Расчет адамантана в Gaussian

[shvalbe]

Help! Вопрос чисто практический, но очень важный. Сегодня выяснилось, что из софта придется использовать только две программы: либо ChemDraw, либо Avogadro. В первой не вижу возможности построить молекулу в 3D, только сконвертировать ее туда из двухмерного пространства - но руководитель сказала, что можно строить и в 3D. Не вижу в упор; если возможно, то как? Avogadro безбожно глючит даже на простых операциях, о кластере боюсь и думать. Кто-то может дать советы по имеющемуся софту в плане строительства кластеров? Сторонний софт не предлагать.

[amge]

ChemDraw - это действительно двумерная рисовалка. Но если есть ChemDraw, то, возможно, есть и Chem3D - обе эти программы из пакета ChemOffice. Chem3D имеет дело с трехмерными структурами.

[shvalbe]

Стоит Chem3D - как в нем соединить два фрагмента? Не вижу там такой опции, по-моему, он лишь служит для отображения построенного в ChemDraw. Та же проблема с Avogadro (1.0.1 работает под Виндой гораздо лучше последней версии) - там можно неплохо строить в 3D, но опять-таки неясно, можно ли соединять фрагменты - а кластер иначе очень тяжело построить. Смотрел видео, читал Help - пока результата нет, помогайте.

[Гесс]

В Chem3D - выберите кнопку связь нажмите на первом атоме, дотащите до второго, так чтобы вам подсветилось что вы уже на втором и отпустите. Посмотрите на результат, если промахнулись, отмените или сотрите.

[Corepunk]

Svalbe,
надеюсь перед тем как браться за расчеты наноалмазов, Вы ознакомились с работами Аманды Барнард на этот счет.

DOI:

http://dx.doi.org/10.1039/b710189a

Если у Вас нет доступа, напишите в личку, я вышлю статью.

[Гесс]

Вопрос в том какого размера планируются наноалмазы. Судя по написанному выше - меньше 300, с другой стороны где то до полтинника структуры относят к полиамантанам и по ним отдельная куча работ.

А у вышепомянутой Барнард в Size dependent phase stability of carbon nanoparticles: Nanodiamond versus fullerenes есть очень интересные утверждения собственно по теме названия.

[shvalbe]

В Chem3D - выберите кнопку связь нажмите на первом атоме, дотащите до второго, так чтобы вам подсветилось что вы уже на втором и отпустите. Посмотрите на результат, если промахнулись, отмените или сотрите.

Спасибо, но по крайней мере на нелегальном софте не выходит - глюки, первый атом подсвечивается, но на второй затащить не удается. Но что еще очень важно: я не могу вращать и двигать одну молекулу, если в окне уже есть вторая... они двигаются и вращаются только попарно. Можно ли работать отдельно с одной молекулой при наличии другой?

[Гесс]

У меня на не лицензионном работает. Второй атом не должен подсвечиваться, вы на него натягиваете мышь у вас всплывает подсказка с названием и номером атома, отпускаете мышь. Вращать одну при наличии другой - такой опции я в Кем3Д ненаходил. Но там есть очаровательная фича: Calculation-MM2-Minimize Energy верить полученному результату конечно нельзя, но для построения начальных геометрий - просто прелесть. Кстати сохраняется в дофига форматов, включая гауссиановские, хотя напрямую Гауссу я их нескармливал, обычно желательна доработка напильником в Molecule или Гаусвьювере.

[shvalbe]

Не получается натянуть мышь на второй атом... когда веду курсор от выделенного атома, в описываемом мышью прямоугольнике всплывает какой-то бред, он закрывает поле и атомы второй молекулы не видны. Стоит Chem3D 12.0. Но если нельзя отдельно задать конфигурацию одной молекулы, то составить кластер из фрагментов все равно не получится. Но спасибо за помощь. А по Avogadro тут специалистов нет?

[Гесс]

1) Вы сингл-бонд на Билдинг-панели выбирали перед тем как вести от атома к атому?
2) всмысле задать конфигурацию одной молекулы? Рисуем адамантан (можно в Д2) ставим рядом еще прау адамантанов, связываем их связями, оптимизируем геометрию. Выделяем Д3 фрагмент, копируем, вставляем рядом, связываем его с первым, оптимизируем, проверяем что нигде не налажали, для критсллической решетки это просто. Повторяем до достижения требуемого эффекта.
3) если у вас уже есть какой то класте то с применением ластика он легко обгрызается до нужного размера.
4) обьясните что вам надо может я даже посмотрю как это нарисовать.

