Квантово-химические расчеты в GAMESS

[o-oxhem]

Товарищи! Считаю в GAMESS! Программу под Windows взял с американского официального сайта. Все установил, проверил, работает нормально. Компьютер с двухъядерным Core2Duo Е8400 под Windows XP SP3. Только считает на одном ядре - так говорит Диспетчер задач. Как сделать, чтобы при расчете использовались оба ядра?

В файле WG_DDE.bat исправили set CPU=1 на set CPU=2 ?

[daria82]

Спасибо за ответ, amge, в общем это разные вещи, хорошо что разъяснили, а то у меня в голове все перемешано.

Ну в общем я поняла смысл. Рисуется в Chemcraft молекула и создается файл *.xyz, который потом можно открыть в Cosmoplot, Gaussian и т.д. Только молекула у меня выходит без координаты у, поэтому она никому не нравится. Так что сложно это все слишком.

[daria82]

...

[КВГ]

А dlc в Firefly разве нет? Если есть, то

Код: Выделить всё

 $contrl nzvar=xx $end
 $zmat   dlc=.true. auto=.true. $end

Оптимизация будет существенно (иногда в разы) быстрее, чем в декартовых.
Но потрудиться немного придется, а именно 3N-6 вычислить и на место xx подставить

amge, чего-то у меня не запускается инпут с такой добавкой, как у вас указано: похоже, просит дать что-нибудь еще в группе $zmat.
Координаты задавал coord=cart или =unique, но не принимает. Чего еще не хватает,а?

[КВГ]

Только молекула у меня выходит без координаты у, поэтому она никому не нравится. Так что сложно это все слишком.

Если сохранять структуру в Craft как изображение (File/Save image), то можно получить родимую в красивом виде в форматах jpg, gif, bmp. Предварительно можно задать нужные цвета ионов, фон и т.п. (Display/customize/new scheme...). Перекрасить в серую гамму для статьи можно где угодно потом - вплоть до word'a.

[daria82]

Да, картинку делает красиво. А вот дальнейшую работу мне не потянуть.

[daria82]

В общем, люди уже нашлись, так что сообщение о сотрудничестве удаляю.

[VTur]

amge, чего-то у меня не запускается инпут с такой добавкой, как у вас указано: похоже, просит дать что-нибудь еще в группе $zmat.
Координаты задавал coord=cart или =unique, но не принимает. Чего еще не хватает,а?

Выложите *.out.

[amge]

Ну в общем я поняла смысл. Рисуется в Chemcraft молекула и создается файл *.xyz, который потом можно открыть в Cosmoplot, Gaussian и т.д. Только молекула у меня выходит без координаты у, поэтому она никому не нравится. Так что сложно это все слишком.

Раз Вы используете ChemOffice, то наиболее простой путь видится таким: рисуете в ChemDraw структурную формулу, переносите ее в Chem3D. Получается трехмерная структура, уже с добавленными недостающими водородами. Ее можно пооптимизировать там же (в Chem3D) молекулярной механикой. Сохраняете ее как GAMESS input (для GAMESS или Firefly) или как Gaussian input. К полученному файлу добавить в любом текстовом редакторе шапку с нужными ключевыми словами (эта шапка всегда будет почти одной и той же) и можно запускать над ним соответствующую квантово-химическую программу.

[amge]

amge, чего-то у меня не запускается инпут с такой добавкой, как у вас указано: похоже, просит дать что-нибудь еще в группе $zmat.
Координаты задавал coord=cart или =unique, но не принимает. Чего еще не хватает,а?

Не знаю что и сказать, с Firefly никогда не работал. В GAMESS все было нормально. Единственное, что могу посоветовать, добавьте пробелы перед строками, форум их почему-то съел, а для GAMESS пробелы играют роль.

[КВГ]

amge, чего-то у меня не запускается инпут с такой добавкой, как у вас указано: похоже, просит дать что-нибудь еще в группе $zmat.
Координаты задавал coord=cart или =unique, но не принимает. Чего еще не хватает,а?

Выложите *.out.

Уфф, еле вырвался на форум... Вот избранные места из аута:
INPUT CARD> $CONTRL SCFTYP=rHF EXETYP=run RUNTYP=optimize COORD=cart
INPUT CARD> maxit=999 UNITS=ANGS ICHARG=-1 mult=1 nzvar=15 $END
INPUT CARD> $SYSTEM TIMLIM=300 mwords=180 $END
INPUT CARD> $BASIS GBASIS=mini ndfunc=2 nffunc=1 $END
INPUT CARD> $SCF dirscf=.t. SHIFT=.t. NCONV=5 $END
INPUT CARD> $GUESS GUESS=HUCKEL $END
INPUT CARD> $zmat   dlc=.t. auto=.t. $end
INPUT CARD> $STATPT NSTEP=250 HSSEND=.t. $END
INPUT CARD> $DATA
INPUT CARD> Nb(5)F6
INPUT CARD> c1
INPUT CARD> NB 41.0 -0.4087236237 0.0000453261 -0.0000151408
INPUT CARD> F 9.0 -1.3243421228 0.0053732937 -1.5850862524
INPUT CARD> F 9.0 -1.3242741275 1.3701789760 0.7970648932
INPUT CARD> F 9.0 -1.3245374859 -1.3752202506 0.7879462757
INPUT CARD> F 9.0 0.9117228983 -0.0047159770 1.4024598495
INPUT CARD> F 9.0 0.9116791466 -1.2122828787 -0.7052261215
INPUT CARD> F 9.0 0.9118358450 1.2168238882 -0.6971821885
INPUT CARD> $END
.................................................................................................
ERROR IN $ZMAT INPUT - ERROR

Естественно, пробелы в начале строк имеются.

