S1 поверхность (Firefly)

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: S1 поверхность (Firefly)

Сообщение sanya1024 » Сб июн 15, 2013 12:34 am

Теперь для согласования с предыдущими расчетами в стационарных точках (точнее, в точках-кандидатах в стационарные) надо выкинуть из акт. пространства 3 МО с заселенностью наиболее близкой к 2. А полученные в меньшем акт. пространстве (8,7) энергии состояний S0, T1 и S1 в этих последних геометриях тоже нанесите на диаграмму.
Теперь давайте посмотрим на то, что мы имеем сейчас.
В выдаче s0_step17 мы имеем открытоцепочечную структуру с основным состоянием, в к-ром доминирует конфигурация ...2221100 -- т.е., синглетный бирадикал. Действительно, в КемКрафте видно, что натуральные орбитали с заселенностями, максимально отличными от 0 и 2 (#24 и 25), локализованы на атомах C3 и С1 (у последнего еще есть вклад от кислорода). А что у нас было в циклическом интермедиате (тоже бирадикал, с почти точным вырождением триплета и синглета)? А почти то же самое :) только к орбитали, локализованной на C3, добавился небольшой вклад от другой p-pi орбитали кислорода. Т.е., корреляция налицо.
В выдаче t1_step15, структурно похожей на s0_step17 (одна получается из другой сближением/разведением атомов C1 и C3), самые активные орбитали (т.е., с заселенностями, максимально отличными от 0 и 2) -- те же самые, только орбиталь, локализованная гл. образом на C3, имеет еще вклады от кислорода и немножко -- от углеродов формирующегося циклобутанового кольца, а орбиталь, локализованная гл. образом на C1, имеет еще нехилый вклад от группы C3-H7-H8. Но основное состояние в этой структуре -- синглет с замкнутной оболочкой (доминирует конфигурация ...2222000, но с изрядной примесью ...2221100). Т.е., поменялись местами состояния где-то в промежутке между t1_step15 и s0_step17. Состояние с доминирующей конфигурацией ...2222000 понизило свою энергию при переходе от открытоцепочечного бирадикала к "заготовке" циклобутана, а синглет и триплет ...2221100 подскочили, и сильно. Так что теперь осталось только замкнуть циклобутановое кольцо и окончательно понизить энергию ...2222000.
Что касается выдачи t1_step16, она отличается от t1_step15 тем, что группа C3-H7-H8 стала плоской и легла практически в плоскости циклобутанового кольца. Доминирующие конфигурации там разлеглись примерно как в s0_step17 (open-shell singlet, triplet, closed-shell singlet), но все энергии намного выше. Похоже, что с такой геометрией мы заметно отклонились от пути реакции образования циклобутана, так что если нас не интересуют другие побочные процессы в этой реакции, то на эту структуру мы забьем.
В сухом остатке: от возбужденного реагента к циклическому интермедиату переходим, перемещая H9 от C3 к кислороду на ППЭ T1 либо S1, при этом молекула приобретает все более и более бирадикальный характер, где неспаренные электроны локализованы на C1 и C3. Циклический и открытоцепочечный бирадикальный интермедиаты связаны друг с другом через поворот OH группы. Далее открытоцепочечный интермедиат "зацикливается" по связи C1-C3, и где-то в процессе замыкания цикла состояние с замкнутой оболочкой снова проваливается ниже бирадикальных S1 и T1. Так что циклобутановый продукт опять имеет основное состояние с замкнутой оболочкой. Точку пересечения бирадикальных ППЭ интермедиата с ППЭ состояния с замкнутой оболочкой на пути замыкания цикла нам и надо будет найти. Предлагаю в качестве стартового приближения искать эту точку среди точек скана scan3-2(s0) -- т.е., на том пути, что привел нас от циклобутана к открытоцепочечному интермедиату. Шаг 17 мы уже смотрели, шаг 1 мы, в принципе, тоже видели -- возьмем серединку, шаг 8. Если результат в этой точке будет по орбиталям больше похож на продукт, то в качестве следующей точки возьмем шаг 13, а если на интермедиат -- то шаг 5, а потом сделаем еще одну подобную итерацию -- и точки кончатся. В общем, классический поиск методом деления пополам. Нам важно найти точку, в к-рой энергии состояний с доминированием ...2222000 и ...2221100 будут квазивырожденными -- от нее и будем стартовать поиск пересечения в CASSCF.
Зачем столько стараний с выбором стартовых геометрий, неужели нельзя тупо запустить поиск конического пересечения в CASSCF? можно. Но где гарантия, что мы получим пересечение нужных ППЭ в нужной нам области внутренних координат? мы уже видели, что небольшие вариации в геометрии могут закинуть нас совсем не в ту степь, и в результате мы будем исследовать ППЭ совсем не той реакции. Нам повезло в том, что качественно более-менее правильную картину мы получаем даже в single-reference методах (CIS, DFT, ROHF), так что можно надеяться, что поиск соответствующих точек в CASSCF будет недолгим.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Tonnie Fox
Сообщения: 171
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: S1 поверхность (Firefly)

