Кто-нибудь может посоветовать, какой софт можно использовать для подбора структур по совместимости с активным центром фермента.
Т.е. генерирование структур из заранее известных билдинг-блоков.
Софт для прогноза
-
Marxist
А эту софтину где-нибудь в Москве можно достать?Marxist писал(а):А структура белка есть? Если да, то любая софтина для докинга (Dock, AutoDock, Gold, FleXx, zDock, etc., etc.) подойдёт. Если нет --- есть какие-то программы QSARные, типа PASS.
Мне подойдут любые из них, правда желательно с базой по билдинг блокам, чтобы не сильно париться по подбору.
-
Marxist
Просто два эти абзаца говорят о разных вещах. Одно дел генерация баз данных --- это и ISIS Base умеет. А другое дело --- скрининг лигандов рецепторов. Что нужно-то?Кто-нибудь может посоветовать, какой софт можно использовать для подбора структур по совместимости с активным центром фермента.
Т.е. генерирование структур из заранее известных билдинг-блоков.
PASS можно достать в институте Ореховича.
Нужно и то и другое, если не трудно могли бы вы подсказать мне каким образом можно генерировать базы данных в ISIS Base. Допустим у меня есть база билдинг блоков, как из нее сгенерировать серию соединений, для того чтобы далее использовать в докинге.Marxist писал(а):Просто два эти абзаца говорят о разных вещах. Одно дел генерация баз данных --- это и ISIS Base умеет. А другое дело --- скрининг лигандов рецепторов. Что нужно-то?Кто-нибудь может посоветовать, какой софт можно использовать для подбора структур по совместимости с активным центром фермента.
Т.е. генерирование структур из заранее известных билдинг-блоков.
PASS можно достать в институте Ореховича.
-
Marxist
Да видел я какую-то программу генерации для комбинаторной химии. Бабаевское творчество. Трудно сказать, валяется ли она где-то в сети, но, возможно, есть на сайте Бабаева.
К тому же ISIS Base умеет работать вроде бы только с плоскими структурами, а для докинга нужны файлы, в которых проставлены заряды на атомах и структура минимизирована. А для этого нужен уже серьёзный софт для моделирования. Не всё так просто, как хотелось бы. Поэтому и спрашиваю, что именно вы хотите и как вы хотите действовать.
К тому же ISIS Base умеет работать вроде бы только с плоскими структурами, а для докинга нужны файлы, в которых проставлены заряды на атомах и структура минимизирована. А для этого нужен уже серьёзный софт для моделирования. Не всё так просто, как хотелось бы. Поэтому и спрашиваю, что именно вы хотите и как вы хотите действовать.
-
Vanya Ivanov
- Сообщения: 1796
- Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm
Необходимо выделить два этапа - генерирование 2D структур и перевод (с оптимизацией) в 3D. Затем докинг что ли? или есть структуры известных лигандов?
Этот подход - когда известен активный центр белка и нужно сделать селекцию из библиотеки структур - формально соответствует методу CoMFa, т.е. конечному этапу метода. Но free soft я не видел, видел только CoMFa in Sybyl (IRIX).
Этот подход - когда известен активный центр белка и нужно сделать селекцию из библиотеки структур - формально соответствует методу CoMFa, т.е. конечному этапу метода. Но free soft я не видел, видел только CoMFa in Sybyl (IRIX).
Нет. CoMFA используется тогда, когда структура активного цетра не известна.Vanya Ivanov писал(а): Этот подход - когда известен активный центр белка и нужно сделать селекцию из библиотеки структур - формально соответствует методу CoMFa, т.е. конечному этапу метода. Но free soft я не видел, видел только CoMFa in Sybyl (IRIX).
-
Marxist
Не обязательно. Можно сделать CoMFA и для известного активного центра, что просто сократит объём вычислений.Cherep писал(а):Нет. CoMFA используется тогда, когда структура активного цетра не известна.Vanya Ivanov писал(а): Этот подход - когда известен активный центр белка и нужно сделать селекцию из библиотеки структур - формально соответствует методу CoMFa, т.е. конечному этапу метода. Но free soft я не видел, видел только CoMFa in Sybyl (IRIX).
-
Marxist
-
Marxist
-
Vanya Ivanov
- Сообщения: 1796
- Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm
Re: Софт для прогноза
Познакомься http://qsar.ru/indexp.htmadolfina писал(а):Кто-нибудь может посоветовать, какой софт можно использовать для подбора структур по совместимости с активным центром фермента.
Т.е. генерирование структур из заранее известных билдинг-блоков.
Попробуй скачать:
daniel@bellatrix.pcl.ox.ac.uk (SOMFA2) но там используется редкий формат файлов. Удобная и понятная программа.
http://www.scripps.edu/mb/olson/doc/autodock/ AutoDock 3.0 бесплатный и работающий для LINUX, а так же для Win (но геморой с UNIX подобной оболочкой). Очень сильно осложнена подготовка файлов к докингу.
Если начнешь, то задавай вопросы, помогу.
GRID - тоже бесплатно и в рабочем состоянии.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 10 гостей