orca ccsd diis

[Гесс]

Enchanter любезно поделился со мной своими инпутами и аутпутами.
Должен заметить как красиво и жестко задано удержание O_h симметрии:

[cut]X
X,1,B1
X,1,2.,2,90.
X,1,B1,3,90.,2,180.,0
X,4,B1,1,90.,3,90.,0
X,4,B1,1,90.,3,-90.,0
X,2,B1,1,90.,3,90.,0
X,2,B1,1,90.,3,-90.,0
Атом,6,B1,4,90.,1,90.,0
Атом,7,B1,2,90.,1,90.,0
Атом,6,B1,4,90.,1,-90.,0
Атом,7,B1,2,90.,1,-90.,0
Атом,8,B1,2,90.,1,90.,0
Атом,8,B1,2,90.,1,-90.,0
Атом,5,B1,4,90.,1,90.,0
Атом,5,B1,4,90.,1,-90.,0

B1=Половина стороны куба

Masterclass.jpg

[/cut]
Вероятно для большинства это обыденность, но я падок на красивые решения.

Также я уточнил у умного человека причины по которым мне был нерекомендован Гауссиан: снижение симметрии будет мне дорого стоить. А снижение будет, ибо как минимум часть из систем янтелеровская. Счас буду считать частоты для найденных уважаемым Enchanter критических точек.

Орка отработала 16 полных оптимизационных циклов (из них 14 последних с нормальной сходимостью) и продолжает возвращать молекулу в норму: 11 из 12 связей приближаются к адекватной длине, 12ая пока нехочет но я пока не теряю надежды.

Нонет в Oh симметрии только что досчитался и найденная геометрия имеет энергию на 184 ккал выше чем синглет (триплет выше синглета на 25 ккал). Достаточно близкую картину я получил в MP2 полной оптимизации: Oh симметричный синглет, на 22 ккал выше D4h симметричный триплет, на 216 ккал выше D4h симметричный нонет. (в данном случае все три - минимумы)

[Гесс]

24 полных цикла орки. 12ая связь попрежнему превышает типичное значение в полтора раза, "куб" представляет собой два ромба соединенных под углом. Разумеется ни одного критерия конвергнутости не выполнено.

Up: уже 27, его продолжает колбасить. ИМХО на первых двух степах которые не могли сойтись в куб было внесено такое бешеное возмущение что теперь требуются десятки циклов чтобы вернуть систему во чтото правдоподобное.

[VTur]

А для такой симметричной системы минимум существует? Это же не аналитическое решение, а численное. А еще то можно найти стационарную точку, а не минимум

[Гесс]

Расчет орки идет без симметрии, и никто не гарантирует что результат будет симметричным.
Расчет молпро был без задания симметрии (NOSymm) но результат зависит от того давалась ли стартовая геометрия симметричной или нет. Причем несимметричная геометрия заметно удорожала расчет. Получаемая геометрия была близкой но не идентичной, в обоих случаях частоты утверждали что это минимум.
Расчет Enchanterа в гауссиане жестко симметризован, их NImag счас считается, но синглет за сутки на 80 ядрах с 180 Гб памяти из симметричной геометрии пока так и не закончился, триплет уже успел два раза упасть, ему хронически нехватает итераций для схождения, то в каплкластере то в SCF.
Установка Psi4 пока кажет фигу, активно переписываюсь с разработчиком.

[Enchanter]

Расчет Enchanterа в гауссиане жестко симметризован, их NImag счас считается, но синглет за сутки на 80 ядрах с 180 Гб памяти из симметричной геометрии пока так и не закончился, триплет уже успел два раза упасть, ему хронически нехватает итераций для схождения, то в каплкластере то в SCF.

Что вы вообще считаете на 80 ядрах с 180 Гб?
Синглет частоты посчитались за 12 часов на 12 ядрах на локальном кластере.

[Гесс]

Что вы вообще считаете на 80 ядрах с 180 Гб?
Синглет частоты посчитались за 12 часов на 12 ядрах на локальном кластере.

Вероятно у нас с вами различные локальные кластеры
На моем локальном кластере на 8 ядрах ваш инпут синглета с добавлением слова Freq крутится уже 25 реальных часов (200 машинных) и чтото конца ему невидно.
Кстати оптимизация из вашей стартовой геометрии там тоже заняла порядка 3 часов вместо ожидавшихся 25 минут. Вероятно вы используете больше магии.
И этот же инпут крутится на двух нодах широкоизвестного в узких кругах supermucа - вот откуда 80 на 180.

[Enchanter]

Что вы вообще считаете на 80 ядрах с 180 Гб?
Синглет частоты посчитались за 12 часов на 12 ядрах на локальном кластере.

Вероятно у нас с вами различные локальные кластеры
На моем локальном кластере на 8 ядрах ваш инпут синглета с добавлением слова Freq крутится уже 25 реальных часов (200 машинных) и чтото конца ему невидно.
Кстати оптимизация из вашей стартовой геометрии там тоже заняла порядка 3 часов вместо ожидавшихся 25 минут. Вероятно вы используете больше магии.
И этот же инпут крутится на двух нодах широкоизвестного в узких кругах supermucа - вот откуда 80 на 180.