Сообщение Tonnie Fox » Сб июн 22, 2013 12:28 am

Ну вот и защитился наконец-то.
А полученные в меньшем акт. пространстве (8,7) энергии состояний S0, T1 и S1 в этих последних геометриях тоже нанесите на диаграмму.
Шаг 17 мы уже смотрели, шаг 1 мы, в принципе, тоже видели -- возьмем серединку, шаг 8. Если результат в этой точке будет по орбиталям больше похож на продукт, то в качестве следующей точки возьмем шаг 13, а если на интермедиат -- то шаг 5, а потом сделаем еще одну подобную итерацию -- и точки кончатся.
сделал для шагов 8,10,13
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: S1 поверхность (Firefly)

Сообщение sanya1024 » Вс июн 23, 2013 7:25 pm

Поздравляю с защитой :) А я как раз вернулась в Москву и сейчас буду изучать Ваши выдачи.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Tonnie Fox
Сообщения: 171
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: S1 поверхность (Firefly)

Сообщение Tonnie Fox » Пн июн 24, 2013 3:18 pm

как всегда меня занесло в изучение конформаций для исходного соединения, и в итоге заметил один нюанс.
Стартует реакция из равновесной геометрии 1_S0, затем возбуждение в S1 и релаксация до 1_S1. Водородному сдвигу должно предшествовать вращение С2-С1 связи, в результате которого получается конформер 1_22_S1. Но есть еще конформер 1_21, который от 1_22 отличается направлением метильной группы, а также два аналогичный конформера для бирадикала. Все то же самое прослеживается и для T1 состояния.
В итоге имею 2 пути водородного сдвига (например, для T1):
первый 1_22 (t1) - ts1(2) - 2_2(t1)
второй 1_21(t1) - ts1 - 2_1(t1)
Разница между стационарными точками совсем незначительна, но вот между ts1 и ts1(2) - 3 ккал/моль.
Какой же вариант более корректно брать для построения МЭП? По идее тот в котором минимальные изменения (вращение С-С связи) по сравнению с исходным S0 состоянием, то есть первый. Или вовсе не заморачиваться этим вопросом?

