распараллелить Linux под Orca

[o-oxhem]

Стало веселее.
Тоже посчиталось, причем на 16 процах. (на 1 проце за 6 minutes 34 seconds 300 msec а на 16 за 5 minutes 51 seconds 851 msec, занятно параллелизнуто).
.

Это очень маленькая задача, чтобы бенчмарк параллельности устраивать. Некоторую нестабальность работы параллельного кода тоже наблюдал. Но орка постоянно совершенствуется.

[alien308]

На orca не замечал ускорения при числе процессоров больше 4. Конечно от задачи и железа зависит.

[sanya1024]

Влезу: на моих (довольно больших) задачах ускорение при переходе от 4 ядер к 8 было существенным, хотя за цифрами сейчас не полезу. По ощущениям от "трындец как медленно" и "ну ее на фиг, эту задачу" на 4 до "вполне терпимо" и "имеет смысл подождать результата" на 8.

[Гесс]

А на первом единственная задача которая просунулась в очередь (из более полутора сотен нужных) решила колебаться между двумя (неуверен) состояниями. В орке нет большой красной кнопки "Сделать все хорошо" для такой ситуации?

Оказывается есть. Рассчет с абсолютно идентичной стартовой геометрией и абсолютно идентичными кейвордами (короче идентичный инпут исключая число распараллеливаемых процов) сошелся за 5 шагов после запуска на другом кластере. Причем другие примерно 60 точек посчитались на первом кластере без этих чудес. С одной стороны конечно радостно что сошлось но с другой бесит ситуация когда результат рассчета зависит не от кейвордов и геометрии а от всякой ни.

Блин думал сделать цитату а оказалось сделал праку своего сообщения.

[sanya1024]

Я говорила, что не пропадет Ваш скорбный труд Сегодня на меня свалился кластер с PBS, к-рый нужно срочно обживать. Коллеги успели поставить туда Орку, но завести ее в параллель не смогли. Я прошла Ваш путь за 1 вечер, без мата и сбитых кулаков Так что спасибо Вам!

[Гесс]

Мое начальство распараллелило за 10 минут.
Просто у меня радиус кривизны рук > 1 недели.
Насчет мата и сбитых кулаков - непомню чтоб я о них писал, но они были. А, нашел мелким шрифтом.
В любом случае если это Вам или кому-либо еще действительно пригодилось - я реально счастлив, без иронии.
Для меня абсолютно серьезно полезность некоего результата для общества намного важнее чем само получение этого результата.

[Гесс]

Несколько оффтоп, но такое чувство что установку орки на винду писали линуксоиды:
Чтобы поставить орку нужен опенмпи.
Чтобы поставить опенмпи нужно долго играться с CMake, первым шагом чего является конфигурирование исходников с применением ВижуалСтудии.

Поставил Вижуалстудию. Поставил Цмейк.
Конфигурировать опенмпи мы нехотим ибо нет библиотеки которая есть.
Интернет велит запускать баты, которые ничего не дают.
И это я еще до самой орки не добрался.

[Enchanter]

А бинарников OpenMPI под виндовс нет?

[Гесс]

А бинарников OpenMPI под виндовс нет?

Чтото есть http://www.open-mpi.org/software/ompi/v ... indows.php но где его брать непонятно, а в 1.6 сразу написано:

Due to lack of interest and anyone to maintain them, binary support for a Microsoft Windows Open MPI build has been discontinued. There will be no further releases of them unless a new maintainer can be found. Windows-based Open MPI users may choose to use the Cygwin-based Open MPI builds, instead.

Я пытался скомпилировать исходники опенмпи 1.6 Цмаком 2.8 с 2 разными вижуалстудиями (2008 и 2012), даже вылечив библотеки, но оно ругается на какую то еще фигню.
Я лечение новой фигни пока забросил ибо нет желания ломать головой стену за которой я вижу еще не менее 6 стен и совершенно не уверен в наличии там дверей.
Просто мне не настолько нужна орка на ноуте чтоб я сходил опять от нее с ума.

