Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютерной

[Ferom]

(Но интересно) А вообще, существует ли критерий отнесения одного форумчанина к профессионалам, а другого к мальчикам?

П.С.Просто заметилось с одной стороны схожесть мышления моего и ТС.

[sanya1024]

Ну, Вы-то не нахальничаете так, как ТС. Вы ведете себя вполне корректно. Я перечислила те моменты, к-рые позволили мне отнести ТС к невоспитанным мальчикам. Так что с Вами тут все ОК Больше не оффтопничаем.

[Himera]

(Но интересно) А вообще, существует ли критерий отнесения одного форумчанина к профессионалам, а другого к мальчикам?

Наличие публикаций в приличных журналах, а также содержимое этих публикаций.

[den2042]

На американском рынке SCIGRESS продается.
Для ab initio SCIGRESS использует бесплатные GAMESS и PHASE. Которые закачиваются отдельно.
Некоторые наши клиенты хвалят совместное использование Gaussian и SCIGRESS (Gaussian за движки, SCIGRESS -- за удобный интерфейс).
Есть DFT
Есть полуэмпирика
http://www.fqs.pl/chemistry_materials_l ... ools/zindo
http://www.fqs.pl/chemistry_materials_l ... _tools/mos
http://www.fqs.pl/chemistry_materials_l ... _tools/mog
http://www.fqs.pl/chemistry_materials_l ... s/localscf
Есть MM2/MM3
И молекулярная динамика тоже есть
Есть модуль Spreasheet для batch processing (одновременная обработка тысяч молекул (если hardware позволяет))
Есть модуль для докинга
Есть модуль для QSAR анализа
Пожалуйста, обращайтесь, если будут вопросы
Денис, FUJITSU

[den2042]

Тут в одном топике сильно ругали SCIGRESS
Тут уж я, старый солдат Девяносто первого полка, не выдержал и...
http://www.scigress.com
информация по используемым методам в ссылках справа
А если будут какие-нибудь вопросы, задавайте, пожалуйста
Денис, FUJITSU

[EvgeniX]

На американском рынке SCIGRESS продается.

Ну и что? На американском рынке и HyperChem продаётся (хотя кака ещё та). Чем этот ваш SCIGESS лучше HyperChem?

[EvgeniX]

Что этой программой можно сделать, чего нельзя сделать другими программами, которые обычно используют форумчане в этой ветке?

[den2042]

Чем лучше?
Это вам пользователям решать, что лучше, а что хуже.
Я лицо заинтересованное, и с моей стороны было бы некорректно принижать продукты других компаний.
Просто я заметил, что у посетителей этого форума несколько искаженное представление о SCIGRESS.
А ведь эта программа (или предшественник САСhe) используется в ведущих университетах: Оксбридж, Стэнфорд и тд и тд
И по теории информация есть (был такой вопрос)
И про США я написал, потому что в топике раньше писали, что SCIGRESS там нет.
"Лучше" у каждого свое. Одному нравятся скрипты на Линукс, другому -- мышка и ГУИ, третьего интересует в первую очередь batch.
Но если будут вопросы по SCIGRESS, пишите, отвечу
Денис, FUJITSU

[EvgeniX]

Я просто пока не понимаю, зачем нам нужна эта программа?

[Himera]

Объединил темы, поскольку они посвящены ровным счётом одному и тому же

[amge]

Тут вот один из пользователей Scigress рассказывал, как он ищет ПС.

Важна не только процдура обсчета, но и мехазм который считается.......уже три года механизмы считаю.......вначале он рисукется на бумаге..потом переносится в комп.....для построения следующего ПС используется несколько параметров частиц..........вот и получается что в механизме не 2-3 ПС а 8-10

den2042, расскажите, пожалуйста, чуть подробнее об алгоритме поиска ПС, реализованного в Scigress, а то из приведенной цитаты нехорошие подозрения возникают.

И еще вопрос. CONFLEX встроен в Scigress или его нужно приобретать отдельно?