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: S1 поверхность (Firefly)

Сообщение sanya1024 » Вт июн 25, 2013 12:52 am

Как пойдет реакция -- зависит... много от чего зависит. Минимальные движения -- это в вязкой среде, или в тесном окружении каком-нибудь, типа белка (не конкретно для этой реакции, а вообще). А так, если среда позволяет свободу движений, то будет реализовываться путь минимальной энергии. Если есть примерно равноценные пути -- возможны все. А конкретнее -- динамику надо смотреть, а это уже задачка следующего уровня. Но, кстати, хорошая надежная динамика (квантовая или ММ с параметризацией ППЭ по хорошим неэмпирическим расчетам), может дать соотношение вероятностей протекания по тому или иному пути и, в конечном итоге, соотношение продуктов.
Я сейчас как раз вернулась с недельного туториала по МД, где, в частности, показывали примеры таких приложений. Как всегда, после возвращения домой на голову сваливается куча дел, так что к Вашим файлам я вернусь ближе к концу недели. По предыдущей порции выдач у меня есть комментарии, но напишу позже.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Tonnie Fox
Сообщения: 171
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: S1 поверхность (Firefly)

Сообщение Tonnie Fox » Чт июн 27, 2013 10:18 pm

Разбираюсь пока, как проводить расчеты точек пересечения на примерах из мануала http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/ ... refly.html
Допустим, в нашей системе мы имеем сходную картину с бутаналем, для которого известно, что точки пересечения S1/S0, да и T1/S0, очень сходны "по геометрии" с бирадикалом.
Основное состояние для бирадикала - триплет, второе - S1, третье - S0. То есть, задавая входной файл для расчета точки T1/S0, необходимо в $MCSCF указать первое из искомых состояний, то есть ISTATE=1 (триплет), трекинг ntrack=2, а в $DET выставить вес WSTATE(1)=1.0,0.0,1.0. И, наконец, в $mcaver указать второе из искомых состояний (в нашем случае третье - S0) jstate=3.
Что означает conic=2 в том же $mcaver (в мануале не описывается)?
Составил пока такой входной файл, поправьте пожалуйста, если что не так:

Код: Выделить всё

 $CONTRL d5=.t. SCFTYP=MCSCF RUNTYP=optimize MAXIT=100 $END
 $CONTRL NZVAR=3 inttyp=hondo icut=11 $END
 $smp httfix=.f. $end
 $system mwords=60 timlim=600 $end
 $ZMAT DLC=.t. AUTO=.t. $END 
 $basis gbasis=N31 ngauss=6 ndfunc=1 diffsp=.t. ELNEG(1)=7,8,9 $end
 $GUESS GUESS=moread norb=114 $END
 $MCSCF method=dm2 CISTEP=aldet maxit=40 ntrack=2 ISTATE=1 $end
 $mcscf acurcy=1d-7 ENGTOL=1.0d-12 $end
 $DET NCORE=20 NACT=7 NELS=8 NSTATE=4 GROUP=C1 ITERMX=500 PURES=.f. $END
 $DET WSTATE(1)=1.0,0.0,1.0 cvgtol=1d-8 $END
 $mcaver jstate=3 conic=2 $end 
 $SCF DIRSCF=.t. $END
 $trans cuttrf=1d-13 $end
 $statpt nstep=500 opttol=1.0d-4 method=conic $end 
 $FORCE NVIB=2 vibsiz=0.005 $END
 $ciinp castrf=.t. $end
 $data

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: S1 поверхность (Firefly)

Сообщение sanya1024 » Пт июн 28, 2013 3:28 am

Давайте сначала прокомментирую то, что Вы прислали в архиве step 8,10,13.rar
Это были последовательные итерации "деления пополам" скана синглетной ППЭ, и мы искали точку квазивырождения двух синглетов, где доминируют конфигурации ...2222000 и ...2221100.
Смотрим на точку 8 (первое деление пополам скана из 17 точек). STATE 1 ENERGY= -269.9812656717 S= 0.00 SZ= 0.00, доминирующая конфигурация ...2222000, т.е. S0, closed-shell singlet. STATE 2 ENERGY= -269.8922338024 S= 1.00 SZ= 0.00, доминирующая конфигурация ...2221100, т.е. T1, триплет, и лежит он довольно высоко относительно STATE 1. А что у нас следом? STATE 3 ENERGY= -269.7541768842 S= 0.00 SZ= 0.00 -- какой-то синглет, лежит заметно выше T1. А доминирующая конфигурация ...2221010 с довеском из ...2221100. Это не тот синглет! а больше в этом расчете синглетов нет. Может, у нас вообще весь этот CASSCF расчет сошелся куда-то не туда? Между прочим, в аналогичном CASSCF расчете циклобутанового продукта такого синглета не было.