[amge]

Насколько я понял, ТС хочет не соединять адамантовые фрагменты связями, а конденсировать их, причем конденсировать сразу по шести атомам, чтобы получались полиадаманты.
Такая операция хорошо получается у MarvinSketch. Об этой программе я уже говорил. Она бесплатная, а для целей рисования и лицензию получать не надо.
Берете из темплатов адамантан, делаете ему Clean3D (Crtl-3). С помощью Rotate3D (F7) поворачиваете, чтобы было как на картинке. Потом Ctrl-A, Ctrl-C, Ctrl-V. Вставленная структура ездит за мышкой. Но она в неправильной ориентации. С нажатой левой кнопкой мышки вращаете, добиваясь нужной ориентации. Бросаете. Выделяете, Ctrl-X, Ctrl-V (первая картинка). Подводите к первой структуре, чтобы пометились 4 атома (вторая картинка). Бросаете. Произошло совмещение 6 атомов, получился диадамант.

3.png

Но большой кластер, по моему, все равно сложно собрать. Проще кусок алмаза должным образом обрезать (хотя и это требует недюжиного пространственного вообращения).

[Гесс]

Вот нарисовал вам С74. времени минут 20, примерно столько же надо чтобы увеличить его раза в 2 если дорисовывать по одной связи, дублить этого товарища уже неудобно надо сразу прорисовывать много связей.

Nanodiam.txt

Смерите формат с txt на gjf, я его сохранил под гауссиан.

[amge]

Гесс, Вы просто герой

[Гесс]

Гесс, Вы просто герой

У меня работы в процессе, теорию читать уже невмоготу, почему не помочь тем что я умею, довольно механическая работа.
Вот этот чудик мне нравится даже больше, С 92 и он даже заметно симметричный и без расталкивания метиленовых групп.

Nanodiam92.txt

Чтоб мне хто помог.... Какую программу не возьму везде лажа... Последняя с турбомолем. Руководитель делает все практически тоже самое, а у него даже стройные результаты, а у меня даже рассчет кончится неможет... Хны-хны-хны...

А моим личным героизмом было создание Z-matrix на 2 сотни атомов. И главное что они заработали после минимальных правок. (Каст коорд не прокатывали по условию задачи, ну или как то очень матерно прокатывали, но я не в курсе. Поэтому проще была Z-matrix, причем не произвольно что-через-что, а по строго определенному порядку.)

[shvalbe]

amge, Гесс - спасибо! Попробую MarvinSketch, но надо будет посмотреть, в каких форматах там поддерживается сохранение. Гесс - а Вы точно все правильно выстроили? При открытии структуры в Chem3D в правой панели отображается, что многие атомы не связаны между собой (см. рис), да и GaussView ругается на файл - возможно, именно из-за этого. У Вас есть скайп или ICQ? Чтобы не засорять тему практическими вопросами... обратился бы, если не получится с MarvinSketch.

[Гесс]

айсикью нелюблю, пишите в скайп gess-nout, я пока мне делать нефиг создал вам монстра, С 187.

Насколько я отсюда вижу это не несвязанные между собой атомы, а атомы слишком близко к которым другие атомы или связи в 2Д, хотя могу ошибаться. Осматривайте в Д3 и незабудьте отобразить водороды, Кемофисс их любит выкручивать в ужасающие стороны.

[shvalbe]

Не положите пока C187 сюда? Где-то до выходных попробую построить хотя бы небольшой кластер сам, не получится - буду связываться для совета.

[Гесс]

Держите С187, он не такой красивый как предыдущий, но мне возможности ноута не позволяют его доращивать до красивого.
Я после выходных буду совсем в другом месте поэтому помочь не смогу. Спрашивайте до/на выходных, либо через 2,5 недели.

[shvalbe]

Процесс идет, теперь проблема в корректном описании входных файлов для расчета. Собственно, с расчетом по Хартри-Фоку все вроде бы понятно, а вот с молекулярной механикой пока вопросы.... на http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_mm.htm преогромный материал - чем больше читаю, тем больше расплывается... если кто работал, то можете кратко сформулировать различие между Amber, Dreiding и UFF? И пока непонятен параметр IOp, за что отвечает, какой лучше выбрать для моей задачи.

[Ferom]

Дорогой shvalbe, если Вы решили после молекулярной механики оптимизировать свою модель методами квантовой химии, то просто напишите (и сошлитесь на авторов), что до оптимизации Вы использовали «вот такой вот метод» и всё.

П.С.По крайней мере я бы так сделал. Ну, а как по Вашему, зачем огород городить?