[den2042]

И еще вопрос. CONFLEX встроен в Scigress или его нужно приобретать отдельно?

SCIGRESS -- это пакет программ, состоящий из модулей (Basic, CONFLEX, MO Windows engine, MO Linux engine и т.д.).
При покупке SCIGRESS модули приобретаются в индивидуальном порядке в соответствии с потребностями пользователя.

Модуль CONFLEX в SCIGRESS -- это CONFLEX3, который можно купить как часть SCIGRESS
http://www.fujitsu.com/global/services/ ... s.html#id7
При бесплатном скачивании SCIGRESS на месяц модуль CONFLEX (версия CONFLEX3) включен.

Если этого окажется недостаточно, то вместо модуля CONFLEX в SCIGRESS, можно отдельно приобрести CONFLEX6 у производителя. Правда это будет значительно дороже. Работать он будет точно также как интегрированная часть SCIGRESS.
Особенности CONFLEX6 описаны в разделе "New Features in CONFLEX v.6.0" на
http://www.conflex.us/prod_conflex.asp

[amge]

den2042, спасибо за исчерпывающий ответ. Еще пара вопросиков, если позволите. Какова цена SCIGRESS с CONFLEX3? И правильно ли я понял, что под linux его нет?

[den2042]

расскажите, пожалуйста, чуть подробнее об алгоритме поиска ПС, реализованного в Scigress, а то из приведенной цитаты нехорошие подозрения возникают.

И у меня возникают
Для поиска ПС в SCIGRESS используется набор полуэмпирических методов MO-G. MO-G произошел от MOPAC
The SCIGRESS MO-G application determines both an optimum geometry and the electronic properties of molecules by solving the Schrödinger equation using the semi-empirical Hamiltonians AM1, PM3 and PM5, developed by M. J. S. Dewar and J. J. P. Stewart respectively. SCIGRESS also supports the older parameter sets, MNDO and MINDO/3, and the newer parameter set, MNDOd. In addition, SCIGRESS extends AM1 to AM1/d.
MO-G calculates heats of formation, rather than the energy required to separate the molecule into isolated nuclei and electrons as in quantum-chemical methods such as Extended Hückel Theory and ZINDO.
Если по чем-нибудь из этого набора загадочных букв будут вопросы, пожалуйста, спрашивайте, не стесняйтесь.

Теперь, собственно, о ПС (Transition States, TS).
Saddle points are stationary geometries for which the energy increases when atoms are displaced in all directions except one. This means that only one of the force constants of a molecule at a transition state geometry is negative, and all the rest are positive or zero. The vibrational frequency of the normal mode with the negative force constant is negative. On an energy map, a saddle point is at the top of the pass that connects two minimum-energy geometries with each other. Chemically, this geometry is a transition state.

The reaction coordinate is the direction of greatest energy decrease from the saddle point. The reaction pathway is the minimum-energy path from reactants to transition state to products.

MO-G has a method designed for locating transition states, called a SADDLE calculation. Both the reactant and product molecules are specified, and MO-G attempts to locate a stationary point that corresponds to the transition state for the reaction.

The geometry generated from a saddle calculation can be some distance away from the transition state. However, refining this structure through a minimize gradient calculation usually leads to a structure closer to the transition state.

Another method for locating transition states is to perform a grid search calculation in which the two internal coordinates varied are the principal deformations that occur in the course of the reaction. The map that is produced may contain a pass on the energy surface that is a saddle point. The molecular geometry at this point can be used as an estimate of the transition state geometry.

The geometry of the transition state is refined with an optimization method that can minimize the energy gradient without searching for a minimum-energy geometry. Once the stationary geometry has been found, the transition state is characterized by calculating the vibrational frequencies for the molecule and verifying that there is one (and only one) frequency that corresponds to a negative force constant. These frequencies are negative (strictly speaking, they are imaginary, but they are reported as negative numbers as a matter of convenience).

