Создание Input-файла в программе Gaussian

[Sokolik93]

И так вот что у меня получилось. Вот я смог оптимизировать: кусок с 2-мя молекулами DMSO
PdC12H16S2O6(прикладываю out файл)
Что касается фталоцианина Co, я нашел статью в научном журнале(прикладываю тоже),взял и базис и теоретическую модель от туда, заряд и мультиплетность тоже там описаны.
В итоге опять идет перебор циклов(прикладываю неудачный out). Посоветуйте что нибудь)
Out в txt если что,так не добавляются

[sanya1024]

Если молекула не плоская и нет неконцевых одинарных связей, отделяющих один волчек от другого, то при N прирамидальных узлов в ней будет 2 в степени N минус число оптических измомеров конформаций.. И почти все они будут разными по энергии. И как ему выбрать глобальный минимум?
Если молекула плоскач - тут без вариантов, нужно сразу рисовать плоскую.

Да плоская она, плоская как блин

[sanya1024]

LANL2DZ -- приличный базис, вполне пригодный для этой задачи.
С платиновым комплексом все более-менее получилось, Гауссиан считает геометрию сошедшейся, хотя выглядит все не фонтан: можно довернуть метилы, чтоб не были в заслоненной конформации (скорее всего, при расчете гессиана заслоненная конформация метилов DMSO даст мнимые частоты). Подозрительным кажется и то, что минимум при оптимизации был достигнут не на последнем шагу, а где-то посередине расчета, после чего энергия росла.
Можно, как советует VTur, покрутить DMSO-шки вокруг связей O-S так, чтобы одна молекула смотрела метилами туда же, куда торчат кислороды дикарбоновой кислоты, а вторая -- в противоположную сторону, и еще попробовать вариант, когда оба DMSO метилами смотрят в противоположную от кислородов сторону. Но в целом эта часть более-менее получилась.
С кобальтовым комплексом все плохо. Во-первых, зачем взяли 6-31G(d) базис? Тоже надо было брать LANL2DZ. Ничего не досчиталось, даже ССП. Разбирайтесь дальше

[Sokolik93]

В статье что я приложил,есть описание расчета и там почему то указан именно 6-31G(d) базис

[sanya1024]

The optimization on each complex and fragment is performed with the program Gaussian 03 using density functional theory with the B3LYP exchange correlation functional and the 6-31G basis set for C, N, H, and O; the quasi-relativistic pseudopotential and basis set LANL2DZ is used for cobalt.

Т.е., 6-31 использовали только для легких атомов, а для кобальта -- LANL2DZ. Но если Вы использовали LANL2DZ для всех атомов в палладиевом комплексе, то уж будьте последовательны. Тем более что для легких атомов LANL2DZ -- тоже полноэлектронный двухэкспонентный базис ничуть не худшего качества, чем 6-31.

[surius]

позволю себе вставить 5 копеек
Практически повсеместно, такие вот "макро" системы (ваша, порифирины и иже с ними) считаются в следующей связке: CHNO-6-31G(d), а все что тяжелое - LANL2DZ.
более того было показано, геометрия и энергия системы передается адекватно в этом двуращепленном наборе, по крайней мере для порфиринов и короллов/

[sanya1024]

Задавать в Гауссиане разные базисы для разных элементов -- это уже учебник следующего уровня

[amge]

Оптимизация Природой PBE/rL1 дала такую структуру:

Co.rL1.O.xyz

Бросающееся в глаза отличие от оптимизированной топикстартером молекулы PdC12H16S2O6 - различные углы между плоскостями ароматики и O-Pd-O (у Природы эти плоскости почти перпендикулярны). Это не влияние ДМСО (проверил). Или функционал, или базис (rL1 - это полноэлектронный релятивистский базис уровня cc-pVDZ). Что правильнее - рентген рассудит

Еще на месте ТС я бы загнул палладиевые 1-й 3-й хвосты в противоположную сторону.

[VTur]

CHNO-6-31G(d) более того было показано, геометрия и энергия системы передается адекватно

Термодинамика говорит, что этот базис дает плохие значения полной энергии. Если нужна полная электронная энергия, то лучше ниже 6-311+G(d,p) не опускаться.