Следующая точка 13. STATE 1 ENERGY= -269.9636567284 S= 0.00 SZ= 0.00, доминирующая конфигурация ...2221100 с довеском ...2222000 -- имеем смесь open-shell и closed-shell синглетов. STATE 2 ENERGY= -269.9445472371 S= 1.00 SZ= 0.00, доминирующая конфигурация ...2221100 -- наш родимый T1. Лежит довольно близко к STATE 1. А что следующее? STATE 3 ENERGY= -269.8000074566 S= 0.00 SZ= 0.00, доминирующая конфигурация ...2222000 -- closed-shell singlet. Высоковато он лежит по отношению к STATE 1, не очень-то они квазивырождены. Надо идти дальше, но сначала мааааленькое замечание.

Где-то выше я говорила про правило Хунда (если триплет и синглет построены на одних и тех же орбиталях, триплет будет ниже синглета по энергии). Правило это не эмпирическое, а следует из узловой структуры построенной таким образом волновой функции. Но только с оговоркой -- правило выполняется строго либо в одноконфигурационном случае, либо когда конфигурационный состав триплета и синглета тоже одинаков. Последнее на практике редко встречается -- обычно (как, например, в нашем случае) к синглету и триплету ...2110... примешиваются разные конфигурации, и кто из них в итоге окажется ниже -- по-всякому получается. Вот к синглету ...2110..., например, очень хорошо примешивается синглетная конфигурация ...2200..., а к триплету ...2110... такая примешаться не может, ибо нельзя построить триплетную конфигурацию ...2200... В общем, если спросят: а что это у Вас open-shell singlet оказался ниже триплета? Вы теперь знаете, что ответить.

Ну ок. Точка 10. Очень жаль, но в ней ситуация больше похожа на точку 8: низшее состояние closed-shell singlet ...2222000, затем триплет ...2221100, а следом -- синглет, да не тот. Опять ...2221010. Щели между состояниями, конечно, поменьше, чем в точке 8, но никаким квазивырождением и не пахнет.

Мое предложение: попробовать стартовать CASSCF в точках 8 и 10 (1) с орбиталями от циклобутанового продукта и (2) с орбиталями от точки 13. Между активными орбиталями в этих наборах, как ни странно, гораздо больше сходства, чем между акт. орбиталями в них и активными в точках 8 и 10.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: S1 поверхность (Firefly)

Сообщение sanya1024 » Пт июн 28, 2013 3:31 am

Теперь насчет конформеров.
Самые общие соображения я уже высказала. Теперь, посмотрев на Ваши структуры, я вижу, что реакции циклизации способствуют менее выгодные конформеры, лежащие хоть чуть-чуть, но выше. На самом деле такое "чуть-чуть" -- это уже порядка ошибки расчета. Возьмете ли Вы DFT вместо ХФ, включите ли Гриммовскую дисперсионную поправку, учтете ли среду -- все это может сдвинуть чашки весов в пользу того или другого конформера. Ну и действительно, в ситуациях, когда есть несколько почти равноценных минимумов на ППЭ, надо учитывать статистику, а значит -- переходить к мол. динамике.
Если же пока нет желания сломать себе на этом голову -- давайте брать наиболее "предорганизованные" для реакции конформеры, а об остальных просто будем помнить.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: S1 поверхность (Firefly)