[Enchanter]

Есть форум Орки, на котором все расписано.
Версия OMPI 1.6 не подходит, нужна 1.5.х.
http://cec.mpg.de/forum/viewtopic.php?f=9&t=16&start=30

Простой поиск в Гугле дает ссылку на бинарники.
http://www.open-mpi.de/software/ompi/v1.5/

[ruderal]

Подскажите, пожалуйста, что делать в случае такой ошибки:
Cannot open GBW file: filename.ges

An error has occured in the SCF module
CALLING COMMAND: C:\orca/orca_scf filename.gbw b
RETURN CODE : 2
?

[AK-87]

Столкнулся с вот такой проблемой с ORCA. Поскольку в гугле по ней выдает только эту тему, сюда и напишу решение, вдруг кому-то пригодится.

Код: Выделить всё

------------------------------------------------------------------------------
                        ORCA OPTIMIZATION COORDINATE SETUP
------------------------------------------------------------------------------

The optimization will be done in new redundant internal coordinates
Making redundant internal coordinates   ...  (new redundants) done
Evaluating the initial hessian          ...  (Almloef) ERROR       : GSTEP Program returns an error
              cannot continue with the optimization
COMMAND     : /opt/ORCA/orca_gstep scan_imi2.ginp.tmp
RETURN CODE : 11

Сначала грешил на переменные среды или библиотеки MPI, но другие примеры работали.
Загвоздка была в том, что нумерация атомов в инпуте начинается не с 1, а с 0. Я пытался сделать relaxed scan, указав девятый атом в молекуле из девяти. В инпуте все шло гладко до расчета начального гессиана:

Код: Выделить всё

         *************************************************************
         *               RELAXED SURFACE SCAN STEP   1               *
         *                                                           *
         *                 Bond (  9,   5)  :   2.24000000           *
         *************************************************************

Уменьшил индексы атомов на единицу и ошибка пропала. Почему ошибка не выпадает там, где ей самое место, для меня так и осталось загадкой.

[Гесс]

Это долбодятлизм фича орки. Нумерация атомов начинается с 0 или с 1 зависимо от наличия констрейнтов, ЕМНИП.

[Гесс]

Следующий релиз орки обещают сделать под open-mpi.2* (Текущий официально под 1.6*). Пока это не наступило - возможно кому то пригодится: Так как 1.6 плохо фурычит (ну как минимум по мнению моего админа) с Infiniband, то возникла потребность в устаканивании с наиболее поздним работающим опенмпи. Ранее у меня применялся 1.8, но в связи с расширением сервера - 1.8 погиб.
http://orca.cheminformatics.xyz/doku.ph ... tion/linux существует инструкция под 1.10, причем критическим моментом в ней является линкование ln -s libmpi.so.12 libmpi.so.1
Как показала практика - этого может быть недостаточно.
Если вы внезапно начинаете ловить в аутпуте чтото типа libopen-pal.so.13: undefined symbol: _intel_fast_memmove - убедитесь что в ваших PATH, LIBRARY_PATH и LD_LIBRARY_PATH фигурирует интеловский компайлер использовавшийся для опенмпи.

[Shorku]

По моему скромному мнению, линукс под оркой не запустится (даже на одном ядре), орка как операционная система все еще сыровата.

[kbob]

когда 4-я версия ORCA планируется?

[Shorku]

когда 4-я версия ORCA планируется?

на митинге, пишут, раздавали бету, но я бы в этом году не ждал.

[Гесс]

когда 4-я версия ORCA планируется?

на митинге, пишут, раздавали бету, но я бы в этом году не ждал.

Блин, я опять просрал митинг?

По моему скромному мнению, линукс под оркой не запустится (даже на одном ядре), орка как операционная система все еще сыровата.

сарказм на название темы? Это не я ее так назвал

[Shorku]

Блин, я опять просрал митинг?

Ага. Жалко, конечно, а то можно было бы у Вас выцыганить четвертую орку

сарказм на название темы? Это не я ее так назвал

хотел на самом деле пошутить про линукс на квантовом компьютере, который моделируется в орке, которая крутится на виртуальной машине с убунтой на виндовом ноуте, но потом подумал, что слишком неочевидно.