Синтез пептидов

[holyde]

Кто разбирается в синтезе пептидов, помогите с методиками снятия их со смолы. А то стандартная методика (многочасовая обработка ТФУ+ выделение из эфира) приводит к получению очень кислого продукта. У нас клетки дохнут. Есть ли какие то альтернативы?

[amik]

Тему назовите информативно и по возможности без !!!!!!!!

[Polychemist]

Я не разбираюсь в синтезе пептидов, но разве там нет стадии нейтрализации? И если проблема лишь в кислотности продукта - то есть щелочь, буфера, рН-метр...

[suprachemister]

Помещаем кислый продукт в воду и перемешиваем, потом центрифугируем.
Процедуру повторяем до нейтрального pH.
Полученный продукт фильтруем и сушим.

[Upstream]

Любезный holyde:
Если Вы это всерьёз, то предварительная хроматографическая очистка пептида (и не только) - это даже не альтернатива, а категорический императив! Да и к клеткам что-либо добавляют в забуферённой среде, а не кислый раствор сырого продукта.
Тщательнее работать нужно, товарищ!

[Polychemist]

Помещаем кислый продукт в воду и перемешиваем, потом центрифугируем.

Если продукт водорастворимый, то надо добавить стадию осаждения в подходящую органику перед фугованием. Если позволяет ММ, то можно диализнуть, бывают мембраны с отсечкой на 500. Ну и конечно, если Вы делаете научный эксперимент, а не просто корм для клеток, то ВЭЖХ.

[holyde]

Любезный holyde:
Если Вы это всерьёз, то предварительная хроматографическая очистка пептида (и не только) - это даже не альтернатива, а категорический императив! Да и к клеткам что-либо добавляют в забуферённой среде, а не кислый раствор сырого продукта.
Тщательнее работать нужно, товарищ!

я с Вами абсолютно согласна, но возможности проведения хроматографической очистки нет. А мне пеняют, что у меня грязный продукт получается. А так как к клеткам я никакого отношения не имею, ни практически, ни даже теоретически, то нечем мне аргументировать. Вот интересуюсь, может кто сталкивался уже с такой проблемой.

И еще вопросик - я с хроматографией сталкивалась только на страницах учебника. Есть ли возможность очистки пептида на колонке? И какие нужны реактивы (подвижная, неподвижная фазы и тд)

[SkydiVAR]

Гексапептиды (с обоих концов защищенные) чистил на силикагеле (Мерк, Kieselgel 60) в системе ацетон/гексан, дочищал ВЭЖХ (колонка с Nucleodur C18, ацетонитрил/вода). Ну, и промывку содой никто не отменял, разумеется.

[nikkochem]

У меня опыта в синтезе пептидов намного меньше, чем у коллеги Upstream, но большинство пептидов кристаллические вещества. Но для очистки кристаллизацией нужно обладать уймой времени (забыть хотя бы на месяц в полходящей системе растворителей). Можно прогнать сырой продукт на MALDI и прикинуть примеси. Если продукт очень грязный (совсем необъективный показатель), то или ВЭЖХ или менять методики синтеза.

[Polychemist]

Какие количества пептида? Длина? В каком Вы городе? Мне кажется, для экономии сил, средств, времени и нервов надо искать пептидных хроматографистов, которые сделают анализ и порекомендуют препаративную методу, которая может зависить от состава пептида.

[gugu]

Остатки ТФУ и HCl (и воды) хорошо удаляются лиофилизацией. Не знаю есть ли у вас лиофилизатор, но он просто должен быть в любой пептидной лаборатории.

[Polychemist]

Верно! А вместо лиофилизатора сойдет форвакуумный насос и ловушка с жидким азотом. Но не останется ли там ещё какой нелетучей дряни?

[gugu]

От неорганики обычно помогает флэш на короткой колонке силикагеля в орг. растворителе. Потом все растворяется в воде или диоксане, замораживается, оборачивается теплоизолятором и лиофилизируется. У меня в итоге улетала даже тетраметилмочевина (остаток от реагентов ТБТУ и ХАТУ). Пептид надо бы видеть. Жирные-нежирный, длинный-не длинный и т.д.
Но лучше не надо, не показывайте. Ненавижу пептиды!

[FOX-7]

Ув. Коллеги! А можно ли короткий пептид почистить на Амберлите?

[gugu]

Можно даже длинный, если он достаточно гидрофильный и растворяется в воде, спирте или метаноле.

[holyde]

Остатки ТФУ и HCl (и воды) хорошо удаляются лиофилизацией. Не знаю есть ли у вас лиофилизатор, но он просто должен быть в любой пептидной лаборатории.

а по времени Вы сколько лиофилизируете пептид?

[horks]

пока не лиофилизуется

[FOX-7]

Можно даже длинный, если он достаточно гидрофильный и растворяется в воде, спирте или метаноле.

А долго служит такая смола? Примерно. Или в принципе она вечная?
Никто не проверял соответсвует ли ее емкость заявленной, или надо проверять на всякий случай?
ЗюЫю
Прошу прощение за вторжение.

[Polychemist]

Обычно примерно миллиметр льда улетает за примерно пару часов. Т.е. заморозить тонким слоем, в 1-2 мм и сушить рабочий день.

[FOX-7]

А можно ли из роторного испарителя сделать лиофилку?