Сообщение sanya1024 » Пт июн 28, 2013 4:04 am

А насчет инпута для поиска точки пересечения я бы лучше спросила Грановского -- по-моему, с момента выкладывания на сайте примеров, по к-рым Вы строили свой файл, в FireFly что-то изменилось как раз в этой части.
Пока я бы поставила PURES=.t., и тогда триплеты будут проигнорированы при усреднении и можно спокойно убирать нолик на месте триплета в wstate. И если я не ошибаюсь, тогда мы будем иметь дело только с синглетными с состояниями -- 1-м и 2-м. Триплеты при этом в расчете будут присутствовать (их энергии будут в выдаче), но не будут оказывать влияния на state-averaged орбитали.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Tonnie Fox
Сообщения: 171
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: S1 поверхность (Firefly)

Сообщение Tonnie Fox » Пт июн 28, 2013 12:35 pm

sanya1024 писал(а):Теперь насчет конформеров.
Самые общие соображения я уже высказала. Теперь, посмотрев на Ваши структуры, я вижу, что реакции циклизации способствуют менее выгодные конформеры, лежащие хоть чуть-чуть, но выше. На самом деле такое "чуть-чуть" -- это уже порядка ошибки расчета. Возьмете ли Вы DFT вместо ХФ, включите ли Гриммовскую дисперсионную поправку, учтете ли среду -- все это может сдвинуть чашки весов в пользу того или другого конформера. Ну и действительно, в ситуациях, когда есть несколько почти равноценных минимумов на ППЭ, надо учитывать статистику, а значит -- переходить к мол. динамике.
Если же пока нет желания сломать себе на этом голову -- давайте брать наиболее "предорганизованные" для реакции конформеры, а об остальных просто будем помнить.
Ага, я как раз хорошую статейку нашел по этой теме - Р.М. Миняев "Градиентн. линии на многомерн. поверхностях потенц. энергии" Успехи химии 63 (11) 1994

Tonnie Fox
Сообщения: 171
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: S1 поверхность (Firefly)

Сообщение Tonnie Fox » Пт июн 28, 2013 2:33 pm

Мое предложение: попробовать стартовать CASSCF в точках 8 и 10 (1) с орбиталями от циклобутанового продукта и (2) с орбиталями от точки 13. Между активными орбиталями в этих наборах, как ни странно, гораздо больше сходства, чем между акт. орбиталями в них и активными в точках 8 и 10.
Видимо орбитали от продукта и 13 шага скана исправили ситуацию с синглетом STATE 3 (2221100) в точке 8, но во втором случае что-то произошло с триплетом STATE 2 (2221001). Тоже самое в точке 10 с орбиталями от продукта, STATE 2 ENERGY= -269.8856797098 S= 1.00 SZ= 0.00 (2221010),
STATE 3 ENERGY=-269.7876428086 S= 0.00 SZ= 0.00 (2221100).
А вот в той же точке 10 с орбиталями от 13-го шага:
STATE 1 ENERGY= -269.9830477436 S=0.00 SZ=0.00 (2222000) синглет S0,
STATE 2 ENERGY= -269.9311919103 S=1.00 SZ=0.00 (2221100) триплет,
STATE 3 ENERGY= -269.7628645840 S=0.00 SZ=0.00 доминирующая конфигурация снова 2222000, синглет, но какой?
Последний раз редактировалось Tonnie Fox Пт ноя 01, 2013 6:58 pm, всего редактировалось 1 раз.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: S1 поверхность (Firefly)