А зачем вы его считаете трижды: я посчитала, вы пересчитали, еще и на SMUC поставили....

А на локальном кластере есть 12 ядерные быстрые машины с памятью поболее чем та нода, на которой вы это считаете.

[Гесс]

А зачем вы его считаете трижды: я посчитала, вы пересчитали, еще и на SMUC поставили....

1) Я не предполагал что вы будете считать частоты.
2) я предположил что SMUC даст мне ответ менее чем за 2 дня и что расчет на нем будет быстрее чем на локальном кластере. Он действительно уложился в что то между 24 и 36 часов реального времени, однако это примерно та же скорость с которой посчитала нода на локальном кластере. Локальный кластер служил подстраховкой того что задача не осилится за 2 дня на супермуке.

А на локальном кластере есть 12 ядерные быстрые машины с памятью поболее чем та нода, на которой вы это считаете.

А я об этом незнаю

[Гесс]

Господа, что кроме gbw файла c орбиталями имеет смысл скопировать и скормить следующему расчету если я хочу попробовать вернуться к CCSD(T) без DLPNO ?

Ужастик наконец довел связи до ума и сейчас выглядит как ромбическая призма. Это 58 полных циклов. Причем с каждым шагом он все приближается к стартовой геометрии, компенсируя безумные искажения первых двух шагов. Соответственно я надеюсь что если дать расчету годные орбитали то он может обойтись без такого жуткого начала.

[endlesslake]

Еще мне кажется, стоит попробовать уменьшить сдвиг используемый для численного вычисления градиента в орке. Раз в 5. Если для стартовой геометрии расчет сходится - меньше вероятность, что при вычислении градиента возникнут проблемы.

[VTur]

А такая краказябла существует или это некое предположение?

[Гесс]

А такая краказябла существует или это некое предположение?

это некое предположение

[VTur]

А!

Ну, тогда не все так просто. Критерии существования структуры совсем другие, но их тоже два.
Если исходить из того, что структура существует, то достаточно
1. найти точку минимума на ППЭ (равенство нулю сил - градиентов),
2. показать, что в этой области ППЭ выпукла вниз (положительность собственных чисел гессиана).
Но, это если структура существует.

Если про это ничего не известно, то нужно проверять настоящие критерии.
1. Наличие потенциальной ямы.
2. Наличие хотя бы одного уровня в этой яме.
С этим сталкиваются все, кто профессионально изучает внутреннее вращение или кинетику реакций.

[Гесс]

А!

More realism please.pdf

Что мне надо посчитать мне более-менее известно.
Ну или меня проинформируют.
Меня интересует техническая реализация тех моментов где у меня затуп.
Затупа на данный момент временно нет, орка с горем пополам ранится.

Кстати по теме есть еще статья поляков THE IDEA OF REALISM IN THE NEW EXPERIMENTALISM AND THE PROBLEM OF THE EXISTENCE OF THEORETICAL ENTITIES IN CHEMISTRY

[VTur]

Я к тому, что не каждый минимум на ППЭ существует в природе. Значительная часть из них фикция. Но для каждого минимума на ППЭ можно посчитать электронную энергию и частоты - машина посчитает что угодно. И будет все гладко и публикабельно.

[ Post made via Android ]

[sanya1024]

Вы и тут пришли мешать?

[VTur]

Уважаемая, если я везде буду поправлять Ваши "теоретические рассуждения", то я либо с форума не вылезу, либо шибко грамотные товарищи опять меня забанят.
Я сВами ругаться не собираюсь, но если у Вас есть что-то по существу дела и Вы готовы опровергнуть, что я написал, я прочитаю.

[ Post made via Android ]

[sanya1024]

"Уважаемый" без имени -- это к извозчику обращение.
Вы у нас один такой уникальный, все знаете про квантовую химию, чего она сама про себя не знает. И ядра у Вас скачками перемещаются. И электрон у Вас виляет ядром, как хвост -- собакой.
Здесь был задан технический вопрос. Концептуальную часть оставьте топикстартеру и его научному руководителю. Будете мешать работать -- Вас точно забанят.

[Enchanter]

Ваш триплет в симметрии Oh имеет NImag=1, проследите его.(Вроде D2h получается).

[Гесс]

Ваш триплет в симметрии Oh имеет NImag=1, проследите его.(Вроде D2h получается).

Да, он ожидался переходным состоянием. Согласно MP2 минимум D4h, однако в CBS-B3 и большинстве Gчегототам данная D4h геометрия выходит на NImag 2
А геометрия из Oh колебания находит D2h минимум. Как в синглете так и в триплете исключениями является G3, ибо в отличие от остальных G оно основано не на B3LYP а на MP2. ИМХО очередной артефакт MP2.

Sanya1024 и Vtur - а я не подстрекатель, а вы не подеретесь...