Нахождение переходного состояния в PCGAMESS

[OrganikNV]

sanya1024 Спасибо вам за подробные указания!!!

OrganikNV, видимо, Ваша реакция проходит через стабильные интермедиаты, к-рым соответствует промежуточный минимум. Т.е., путь реакции такой: реагенты -> TS1 -> интермедиат -> TS2 -> продукты.

Да, моя реакция проходит по такому пути с двумя переходными состояниями. Я знаю, как примерно выглядят эти переходные состояния (ПС), поэтому рисую приблизительную структуру, нахожу гессиан, а потом sadpoint, но программа находит ПС, только для самой простой структуры, а для остальных находит продукт. Я находила ПС в Природе и брала их в качестве начального приближения; ещё замораживала параметр, который меняется в ПС по сравнению с основным состоянием и оптимизировала в ГАМЕССЕ и брала эту структуру в качестве приближения. Но к сожалению одно и тоже, неудачи.

[o-oxhem]

Вас, конечно, совершенно правильно попросили подгрузить inp или выходной файл. Но этого не случилось.
Итак, делокализованные координаты имеет смысл применить. Может, имеет смысл уменьшить длину шага и / или рассчитывать гессиан через 10- 15 шагов. Если поддерживается, то нужно применить метод gdiis.
Хотя, может, у Вас метод / базис несбалансированны.
При сканировании координаты максимум на профиле наблюдается? Какова амплитуда данной потенциальной функции?

PS: более подробный вопрос (желательно с приложением файлов) - может быть более подробный и точный ответ (совет).

[OrganikNV]

При сканировании координаты максимум на профиле наблюдается?

Я не провожу сканирование, потому что эта процедура занимает много времени. Подобные соединения рассчитывали, максимум там наблюдался.

Итак, делокализованные координаты имеет смысл применить. Может, имеет смысл уменьшить длину шага и / или рассчитывать гессиан через 10- 15 шагов. Если поддерживается, то нужно применить метод gdiis.

При оптимизации я использую метод gdiis.
Инпуты для расчёта гессиана и sadpoint, и аут-файлы сброшу вам в сообщении.

[o-oxhem]

Я знаю, как примерно выглядят эти переходные состояния (ПС), поэтому рисую приблизительную структуру, нахожу гессиан, а потом sadpoint, но программа находит ПС, только для самой простой структуры, а для остальных находит продукт. Я находила ПС в Природе и брала их в качестве начального приближения;

Т.е. FF не находит, а Природа находит (для одной и той же реакции)?

PS: можете скинуть не только мне, но и на форуме поместить (так аудитория больше). Особой секретности в Ваших соединениях и реакции, наверное, нет. Или у Вас диплом секретный? Но ничего к третьему году аспирантуры должно пройти.

[sanya1024]

А функционал в FF и Природе одинаковый берете? и базис сопоставимый (и там, и там triple-zeta или аналогичный)? Может быть, действительно, все ямы и седла на этом участке ППЭ слабо выражены, и степень их выраженности будет зависеть еще и от связки "функционал-базис". Какого порядка высота барьеров (до 5 ккал/моль или от 10 и выше)?
Правда, OrganikNV, не секретничайте, тут не враги сидят

[EvgeniX]

Я так понял - ничего не находит (только для самого простого аналога везде находит). ... "И не провожу сканирование"...
Обычная ситуация "не учите меня, как делать, но как сделать"?

[OrganikNV]

А функционал в FF и Природе одинаковый берете? и базис сопоставимый (и там, и там triple-zeta или аналогичный)? Может быть, действительно, все ямы и седла на этом участке ППЭ слабо выражены, и степень их выраженности будет зависеть еще и от связки "функционал-базис". Какого порядка высота барьеров (до 5 ккал/моль или от 10 и выше)?

Базис 6-31+G(d,p), функционал B3LYP (базис и функционал таковы, поскольку для родственных соединений они дают наилучшие результаты). А в Природе функционал PBE, базис tzvpp. Барьер выше 18 ккал/моль.

PS: можете скинуть не только мне, но и на форуме поместить (так аудитория больше). Особой секретности в Ваших соединениях и реакции, наверное, нет. Или у Вас диплом секретный? Но ничего к третьему году аспирантуры должно пройти.

Никакой секретности нет, скидываю.

[sanya1024]

На всякий случай: попробуйте развернуть метильные группы с атомами C3 и C4 так, чтобы вдоль линии C3-C4 водороды смотрелись как в транс-конформации. Конечно, там расстояние H-H достаточное, чтоб водороды друг другу не мешали, но тем не менее.

Кстати, заметила у Вас такую надпись:

Warning: this PC GAMESS version was optimized for a different CPU type!
The overall performance degradation is expected.
For better performance, use Pentium III optimized PC GAMESS version.

PARALLEL VERSION (UNIFIED) RUNNING SEQUENTIALLY ON SINGLE NODE

Вам нужно скачать более новую версию FF (хотя бы 7.1.G), оптимизированную для Вашего компьютера, иначе будете долго мучиться. Кое-какие алгоритмы оптимизации геометрии в 7.1 версии улучшены по сравнению с 7.0. Может, даже это поможет.