Сообщение sanya1024 » Пт июн 28, 2013 4:42 pm

Точка 8: с орбиталями от продукта все стало только хуже, энергия STATE 1 стала выше, появились вообще какие-то непонятные конфигурации типа 2221001 и 2212001. На фиг. С орбиталями от 13 шага выглядит очень прилично:
STATE 1 ENERGY= -269.9986179502 S= 0.00 SZ= 0.00, доминирующая 2222000 с заметной примесью 2221100 (это хорошо, видно как S0 и S1 взаимодействуют),
STATE 2 ENERGY= -269.9081457238 S= 1.00 SZ= 0.00, доминирующая 2221100 -- это T1,
STATE 3 ENERGY= -269.7265651870 S= 0.00 SZ= 0.00, доминирующая 2221100 с заметной примесью 2222000.
Т.е., в точке 8 STATE 1 -- в большей степени closed-shell singlet с довеском open-shell синглета, STATE 3 наоборот, а триплет между ними. Щели между состояниями большие. Ситуация ближе к циклобутановому продукту и обратна той, что наблюдалась в точке 13 (там, как мы помним, STATE 1 было главным образом open-shell синглетом, а STATE 3 -- closed-shell. И это при том, что мы стартовали с орбиталей 13-й точки. Это хороший признак -- стартовые орбитали не диктуют нашему расчету, куда сходиться.
Точка 10. С орбиталями от продукта снова полная фигня получается, опять плохие энергии и левые конфигурации. А с орбиталями от шага 13 выходит очень прилично. Но только в STATE 1 конфигурация 2222000 не столь явно доминирует, к ней с изрядным весом примешивается 2221100, и STATE 3 тоже представляет собой смесь 2222000 и 2221100, причем тут вес 2222000 побольше будет, чем в STATE 1. Это хорошо. Мы видим, что оба синглета взаимодействуют, и в точке 10 это взаимодействие больше, чем в точке 8.
В принципе, точка 10 и орбитали из этого расчета (где стартовали с орбиталей от точки 13) уже годится в качестве старта для поиска пересечения S0 и S1. Но на всякий случай можно еще пощупать точки 9 и 11 -- вдруг в какой-то из них все три состояния окажутся сближенными?
Есть и еще один момент: орбитали продукта все-таки не такие, как орбитали всех интермедиатов, поэтому старт с них и приводит к плохому решению. Вроде бы по конфигурациям все как надо, но если посмотреть на ту орбиталь, к-рая оказывается однократно занята в возб. состояниях продукта -- она не такая, как во всех предшествующих структурах. А если попробовать продукт стартовать с орбиталей 13 шага?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Tonnie Fox
Сообщения: 171
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: S1 поверхность (Firefly)

Сообщение Tonnie Fox » Сб июн 29, 2013 3:01 am

Но на всякий случай можно еще пощупать точки 9 и 11 -- вдруг в какой-то из них все три состояния окажутся сближенными?
Есть и еще один момент: орбитали продукта все-таки не такие, как орбитали всех интермедиатов, поэтому старт с них и приводит к плохому решению. Вроде бы по конфигурациям все как надо, но если посмотреть на ту орбиталь, к-рая оказывается однократно занята в возб. состояниях продукта -- она не такая, как во всех предшествующих структурах. А если попробовать продукт стартовать с орбиталей 13 шага?
готово
Последний раз редактировалось Tonnie Fox Пт ноя 01, 2013 6:58 pm, всего редактировалось 1 раз.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: S1 поверхность (Firefly)

Сообщение VTur » Сб июн 29, 2013 9:33 am

Tonnie Fox писал(а):
sanya1024 писал(а):Теперь насчет конформеров.
Самые общие соображения я уже высказала. Теперь, посмотрев на Ваши структуры, я вижу, что реакции циклизации способствуют менее выгодные конформеры, лежащие хоть чуть-чуть, но выше. На самом деле такое "чуть-чуть" -- это уже порядка ошибки расчета. Возьмете ли Вы DFT вместо ХФ, включите ли Гриммовскую дисперсионную поправку, учтете ли среду -- все это может сдвинуть чашки весов в пользу того или другого конформера. Ну и действительно, в ситуациях, когда есть несколько почти равноценных минимумов на ППЭ, надо учитывать статистику, а значит -- переходить к мол. динамике.
Если же пока нет желания сломать себе на этом голову -- давайте брать наиболее "предорганизованные" для реакции конформеры, а об остальных просто будем помнить.
Ага, я как раз хорошую статейку нашел по этой теме - Р.М. Миняев "Градиентн. линии на многомерн. поверхностях потенц. энергии" Успехи химии 63 (11) 1994
Вклинюсь, только из-за того, что Вы упомянули эту известну статью. Там есть место, где говорится, что при химичъеских превращениях симметрия на пути реакции меняться не долна. Я не знаю Вашу задачу, но многие об этом забывают и часто докладывают на конференциях удивительные вещи. А ток офф топ.