Vibrational frequencies reported in the MO-G output file contain six (or five, for linear molecules) vibrational modes, which correspond to translation and rotation of the molecule as a whole. These vibrations have frequencies that are close to zero if the molecule is at a stationary point. However, they will not be identically zero because of the numerical approximations made in determining the stationary-point geometry and in calculating the force matrix.

Кроме того ПС могут находится и с использованием движков GAMESS (free for academic usage) и Gaussian. При этом SCIGRESS используется просто как интерфейс.
Ответ неполный. Правда, и вопрос довольно емкий, хоть и краткий
Поэтому, если будут дополнительные вопросы, задавайте
Денис, FUJITSU

[den2042]

Объединил темы, поскольку они посвящены ровным счётом одному и тому же

Да, темы посвящены практически одному и тому же.
Только одна небольшая оговорка. Мелочь, конечно, но так, для ясности.
Ранее программа называлась SCIRESS Explorer. C этого начиналась эта тема.
SCIGRESS это более новая версия программы. Об этом идет разговор сейчас

[den2042]

Что этой программой можно сделать, чего нельзя сделать другими программами, которые обычно используют форумчане в этой ветке?

Я просто пока не понимаю, зачем нам нужна эта программа?

SCIGRESS -- это как очередная отвертка в ящике. Наперед никогда не знаешь, что может понадобиться. Когда возникнет очередная прикладная задача, то чем больше у тебя оверток в ящике, чем обширнее арсенал средств, тем больше вероятность того, что эта задача решится быстро и правильно.
© не помню кто сказал, но помню, что из НИИ Ореховича

Ну а из таких интересных вещей могу порекомендовать обратить внимание на модуль Spreadsheet
http://www.fujitsu.com/global/services/ ... ction/#id2
и метод LocalSCF (правда, тут подробно)
http://localscf.com/localscf.com/Theory.aspx.html

Это были, так сказать, первые места в моем личном списке.
Ну и много еще чего в SCIGRESS есть, о чем я уже писал.
Денис, FUJITSU

[EvgeniX]

Ну я так понял, что по родным методам поиска ПС - это больше для органики подходит. Для серьёзной металлорганики полуэмпирика плохо применима. А если использовать GAMESS, Gaussian и т.п., то и без SCIGRESS вполне можно обойтись.

[Himera]

SCIGRESS -- это как очередная отвертка в ящике. Наперед никогда не знаешь, что может понадобиться. Когда возникнет очередная прикладная задача, то чем больше у тебя оверток в ящике, чем обширнее арсенал средств, тем больше вероятность того, что эта задача решится быстро и правильно.

Не хочу сказать ничего плохого о программе SCIGRESS (которой не пользовался), но аналогия неудачная, а сам подход в корне неверен. Квантовохимический софт это совсем не Microsoft Word, поэтому используемые программы нужно знать в совершенстве. Серьёзные люди всегда пользуются одной-двумя-тремя хорошо знакомыми программами, а не лезут в ящик за очередной отверткой. Иначе артефактов не оберёшься. Не знаю, хорошо это или плохо, но пока ситуация на "рынке" именно такая, и вряд ли она в ближайшее время изменится.

[den2042]

Ну я так понял, что по родным методам поиска ПС - это больше для органики подходит. Для серьёзной металлорганики полуэмпирика плохо применима.

Да, хорошее замечание.
Для поиска ПС металлоорганики SCIGRESS не подходит.
Для этого подойдет ADF: Amsterdam Density Functional software
http://www.scm.com/
http://www.scm.com/Products/Overview/tr ... state.html
Философия ADF подразумевает скрипты и Линукс. Или же, можно использовать SCIGRESS как графический интерфейс к ADF.
ADF можно легально скачать и бесплатно пользоваться месяц.
http://www.fqs.pl/contact/register
Ну а дальше, для России, Украины, Беларуси действует 60% скидка
Денис, FUJITSU

[Nbveh]

Толстый ТРОЛЛЬ