[sanya1024]

Amge, Вы уже всю работу за ТС сделали

Я как раз не вижу особой разницы. То, что кажется "почти перпендикулярным" -- на самом деле ок. 110, а то и больше градусов (смотря какие углы мерить). Так что с учетом разных функционалов и базисов все сходится

VTur, такого монстра в трехэкспонентный базис, да с диффузными функциями засовывать -- дело гиблое (Вы бы еще сказали, что метод меньше CCSD(T) не годится -- что есть правда, но правда в данном случае бесполезная). Полная энергия обычно на фиг не нужна, а для геометрии, профиля реакции или спектра вполне сгодится двухэкспонентный. Более того, для металлов здесь используется псевдопотенциал, и как будут компенсироваться ошибки полной энергии при этом -- хз.

[Sokolik93]

По прежнему не считает фталоцианин Co, и базисы беру как в журнале,но судя по всему не стоит ожидать сходимости после 30 циклов

[endlesslake]

x.xyz

вот такой есть РСА (Yue Wang, N.Okabe Chem.Pharm.Bull. (2005), 53, 366)

и да, мне кажется было бы неплохо проверить, не серой ли будут координироваться ДМСО к палладию

[Гесс]

Задавать в Гауссиане разные базисы для разных элементов -- это уже учебник следующего уровня

Вы то знаете, а для тех кто не знает - http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_gen.htm

[amge]

По прежнему не считает фталоцианин Co, и базисы беру как в журнале,но судя по всему не стоит ожидать сходимости после 30 циклов

Если не сойдется, попробуйте следующий расчет начать с векторами от предыдущего. Такой прием частенько помогает (хотя не знаю, как в гауссиане).

и да, мне кажется было бы неплохо проверить, не серой ли будут координироваться ДМСО к палладию

И у меня тоже была такая мысль. Проверить, безусловно, стОит. Вообще, вариантов расположения ДМСО масса. Самое хорошее было бы найти рентгеновские данные.

[VTur]

VTur, такого монстра в трехэкспонентный базис, да с диффузными функциями засовывать -- дело гиблое

Я к тому, что это на термодинамике уже проверялось и ошибка в энтальпии образования (исходя из полной энергии) может быть больше 50 кДж/моль (имеется в виду относительная ошибка). Если ТС такая ошибка устраивает, то нормально. А ППС строить, когда в молекуле несколько разных базисов, да еще не будет релаксации внутренних орбиталей - думаю, он этого делать не будет

[endlesslake]

Проверить, безусловно, стОит. Вообще, вариантов расположения ДМСО масса. Самое хорошее было бы найти рентгеновские данные.

там и так и так есть, но карбоксилатов маловато.
Причем, например, в транс-DMSO2Pd(OOCCF3)2 одна молекула координирована серой, а другая кислородом.

[amge]

Amge, Вы уже всю работу за ТС сделали

Поставить вечером расчет и посмотреть утром результат - какая ж это работа. А то, что сошлось все без особых проблем - заслуга не моя, а г-на Лайкова. Единственное, чем я помог, зная о противности подобных систем с открытыми оболочками - сразу задал 50 циклов SCF.

Я как раз не вижу особой разницы. То, что кажется "почти перпендикулярным" -- на самом деле ок. 110, а то и больше градусов (смотря какие углы мерить). Так что с учетом разных функционалов и базисов все сходится

А мне по-прежнему в глаза бросается, особенно если сбоку смотреть. В цифрах, углы между теми плоскостями 96 и 71 градусов.

[sanya1024]

Кстати, а чем можно померить углы между плоскостями? ISISDraw умеет, но это ж еще в ISIS-овский формат надо конвертировать. Может, Mercury, но тоже как-то неочевидно. А есть ли для этого что-нибудь простое? Sorry за ОФФ, но возможно, топикстартеру это тоже пригодится.

[endlesslake]

Вроде в Mercury нормально.
Calculate -> Planes -> New Plane - создает плоскость через выбранные атомы (если перед этим измерялись еще какие то параметры, то может быть полезно вернуть RMB->Measure->Default Picking Mode, иначе неудобно - снимается выделение).
Потом RMB->Measure->Measure Angles и ткнуть в созданные плоскости.

[Гесс]

Тут где то была тема про промер углов между плоскостями. ИСН показывал мастер класс.