Тогда задача становится весьма и весьма сложной. Есть разные способы её решения -- либо построить каркас, либо наложить силовые ограничения. Тут надо долго разбираться, и это явно Ваша задача. Сделать можно многое, другой вопрос в адекватности. Кстати, закачал обзор в копилку.fee-lee писал(а):Чтобы не перебирать соединение молекул вручную можно задать в этих пакетах автоматическую постройку клатрата?
А чтобы под виндой работало, надо Cygwin поставить и виндовую версию брать. Без английского, Вам, батенька, в этой теме должно быть очень тяжело. Поэтому старайтесь, берите словарь и гугл, и они Вам помогут.
P.S. Не обижайтесь, что мне лень много писать...