Как работать в Hyperchem

[Marxist]

А заряды-то какие?

[Elena]

Он выдает, что везде по нулю...

[Marxist]

Дык посчитайте заряды по какой-нибудь популярной схеме. MMFF94 вполне подойдёт.

[Polychemist]

Ну прогоните в полуэмпирике и имейте легко Ваши заряды (см. приложение). Молекулы типа нитробензола даже в HChem легко считать хорошими методами.

!!!!!.ZIP

[Elena]

В полуэмпирике не считает.
Не пойму, почему молекула толком не выглядит так, как надо. Наверное, из-за этого не получается остальное рассчитать.
Если брать другие вещества, например, содержащие серу (-SO3Na), то программа не позволяет их построить, ругается, что у серы степень окисления не может быть больше двух...

[Marxist]

Во-первых, у вас в молекуле длины связей в 10 раз меньше, чем надо. Во-вторых, у вас нет атомов водорода. Вот вам правильная молекула в формате мол2 с зарядами MMFF

Код: Выделить всё

@<TRIPOS>MOLECULE
nb.hin
   14    14     1     2     0
SMALL
MMFF94_CHARGES


@<TRIPOS>ATOM
      1 C          -0.8472    0.3276    0.0242 C.ar      1 <1>         0.1330 
      2 C          -2.0108   -0.3736    0.3745 C.ar      1 <1>        -0.1500 
      3 C          -2.0420   -1.7712    0.3539 C.ar      1 <1>        -0.1500 
      4 C          -0.9062   -2.4926   -0.0203 C.ar      1 <1>        -0.1500 
      5 C           0.2590   -1.8079   -0.3718 C.ar      1 <1>        -0.1500 
      6 C           0.2862   -0.4103   -0.3488 C.ar      1 <1>        -0.1500 
      7 N          -0.8187    1.6881    0.0457 N.pl3     1 <1>         0.9070 
      8 O          -1.8253    2.2788    0.3725 O.2       1 <1>        -0.5200 
      9 O           0.2120    2.2461   -0.2628 O.2       1 <1>        -0.5200 
     10 H1         -2.9114    0.1554    0.6690 H         1 <1>         0.1500 
     11 H2         -2.9505   -2.2984    0.6291 H         1 <1>         0.1500 
     12 H3         -0.9290   -3.5779   -0.0377 H         1 <1>         0.1500 
     13 H4          1.1451   -2.3637   -0.6635 H         1 <1>         0.1500 
     14 H5          1.2082    0.0896   -0.6273 H         1 <1>         0.1500 
@<TRIPOS>BOND
     1    1    2 ar   
     2    2    3 ar   
     3    3    4 ar   
     4    4    5 ar   
     5    1    6 ar   
     6    5    6 ar   
     7    1    7 1    
     8    7    8 2    
     9    7    9 2    
    10    2   10 1    
    11    3   11 1    
    12    4   12 1    
    13    5   13 1    
    14    6   14 1    
@<TRIPOS>SUBSTRUCTURE
     1 ****        1 TEMP              0 ****  ****    0 ROOT 
@<TRIPOS>NORMAL
@<TRIPOS>ALT_TYPE
MMFF94_ALT_TYPE_SET 
MMFF94 1 CB 2 CB 3 CB 4 CB 5 CB 6 CB 10 HC 11 HC 12 HC 13 HC 14 HC 8 O2N \
9 O2N 7 NO2 

[Elena]

Это была неоптимизированная молекула, в ПЭ не считает, ругается, можно другим методом оптимизировать.
При выборе Проставить атомы водорода, программа ставит только один атом (!)

[Marxist]

Попробуйте начать, исходя из показанного выше мол2 (вроде гиперкем этот формат понимает)

[Marxist]

Вот так вот потенциал выглядит, например

[Elena]

Попробовала: это формат он узнает, но, если сохранять молекулу, при открытии файла заново, я ее не нахожу, ее нет... Водород теперь добавляет нормально, да и с оптимизацией вроде пока нормально, но упорно программа не желает строить нормальную нитро-группу (там же электронная плотность должна быть равномерно распределенной по группе, а этого нет).
С серой проблема осталась.

[Polychemist]

1. Сделайте связи N-O полуторными, пощелкав по ним рисовалкой, потом - Add hydrogen and model build.
2. Просто добавьте водороды ручками и на оптимизацию.
3. Посмотрите мой .hin файлы - нормально там полуэмпирика берется.
Если программа ставит только один водород - возможно у Вас какой-то атом выделен? Уберите выделение.

[Marxist]

(там же электронная плотность должна быть равномерно распределенной по группе, а этого нет).

Вообще-то не должна

[Polychemist]

А это из Гиперхема...

1.jpg

[Elena]

1. Сделайте связи N-O полуторными

А как их сделать полуторными от руки?

1.
3. Посмотрите мой .hin файлы - нормально там полуэмпирика берется.
Если программа ставит только один водород - возможно у Вас какой-то атом выделен? Уберите выделение.

Да, в Вашей программе все отлично работает Я все проверила, выделения нет.
Вот, что у меня упорно получается - см. файл. Тут заработала полуимпирика, но с нитро-группой проблема та же...
Оптимизировала дважды : в полуэмпирике и молекулярной динамике.

[Polychemist]

2 варианта:
1. Просто запустите оптимизацию с PM3 - он все выправит очень быстро.
2. Переместите водород из положения над кольцом в более-менее плоскость кольца и далее - ММ.
3. Выберите инструмент рисования и кликайте по связям N-O - они станут двойными, тройными и, наконец, полуторными. Да, в Build выберите Allow Arbitrary Valence. Потом - Add H and model build.
_________________________________________
И почитайте хелп/мануал - бывает полезно!

[Elena]

Спасибо! У меня все получилось!

[Svetia]

Подскажите, а можно при помощи Hyperchem сравнить подобие двух молекул и каким образом?

[Vanya Ivanov]

Подскажите, а можно при помощи Hyperchem сравнить подобие двух молекул и каким образом?

Что подразумеваете под подобием?
Геометрия?
- (алайнмент) наложение одной молекулы (координат атомов) на другую и расчет среднеквадратичного отклонения этих координат? - нет Но можно в ручную с excel.
- Коэффициент Танимото ( http://planetcalc.ru/1664/) - соответствие функциональных групп (структурных элементов) двух молекул? - нет
- конфоромеры - не знаю

Вторичная структура?
- полимеры - нет

Электронная структура?
- заряды и/или поляризуемость функциональных групп? - не знаю
Подобие в чем?

[Vanya Ivanov]

Кстати, может кто то посоветует: как можно расчитать частичный заряд на кислороде (электронную поляризуемость или полярность) связи С=О или S=O в воде, я что то повертел эти группы в hypercheme, из мануала ничего не понял. Где можно почитать по методике расчета?

Мне хотелось бы сравнить карбонил С=О ацетамида- пиперазина и S=O метил-сульфамида пиперазина