Расчет адамантана в Gaussian

[shvalbe]

При своих советах Вы забываете, что у меня есть руководитель и я должен придерживаться установленного им порядка, а не давать ему советы, да еще на начальной стадии диплома. В соответствии с планом я должен уметь оптимизировать кластер различными методами и сравнивать полученные результаты (углы, длины связей) с реальными, постепенно увеличивая размер кластера. А у меня Хартри-Фок идет, а с остальными двумя методами вопросы. Каким должен быть входной Gaussian файл напр. для Amber и АМ1? Хотя бы на примере бутана...

[sanya1024]

Обычно ко всем программам прилагаются примеры входных файлов. Наверняка такие есть и в Гауссиане (могут называться tests, examples, etc.). Ищите в этих файлах по ключ Amber или, соответственно, AM1. Кусочки ввода могут быть и в мануале.
Ваш шеф правильно делает, что заставляет Вас искать информацию. Только это предполагает, что Вы будете самостоятельно искать и изучать найденное, а не просить готовых решений у коллективного разума. Вы уж не обижайтесь, но если бы я спалила за этим делом своего дипломника, да еще в самом начале работы, разговор был бы очень жестким.
Если человек доучился до диплома, да еще поехал в Германию, значит, он способен разобраться в мануале программы и врубиться в основы используемых методов. Не стройте из себя блондинку. Я не случайно посоветовала Вам почитать мануал HyperChem-а -- ответы на половину Ваших вопросов содержатся там. И после этого Вам было бы легче понимать мануал Гауссиана, так что еще половина оставшихся вопросов тоже была бы решена.

[sanya1024]

А параметр IOp в Гауссиане Вам вообще не нужен.

[Ferom]

При своих советах Вы забываете, что у меня есть руководитель и я должен придерживаться установленного им порядка, а не давать ему советы, да еще на начальной стадии диплома...

Вот и прекрасно. А если вдруг спросит, какого хера ты так сделал? Так и отвечай, мне мои русские товарищи насоветовали. (Ведь ты же не на германском форуме кв.химией интересуешься, а на нашем!)
П.С. Я от своих студентов требую протеста – спорьте со мной, если сдюжите. (Иногда в споре рождается истина (я в этом убедился (на опыте!)))

[shvalbe]

Составил расчетный файл для адамантана в Амбере, но и после двухкратного прочтения инструкции по ММ много вопросов... кто-то может подправить мой расчетный файл?

[starless]

Составил расчетный файл для адамантана в Амбере, но и после двухкратного прочтения инструкции по ММ много вопросов... кто-то может подправить мой расчетный файл?

Ну prep как prep, теперь генерите топологию и координаты. Кстати, откуда константы? На мой вкус, лучше дефолтные из GAFF использовать.

[shvalbe]

Ну prep как prep, теперь генерите топологию и координаты

Оно вроде почти по-русски, но все равно не ясно. Что мог, сгенерировал - чего не хватает? Константы силового поля взял взял из примера по Амберу в мануале Гауссиана; связи, длины углов - в работах по адамантану. "Лучше дефолтные из GAFF использовать" - может быть, как туда попасть?

[starless]

http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/

[Лечащий Врач]

shvalbe, меня, честно говоря, начинает уже просто смущать ваша ситуация.

Неужели на вашем месте работы вообще никто и ничего никогда не считал? И тем не менее, вам, человеку, в глаза не видевшему расчетные программы, выдали вполне серьезную задачу?

По делу - поразительно, что совет попробовать генерировать структуру наноалмаза из кристаллической вы так сходу отмели. Неужели потому, что это за вас тут никто делать не будет, а помочь собирать адамантан руками могут?

[shvalbe]

Не вижу смысла отвечать на эти вопросы. Да, задача у меня не из легких, поэтому помощь мне нужна постепенная, лучше строго в рамках моей задачи (в силу пока что плохого ориентирования в теме), и спасибо всем, кто мне помог в этом направлении. Работаю, в том числе и сейчас. Если все-таки хочется ответов - прошу в личку, чтобы не засорять тему.