.1, October 2009). Вроде, сайт официальный, но очень уж древний релиз. Дайте пожалуйста ссылку на более новый релиз, если есть. А если можно, то и сам архив (прога же бесплатная, я так понял). Если понравится, то я потом зарегистрируюсь у них, так как ссылки все-равно писать надо будет.

[sanya1024]

Это и есть самый распоследний релиз, я им и пользуюсь. Вся остальная деятельность этой группы, видимо, пошла на встраивание его в Гауссиан.