Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютерной

вопросы строения молекул и квантовой химии
jeck19862
Сообщения: 27
Зарегистрирован: Ср фев 01, 2012 2:56 pm

Re: Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютер

Сообщение jeck19862 » Чт фев 02, 2012 9:55 am

EvgeniX писал(а):Первый вопрос. Как Galu$$tyan 09 заставить оптимизировать в CCSD(T), жалуется, что аналитических градиентов нет.
Хочу механизмы им изучать :-)
Могу сказать так.......Gaussian не преспособлен для подробного изучения механизмов....ошибка возникает, скорее всего, из за несоответствия структуры и метода Есть предлпжение....могу за 4000 р сплавить тебе хорошую книгу по изученю механизмов, комплекс программ для этого дела (и не только) и проводить личные консультации. Как тебе? :wink: :wink: :wink:

jeck19862
Сообщения: 27
Зарегистрирован: Ср фев 01, 2012 2:56 pm

Re: Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютер

Сообщение jeck19862 » Чт фев 02, 2012 9:59 am

jeck19862 писал(а):
EvgeniX писал(а):Первый вопрос. Как Galu$$tyan 09 заставить оптимизировать в CCSD(T), жалуется, что аналитических градиентов нет.
Хочу механизмы им изучать :-)
Могу сказать так.......Gaussian не преспособлен для подробного изучения механизмов....ошибка возникает, скорее всего, из за несоответствия структуры и метода Есть предлпжение....могу за 4000 р сплавить тебе хорошую книгу по изученю механизмов, комплекс программ для этого дела (и не только) и проводить личные консультации. Как тебе? :wink: :wink: :wink:
Сколько не считал Gaussian ом ...с интермедиатами проблем не возникает, а вот с переходными комплексами всегда...выдает подобную ошибку. Если согласишься на предложение, то комплекс программ позволит теб считать абсолютно все. Книгу я сам пишу и по мере обновления буду высылать тебе.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютер

Сообщение EvgeniX » Чт фев 02, 2012 10:27 am

jeck19862 писал(а):Могу сказать так.......Gaussian не преспособлен для подробного изучения механизмов....ошибка возникает, скорее всего, из за несоответствия структуры и метода Есть предлпжение....могу за 4000 р сплавить тебе хорошую книгу по изученю механизмов, комплекс программ для этого дела (и не только) и проводить личные консультации. Как тебе? :wink: :wink: :wink:
Я всегда рад поддержать хорошее дело. Единственная проблема, зар.плату что-то не платят.
Но есть вариант, готов оплатить радиолампами (нашли в куче на складе большое количество, идеально подходят для разработки хороших звуковых усилителей), но доставка за ваш счёт.

Каковы возможности разработанного вами комплекса программ?

jeck19862
Сообщения: 27
Зарегистрирован: Ср фев 01, 2012 2:56 pm

Re: Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютер

Сообщение jeck19862 » Чт фев 02, 2012 10:33 am

EvgeniX писал(а):
jeck19862 писал(а):Могу сказать так.......Gaussian не преспособлен для подробного изучения механизмов....ошибка возникает, скорее всего, из за несоответствия структуры и метода Есть предлпжение....могу за 4000 р сплавить тебе хорошую книгу по изученю механизмов, комплекс программ для этого дела (и не только) и проводить личные консультации. Как тебе? :wink: :wink: :wink:
Я всегда рад поддержать хорошее дело. Единственная проблема, зар.плату что-то не платят.
Но есть вариант, готов оплатить радиолампами (нашли в куче на складе большое количество, идеально подходят для разработки хороших звуковых усилителей), но доставка за ваш счёт.
Ладно....бог с ними с деньгами. Skype есть? Отошли мне свой логин...я тебе вышлю Scigress Explorer и руководство, как механизмы считать. Gaussian тут не годиться. А Scigress самое то.

