Дай дураку каплкластер...

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Дай дураку каплкластер...

Сообщение amge » Пн июл 01, 2013 6:27 am

sanya1024 писал(а):кстати, кто пробовал подсовывать Природе неродные базисы?
Я пробовал. Ничего хорошего. С небольшими базисами типа 6-31G* нормально, а если побольше, да с диффузными функциями - и проблемы со сходимостью SCF.

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2700
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Дай дураку каплкластер...

Сообщение Droog_Andrey » Пн июл 01, 2013 7:37 am

Для DFT пользуюсь def2-xZVP. А диффузные функции для больших систем можно добавлять только наружным атомам.
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Дай дураку каплкластер...

Сообщение Гесс » Пн июл 01, 2013 12:35 pm

У меня счас извращения с Даннинговыми базисами, а задача как раз в универсально-удовлетворительном решении всего. Попла (в рамках этой задачи) попробовал пару штук - то же самое только в профиль. Альдриха не трогал вообще. Софт - Гауссиан и Орка. Возможно я нашел удовлетворительную комбинацию. Оттестю ее на своих тестовых молекулах и даст бог вечером отпишусь.

kbob
Сообщения: 2008
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Дай дураку каплкластер...

Сообщение kbob » Пн июл 01, 2013 12:46 pm

Гесс писал(а):У меня счас извращения с Даннинговыми базисами, а задача как раз в универсально-удовлетворительном решении всего. Попла (в рамках этой задачи) попробовал пару штук - то же самое только в профиль. Альдриха не трогал вообще. Софт - Гауссиан и Орка. Возможно я нашел удовлетворительную комбинацию. Оттестю ее на своих тестовых молекулах и даст бог вечером отпишусь.
Вы что вообще ищите? Геометрию основного состояния, геометрию переходного состояния, энергию ионизации, энергию активации, еще что.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Дай дураку каплкластер...

Сообщение Гесс » Пн июл 01, 2013 2:21 pm

На данный момент - геометрию основного состояния, энергию ионизации, сродство к электрону и протону, теплоту образования, энергию напряжения. :lol: Далее список будет расширен. :facepalm:
Куплю квартиру - большую, дешево, в хорошем состоянии, возле метро.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Дай дураку каплкластер...

Сообщение sanya1024 » Пн июл 01, 2013 2:33 pm

amge писал(а):Я пробовал. Ничего хорошего. С небольшими базисами типа 6-31G* нормально, а если побольше, да с диффузными функциями - и проблемы со сходимостью SCF.
Ага, я помню что вроде у Вас был такой опыт. Спасибо.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Дай дураку каплкластер...

Сообщение Гесс » Пн июл 01, 2013 9:16 pm

MN12SX/maug-cc-pvQz//MN12SX/cc-pvdz для моего тестового набора наврал в потенциале ионизации и сродстве к электрону не более 20%, в сродстве к протону до 10%.

По NO - IP совпал с точностью до 0.07 eV, сродство к протону до 4 ккал/моль, сродство к электрону налажало - ушло в минуса до -0.92eV, при экспериментальном значении вроде как в +0.03eV.
Вероятно лажает и на димерах воды и гидратированных водных ионах, но пока лучшее из того что я получил.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Дай дураку каплкластер...

Сообщение Гесс » Ср сен 11, 2013 1:14 am

sanya1024 писал(а):У нас в лабе считают (то ли предрассудок, то ли не совсем), что у каждой программы есть свой набор базисов, более "естественный", что ли, для нее. Что алгоритмы, скажем, Гауссиана и Гамесса, больше приспособлены для работы с Поппловскими базисами, а у немцев (Турбомоль и Орка) "родные" базисы -- Альрихсовские.
Угу, согласно мануалу Орки, раздел 8.1 мануала 2.9
• In our own research we almost exclusively use the basis sets of the kralsruhe group. They have been updated to the ‘def2’ set that is more consistent than the older basis sets.
sanya1024 писал(а):Но "все в этой книге может оказаться ошибкой" (откуда?). В смысле, универсального решения нет, каждый раз надо смотреть на задачу конкретно.
Предположительно Ричард Бах, "Иллюзии" или "Карманный справочник мессии"
sanya1024 писал(а):В смысле, универсального решения нет, каждый раз надо смотреть на задачу конкретно.
С одной стороны жалко, а с другой стороны если бы это было просто то все бы сделали раньше.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Дай дураку каплкластер...

Сообщение Гесс » Ср сен 11, 2013 1:24 am

Обновляя свое предыдущее утверждение от первого июля:
MN12SX оказался катастрофически слабым в геометриях аниона тримера воды, результаты бешено зависят от базиса, не похожи друг на друга, непохожи на литературные минимумы полученные другими DFTфункционалами а так же в MP2, и пр.
К коллекции Droog_Andrey "проблемных" молекул, могу предложить добавить анион NNO, у которого весьма неприятно пляшут длины связей (от метод-базисов), а угол по результатам МП2 и каплкластера отличается примерно на 10 градусов.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Дай дураку каплкластер...

