Расчет адамантана в Gaussian

[amge]

практические советы по построению и оптимизации такого кластера

Да уж... Самому построить наноалмаз - морока еще та. И, IMHO, z-матрицы здесь не особо помогут. Что приходит в голову:
Посмотрите статьи, где эти наноалмазы считали. Иногда в Supplementary выкладывают координаты структур.
Если нет, попробуйте написать авторам - может, пришлют.
В конце концов, взять кусок алмаза (например, вот, 331 атом) и модифицировать его.

[wait]

Может посчитать наноалмазную сферу (вместо тотальной заморозки выкинуть внутренности, а заморозить несколько внутренних слоев, а там вакуум - а внутри конь)?

[sanya1024]

Простейший вариант -- найти кристаллическую структуру алмаза (в примерах к какому нибудь Materials Studio или Diamond'у, или еще какому-нибудь кристаллическому визуализатору) и вырезать из него. Как и чем вырезать -- отдельный вопрос. Потом отрезанные связи затерминировать чем надо (водородом, очевидно).

[shvalbe]

Простейший вариант -- найти кристаллическую структуру алмаза (в примерах к какому нибудь Materials Studio или Diamond'у, или еще какому-нибудь кристаллическому визуализатору) и вырезать из него. Как и чем вырезать -- отдельный вопрос. Потом отрезанные связи затерминировать чем надо (водородом, очевидно).

Если кто знает, где можно подобное найти (и сохранить в формате, поддерживаемого Gaussview или хотя бы как Gaussian Input File) - дайте знать, было бы очень неплохо. Терминировать - да, водородом; как и писал, следующая стадия - попарное удаление водородных атомов для образования поверхностных С=С. Пока же прикидываю, как из адамантанов попробовать составить небольшой кластер, заодно Gaussview осваиваю...

[shvalbe]

В конце концов, взять кусок алмаза (например, вот, 331 атом) и модифицировать его.

Спасибо! Модифицировать надо в следующем направлении: сделать усеченный октаэдр с поверхностями 100 (сверху) и 111 (по краям). Потом, видимо, будем на них в разной степени строить двойные связи и считать энергию - там уже с руководителем буду советоваться по ходу. Вот только обрезать нужным образом кластер вряд ли сумею... amge, у Вас опыта нет? Впрочем, в любом случае мне придется это освоить - нужно будет отыскать оптимум кластера, соответственно, построить несколько разных размеров...

[sanya1024]

Гауссиан понимает координаты в формате xyz: символ элемента x y z. ГауссВью должен понимать разные форматы -- на то он и визуализатор.
Как вариант: берете HyperChem (там удобнее всего строить молекулы), рисуете 1 атом C, потом делаете Add H and Model Build. Получаете метан. 3 из 4 водородов заменяете на C, выделяете их и снова делаете Add H and Model Build. В свежедобавленных метилах 1 из 3 водородов заменяете на C, выделяете и опять делаете Add H and Model Build. Если какие-то водороды налезли друг на друга, удаляете обоих и заменяете их связью C-C. Внимательно смотрите, не накосячили ли чего, и продолжаете до желаемого размера.

[shvalbe]

Спасибо, но т.к. HyperChem у нас не стоит, хотелось бы сначала попробовать что-то сделать с кластером от amge - он относительно (для ab initio) большой, а потому надеюсь, что модифицировать его нужно будет в сторону уменьшения, что полегче.

[alxyppv]

А прочему бы с DFTB не поиграться? Этакий DFT "для бедных". Метод, с одной стороны, дешевый (можно реально весь кластер из нескольких тысяч атомов засовывать), с другой стороны может быть заметно лучше, чем обычная полуэмпирика (типа AM1). Но может и не быть... Во всяком случае, для незамещенных фуллеренов дает очень неплохие результаты (относительные энергии изомеров сопоставимы с РВЕ). DFTB есть и в виде отдельной программы, и реализван в некоторых других кодах (в том же Гауссиане)

[Ferom]

Спасибо, но т.к. HyperChem у нас не стоит...

Вам рекоммендуют способ как сократить время на начальное освоение, а Вы кривляетесь. Сказано же, что HyperChёm можно найти на торрентах. Ну а когда дело дойдёт до публикации, так и быть не пишите, что первоначальную конфигурацию делали в HyperСhёm.