jeck19862
Сообщения: 27
Зарегистрирован: Ср фев 01, 2012 2:56 pm

Re: Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютер

Сообщение jeck19862 » Чт фев 02, 2012 10:36 am

Деньги то на покупку телефона нужны были...то совсем нету...я аспирант...и без з/ п и стипендии. А на счет комплекса программ, то они не мной разработаны. Но сосчитать с помощью них можно все. В том руководстве, что я вышлю есть описание подробное к некоторым из них. Научиться не сложно.

jeck19862
Сообщения: 27
Зарегистрирован: Ср фев 01, 2012 2:56 pm

Re: Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютер

Сообщение jeck19862 » Чт фев 02, 2012 2:54 pm

Если у кого возникают какие вопросы...........то могу дать консультацию...если расчеты нужны. то сделаю.......на форуме я почти всегда. Так что обращайтесь. И я может чего нового узнаю!

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютер

Сообщение sanya1024 » Чт фев 02, 2012 3:15 pm

jeck19862 писал(а):Для обсчета переходных комплексов лучше всего использовать методы DFT. Дучше с учетом диффузии электронных облаков. Если ПК не позволяет такого, то лучше использовать DFT B88-LYP/ 6-31G** с предварительной оптимизацией в базисе 3-21 G, а также полуэмпирическим методом PM5 (либо PM3, PM6) и молекулярной механикй, наприме, MM2 / MM3. Вместо гибридного потенциала B88-LYP можно использовать B3-LYP или CAM-B3-LYP (Fitting Set = AUTO)
Что я нашла про сию замечательную прогу:
Scigress Explorer (previously CAChe) is a unique desktop molecular modeling software package that can apply a wide range of computational models to all types of molecular systems, from small organic molecules, to inorganics, polymers, materials systems and whole proteins. Scigress Explorer speeds time-to-discovery by providing powerful computing and analytical tools designed for experimental scientists.
Ну, это рекламное бла-бла-бла, но есть конкретное указание, что это бывший CAChe. Может, кто им пользовался из форумчан...
Едем дальше.
Interfaces
In SCIGRESS EXPLORER there are 2 different Interfaces available:

Workspace
Create molecules; clean up valences; correct geometry; display atomic charges, bond orders, bond strain; view energy maps, IR spectra, UV-visible spectra, orbitals and reactivity surfaces; superimpose molecules; link spectra and energy maps to structures. Fragment Library contains amino acids, nucleic acids, transition states, organometallics, organics, inorganics, drugs, and others. Display PDB files; build peptides from sequence; edit protein structures; automatic sequence alignment (Needleman-Wunsch algorithm); solvent accessible surface; ligand pocket surface and automatic ligand docking. Gaussian® interface.
ProjectLeader
Automated batch processing; research project management; property driven spreadsheet interface; tracking and annotation; automatic 2D-3D conversion, scatter graphs; simple, multiple and step-wise regressions; QSAR & QSPR for ADME, logP, Rule-of-5. Handles thousands of molecules. Auto-docking module.
Applications

SCIGRESS EXPLORER can be used to discover molecular properties and energy values. The software provides insight into chemical structure, properties and reactivity, including:

Geometry optimization
Location of all low energy conformations (CONFLEX)
Similarities between potential drug molecules
Quantitative Structure - Activity and Structure - Property Relationships analysis (QSAR/QSPR)
Visualization of reactivity of molecules and experimental structures (e.g., PDB and crystal structures)
Analyzing/visualization of proteins
Location of active sites
Superimposition of lead molecules and quality of superimposition
Drug - receptor interactions
Bioavailability (e.g., logP)
Molecular shape
Electrostatic interactions
Sequence alignment


Т.е., это автоматизированный визуальный интерфейс к собственной полуэмпирике и не слишком сложным вариантам DFT, а также к Гауссиану. Внутренняя квантовохимическая кухня максимально закрыта от пользователя -- достаточно построить молекулу и нажать кнопку, а программа сделает все остальное. Некая зашитая в программу дефолтная квантовая химия (обычно довольно примитивная) выдает, к примеру, переходные состояния (их много, поэтому сложную КХ для этого не подключают), а следующие модули их обрабатывают с помощью зашитых кинетических и феноменологических моделей. Результат выдается в виде красивых графиков, картинок и мультяшек -- загляденье. Обычно предусматривают и возможность ручной работы с квантовой химией (в данном случае -- с Гауссианом), но тоже в очень ограниченных пределах.