Сообщение sanya1024 » Ср сен 11, 2013 2:11 am

Гесс писал(а): Предположительно Ричард Бах, "Иллюзии" или "Карманный справочник мессии"
Угадали :)

Беда еще в том, что как ни выбирай супер-пупер-базис для маленькой системы, как только перейдешь к большой, придется "урезать осетра" -- и к чему тогда были все пляски с бубнами?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: Дай дураку каплкластер...

Сообщение Yu/2 » Ср сен 11, 2013 11:32 am

Гесс писал(а): К коллекции Droog_Andrey "проблемных" молекул, могу предложить добавить анион NNO, у которого весьма неприятно пляшут длины связей (от метод-базисов), а угол по результатам МП2 и каплкластера отличается примерно на 10 градусов.
А где эта коллекция?

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2700
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Дай дураку каплкластер...

Сообщение Droog_Andrey » Ср сен 11, 2013 11:40 am

Делокализована по форуму :)
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2700
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Дай дураку каплкластер...

Сообщение Droog_Andrey » Сб сен 14, 2013 4:16 pm

Гесс писал(а):анион NNO
Дык ето... он же не существует.

P.S. В смысле, там кислород почти отваливается: http://dx.doi.org/10.1063/1.1364679
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Дай дураку каплкластер...

Сообщение Гесс » Сб сен 14, 2013 4:54 pm

Я про состояние А1. его достаточно активно считали.
А вообще для молекулы есть скажем сродство к электрону и я не уверен к кому оно относится. http://webbook.nist.gov/cgi/cbook.cgi?I ... Energetics

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2700
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Дай дураку каплкластер...

Сообщение Droog_Andrey » Сб сен 14, 2013 6:18 pm

Не осиливаю что значит состояние A1, но догадываюсь, что это что-то изоэлектронное молекуле диоксида азота. По идее, такая метастабильная штука существует. Посчитаю-ка сам...
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Дай дураку каплкластер...

Сообщение Гесс » Сб сен 14, 2013 6:51 pm

Это обозначение из статьи которую вы дали. Оно же используется как минимум в трех последующих.
Я имею в виду молекулу с углом 130-143 градуса.

UPD
Вот тут просто собрано много разных цифр (правда больше по нейтралу)
lowdin-may.pdf
А вот тут есть разные рассчеты геометрии аниона
jp049204i.pdf
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2700
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Дай дураку каплкластер...

Сообщение Droog_Andrey » Сб сен 14, 2013 7:40 pm

Короче всё это фигня. Не получается такого аниона. Состояние его, кстати, обозначается 2A'.

А расчёты все можно смело выкидывать на помойку. Потому что сколько ни добавляй диффузных функций, электронное облако тупо разрастается до предела, а валентный угол приближается к 180 градусам. В итоге получаем молекулу NNO, окружённую очень далеко делокализованным, почти оторвавшимся электроном, и всё равно проигрываем по энергии нейтральной NNO.

Так что нет у этой частицы сродства к электрону. Максимум, что можно получить, - вышеупомянутый комплекс N2·O, но это через разрыв связи NO, поэтому уже не то.
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Дай дураку каплкластер...

Сообщение Гесс » Сб сен 14, 2013 8:19 pm

Чето нифига не понял.
Неполучается согласно чего? У меня анион в CCSD/aug-cc-pvtz пришел на 132 градуса, в MP2 c тем же базисом в 142, Согласно приложенным статьям он сходится туда же и в других методах и базисах. Вы ж даже статьи не скачали.
Экспериментальное сродство к электрону как я уже писал есть, причем адиабатическое мелкое а VDE полтора эВ.

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2700
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Дай дураку каплкластер...

Сообщение Droog_Andrey » Сб сен 14, 2013 9:14 pm

А толку-то их скачивать. Сравните энергию, которая получилась для аниона, с энергией нейтрального NNO на этом же уровне теории. Пока энергия аниона выше, расчёт не имеет смысла.

Экспериментальное - это дважды вышеупомянутый комплекс.
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Дай дураку каплкластер...

Сообщение Гесс » Сб сен 14, 2013 9:41 pm

Droog_Andrey писал(а):Сравните энергию, которая получилась для аниона, с энергией нейтрального NNO на этом же уровне теории.
Это я знаю. Это ничего не доказывает. Невероятное количество расчетов дает энергию аниона димера воды выше нейтрального димера. Что не мешает двум молекулам воды успешно локализовать электрон. Кстати я попробовал это несчастное (H2O)2 соптимизировать вашим U500+ на MP2. За двое суток на 40 процах система прошла меньше 7 SCFциклов.
Droog_Andrey писал(а):Пока энергия аниона выше, расчёт не имеет смысла.
ИМХО достаточно спорное утверждение. Этот занятный минимум обсчитывается всеми кому не лень.
Droog_Andrey писал(а):Экспериментальное - это дважды вышеупомянутый комплекс.
Как видно выше я неотрицал что это может быть именно так. Но я пока в этом не уверен однозначно.
Гесс писал(а): есть скажем сродство к электрону и я не уверен к кому оно относится.
Последний раз редактировалось Гесс Сб сен 14, 2013 9:51 pm, всего редактировалось 1 раз.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 9 гостей