Прогноз биологической активности

[AnoChemus]

Вещество, взятое "из головы".
Прошу у химиков, непосредственно свзанных с биологией предположить что-нибудь о биологической активности соединения.(формула в прикреплённых).
И ещё: как научиться прогнозировать активность? Может подскажете какие-нибудь специализироанные книги(основы биохимии имеются, не предлагать) по медицинской химии, так ведь это называется, да?
Заранее спасибо.

[AnoChemus]

А ещё: можете пиз подсказать сервис, в котором по формуле можно узнать, синтезировано ли вещество или нет. Спасибо

[avor]

-А ещё: можете пиз подсказать сервис, в котором по формуле можно узнать, синтезировано ли вещество или нет. Спасибо

Это вопрос для орг форума, а ответ в другом топике форума. Нужно просмотреть базы данных CA Бельштейна и реаксис, мир не без добрых людей и участники, имеющие доступ к ним помогают своим более бедным коллегам.

Сделайте запрос в другом форуме.

--Прошу у химиков, непосредственно свзанных с биологией предположить что-нибудь о биологической активности соединения.(формула в прикреплённых).

Бесполезная просьба никто вам не выдаст достоверной информации, если только эта активнасть не установлена экспериментально и опубликована.

--И ещё: как научиться прогнозировать активность?

Если бы кто-нибудь знал ответ на этот вопрос, Биг фарма не тратила бы сотни миллиардов долларов и десятилетия на разработку новых драгов.

Существуют масса разных софтов и алгоритмов, которые предсказывают активность по аналогии с уже описаннными активностями и по возможному стереохимическому построению активных центров важных и изученных, но далеко не всех биомолекул. На этом вся предсказательная сила заканчивается.

[kika]

А ещё: можете пиз подсказать сервис, в котором по формуле можно узнать, синтезировано ли вещество или нет. Спасибо

В смысле - натуральное оно или синтетическое?

[AnoChemus]

А ещё: можете пиз подсказать сервис, в котором по формуле можно узнать, синтезировано ли вещество или нет. Спасибо

В смысле - натуральное оно или синтетическое?

Нет, вы не так поняли. Синтезировано ли оно УЖЕ кем-нибудь.

[chemist]

Синтезировано ли оно УЖЕ кем-нибудь.

Запросите в разделе "базы данных": viewforum.php?f=65 , только сначала изучите тамошние правила.

[Vanya Ivanov]

первое, очень приблизительное понимание возможной биоактивности можно найти
http://www.pharmaexpert.ru/passonline/
там регистрация бесплатна и все очень понятно и упрощено. Хотя эта простота сбивает новичков с толку. И они такие перлы выдают, ссылаясь на результаты предикшена!
Сервис в общем полезный, я даже в своей статейке на него ссылку кинул.

[AnoChemus]

первое, очень приблизительное понимание возможной биоактивности можно найти
http://www.pharmaexpert.ru/passonline/
там регистрация бесплатна и все очень понятно и упрощено. Хотя эта простота сбивает новичков с толку. И они такие перлы выдают, ссылаясь на результаты предикшена!
Сервис в общем полезный, я даже в своей статейке на него ссылку кинул.

Спасибо, сервис оценить не удалось пока что, что за файлы с расширением ".mod"?
У меня для рисования стоит MDL ISIS DRAW 2.5, с помощью неё можно ли чего-нибудь добиться от сервиса или надо что-то дополнительное скачивать? Если да, то что?
Спасибо

[uchebnik fiziki]

Прошу у химиков, непосредственно свзанных с биологией предположить что-нибудь о биологической активности соединения.(формула в прикреплённых).

Сколько вы готовы за это заплатить?

[EvgeniyChup]

1. Неплохой сервис emolecules (дает предложения на ББ и структуры скрининга) и spresiweb

Код: Выделить всё

http://www.chemport.ru/forum/viewtopic.php?f=14&t=10146

2. По биологической активности: посчитайте lgP (например в ACD lab или Hyperchem), также можете посмотреть в банках данных структуры рецепторов и их комплексов например здесь:

Код: Выделить всё

http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do 

. После скачивания файла с моделью белка или комплекса посмотрите его в программе Bioeclips, ну и конечно программы моделирования докинга активного центра рецептора и Вашего лиганда, в Вашем случае стоит посмотреть рецепторы серотонина.

[Vanya Ivanov]

Спасибо, сервис оценить не удалось пока что, что за файлы с расширением ".mod"?

там сервис, черезвычайно простой (внешне).
Регистрируетесь, заходите, рисуете формулу на встроенном редакторе (если в винде уже встроена java) или вводите со своего компа в двух форматах: MDL MOL или SMILE, и нажимаете кнопку "get prediction", через 20 - 30 сек выдается список в одтдельном окне - вероятность положительная (Ра) и отрицательная (Рi) и название эффекта: (вот пара верхних строчек - получил за 45 сек приблизительно).