История продукта и компании:
What happened to the CAChe Group (business entity) and CAChe WorkSystem (product)?
The CAChe Group was spun out of Tektronix in 1991 as a wholly-owned subsidiary named CAChe Scientific Inc. A Windows version of CAChe (that did not require the specialized hardware) was released in 1994, just before the company was sold to Oxford Molecular Group PLC (OMG) in the following year. In 2000, the CAChe business was purchased by Fujitsu Ltd of Japan, immediately before Accelrys absorbed the rest of OMG. Throughout the changes, the core CAChe development and marketing remained in Beaverton, staffed by some of the original founding members. However, having opened a new office in Boston, Fujitsu closed the CAChe sales and support functions in Beaverton in 2006, and replaced the CAChe product range with their new Scigress Explorer. Fujitsu closed their Boston BioSciences office in 2009 and apparently, discontinued USA support for CAChe and Scigress in 2010.


Т.е., продукт ни в виде CAChe, ни в виде Scigress Explorer больше не поддерживается. Однако доступен в торрентах (ищите и обрящете :) )

Программы такого рода предназначены для индустриального пользователя. Ему не важно, как получен результат (CCSD, DFT, полуэмпирика, QSAR, гадание на кофейной гуще, божественное озарение) -- главное, чтобы результат был. О серьезном методическом обосновании при этом не беспокоятся. Обычно результаты, полученные такими комплексами, не предназначены для публикации -- как по причине их методической сомнительности, так и потому, что такова политика коммерческих структур в отношении публикаций.

(по секрету) Дело в том, что наша лаба последние несколько лет активно принимает участие в разработке подобных программных комплексов, и я не понаслышке знаю, из чего это блюдо готовят.

Короче, уважаемый ТопикСтартер, если Вы пользуетесь только этой программой, Вы не защититесь ни на каком приличном совете, потому что не сможете внятно обосновать выбор метода и ответить на другие вопросы, касающиеся квантовой химии. Учите квантовую химию, разбирайтесь в "сложных и медленных" программах типа Гамесс, Орка и Гауссиан -- и будет Вам если не щастье, то хотя бы диссер.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

jeck19862
Сообщения: 27
Зарегистрирован: Ср фев 01, 2012 2:56 pm

Re: Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютер

Сообщение jeck19862 » Чт фев 02, 2012 4:04 pm

Ну да.......во первых программа прекратила свое существование в США, в о вторых эта программа прекрасно рботает и квантовая химия в ней не дефлтная. Проверено на практике. С помощью нее я обсчитал уже 10 докторских и 5 кандидатских дисеров. И все сходится с экспериментом. Поом, эа программа на правлена на выполнение прикладных задач квантовой химии. И, наконец, я умею работать и с Gamess и с Gaussian. Советую не читать статьи из инета, а порбаотать с ней лично.

jeck19862
Сообщения: 27
Зарегистрирован: Ср фев 01, 2012 2:56 pm

Re: Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютер

Сообщение jeck19862 » Чт фев 02, 2012 4:08 pm

jeck19862 писал(а):Ну да.......во первых программа прекратила свое существование в США, в о вторых эта программа прекрасно рботает и квантовая химия в ней не дефлтная. Проверено на практике. С помощью нее я обсчитал уже 10 докторских и 5 кандидатских дисеров. И все сходится с экспериментом. Поом, эа программа на правлена на выполнение прикладных задач квантовой химии. И, наконец, я умею работать и с Gamess и с Gaussian. Советую не читать статьи из инета, а порбаотать с ней лично.
И ще. обоснование с ней прекрасное ....во многх планах намнго лучше, чем с указанными Gamess и Gaussian.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютер

Сообщение sanya1024 » Чт фев 02, 2012 4:29 pm

jeck19862 писал(а):С помощью нее я обсчитал уже 10 докторских и 5 кандидатских дисеров.
И не заработали на телефончик :) и свой диссер не защитили. И писать без опечаток не научились. Простите за резкость, дальше будет хуже.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютер

Сообщение sanya1024 » Чт фев 02, 2012 4:36 pm

jeck19862 писал(а):Ну да.......во первых программа прекратила свое существование в США, в о вторых эта программа прекрасно рботает и квантовая химия в ней не дефлтная. Проверено на практике. С помощью нее я обсчитал уже 10 докторских и 5 кандидатских дисеров. И все сходится с экспериментом. Поом, эа программа на правлена на выполнение прикладных задач квантовой химии. И, наконец, я умею работать и с Gamess и с Gaussian. Советую не читать статьи из инета, а порбаотать с ней лично.
Повторяю еще раз: я участвую в разработке подобных программ и знаю, что там внутри. Вот как раз сейчас сижу сочиняю ТЗ на GUI атомистического модуля для наших программистов.

А сейчас скажу крайне неприятную вещь: нельзя сидеть три года, как попка давить на кнопки -- и называть это наукой. То, что в России защищают такие диссертации -- не достижение, а позор. Это как штамповать жестяные крышечки -- а потом показывать их на выставках достижений. Хотя нет, крышечки можно представить как арт-объект :)
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

jeck19862
Сообщения: 27
Зарегистрирован: Ср фев 01, 2012 2:56 pm

Re: Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютер

Сообщение jeck19862 » Чт фев 02, 2012 4:39 pm

Сидите и пишите, а считать, видимо не научились и обсчитывать реальные задачи.

jeck19862
Сообщения: 27
Зарегистрирован: Ср фев 01, 2012 2:56 pm

Re: Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютер

Сообщение jeck19862 » Чт фев 02, 2012 4:41 pm

jeck19862 писал(а):Сидите и пишите, а считать, видимо не научились и обсчитывать реальные задачи.
Вам ьы в руки реальную задачу и программ 6 .......интересно...вы справились бы? :D

Аватара пользователя
Himera
Сообщения: 3454
Зарегистрирован: Ср мар 05, 2003 5:38 pm
Контактная информация:

Re: Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютер

Сообщение Himera » Чт фев 02, 2012 5:08 pm

jeck19862 писал(а):Сидите и пишите, а считать, видимо не научились и обсчитывать реальные задачи.
jeck19862, мне пока кажется, что вы не очень далеко продвинулись в освоении квантовой химии, но при этом совершенно свободно и беззастенчиво что-то объясняете профессионалам. Если хотите меня разубедить, предъявите, пожалуйста, список ваших публикаций по теме (можно в личку). В противном случае придётся вас отлучить от этого форума, так как пустой флуд нам здесь совершенно не нужен.

jeck19862
Сообщения: 27
Зарегистрирован: Ср фев 01, 2012 2:56 pm

Re: Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютер

Сообщение jeck19862 » Чт фев 02, 2012 5:35 pm

Я больше не публикациями занимаюсь, а выполнением работ на заказ...........публикаций у меня мало......вообще их можно найти в интернете Трякин Федор Самгу в гугле. Пожалуста. А в том что она профессионал я сомневаюсь, потому что спор идет в личном плане а не в научном.

jeck19862
Сообщения: 27
Зарегистрирован: Ср фев 01, 2012 2:56 pm

Re: Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютер

Сообщение jeck19862 » Чт фев 02, 2012 5:40 pm

jeck19862 писал(а):Я больше не публикациями занимаюсь, а выполнением работ на заказ...........публикаций у меня мало......вообще их можно найти в интернете Трякин Федор Самгу в гугле. Пожалуста. А в том что она профессионал я сомневаюсь, потому что спор идет в личном плане а не в научном.
И отлучать от форума совершенно не к чему........каждый имеет свое мнение и может его высказать...а уж о том как я далеко продвинулся в квантах судите по моим публикациям или при личном разговоре.а не по форуму. Мой язык это кванты. И если вы из москвы, то мой профессионализм признали такие люди как Чувылкин, Беленький Л.И., Зефриров Н.С.,Пивина Т.С. Так что судите сами.