[sanya1024]

Я понимаю топикстартера: он работает в Германии, а там с пиратством строго. Но можно легально скачать месячную демо-версию HyperChem -- это бесплатно. Мануал к ней в *.pdf, никто не мешает сохранить его для изучения после деинсталляции демки. Более того, можно даже писать в статье, что пользовались демо-версией для построения стартовых структур. Ну, и никто не мешает установить пиратскую версию с торрента на свой личный ноутбук и пользоваться ею в свое удовольствие (не для расчетов, повторю, а для построения молекул и для изучения теоретической химии), особо не афишируя это дело в лабе.

[shvalbe]

Как уже писал, работу с HyperChem я оставляю про запас, а пока хочется модифицировать структуру от amge, т.к. она весьма близка к тому, что мне надо и для этого не требуется стороннего программного обеспечения - GaussView ее понимает. С другой стороны, если уж плясать ab ovo, то мне кажется лучшим использовать в качестве структурной единицы адамантан, без "налезающих" друг на друга атомов водорода; это как раз неплохо делать в GaussView. Кое-какие навыки я уже получил, так что буду пробовать оба варианта - но если кто поможет обрезать кластер от amge, буду рад.

[amge]

Вот только обрезать нужным образом кластер вряд ли сумею... amge, у Вас опыта нет? Впрочем, в любом случае мне придется это освоить - нужно будет отыскать оптимум кластера, соответственно, построить несколько разных размеров...

Ну, обрезать то - это не проблема. Удалять атомы умеют многие. Попробовал единственное, что у меня домашнем компьютере стоит - MarvinSketch. Прекрасно справляется. И pdb читает, и удаляет атомы хошь по одному, хошь скопом, и забить свободные валентности водородами может, и пооптимизировать молекулярной механикой, и сохранить в формате gaussian input, и бесплатный к тому же.

[Лечащий Врач]

Как кристаллограф сообщаю, что построить кусок алмаза заданных размеров (правда, кубической формы) умеет даже Mercury. Структура же алмаза представляет собой кусочек атома + операции симметрии. И взять ее можно, напр, в Crystallography Open Database. http://www.crystallography.net/

На мой вкус, задача, конечно, просит BigDFT. Это такой европейский проект по разработке программы для расчета в базисе стоячих волн. Достоиство ее в практически линейном шкалировании времени расчета от размеров задачи. Это совсем свежий софт, но кластеры углерода и бора (правда, скорее фуллеренообразные) им уже считали много.

http://inac.cea.fr/L_Sim/BigDFT/

Для моих задач оно не подошло, но тем не менее, такое есть. И, в конце концов, этим людям с вашей задачей можно и написать посоветоваться - тема им близкая.

Считать поверхность имхо очень сложно. Наноалмаз, по определению, это углеродный материал, дающий картину рентгеновской дифракции, похожую на алмаз, но с уширенными линиями. Оставите поверхность - не докажете, что система имеет хоть какое-то отношение к наноалмазу. Плюс в центре там не так много атомов

Но, конечно, флаг вам в руки с Гауссианом и адамантаном.

[shvalbe]

Структура же алмаза представляет собой кусочек атома + операции симметрии. И взять ее можно, напр, в Crystallography Open Database. http://www.crystallography.net/

Гм, что-то поиск там хитроват... не натолкнете на имеющиеся варианты алмазных структур?

[sanya1024]

Ничего сложного. Жмете на Search. В поле text (1 or 2 words) вводите diamond, в поле 1 to 8 elements вводите только C в одну ячейку, в поле number of distinct elements min and max вводите в обе ячейки по единичке, поскольку Вам нужен только чистый углерод. И собирайте урожай. Если слово diamond не вводить, получите еще до кучи графит. Да, установите себе Mercury для просмотра *.cif файлов -- она бесплатная.

[shvalbe]

Благодарю. Буду думать, что лучше подойдет для решения задачи - понемногу буду держать в курсе.

[shvalbe]

Нашел пару файлов, которые могли бы мне пригодится - но мой Gaussview открывает их пустыми... если у кого-то по-другому - пересохраните пож-та в Input Gaussian или .cif и киньте сюда.

[EvgeniX]

Откройте в ChemCraft (www.chemcraftprog.com)

[shvalbe]

Там хотя и открывает, но не дает возможности сохраниться в формате, понятном Gaussview. Просьба в силе.

[shvalbe]

Разобрался - но если кому-то встретится кластер алмаза наподобие выложенному amge, дайте знать; гугл ничего больше не показал. Октаэдр был бы идеалом, но и другое сойдет.