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: S1 поверхность (Firefly)

Сообщение sanya1024 » Сб июн 29, 2013 12:22 pm

Здрасьте! а эффект Яна-Теллера (в частности, для возбужденных состояний)?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Tonnie Fox
Сообщения: 171
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: S1 поверхность (Firefly)

Сообщение Tonnie Fox » Сб июн 29, 2013 6:13 pm

В принципе, точка 10 и орбитали из этого расчета (где стартовали с орбиталей от точки 13) уже годится в качестве старта для поиска пересечения S0 и S1.
попробовал провести тестовый расчет
1. при PURES=.t. с равными весами выскакивает ошибка "Fatal - not enough CI roots to track!"
2. пришлось вернуть всё обратно PURES=.t., istate=1, jstate=3, wstate=1,0,1. с 13го шага начинаются перестановки

Код: Выделить всё

    Warning - remapping target state #   1 to converged CI state #   2
    Warning - remapping target state #   2 to converged CI state #   1
это как то влияет на искомое пересечение?
3. До конца не дооптимизировал, но то что пока получилось скорее похоже на продукт конкурирующей реакции разложения - значительно увеличилось расстояние С11-С2 атомов.
Последний раз редактировалось Tonnie Fox Пт ноя 01, 2013 6:58 pm, всего редактировалось 1 раз.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: S1 поверхность (Firefly)

Сообщение sanya1024 » Сб июн 29, 2013 7:50 pm

Выдачу сейчас посмотрю. Fatal - not enough CI roots to track! -- поставьте ntrack=4 (т.е., равным NSTATE). Программе это ничего не стоит.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: S1 поверхность (Firefly)

Сообщение sanya1024 » Сб июн 29, 2013 11:46 pm

То, что в окрестности конического пересечения state 1 и state 2 меняются местами -- это было бы нормально. Но тут есть проблема. Если Вы задаете PURES=.f. и отслеживаете (ntrack) только 2 состояния (S0 и Т1, к-рое в этом расчете не включено в усреднение), то проследить за S1 Вы уже не можете. Более того, очень может быть, что когда меняются местами state 1 и state 2 -- это меняются местами синглет и триплет. И тогда на каких-то шагах программа ищет пересечение не тех состояний.
В Вашем случае это скорее всего не так, поскольку на 1 шагу низшим (state 1) оказался синглет, а трекинг гарантирует, что и в дальнейшем программа его не упустит.
Все-таки попробуйте поиграть с опцией ntrack и pures=.t., чтобы триплеты нас вообще никак не беспокоили (только присутствовали в выдаче). Просто как-то подозрительно, что критерий сходимости -- разница энергий между состояниями DELTA ENERGY -- то уменьшается до ~0.00018 (почти сошлись?), то вдруг дальше снова увеличивается на порядок.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Tonnie Fox
Сообщения: 171
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: S1 поверхность (Firefly)

Сообщение Tonnie Fox » Сб июн 29, 2013 11:53 pm

Это я тоже заметил, но при любых попытках выставить pures=.t., в том числе и с ntrack=4, как с равными весами, так и с 1,0,1,0 всё та же ошибка Fatal - not enough CI roots to track!. Попробую еще поковыряться.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: S1 поверхность (Firefly)

Сообщение sanya1024 » Вс июн 30, 2013 12:53 am

Даже с весами 1,1? ведь при PURES=.t. усредняются только те состояния, чья мультиплетность указана, а именно синглеты (у нас стоит MULT=1)
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 68 гостей