Аватара пользователя
Himera
Сообщения: 3454
Зарегистрирован: Ср мар 05, 2003 5:38 pm
Контактная информация:

Re: Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютер

Сообщение Himera » Чт фев 02, 2012 6:45 pm

jeck19862 писал(а): И отлучать от форума совершенно не к чему........
Отлучать вас от форума уже пора за избыточное цитирование и дублирование сообщений, не говоря об оскорблении пользователей и бессмысленности некоторых комментариев. Извините, но это последнее предупреждение.
Я больше не публикациями занимаюсь, а выполнением работ на заказ...

...С помощью нее я обсчитал уже 10 докторских и 5 кандидатских дисеров
Тогда покажите работы, выполненные на заказ. Или вы диссертациями торгуете? Тогда тем более покажите, мы с удовольствием ВАК проинформируем...

PS. Web of Science не знает автора "Фёдор Трякин", чего, впрочем, и следовало ожидать.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютер

Сообщение amge » Чт фев 02, 2012 7:08 pm

Мне удалось найти две статьи нашего героя в журналах "Естественные и технические науки" и "Бутлеровские сообщения".

Аватара пользователя
Lantano
Сообщения: 189
Зарегистрирован: Чт окт 09, 2008 10:35 pm

Re: Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютер

Сообщение Lantano » Чт фев 02, 2012 7:45 pm

Вполне чётко и ясно был задан вопрос.
EvgeniX писал(а):Каковы возможности (...) комплекса программ?
В ответ от топикстартера ничего конкретного.
Sanya1024 постаралась, информацию собрала, а её неконструктивно "раскритиковали".
Как-то совсем несерьезно. :(
"Если миру не нужен свет - Не беда, проживёт и так.
Если стал не нужен поэт - Не беда, он наймётся в кабак..."

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютер

Сообщение sanya1024 » Чт фев 02, 2012 10:19 pm

Я совершенно не против программы Scigress Explorer. Спасибо топикстартеру за наводку -- будет для нашей команды еще один пример GUI в подобных комплексах.
Программные комплексы такого типа дружественная нам фирма KinTech клепает пачками под любую индустриальную задачу. Ссылку давать не буду, иначе это будет реклама.
Такой софт -- это ходунки. Для инвалидов-опорников или для младенцев ходунки полезны. Но видеть пост: "Мне 26 лет, с 7 месяцев пользуюсь ходунками, очень доволен, всем рекомендую" -- согласитесь, странно. Пора бы уже своими ножками ходить, коли здоровый.
Публикации топикстартера по ссылкам выше посмотрела... ну, что сказать? слабенький матерьялишко. Если товарищ такое за деньги продает, лохи (sorry!) покупают, а продажные (или неквалифицированные) дисс. советы пропускают такие защиты, это -- повторюсь -- позор российской науки. Впрочем, судя по тому, что товарищ тут на телефончик клянчил, не очень-то и берут его пирожки.
И еще, мальчик Федя. Обращаюсь уже лично к Вам. Сначала научитесь себя вести. Вы пришли на форум профессионалов, занимающихся квантовой химией не год и не три, и начали, извините, кидать пальцЫ. Отметились в нескольких темах высказываниями в духе Капитана Очевидности, поучали людей заведомо опытнее Вас, да еще требовали денег за консультацию. Про хамство и оскорбления я молчу, модератор Вам судья.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 57 гостей