Pa Pi Activity
______________________________________
0,605 0,004 Maillard reaction inhibitor
0,593 0,005 Interleukin 2 agonist
0,615 0,034 Acute neurologic disorders treatment
0,535 0,105 Antiischemic, cerebral
и пт более 30...
Кстати, положительные вероятности активности не очень высокие, это косвенно говорит, что соединение может быть новым и система еще на обучена (не введены примерыя). Меняете молекулу в радакторе и смотрите на цифры. А вот если почитаете их мануалы, то поймете как правильно и глубоко интерпретировать их результаты. Здесь все много сложней. Увидите, что одна активность относится к одному фрагменту, а другая к другому, часть их активностей прийдет с боковыми радикалами, но основная будет все же зависить от скаффолда. Кстати, если изменить вашу молекулу не существенно (без метилтио-) - синтетически, я пологаю, это просто - то можно получить очень высокую и интересную активность. Дерзайте.

[StYV]

А какой вообще смысл считать теоретически активность? Ну если в ряду, то можно посчитать. Все это теория. Недаром тратиться миллиарды баксов на разработку препаратов да и времени на это уходит немало. Критерий истины - практика (это сказано не мной).
С уважением StYV.

[Vanya Ivanov]

А какой вообще смысл считать теоретически активность?

а вот с этого вопроса как раз и начинается первая лекция для студентов по компьютерным методам в медицинской химии, в т.ч. и на химфаке МГУ, и в school of pharmacy UNC и т.п. заведениях.

[EvgeniyChup]

[rhezusfactor]

А какой вообще смысл считать теоретически активность?

а вот с этого вопроса как раз и начинается первая лекция для студентов по компьютерным методам в медицинской химии, в т.ч. и на химфаке МГУ, и в school of pharmacy UNC и т.п. заведениях.

Изначальная формулировка выглядит как студенческая задачка на фармакофоры, для зачета.

[IAV]

Доброго времени суток! Чтоб не создавать новую тему здесь спрошу. А никто не знает он-лайн сервиса для предсказания биологической активности не отдельной молекулы, а скэффолда? Мне для диссера надо. Т.е. я разработал методики по теме с одним общим сусликом и разными подвесками и точками рандомизации. Описал, что фрагменты этих скэффолдов встречаются в ряде лекарств и т.п., соответственно следует ожидать активности и от моих сусликов. Но хочется это как то еще подтвердить с использованием компьютерной химии/статистики для пущей красивости. Другой вариант(выглядит менее привлекательным на МВ) - какой-нибудь он-лайн сервис для прогнозирования биоактивности виртуальной библиотеки, не для конкретных соединений, а для базы?

[uchebnik fiziki]

Описал, что фрагменты этих скэффолдов встречаются в ряде лекарств и т.п., соответственно следует ожидать активности и от моих сусликов.

Не надо так делать. Найдите биологов и проверьте.

А никто не знает он-лайн сервиса для предсказания биологической активности не отдельной молекулы, а скэффолда?

Это бесполезно.

Другой вариант(выглядит менее привлекательным на МВ) - какой-нибудь он-лайн сервис для прогнозирования биоактивности виртуальной библиотеки, не для конкретных соединений, а для базы?

База всегда состоит из конкретных соединений. Вы можете воспользоваться каким-нибудь сервисом типа PASS и загнать туда базу, для каждого соединения вам будет выдан прогноз. Но приводить его в диссере без экспериментальной проверки -- моветон.

[IAV]

У меня диссер не по биохимии, а по органике, это как дополнение, так что я считаю, камильфо) А в PASS разве можно базу загнать? не подскажите как? насколько я разобрался на этом сайте можно только конкретные соединения смотреть.
Почему бесполезно предсказывать биоактивность скэффолда? Можно написать, что то вроде... от соединений такого то рода с наибольшей вероятностью следует ожидать проявления био активности такого то типа и такого то....дескать перспективные соединения, следующим первым шагом будет проверка именно на эти виды активности.
Отдать биологам на тесты - хороший вариант, но повторюсь, у меня тема не биохимии, а органической синтетической. Кроме того, из каждой библиотеки я синтезировал всего по 5-10 соединений, чтобы принципиально показать большую или меньшую универсальность разработанных методик.

[uchebnik fiziki]

Если у вас тема по синтетической органике, то помимо синтеза вам ничего описывать не надо. И спекуляции "пальцем в небо" тоже не нужны. Создаётся впечатление, что вы сами не знаете, зачем работаете. Напишите нормальное обоснование и не стройте из себя Нострадамуса, используя методы, продолжения которых не знаете.

Скаффолд не может обладать биологической активностью. Активностью обладают конкретные соединения.

[IAV]

Скэффолд не может, а соединения из скэффолда очень даже могут. И если для большей части вирт. соед-й скэффолда наиболее вероятны определенные виды биоактивности, то об этом можно написать. Можно придумать много новых "картинок-крокодилов", которые понятно, что не перспективны для биоскрининга, а можно придумать маленькие красивые молекулы, которые интересны для скрининга. И я считаю будет красивым дополнением прогноз их потенциальной биоактивности(хотя конечно можно остановиться на привлекательности молекул по дескрипторам). Синтез ради синтеза не столь интересен. А то, что у этих соединений дальнейшая судьба неизвестна, то обсуждение этих проблем выходит за рамки обсуждения этой темы. Так что не надо тро-ло-ло про Ваши впечатления, а раз уж заикнулись, то ответьте пжлста про PASS, можно ли туда базу загнать?