[Lantano]

Тупо скопировал Ваш out. Вырезал лишнее ( INPUT CARD>) и запустил. Начались фоковские итерации. С Z-матрицей проблем никаких. Firefly (PC GAMESS) version 7.1.G, build number 5618.
Что может быть не очень хорошо, так вот это
THE DETERMINANT OF THE G MATRIX IS 10**( -24)
* * * WARNING * * *
YOUR B MATRIX HAS A SMALL DETERMINANT.
THIS SUGGESTS YOU MAY HAVE BADLY CHOSEN COORDINATES.
Но это уже проблемы "второго порядка".

[КВГ]

Тупо скопировал Ваш out. Вырезал лишнее ( INPUT CARD>) и запустил. Начались фоковские итерации. С Z-матрицей проблем никаких. Firefly (PC GAMESS) version 7.1.G, build number 5618.

Мистика! Я запускал в той же версии. Сейчас еще раз попробовал - тот же итог: ERROR IN $ZMAT INPUT - ERROR
На вс. сл. перенабрал всю $zmat строку - без толку.
Что еще можно придумать? Lantano, может, теперь мне скопировать для инпута из вашего аута ?
*******************************************************************************************************************************
Повторил ваш путь, т.е. тоже скопировал из своего аута, выложенного здесь - считает! Вот что значит - правильный форум . На нем и кривые тексты выправляются...
Спасибо, Lantano!А также amge и Vtur!

[DVFilin]

Как сделать, чтобы при расчете использовались оба ядра?

В bat-файле, который генерит утилита запуска заданий под Windows, есть строка вида

csh -f runscript.csh input.inp 09 1 C:\GAMESS 18.03.2010 1:55:01 > C:\GAMESS\output.out

в ней следует заменить 1 на нужное число ядер. Тогда считает на нескольких. Для более подробной инфы следует смотреть скрипт запуска runscript.csh.

[Shadin]

Здравствуйте!
В квантовых расчётах я новичок.
На процессоре Intel Pentium 4 CPU 3.0 ГГц FF установится?
Нужно рассчитать, какой из трёх возможных таутомеров наиболее предпочтителен.
У меня это получится сделать?
Извините, если не в тему.
Спасибо!

[VTur]

Установится.
Получится.

[Metalian]

Недавно мне была поставлена некая новая задача, вроде бы сводящаяся к тому, чтобы оценить поляризуемость связей в некоторой органической молекуле.
Обнаружил RUNTYP=FFIELD и RUNTYP=TDHF, разобрался, как именно задать исходные данные, но что-то совсем не понимаю, как интерпретировать результаты расчетов.
Примеров не обнаружил, посему, быть может, кто сам считал подобные вещи и может объяснить?

[VTur]

... оценить поляризуемость связей в некоторой органической молекуле.

Из смещения критической точки связи?
Дайте строгое определение этому понятию, тогда можно что-то придумать.

[Metalian]

... оценить поляризуемость связей в некоторой органической молекуле.

Из смещения критической точки связи?
Дайте строгое определение этому понятию, тогда можно что-то придумать.

Эх, плоховато я эхотаг знаю...
В общем, тогда все сначала. Есть некоторый элементорганический (не металлорганический) сорбат. Он сорбируется углеродным сорбентом, после чего это все облучается СВЧ с частотой 2.45ГГц. Предполагается, что при СВЧ – излучении возникают неравновесные пробойные процессы, приводящие к зарождению лавинных носителей заряда, способных разрушить молекулярную структуру адсорбированных молекул. При этом в плане химизма там все еще более запутано, чем при процессах типа пиролиза углеводородного сырья - набор продуктов весьма разнообразный.
Предполагают, что может иметь место резонанс частоты СВЧ с одной из собственных частот молекулы сорбата, вследствие чего и происходит деструкция этой молекулы (дальнейшие процессы в настоящий момент меня не интересуют). Хотя возможны, по идее, и процессы пиролиза, объяснимые, в принципе, без всякой плазмы и резонансных явлений.
От меня требуется расчетами подтвердить или опровергнуть гипотезу о резонансе. И также найти в молекуле связь, наиболее подверженную такому разрушению (да и на счет термодеструкции, думаю, не лишним будет подумать).

[VTur]

2.45ГГц, это меньше 0.001 см-1, таких частот валентных колебаний нет. Это вращение молекул, как целого. Подозрительно всё. Единственный вариант - молекула большая и раскидистая. При вращении с бешенной скоростью возможно разрушение, как следствие слабой связи частей (скорее всего это не так).