[o-oxhem]

Первое, баз. набор у Вас 6-31++G(d,p). Но это уточнение.
Второе и более важное, это не ПС ассоциации (Вы ведь его искали?), которого вообще может не быть или наоборот может быть, но dft его не получит. Можно попробовать UB3LYP и посмотреть появилось смешанное состояние.
Например, зафиксировать угол 2-11-12 и выполнить опт. с поиском локального минимума, а потом гессиан - опт.
Гессиан Вам лучше dft, т.к. HF немного "жестковат".


Например, Можно попробовать немного изменить начальное приближение к ПС (прикинул).

$DATA
C4NH9S
C1
CARBON 6.0 1.119621690 0.538987068 0.019371202
NITROGEN 7.0 0.025983965 -0.181774977 -0.004263511
CARBON 6.0 1.155246947 2.049194891 0.053469119
HYDROGEN 1.0 0.641729469 2.463824925 -0.823723250
HYDROGEN 1.0 0.625316805 2.424582215 0.938506716
HYDROGEN 1.0 2.178177846 2.432507390 0.071475340
CARBON 6.0 2.434806394 -0.199079123 0.011306019
HYDROGEN 1.0 3.023028310 0.052864635 0.903322647
HYDROGEN 1.0 2.267752518 -1.277308942 -0.014864462
HYDROGEN 1.0 3.034944098 0.093871866 -0.859996608
SULFUR 16.0 -1.635050017 -1.295171816 -0.040507033
CARBON 6.0 -1.513093612 -3.108979626 -0.079095839
HYDROGEN 1.0 -0.986310741 -3.436660731 -0.977412310
HYDROGEN 1.0 -1.001070868 -3.475879598 0.812564433
HYDROGEN 1.0 -2.538059318 -3.489742883 -0.095875564
$END

или вот так

$DATA
C4NH9S
C1
CARBON 6.0 1.119621690 0.538987068 0.019371202
NITROGEN 7.0 0.025983965 -0.181774977 -0.004263511
CARBON 6.0 1.155246947 2.049194891 0.053469119
HYDROGEN 1.0 0.641729469 2.463824925 -0.823723250
HYDROGEN 1.0 0.625316805 2.424582215 0.938506716
HYDROGEN 1.0 2.178177846 2.432507390 0.071475340
CARBON 6.0 2.434806394 -0.199079123 0.011306019
HYDROGEN 1.0 3.023028310 0.052864635 0.903322647
HYDROGEN 1.0 2.267752518 -1.277308942 -0.014864462
HYDROGEN 1.0 3.034944098 0.093871866 -0.859996608
SULFUR 16.0 -1.635050017 -1.295171816 -0.040507033
CARBON 6.0 -2.707752376 -2.762821305 -0.080204092
HYDROGEN 1.0 -2.525835824 -3.343630388 -0.986523439
HYDROGEN 1.0 -2.540343103 -3.381621941 0.803481841
HYDROGEN 1.0 -3.737840061 -2.395757300 -0.080747123
$END

[OrganikNV]

Замораживала угол 1-2-11, оптимизировала геометрию и брала структуру в качестве начального приближения, но ничего не получалась.
Спасибо за советы sanya1024 и o-oxhem, попробую, очень надеюсь, что найду ПС.

[o-oxhem]

я про другой угол - 2 - 11 -12, Т.К. я не уверен, что < C-S-C = 180

[amge]

Мне почему-то (возможно, совершенно безосновательно) кажется, что трудности с поиском ПС связаны с диффузными функциями в базисах. Что если попробовать убрать один плюс, а то и оба? Если вдруг трудности исчезнут, то потом, после нахождения стационарных точек, добавить плюсы и сделать точечный расчет. Вряд ли будет большая ошибка по сравнению с оптимизацией в полном базисе.

[OrganikNV]

Подскажите, пожалуйста, как убрать один плюс?

[Lantano]

Подскажите, пожалуйста, как убрать один плюс?

Выдержка из мануала GAMESS:
DIFFSP = flag to add diffuse sp (L) shell to heavy atoms. Heavy means Li-F, Na-Cl, Ga-Br, In-I, Tl-At. The default is .FALSE.
DIFFS = flag to add diffuse s shell to hydrogens. The default is .FALSE.
Убираете ключ, какой Вам меньше нравится.

[OrganikNV]

Огромное спасибо!!!

[sanya1024]

Я бы для начала (для всех оптимизаций и поисков седловых точек) убрала оба ключа, а потом оставила один плюс только на периферийных атомах (обычно это водороды)

[OrganikNV]

Нахожу переходное состояние инверсии, но расчет останавливается и в конце out-файла выдает ошибку:
$HESS GROUP READ FROM CARDS
ENERGY IS -641.1456245525 E(NUC) IS 248.0378637090
*ERR* IO-07 bad character in input field
Подскажите, пожалуйста, что делать, может кто сталкивался с подобным. Подгружаю инпут и аут.

[VTur]

Номера в $HESS уберите
либо что-то с пробелами
READ не нужно добавить, или расчет не закончен?

[sanya1024]

номера убирать не надо, а вот строчку 59 инпута посмотрите внимательно: у Вас там неаккуратно скопировано число, 1.02617443E -- и все. Просто скопируйте $HESS из панча одним куском

[OrganikNV]

Больше спасибо, все работает!!!!!
В следующий раз буду внимательнее.