расчеты для элементного анализа

[Dottie]

Добрый вечер коллеги.

Столкнулся с небольшой проблемой - нужно рассчитать элементный состав у двух сотен соединений, небольшая такая библиотека.
Соединения сведены в базу формата ISIS BASE.

Вопрос - можно ли как-то в более-менее автоматическом режиме получить молмассу и хотя бы CHN в текстовом формате пригодном для переноса в эксель?

Вручную конечно можно, но долго((
Или может у кого-то есть какие-то хитрости для облегчения счета, буду рад услышать о них))

[Serty]

Мол. массу без проблем, CHN сложнее - придется повозится. Можно только формулу, а ее уже в экселе разбирать.
Процедура следующая - в форму добавляете таблицу, в нее вносите ID, *mol.weight_structure и *fmla_structure(это если у вас структурное поле названо structure). Затем вызываете лист, например Retrieve All для всех. Затем фокусирует на таблице - просто на ней кликнуть, затем File/Export/Table. Плучаете TAB разделенный табличный файл, который импортируется в эксель без особых проблем.

[Dottie]

О, так эти поля я предусмотрительно создал с самого начала, попробую экспорт в табличку завтра.
Serty, спасибо!

[ Post made via Windows Smartphone ]

[amge]

Еще вариант:
Экспортируете базу, например, в file.sdf
Ставите MarvinSketch. В его составе есть утилита cxcalc. Исполняете команду
cxcalc elemanal -t formula,mass,composition file.sdf > file.txt
Получается текстовый файл file.txt с нужной информацией.

Может быть, то же самое можно сделать через графический интефейс, но я не пробовал.

[Dottie]

По первому способу не получается - опция экспорта в таблицу неактивна((
Открыл базу, вызвал все записи, на вкладке "Browse" пытаюсь экспортировать - но не выходит..

[Dottie]

amge, попробую по Вашему способу обязательно если не выйдет с isis, спасибо!!

[Serty]

По первому способу не получается - опция экспорта в таблицу неактивна((
Открыл базу, вызвал все записи, на вкладке "Browse" пытаюсь экспортировать - но не выходит..

Так бывает если не отметить таблицу. Прежде чкем начинать экспорт нужно ее отметить - щелкнуть на таблице, и должны появится жирные уголки по углам таблицы.

[Dottie]

Serty, вроде отмечал ячейки, или нужно отметить всю табличку? а как это сделать? на скриншоте в нижнем левом углу виден "жирный уголок"

По способу amge получилось так, нужно переносить в эксель дополнительно, но работает. И еще вопрос - как вместо поля ID выводить поле NAME - там указан лабшифр, с ним удобнее))

Код: Выделить всё

id	Formula	Mass	Composition
1	C27H23ClN4O2	470,950	C (68,86%), H (4,92%), Cl (7,53%), N (11,9%), O (6,79%)
2	C26H22ClN5O2	471,938	C (66,17%), H (4,7%), Cl (7,51%), N (14,84%), O (6,78%)
3	C28H25ClN4O2S	517,042	C (65,04%), H (4,87%), Cl (6,86%), N (10,84%), O (6,19%), S (6,2%)
4	C28H25ClN4O3	500,976	C (67,13%), H (5,03%), Cl (7,08%), N (11,18%), O (9,58%)
5	C27H22ClFN4O2	488,941	C (66,32%), H (4,54%), Cl (7,25%), F (3,89%), N (11,46%), O (6,54%)
6	C30H26BrClN4O5	637,908	C (56,48%), H (4,11%), Br (12,53%), Cl (5,56%), N (8,78%), O (12,54%)
7	C29H27ClN4O4	531,002	C (65,59%), H (5,13%), Cl (6,68%), N (10,55%), O (12,05%)
8	C28H22ClF3N4O2	538,948	C (62,4%), H (4,11%), Cl (6,58%), F (10,58%), N (10,4%), O (5,94%)
9	C27H22Br2N4O2	594,297	C (54,57%), H (3,73%), Br (26,89%), N (9,43%), O (5,38%)
10	C29H26Br2N4O4	654,349	C (53,23%), H (4%), Br (24,42%), N (8,56%), O (9,78%)
11	C28H24Br2N4O2S	640,389	C (52,51%), H (3,78%), Br (24,95%), N (8,75%), O (5%), S (5,01%)
12	C26H21Br2N5O2	595,285	C (52,46%), H (3,56%), Br (26,85%), N (11,76%), O (5,38%)
13	C28H24Br2N4O3	624,323	C (53,87%), H (3,87%), Br (25,6%), N (8,97%), O (7,69%)
14	C27H21Br2FN4O2	612,288	C (52,96%), H (3,46%), Br (26,1%), F (3,1%), N (9,15%), O (5,23%)
15	C29H28N4O2	464,5582	C (74,98%), H (6,08%), N (12,06%), O (6,89%)
16	C30H30N4O2S	510,650	C (70,56%), H (5,92%), N (10,97%), O (6,27%), S (6,28%)

[Serty]

Немного не понял про ячейки - пришлите скриншот базы, без меню
Но вообще то способ от amge для элементного состава удобнее. Экспорт таблицы вам даст только суммарную формулу, а считать проценты придется уже в экселе. То что вы получили тоже можно загнать в эксель слегка поэкспериментровав с разделителями. Пока мне кажется, что разделители нужно ставить TAB & SPACE, а дальше в экселе подредактировать.
С NAME... да просто добавить его в таблицу и экспортировать по первому методу. И потом можно совместить обе таблицы в одну отсортировав по ID.

[Dottie]

Огромное всем спасибо, получилось.

Исходная база ISIS была сделана неправильно, после правки "FORMS" экспорт произошел:

Код: Выделить всё

1		C27H23ClN4O2	470.9630	7301	
2		C26H22ClN5O2	471.9505	7306	
3		C28H25ClN4O2S	517.0541	7305	
4		C28H25ClN4O3	500.9895	7319	
5		C27H22ClFN4O2	488.9534	7325	
6		C30H26BrClN4O5	637.9225	7330	
7		C29H27ClN4O4	531.0159	7334	
8		C28H22ClF3N4O2	538.9613	7345	
9		C27H22Br2N4O2	594.3100	7501	
10		C29H26Br2N4O4	654.3630	7502	
11		C28H24Br2N4O2S	640.4011	7505	
12		C26H21Br2N5O2	595.2976	7506	
13		C28H24Br2N4O3	624.3365	7519	
14		C27H21Br2FN4O2	612.3004	7525	
15		C29H28N4O2	464.5721	7601

После импорта в эксель и сведения данных с 2 листов вместе, получилось то что и хотел.